Structura Acizilor Nucleici

Importanţa biomedicală a acizilor

nucleici: baza chimică a eredităţii
• Un călugăr din secolul XIX pe nume Gregor
Mendel a introdus pentru prima oară noţiunea de
genă: unitate de bază responsabilă pentru
deţinerea şi transmiterea a unei caracteristici
unice.

• Iniţial s-a crezut că proteinele cară informaţia

genetică, pînă la mijlocul secolului XX, cînd s-a
descoperit că ADN-ul este baza eredităţii, datorită
faptului că este capabil de auto-replicare.
 Acizii nucleici sunt
ADN-ul şi ARN-ul
ADN ARN
• Sediul principal al • Diferitele tipuri de
localizării ADN-ului ARN sunt localizate în
este nucleul celulelor. nucleu, citoplasmă,
• Sedii secundare sunt: mitocondrii, ribozomi.
mitocondriile şi
cloroplastele (în celula
vegetală).
Dogma Centrală a geneticii moleculare

Propusă de către Francis Crick în

1958 pentru a descrie fluxul
DNA Acid dezoxiribonucleic informaţiei genetice în celulă.

Informaţia depozitată în ADN este

transferată ARN-ului, care mai
departe o transferă proteinelor.

Dogma Centrală propusă de Crick a

RNA Acid ribonucleic
suferit numeroase revizii în ultimii 47
de ani.

Protein
 Dogma Centrală a Geneticii
• ADN ARN proteine

Transcriere Traducere
• transcrierea = transferul informaţiei genetice de la
ADN la ARN (sinteză de ARN pe matriţă de ADN)
• traducerea = transferul informaţiei genetice de la
ARN la proteinele functionale, a căror secvenţă de
aminoacizi este codificată în structura ADN-ului.
• replicarea = transferul informaţiei genetice de la
celula mamă la celulele-fiice prin copierea ADN-
ului parental cu formarea a două molecule de ADN
cu structură identică ADN-ului parental
Dogma Centrală Revizuită
• Recombinarea=
reaaranjarea materialului
genetic
Recombination

Mutation/Repair • Mutaţii/Reparare =
lezarea ADN cu alterarea
informaţiei genetice/
corectarea leziunilor ADN

• Revers- transcrierea =
transferul informaţiei
genetice de la ARN la
ADN
 Ce sunt acizii nucleici
(ADN and ARN)?
• Acizii nucleici sunt polinucleotide (produşi de policondensarea
aunor unităţi denumite nucleotide).

• Nucleotidele reprezintă unitatea monomerică a acizilor nucleici şi

sunt compuse din:
- o bază azotată heterociclică:
- purine: adenină (A) şi guanină (G)
- pirimidine: citozină (C) şi timină (T) pentru ADN
citozină (C) şi uracil (U) pentru ARN
- o pentoză:
- dezoxiriboza (este prezentă în ADN)
- riboza (este prezentă în ARN)
- fosfat
STRUCTURA BAZELOR
AZOTATE
 Pirimidinele
Citozina Timina Uracil
NH2 O
O
4
5 3 H3C
N NH
NH
2
6
NH O NH O
1 NH O

• Atomii heterociclului pirimidinic sunt numerotaţi de la 1 la

6 (astfel încat atomii de N din ciclu să primească indicele
minim).
Bazele azotate prezintă fenomenul
de tautomerie
NH
NH2 NH2

C C
N N NH

NH O forma amino forma imino

Citozina

C C
HN O N OH

forma lactam forma lactim

 Bazele azotate prezintă fenonemul
de tautomerie
• Formele mai stabile:
– Forma lactam este mai stabilă decît forma
lactim
– Forma amino este mai stabilă decît forma
imino

• În acizii nucleici există formele lactam şi

amino
 Purine

Adenina Guanina
NH2 O
6
7 N
1
N
4
N HN

2 8
N 5 H2N N NH
NH
3 9

• Atomii heterociclului purinic sunt numerotaţi de la 1

la 9 (astfel încat atomii de N din ciclu să primească
indicele minim).
STRUCTURA PENTOZELOR
DIN ACIZII NUCLEICI
 Pentoze
Riboza Dezoxiriboza
5’
HO CH2 OH HO CH2 OH
O O
4’ 1’
3’ 2’
OH OH lipseşte
OH
2’-OH

