MECANICA MOLECULAR

 -METODO ESTANDAR EN QUIMICA TEORICA (MM)

 -FUNDAMENTO Y APLICABILIDAD DIFERENTES A QC

 -CONCEPTOS DE ENLACE, ANGULO, DIEDRO E INTERACCIONES NO ENLAZANTES

 -FUNDAMENTOS ESPECTROSCOPIA VIBRACIONAL

 -FORMULISMO MECANICO-CLASICO

 -EFICIENTE PARA SISTEMAS MOLECULARES EXTENSOS

 -CAMPOS DE FUERZA (FORCE FIELDS)

 APROXIMACION DE BORN-OPPENHEIMER

H  E

   ( el ) ( n u c)
QC  a partir de una configuración nuclear fija se estudia el movimiento
electrónico
MM  se estudia el movimiento de los núcleos y los electrones no se tratan
explícitamente. Se asume que se distribuyen óptimamente alrededor de los núcleos

Superficie Born-Oppenheimer = superficie potencial MM

Ej: confórmeros de n-butano

1a aproximación: mínimo (absoluto) de energía describe la estructura de una

molécula
2a aproximación: una molécula es una mezcla de estructuras en diferentes
mínimos de energía (local) siguiendo una distribución de Boltzmann
3a aproximación: átomos sujetos a vibraciones, estructuras no estáticas
4a aproximación: la agitación térmica permite a las moléculas saltar barreras de
activación y moverse entre mínimos energéticos
Coordenadas cartesianas. Archivo pdb

Benceno
ATOM 1 C01 UNK 0 0.000 0.000 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 2 C02 UNK 0 -0.702 1.216 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 3 C03 UNK 0 -2.107 1.216 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 4 C04 UNK 0 -2.809 0.000 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 5 C05 UNK 0 -2.107 -1.216 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 6 C06 UNK 0 -0.702 -1.216 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 7 H07 UNK 0 1.103 0.000 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 8 H08 UNK 0 -0.150 2.172 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 9 H09 UNK 0 -2.658 2.172 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 10 H10 UNK 0 -3.912 0.000 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 11 H11 UNK 0 -2.658 -2.172 0.000 0.00 0.00 0
ATOM 12 H12 UNK 0 -0.150 -2.172 0.000 0.00 0.00 0
END

Muy utilizada como input de programas de gráficos moleculares. Brinda

muy poca flexibilidad en la edición (modificación ) de coordenadas
Coordenadas internas. Matriz Z

Benceno
0 1
C
H 1 1.082
C 1 1.387 2 120.0
H 3 1.082 1 120.0 2 0.0
C 3 1.387 1 120.0 2 180.0
H 5 1.082 3 120.0 4 0.0
C 5 1.387 3 120.0 6 180.0
H 7 1.082 5 120.0 6 0.0
C 7 1.387 5 120.0 8 180.0
H 9 1.082 7 120.0 8 0.0
C 9 1.387 7 120.0 10 180.0
H 11 1.082 9 120.0 10 0.0

Poco utilizada como input en MM pero brinda mucho mayor flexibilidad en la

definición y modificación de las coordenadas
MM (Química Teórica) vs EXPERIMENTO

-MM basada en datos experimentales

(Reproduce estructuras vibracionales promedio a temperatura ambiente)
 por qué el interés?
-Motivos prácticos:
-imposibilidad o extrema dificultad en realizar el experimento
-necesidad de muestras grandes
Un cálculo de MM lleva generalmente unos minutos ….
…. pero, no es la panacea!
Problema de confiabilidad de MM
El uso indiscriminado del método puede llevar a errores importantes
Causa: una ecuación de potencial determinada se deriva a partir de un conjunto de datos
experimentales - la transferibilidad no es ilimitada aún en las mejores situaciones
Cálculos QC vs MM
-QC:
-Más apropiado para el cálculo de propiedades moleculares
-No requiere (en general) de información experimental
-Aplicabilidad restringida: pequeñas moléculas (up to 200 átomos con SE y DFT)
-Apropiados para estudiar nuevas moléculas (incluyendo TSs)
-Cálculos costosos computacionalmente (tiempo = $$$)

