Departamento de Biología Celular y Genética

BIOLOGÍA MOLECULAR

ORIGEN Y EVOLUCIÓN DE LAS PROTIENAS

Dr. Dan Vivas-Ruiz

Laboratorio de Biología Molecular
• If we can understand the origins and
evolution of proteins, we should be able
to create novel functional proteins.

Hiroshi Yanagawa, 2013

EL ORIGEN DE NUEVAS PROTEÍNAS
 REGULADORAS

ESTRUCTURALES
ENZIMÁTICAS

RECEPTORAS

GLOBULARES
PROTEINAS DE DEFENSA

FIBROSAS
DE TRANSPORTE

ENERGÉTICA HORMONALES

DE RESERVA
 Consideraciones básicas
Todas nuestras células tienen la
información necesaria para generar un
nuevo organismo.

Sin embargo… no toda la información es

expresada en todas las células

Por lo tanto…todas las células poseen el

mismo genoma pero diferentes
proteomas.
Los proteomas incluso pueden varian en la
misma célula
La expresión de las proteínas dependen del
estado fisio(pato)lógico de los organismos

Por ende…las proteínas difieren de un gen en

varios aspectos
Las proteínas tienen un “ciclo de vida”
Los genes son permanentes, las proteínas… no?

Eficiencia de
traducción
(RNAm)
Tasa de
Tasa de
transcripción
degradación
(gen)

Nivel de
una
proteína
Factores de
USO DE CODÓN
trasncripción
Las proteínas son estructuras modulares
• La presencia de motivos y dominios
Las proteínas son estructuras modulares
• La presencia de motivos y dominios

La proteómica analítica puede definir secuencias y las secuencias pueden definir

funciones biológicas.
Las proteínas forman familias funcionales

Clasificación funcional de los marcos de lectura del genoma del hongo Penicillium
chrysogenum (van den Bergy col., Nature Biotechnology, 26, 1161,2008).
EL SURGIMIENTO DE NUEVAS
PROTEÍNAS
Cómo se originan los genes?
Cómo se originan las proteínas

Maduración de dominios

Fusión de péptidos pequeños

Recombinación quimérica
 CÓMO SURGE UNA NUEVA PROTEÍNA?

Actual Nueva

Secuencia/ estructura/ Secuencia/ estructura/

función función

Actual Nueva

Secuencia/ estructura/ Secuencia/ estructura/

función función

Actual Nueva

Secuencia/ estructura/ Secuencia/ estructura/

función función
CÓMO SURGE UNA NUEVA PROTEÍNA?
Nuevo
ORF

Duplicación Proteína Nuevo

génica nueva plegamiento

HGT
 Emergencia de un gen de RNA

Creación de un ORF

Introducción de intrones

Las nuevas proteínas son relativamente cortas, típicamente entre 100 y 200
aminoácidos el cual corresponde a un dominio proteico simple particular.
Efecto de las mutaciones

J R Soc Interface. 2014 Nov 6; 11(100): 20140419.

 ejemplos
(a) Wild-type T4 lysozyme was mutated (L99A) to create an
internal cavity that allows for the population of an
excited-state conformation with an altered helical
segment (blue; left).
(b) Wild-type Arc repressor is a homo-dimeric protein. Each
monomeric unit contributes a β-strand to form a two-
stranded antiparallel β-sheet (blue; left).
(c) The cysteine-rich domain NW1 forms a stable structural
element (blue; left) with three disulfide bonds (yellow
sticks) between the residue pairs (8,20), (12,25) and
(16,24).
(d) Two domains of streptococcal Protein B, named GA and
GB, with a 3α and a 4β + α-fold, respectively, and no
significant sequence similarity, were transformed into
each other by a series of point mutations that resulted
in a structure pair GA98 and GB98 that allows the
switch between the two structures with just a single
L45Y mutation.
(e) The viral P22 Cro and λ Cro are DNA-binding proteins.
Encoded by different sequences, they have structurally
very similar helical N-terminal domains (represented by
the yellow and green ribbon, respectively) but have
structurally distinct C-terminal domains.
J R Soc Interface. 2014 Nov 6; 11(100): 20140419.
Exonización de secuencias intrónicas
Transición de plegamiento a plegamiento:

