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http://www.unavarra.es/genmic/docbiomica/transcriptomica.pdf
Objetivo.
• Obtener transcriptoma de tejidos neuronales periféricos y centrales
("neurotranscriptoma") de Aedes Aegypti para mejorar la anotación del
genoma e identificar genes cuya expresión sea sexualmente dimórfica y/o
variable a través del ciclo gonotrópico de la hembra.
NIAID
1. Mejorar la anotación de los genes del genoma Ae.
Aegypti e identificar nuevos genes que no se
encuentran en el conjunto actual.
Experimentos de comportamiento
Extracción de RNA y preparación de
librería RNA-seq
Hembras:
1) Antenas:100-220
2) Palpos maxilares:126-816
3) Probóscide: 275-797
4) Rostrum: 110-142
5) Cerebro: 9-18
6) Patas: 125;100-125;100-138
7) Ovario: 9-25
8) Abdomen: 50
Machos:
1)Antena: 75
2) Rostrum: 40-50
3)Cerebro: 25
4) Patas: 100-125
5) Abdomen: 50
Métodos. Todos los reads fueron alineados con el genoma de referencia
AegL2 usando Cufflinks2, Tophat2 and Bowtie2.
AeagL3, STAR 2.4.1c, FeatureCounts, R, Todos los reads de todas las bibliotecas se
DESeq2 ensamblaron de novo sin genoma de
referencia utilizando el software Trinity