MM:
-A menudo resultados menos confiables que QC (poca exactitud)
-Requiere información experimental (y/o de QC!)
-Mucho mayor aplicabilidad: macromoléculas (miles de átomos)
-Apropiados para estudiar moléculas (estables) de clases ya estudiadas
-Cálculos “baratos” computacionalmente (you save some cash!)
Campos de Fuerza
“MM es el método de cálculo de campos de fuerza”
Formalismo de espectroscopía vibracional
3n coordenadas, xi, Vo
3n 3n
Vpot  Vo   (V / xi ) xi  1 / 2  ( 2 V / xixj ) xixj
i 1 i , j 1
3n
1/ 6  V / xixjxk ) xixjxk  .....
3

i , j , k 1

Como la molécula está en un mínimo energético y dentro de la aproximación

armónica y sustituyendo las derivadas segundas por sus símbolos característicos,
se llega a:
3n
Vpot  1 / 2  fijxixj
i , j 1

campo de fuerza armónico

La ley de Newton provee con la relación entre las constantes de fuerza y las frecuencias
de vibración:

  2 k/m
En espectroscopía vibracional, a partir de las frecuencias del espectro, se
calculan las ctes de fuerza, en MM se sigue el procedimiento inverso.
Problema: hay muchas más ctes. de fuerza que frecuencias para una molécula
dada
Soluciones
1) Análisis de espectros de moléculas sustituidas isotópicamente, de manera de
obtener más frecuencias sin introducir constantes de fuerza adicionales.
2) Despreciar las ctes. de fuerza off-diagonal de la matriz!
Campos de fuerza espectroscópicos
Campo de fuerza central
-Definido en términos de distancias interatómicas (sin discriminar entre
átomos enlazados o no). Diagonal
-Carente de significado químico
Campo de fuerza de valencia
-Definido en coordenadas internas: enlaces, ángulos y diedros. Diagonal
-Las fuerzas actúan tanto paralela como perpendicularmente a los enlaces entre átomos
restaurando los valores de equilibrio correspondientes:

V  1 / 2 fr , i (ri  roi)  1 / 2 f , k (k ok ) 

2 2

i k

 f , l (l ol )
2
1/ 2
l

El inconveniente de los campos de fuerza diagonales es que sus ctes. de fuerzas

y coordenadas de equilibrio no son TRANSFERIBLES

Solución:
-Recuperar algunas ctes. de fuerza. Se sabe que las ctes. off-diagonal no
despreciables son aquellas que tienen que ver con coordenadas que “terminan” en
un mismo átomo o en átomos contiguos
-Incorporar términos adicionales al campo de fuerza (Urey-Bradley)
Campo de fuerza Urey-Bradley

V  1 / 2 fr , i ( ri  roi)  1 / 2  f , (k ok ) 

2 2
k
i k
3n 3n

 f , l (l ol )  f ´rij   f ´´rij 

2 2
1/ 2 
l i , j 1 i , j 1

 i
f ´´r , i ( ri  r 0 i )   f ´´ ,
k
k (k   0k )

 l
f ´´ , l (l   0 l )

Este campo de fuerza tiene en cuenta interacciones no enlazantes entre átomos

unidos a un átomo en común
Posee un carácter de transferibilidad mucho mayor a los anteriores

En MM, también existen campos de fuerza similares (de tipo valencia y de tipo
Urey-Bradley)
Campo de fuerza tipo de MM

 ki / 2 (li  li , 0)   ki / 2 (i i , 0) 

2 2
V 
enlaces ángulos

 ki / 2 (i )  V / 2(1  cos( n )) 

2
n
impropios torsionale
s
N N
qiqj
  ( 4i ` j[(ij / rij)  (ij / rij ) ] 
12 6
)
i 1 j  i 1 4 orij

términos especiales

MM, en contraste con QC, necesita información suplementaria a la ecuación de

cálculo de potencial:

concepto de “tipos de átomos”

Campo de fuerza tipo de MM. Tipos de átomos
Campo de fuerza tipo de MM. Términos
Términos. “The animated version”
Campo de fuerza tipo de MM. Ejemplo
Bond stretching y angle bending
-El modelo MM concibe a los átomos en las moléculas como pequeñas “bolas” con
determinada masa unidos entre si por “resortes”, los cuales actúan restaurando los
valores “naturales” de distancias y ángulos
-Los términos potenciales correspondientes siguen la tradicional ley de Hooke:
2
V (l )  1 / 2k (l l 0)
La aproximación armónica es generalmente válida aunque en situaciones es deseable
representar efectos inarmónicos que puedan deformar las coordenadas:
Función de Morse (bond stretching)
2
V (l )  De {1 exp[a(l l 0)]}