• Atomii de carbon ai pentozelor sunt numerotaţi de la

1’ la 5’.
• Pentoza din ADN este dezoxiriboza, căruia îi lipseşte
gruparea hidroxil 2’-OH.
• Pentoza din ARN este riboza.
 STRUCTURA
NUCLEOZIDELOR
Structura nucleozidelor:
bază + pentoză
• Nucleozidele sunt
derivaţi ai bazelor
azotate care au o
pentoză legată de un
atom de azot din
Legătură heterociclu:
β-N-glicozidică
N9 pentru purine
N1 for pirimidine
printr-o legătură β-N-
glicozidică.
 STRUCTURA
NUCLEOTIDELOR
 Structura nucleotidelor
• Nucleotidele sunt compose din nucleozide (basă + pentoză) şi 1, 2, sau 3
grupări fosfat (se formează o legătură esterică între fosfat şi 5’-OH).
• Mononucleotide (nucleozid-monofosfat)= nucleozid + 1 fosfat
• Nucleozid-difosfat = nucleozid + 2 fosfat
• Nucleozid-trifosfat = nucleozid + 3 fosfat
 Întrebare
• Următoarele afirmaţii sunt corecte:
1. Nucleozidele sunt formate dintr-o pentoză, o
bază şi o grupare fosfat.
2. Forma lactam este mai stabilă decît forma
lactim şi există în citozină şi uracil.
3. Gruparea fosfat din nucleozidmonofosfaţi se
leagă printr-o legătură esterică de carbonul 5.
4. Timina diferă de uracil printr-o singură grupare
metil.
 Terminologie Ribonucleozide/Ribonucleotide
(cînd pentoza = riboză)

Baza Nucleozidul Nucleotidul

Adenina Adenozina (A) Adenozin monofosfat
(A) (AMP) sau adenilat

Adenozin difosfat
(ADP)

Adenozin trifosfat
(ATP)
 Terminologie Ribonucleozide/Ribonucleotide
(cînd pentoza = riboză)
Baza Nucleozidul Nucleotidul
Adenina (A) Adenozina (A) Adenozin monofosfat (AMP)
Adenozin difosfat (ADP)
Adenozin trifosfat (ATP)
Guanina (G) Guanozina (G) Guanozin monofosfat (GMP)
Guanozin difosfat (GDP)
Guanozin trifosfat (GTP)
Citozina (C) Citidina (C) Citidin monofosfat (CMP)
Citidin difosfat (CDP)
Citidin trifosfat (CTP)
Uracil (U) Uridina (U) Uridin monofosfat (UMP)
Uridin difosfat (UDP)
Uridin trifosfat (UTP)
Timina (T) Timidina (T) Timidin monofosfat (TMP)
Timidin difosfat (TDP)
Timidin trifosfat (TTP)
 Terminologie comparativă
• Ribonucleotide Dezoxiribonucleotide
Adenozin monofosfat Dezoxiadenozin monofosfat
(AMP) sau adenilat (dAMP) sau dezoxiadenilat

Adenozin difosfat Dezoxiadenozin difosfat

(ADP) (dADP)

Adenozin trifosfat Dezoxiadenozin trifosfat

(dATP)
Terminologie Dezoxiribo-nucleozide/nucleotide
(cînd pentoza = dezoxiriboză)
Baza Nucleozidul Nucleotidul
Adenina (A) Dezoxiadenozina (A) Dezoxiadenozin monofosfat (dAMP)
Dezoxiadenozin difosfat (dADP)
Dezoxiadenozin trifosfat (dATP)
Guanina (G) Dezoxiguanozina (G) Dezoxiguanozin monofosfat (dGMP)
Dezoxiguanozin difosfat (dGDP)
Dezoxiguanozin trifosfat (dGTP)
Citozina (C) Dezoxicitidina (C) Dezoxicitidin monofosfat (dCMP)
Dezoxicitidin difosfat (dCDP)
Dezoxicitidin trifosfat (dCTP)
Uracil (U) Dezoxiuridina (U) Dezoxiuridin monofosfat (dUMP)
Dezoxiuridin difosfat (dUDP)
Dezoxiuridin trifosfat (dUTP)
Timina (T) Dezoxitimidina (T) Dezoxitimidin monofosfat (dTMP)
Dezoxitimidin difosfat (dTDP)
Dezoxitimidin trifosfat (dTTP)
 Funcţiile fiziologice ale nucleotidelor

• “Cărămizi” pentru sinteza acizilor nucleici

• Compuşi macroergici care furnizează energia
necesară diferitelor procese biologice (ex. ATP,
GTP)
• Reglatori alosterici ai diferitelor enzime (ex.ADP
e activator alosteric al ICDH din ciclul Krebs)
• Donori de grupe metil (ex.S-adenozilmetionina)
• Mesageri intracelulari ai hormonilor hidrofili
(ex. AMPc, GMCc)
 Nucleotide naturale libere: AMPc

A d e n in e
• 3’,5’adenozin
NH2
N
monofosfatul ciclic
N
(AMPc) este mesager
N N
secund imlicat în
O CH2
O transmiterea mesajului
R ib o s e
hormonal din mediul
O P O OH extracelular în
O
interiorul celulei.
AMPc
 STRUCTURA ADN