Estructura Estructura Estructura

1 2 2

Función 1 Función 1 Función 2

Transición de plegamiento a plegamiento:
Diversidad conformacional
P450-CYP2B4 Lymphotactin

cysteine-rich domains
Estructura y estabilidad

Las transiciones entre diferentes estructuras, tipicamente asociadas a distintas

funciones, pueden obviamente, desempeñar un importante rol para la emergencia de
nuevas proteínas por ejemplo después de un proceso de duplicación génica.
Evolución proteica
Las estructuras pueden evolucionar por regiones
De un genoma a otro

TRANSFERENCIA GENÉTICA
HORIZONTAL (HGT)
Cómo se de una HGT
HGT interdominio
HGT intradominio
 Toxicidad génica es un parámetro
fundamental en las HGT

Qué genes se pueden

transferir?
Toxicidad de la proteína ribosomal S12

ORFs were cloned into the pET11 vector adjacent to a T7 promoter and transformed
into E. coli BL21(DE)pLysS cells. Black boxes indicate growth inhibition after activation
of expression; white boxes indicate that no growth inhibition was observed
EL origen de nuevas funciones

RECLUTAMIENTO DE PROTEÍNAS EN
EL VENENO ANIMAL
Sistemas de veneno animal
 EL VENENO DEL REINO
ANIMAL

Son mixturas complejas que incluyen

variables combinaciones de proteínas (de
enzimas multiglobulares ha pequeños
péptidos), sales y moléculas inorgánicas
tales como poliaminas, aminoácidos y
neurotransmisores
 Mecanismo de origen de una nueva
función de las proteínas del veneno
1° Duplicación del
Gen 1 gen
Actividad
tóxica

Gen 1 Gen 1’
3° Inicio de una
neofuncionalización

Actividad
2°. Expresión basal
Gen 1 Gen 1’ Gen 1 Gen 1’
selectiva del gen
copia

Célula típica Célula de la glándula

del veneno
Todas las proteínas tóxicas derivan de
proteínas ancestrales
Estas proteínas ancestrales son de expresión tejido
específico
Donde cumplen las funciones ancestrales que
mantienen la fisiología de la célula.
Una vez expresadas en las glándulas del veneno las proteínas
ancestrales adquieren funciones toxicas basales
Las funciones toxicas basales pueden luego ser
derivadas a funciones más especializadas
La adquisición de la neofuncionalización
involucra cambio en la estructura?
Enzima hialuronidasa
Enzimas peptidasas S1
 Peculiarmente el núcleo estructural enzimático no
cambia, la neofuncionalización esta relacionada a los
cambios en aquellos residuos de la región externa que
modifican la afinidad al tipo de ligando.

Sin embargo, la semejanza de la funcionalidad actual

(neofuncinalidad) no necesariamente refleja una
historia evolutiva similar
 Un ejemplo

Enzima similar a
Trombina
trombina

Coagulan el
fibrinógeno
Preferencia por sustratos de la TLE
Synthetic substrates
0.14

0.12

0.1

0.08
Abs 405 nm

For thrombin (S-2238)

For plasmine (S-2366)
0.06 For factor XI (S-2251)
For kalikrein (S-2266)
0.04

0.02

0
0 5 10 15 20 25 30
Time (min)
Three-dimensional model and kinetic
comparison
1.4

1.2

A 410nm
0.8
Pictobin
0.6
Thrombin Human
0.4

0.2

0
1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 27 29 31
Time (x 10 sec)

Pictobin – Thrombin
Three-dimensional model and kinetic
comparison

1.4

1.2

A 410 nm
0.8
Human Trypsin
0.6
Bovine trypsin
0.4 Pictobin

0.2

0
10 30 50 70 90 110 130 150 170 190 210 230 250 270 290 310
Time (sec)

Pictobin- Trypsin
MUCHAS GRACIAS