Inclusión de término cúbico (bond stretching)

V (l )  1 / 2 kl (l l 0)  k´l (l l 0)
2 3

En angle bending, no es tan común utilizar otros tipos funcionales que Hooke
En caso de deformaciones grandes, es posible subsanarlo con interacciones no
enlazantes apropiadas o introduciendo un set de parámetros distintos
Diedros propios (torsión)
-Surgen por la incapacidad de reproducir barreras energéticas en el etano, sólo con
interacciones covalentes y no enlazantes típicas (van der Waals).
Los potenciales de torsión siempre se expresan como funciones trigonométricas del
tipo:
N
V ( )  V
n 0
n / 2[1  cos( n )]

n= multiplicidad
En general, para una coordenada, se usan unos pocos términos de la sucesión.
 V ( )  V 3 / 2[1  cos(3 )] etano
V ( )  V 2 / 2[1  cos( 2 )] eteno

-Para coordenadas involucrando diferentes sustituyentes y específicamente

heteroátomos se utilizan combinaciones de términos con diferentes
multiplicidades.
Ej: V1 y V2 en alcanos, V4 en alquenos

Diedros impropios
-También conocidos como out of plane (fuera del plano). Centros trigonales
-Es el ángulo formado por un enlace del átomo central y uno de los átomos
periféricos y el plano entre el átomo central y los otros dos átomos periféricos
-En principio podrían representarse de la misma forma que los diedros propios
(multiplicidad 2) pero en general se prefiere representarlos aparte
-Se representan con un término tipo Hooke al igual que angle bending y bond
stretching. Esto introduce una fuerza de restauración que impide que el grupo
se mueva fuera del plano. Ej: ciclobutanona, benceno, estructuras aromáticas
en general
Interacciones no enlazantes
-No dependen de relaciones de enlace específicas
-Inter o intra moleculares

Dos tipos básicos:

-electrostáticas
-Van der waals

Electrostáticas
-Expansión de multipolo central (carga, dipolo, cuadrupolo, etc.). Pot. Electrostático:

q  cos  (3 cos2  1)

 (r )  1 / 4 0(  2
 3
 ...)
r r 2r

-El primer término distinto de cero es el que domina el potencial electrostático (y

la interacción)
 Ventaja:
-eficiente, menos cantidad de cálculos
-realista
Desventaja:
-Poca aplicabilidad. Las moléculas deben estar separadas por
distancias mayores a sus dimensiones moleculares
No se puede aplicar a interacciones intramoleculares!

-Cargas puntuales atómicas

NA NB
qiqj
V   i 1 j 1 4 0 rij

Potencial electrostático de Coulomb entre dos moléculas (o partes de una

misma molécula)
Ventaja:
-aplicabilidad general
Desventajas:
-mayor tiempo de cálculo
-necesidad de determinar cargas puntuales

Cálculo de cargas puntuales

1) A partir de los momentos eléctricos y la geometría
2) Reproducción de propiedades termodinámicas (Monte Carlo y Dinámica
Molecular)
3) A partir de QC (análisis de Mulliken, etc.)
4) A partir del potencial electrostático
5) Para moléculas grandes, uso de valores derivados de fragmentos más
pequeños
 van der Waals
-Surgen a partir del estudio de gases raros y la imposibilidad de explicar las
desviaciones del comportamiento de gases ideales sólo con las interacciones
electrostáticas
-Experimentos de scattering y molecular beams
Dos componentes:
-atracción (dispersión de London)
-repulsión
Modelo de Drude (fuerzas de atracción)
Oscilador armónico. Dos dipolos interaccionando
 2
 2
  1 / 2k z 2  E
2m z 2
3 4 
La energía de interacción entre los dipolos es: V (r )  
4(4 0) 2 r 6
Considerando todos los momentos eléctricos:
V (r )  C 6 / r 6  C 8 / r 8  C10 / r10  ...
La componente repulsiva también tiene un origen mecánico cuántico en términos
del principio de exclusión de Pauli:
Fuerzas de intercambio o solapamiento

Modelo de Lennard-Jones

A distancias cortas, la repulsión varía según 1/r pero a mayores distancias decae
exponencialmente según exp(-2r/ao)

V (r )  4 [(
 )
12
(
 6
) ]
r r
potencial 12-6
= diámetro de colisión
= profundidad del pozo
Alternativamente:
rm 12 rm 6
V ( r )   {( )  2( ) }
r r
rm = distancia correspondiente al mínimo de la función
 No existen argumentos teóricos de peso para el exponente 12 en la parte
repulsiva de la interacción.

