Problema 1

Un investigador está interesado en conocer la biodiversidad de una de las pozas de Cuatro Ciénegas,
Coahuila, por lo cual realizó el aislamiento de diversos microorganismos a partir de muestras de agua y
suelo de esta poza. Para conocer el género y especie de los microorganismos aislados, el investigador
realizó la secuenciación del ADN ribosomal de los aislados empleando los oligonucleótidos universales T3
y T7 y el método de secuenciación de Sanger. Como resultado de la secuenciación, se obtuvieron dos
electroferogramas por cada muestra enviada, uno de la cadena molde o secuencia “forward”
(complementaria al “primer forward”) y otro de la cadena codificante o secuencia “reverse” (complementaria
al “primer reverse”). Empleando las secuencias obtenidas en los electroferogramas para tres de estas
muestras, los cuales se encuentran en Nexus (Herramientas, documento, carpeta: Etapa1- contenido), los
programas de bioinformática vistos en clase y las instrucciones abajo descritas, lleva a cabo lo que a
continuación se le pide:
1. Crear un archivo en formato Fasta que contenga las dos secuencias de los electroferogramas obtenidos por
secuenciación del ADN ribosomal de cada una de las tres muestras.

Opción a) Utilizando BioEdit, desde la ventana del electroferograma: Para cada muestra, abrir uno de los archivos
ab1 con el programa BioEdit, seleccionar la secuencia en la ventana del electroferograma excluyendo las regiones
de los extremos que presentan picos poco definidos, copiar la secuencia seleccionada utilizando el comando “Edit,
Copy Selection”, pegar en un block de notas y agregar un identificador apropiado en la línea anterior.
Posteriormente, abrir el otro archivo ab1 correspondiente a dicha muestra, determinar la secuencia reversa
complementaria empleando la instrucción “view, Reverse Complement”, y copiar la secuencia a un block de notas
de forma similar al archivo anterior, no olvidando excluir las regiones de los extremos que presentan picos poco
definidos ni olvidando agregar un identificador adecuado. Hacer este procedimiento para todas las muestras en un
solo block de notas.
Utilizando BioEdit, desde la ventana del electroferograma: Para cada muestra, abrir uno de los archivos ab1 con el
programa BioEdit
Seleccionar la secuencia en la ventana del electroferograma excluyendo las regiones de los extremos que presentan picos
poco definidos, copiar la secuencia seleccionada utilizando el comando “Edit, Copy Selection”
Posteriormente, abrir el otro archivo ab1 correspondiente a dicha muestra
Determinar la secuencia reversa complementaria empleando la instrucción “view, Reverse Complement”, y copiar la
secuencia a un block de notas de forma similar al archivo anterior, no olvidando excluir las regiones de los extremos que
presentan picos poco definidos ni olvidando agregar un identificador adecuado
Hacer este procedimiento para todas las muestras en un solo block de notas.
Independientemente de la opción elegida, la evidencia deberá de ser una captura de pantalla del block de
notas, el cual debe contener las seis secuencias en formato Fasta, cada una con su identificador que indique
claramente la muestra y el primer al que corresponde cada secuencia (20 pts.).

Este block de notas lo guardas y

es que usaras en el otro paso
2. Realizar el alineamiento de las secuencias “forward” y “reverse” complementaria de cada una de las tres muestras.

Opción a) Empleando BioEdit: Abrir en BioEdit el archivo de texto que contiene las seis secuencias en formato Fasta,
seleccionar las secuencias a alinear (las dos secuencias de una misma muestra) y realizar el alineamiento entre las dos
secuencias empleando la instrucción “Accessory Application, CAP contig assembly program”. En total se realizarán tres
alineamientos distintos. La evidencia eligiendo esta opción será una captura de pantalla de cada uno de los tres
alineamientos en BioEdit (20 pts.). Procurar que en las capturas de pantalla se observen las regiones donde las dos
secuencias alinean correctamente.
Abrir en BioEdit el archivo de texto que contiene las seis secuencias en formato Fasta
Seleccionar las secuencias a alinear (las dos secuencias de una misma muestra) y realizar el alineamiento entre las dos
secuencias empleando la instrucción “Accessory Application, CAP contig assembly program”.

ALINEAMINETO 1
En total se realizarán tres alineamientos distintos. La evidencia eligiendo esta opción será una captura de pantalla de
cada uno de los tres alineamientos en BioEdit (20 pts.)

ALINEAMINETO 2
ALINEAMINETO 3
3. Calcular la secuencia consenso de cada una de las tres muestras a partir del alineamiento y exportarlas a un solo
block de notas en formato Fasta.t

Opción a) Utilizando BioEdit: Es la opción a utilizar si se siguió el punto 2 con BioEdit. Dentro del archivo generado de cada
alineamiento en el punto 2, aparece una nueva secuencia que dice “Contig”, la cual contiene la secuencia consenso.
Seleccionar la secuencia y copiarla a un block de notas en formato Fasta utilizando el comando “Edit, Copy sequences to
clipboard (Fasta Format)”. Modificar el identificador para especificar a qué muestra corresponde la secuencia consenso.
Repetir este proceso para las tres muestras distintas.
Dentro del archivo generado de cada alineamiento en el punto 2, aparece una nueva secuencia que dice “Contig”, la
cual contiene la secuencia consenso. Seleccionar la secuencia y copiarla a un block de notas en formato Fasta
utilizando el comando “Edit, Copy sequences to clipboard (Fasta Format)”.

Modificar el identificador para especificar

a qué muestra corresponde la secuencia
consenso. Repetir este proceso para las
tres muestras distintas.

Independientemente de la opción elegida, la evidencia deberá de ser una

captura de pantalla del block de notas con las tres secuencias consenso,
cada una con su identificador aclarando a qué muestra se refiere (20 pts.).
4. Comparar las secuencias consenso con las secuencias de la base de datos empleando la herramienta Blast más
conveniente para determinar el género y la especie de los microorganismos aislados. La evidencia deberá de ser una
captura de pantalla de cada uno de los tres reportes de Blast y la determinación del género y especie de cada muestra
justificando la decisión tomada para cada caso (40 pts.). En caso de no ser posible la determinación, justificar por qué y
enlistar los géneros y especies candidatos. Considerar el lugar del aislamiento y las características reportadas para los
organismos probables en la decisión y en la justificación.
Comparar las secuencias consenso con las secuencias de la base de datos empleando la herramienta Blast más
conveniente para determinar el género y la especie de los microorganismos aislados
La evidencia deberá de ser una captura de pantalla de cada uno de los tres reportes de Blast y la determinación del
género y especie de cada muestra justificando la decisión tomada para cada caso (40 pts.).

MUESTRA 1
KP860542.1
MUESTRA 2
MH591772.1
MUESTRA 3
NR_152694.1