Ecuación de Buckingham
6 r  rm 6
V (r )   [ e   (  1)  ( ) ]
 6 rm  6 r
-Parámetro adicional 
-Se invierte a distancias muy pequeñas (fusión nuclear!)
Sistemas poliatómicos
-Para sistemas con diferentes tipos de átomos, se van a necesitar calcular interacciones
de van der waals entre diferentes átomos
-Los parámetros para las interacciones “cruzadas” se derivan de las interacciones
“puras” (entre átomos iguales):
-Reglas de Lorentz-Berthelot

AB  1 / 2(AA  BB)

AB  AABB
rmAB  RAA  RBB

RAA = ½ rmAA, RBB = ½ rmBB

Aproximaciones en la evaluación de interacciones de vdw y Coulomb

-Distribución esférica de electrones alrededor del núcleo
-Fuerzas intermoleculares semejantes a fuerzas intramoleculares
-Potencial evaluado de a pares
Términos especiales en el campo de fuerza
Enlaces de H
-Algunos campos de fuerza tratan explícitamente los enlaces de hidrógeno en las
moléculas. Es común el uso de potenciales similares a Lennard-Jones:
A C
V (r )  
r 12 r 10
-Generalmente, los campos de fuerza no tratan explícitamente este tipo de interacción
sino que ya son implícitamente tenidas en cuenta en las interacciones no enlazantes
Concepto de “United or extended atoms”

Polarizabilidad
ind = E   dipolo inducido,  =polarizabilidad, E = campo eléctrico
La energía de interacción entre el dipolo y el campo es:
V(,E) = -1/2(E2)
MM  puede incluir polarización a nivel atómico:
Inducción de dipolos en cada átomo a partir del campo eléctrico en cada átomo
generado por el resto.
Términos cruzados
-Reflejan el acoplamiento entre las coordenadas internas
-Más importantes en campos de fuerza espectroscópicos

Stretching-bending

Vstr / bend  1 / 2 kr ( r  ro )(   0)

Torsion-bending

Vtor / bend  kTB (  o )(   0)

Stretch-torsion

Vstr / tor  kST (l  lo )(1  cos( n ))

Parametrización de CFs
Def.: asignación de valores a todos los parámetros utilizados en el campo de
fuerza: ctes de fuerza, coordenadas de mínima energía, cargas, parámetros de
van de Waals, etc.

Fuentes para parametrización

-Experimentales (estructurales y energéticas)
-Datos de EV (moléculas simples para bond stretching, angle bending y
torsión)
-Scattering y molecular beams para vdw

-Teóricas (cálculos QC ab initio)

-Bond stretching, angle bending y torsión
-Potencial electrostático para cargas

Hoy en día la parametrización basada en datos teóricos es más frecuente

 Datos teóricos versus datos experimentales

-Datos experimentales más confiables (???). Validación de datos teóricos

-Datos teóricos más fáciles de obtener y para mayor cantidad de moléculas

Datos teóricos permiten campos de fuerza de aplicabilidad más general

Métodos de optimización de parámetros:

1) Prueba y error
2) Método de mínimos cuadrados (Lifson,SCFF)
y ( x  x )  y ( x )  Zx  ....

y = vector de diferencias entre los datos calculados y observados

x = vector de parámetros del CF
Z= matriz de derivadas de cada propiedad con respecto a cada parámetro

En MM es clave la transferibilidad de los parámetros

Campos de fuerza de uso común

-MM (“Molecular Mechanics”)

Familia de campos de fuerza: MM2/MM3/MM4
Optimizado para estudiar moléculas orgánicas pequeñas
Uso de términos cúbico y cuártico para representar anarmonicidad
Parametrizados experimentalmente con un conjunto de datos extenso y de
gran calidad

-AMBER (“Assisted Model Building with Energy Refinement”)

Parametrizado para macromoléculas: ácidos nucleicos y proteínas
Parametrizado experimentalmente (fragmentos pequeños)
Buena cantidad de tipos de átomos utilizados
Representación de “extended atoms” e inclusión de términos para enlaces de
H
Campos de fuerza de uso común

-CHARMM (“Chemistry at Harvard Molecular Mechanics”)

Parametrizado tanto para macromoléculas como para moléculas orgánicas
Parametrización basada en datos experimentales
No inclusión de términos explícitos para enlaces de H
Uso de “extended atoms”

-CFF (“Consistent Force Field”)

Aplicado a moléculas orgánicas, péptidos y proteínas
Desarrollados a partir de datos teóricos (fundamentalmente) y experimentales
Inclusión de términos de mayor orden y términos cruzados en el FF
Término con potencia novena en vez de doceava para las interacciones de van
der Waals
Sin representación de “extended atoms”
GROMOS mass atom type codes, masses and names
#
# N ATMAS ATMASN
1 1.008 H
3 13.019 CH1
4 14.027 CH2
5 15.035 CH3
6 16.043 CH4
12 12.011 C
14 14.0067 N
16 15.9994 O
19 18.9984 F
23 22.9898 NA
24 24.305 MG
28 28.08 SI
31 30.9738 P
32 32.06 S
35 35.453 CL
39 39.948 AR
40 40.08 CA
------
------
# GROMOS bond-stretching parameters
#
# ICB(H)[N] CB[N] B0[N]
#
1 1.5700e+07 0.1000
# H - OA
#
2 1.8700e+07 0.1000
# H - N (all)
#
3 1.2300e+07 0.1090
# HC - C

4 1.6600e+07 0.1230
#C -O
#
5 1.3400e+07 0.1250
# C - OM
#
6 1.2000e+07 0.1320
# CR1 - NR (6-ring)
-----
------
GROMOS bond-angle bending parameters
#
# ICT(H)[N] CT[N] (T0[N])
#
1 420.00 90.00
# NR(heme) - FE - NR(heme)
#
2 405.00 96.00
# H - S - CH2
#
3 475.00 100.00
# CH2 - S - CH3
#
4 420.00 103.00
# OA - P - OA
#
5 490.00 104.00
# CH2 - S - S
#
6 465.00 108.00
# NR, C, CR1(5-ring)
-----
-----
GROMOS improper (harmonic) dihedral angle parameters
#
# ICQ(H)[N] CQ[N] (Q0[N])
#
1 0.0510 0.0
# planar groups
#
2 0.102 35.26439
# tetrahedral centres
#
3 0.204 0.0
# heme iron
#
END

GROMOS (trigonometric) dihedral torsional angle parameters

#
# ICP(H)[N] CP[N] PD[N] NP[N]
#
1 5.86 -1.0 2
# -C-C-
#
2 7.11 -1.0 2
# -C-OA- (at ring)
#
3 16.7 -1.0 2
# -C-OA- (carboxyl)
#
4 33.5 -1.0 2
# -C-N, NT, NE, NZ,NR
#
5 41.8 -1.0 2
# -C-CR1- (6-ring)
#
6 0.0 +1.0 2
# -CH1 (sugar)-NR(base)
#
7 0.418 +1.0 2
# O-CH1-CHn-no O
#
8 2.09 +1.0 2
# O-CH1-CHn-O
#
------
------
 GROMOS 43A1 normal van der Waals parameters
GROMOS 43A1 third neighbour van der Waals parameters
Selection of van der Waals (repulsive) parameters
#
#number of atom types
# NRATT
43
#
# IAC TYPE SQRT(C6) SQRT(C12(1)) SQRT(C12(2)) SQRT(C12(3))
1 O 0.04756 0.8611E-3 1.125E-3 0.0
#CS6 CS12 parameters LJ14PAIR
0.04756 0.8611E-3
1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1
1 1 1
#---
2 OM 0.04756 0.8611E-3 1.841E-3 3.068E-3
#CS6 CS12 parameters LJ14PAIR
0.04756 0.8611E-3
1 1 2 2 2 2 3 2 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
3 3 3 3 3 3 3 1 1 1 1 1 2 3 1 1 1 1 1 1
1 1 1
------
Criterios de elección de FF

-Objetivo de uso (para que se lo usará)

-Definición (en base a qué se obtuvo)
-Especialización
-Calidad (resultados previos)
-Exactitud
-Extensión (definición de átomos)
-Distribución y mantenimiento
-Facilidad (parametrización)
-Performance