1. structura primară
2. structura secundară
3. structura terţiară
 James Watson
Francis Crick
1962 Nobel Prize

http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/300/5617/255
http://www.lecb.ncifcrf.gov/~toms/icons/Watson.Crick.Nature.jpg
STRUCTURA PRIMARĂ A
ADN-ULUI
 O
G u a n in e Lanţul polinucleotidic al ADN
HN N
(structura primară/covalentă)
H2N N N • ADN este un
polidezoxiribonucleotid în care
5' end HO CH2
O NH2 gruparea 3’OH a unui
1’ C y to s in e dezoxiriobonucleotid este legată la
N gruparea 5’OH a dezoxiriobonu-
O
cleotidului vecin printr-o legătură
3’linkage N O fosfat diesterică.
O P O CH2
O
O • Lanţul polinucleotidic este
polar:prezintă două capete
5’linkage distincte.
O

O P O • Capătul 3’este cel cu gruparea 3’-

O O OH liberă.
T h y m in e
H3C • Capătul 5’este cel cu gruparea 5’-
NH OH liberă sau fosforilată.

NH O
• Lanţul polinucleotidic al ADN
O P O CH2
O este încărcat negativ la pH-ul
O fiziologic.

OH
3' end
 O
Reprezentare simplificată a lanţului ADN
G u a n in e
HN N

H2N N N
OH
5' end HO CH2
Pentoza: linie orizontală
O NH2
C y to s in e 5’ 3’ G
N
Baza: litera corespondentă
O
N O Leg. fosfodiesterică: P
O P O CH2
O
O linie oblică şi P la mijloc 5’ 3’ C
O
P
O P O
O
O
T h y m in e
H3C
NH

NH O P
O P O CH2

O
O 5’ 3’ T
OH
3' end
OH
 Reprezentarea simplificată a catenei de ADN
O
G u a n in e
HN N

H2N N N Prin convenţie o catenă de

5' end HO CH2
O NH2
ADN se scrie în direcţia
C y to s in e
N
5’- 3’.
O
N O

O P O CH2
O
O
ex. GCT înseamnă 5’GCT 3’
O

O P O
O
O
T h y m in e
H3C
NH

NH O

O P O CH2
O
O

OH
3' end
 Întrebare :

• Identificaţi care este

capătul 3’al acestui
oligonucleotid?
• Scrieţi reprezentarea
simplificată a acestui
oligonucleotid.
STRUCTURA SECUNDARĂ
A ADN
 Dublu helixul ADN
• Watson şi Crick au decoperit că structura
secundară a ADN este un dublu helix –formată
din două catene de ADN asociate prin
împerecherea bazelor
• Inelele glucidice legate prin resturi fosfat
constituie scheletul extern al dublu helixului, în
timp ce bazele azotate hidrofobe sunt orientate
spre interior şi perpendicular pe axa helixului.
• ADN-ul uman conţine aproximativ 3,5 x 109
“perechi de baze”.
 Dublul helix al ADN
( structura secundară)

1. Stabilitatea ADNdc este

asigurată de:
- interacţiunile hidrofobe dintre
bazele azotate suprapuse
(stivuite) de pe aceeaşi catenă
- legăturile de hidrogen ce se
stabilesc între bazele azotate de
pe o catenă şi cele
complementare de pe cealaltă
catenă.

1. Cele două catene de ADN sunt

antiparalele.
 ADN dublu helix
(structura secundara)

3. G-C are 3 legături de H.

A-T are 2 legături de H.

4. Cele două catene sunt

complementare (G is
complementară C, A is
complementare T).

5. Nr. A = Nr. T
Nr. G = Nr. C
 Întrebare

1. Scrieţi catena ADN complamentară cu următoarea

catenă: ATTTTAAGCTAAGGCCCTTT

2. Calculaţi numărul de legătuiri de H existent între

cele două catene de ADN complementare.

3. Specificaţi ce bază există la capătul 3’al fiecărei

catene.
 Dublu helix ADN
(structura secundară)

6. Există mai multe confomaţii ale

ADN;
- Conformaţia B: descrisă de
Watson şi Crick are orientare
dreaptă, pasul dublu helixului
este 34 Å (3,4nm), diametrul de
2nm, iar nr. perechi baze per tur
este 10; cea mai răspîndită.

- Conformaţia A: dublu helix de

dreapta dar mai compact, pasul
elicei este de 2,8nm, nr. perechi
baze per tur este 11.

- Conformaţia Z: dublu helix de

stinga, pasul elicei 4,56nm şi nr.
perechi baze per tur este 12.
 Întrebare
• ADN
1. Este compus din nucleotide legate prin
legături 4’,5’-fosfat diesterice
2. Are structură de polianion la pH fiziologic
3. Conţine nr. egal de resturi de A şi G
4. Conformaţia A este un dublu helix de dreapta.
STRUCTURA TERTIARĂ A
ADN:
polinucleozomul
 De la ADN la cromozomi
• In eucariote ADN-ul este stocat în nucleu.
Deoarece nu este suficient sapţiu iar molecula
ADN-ului este extrem de mare (lungimea ADN de
la o singură celulaă umană e 2m!!!), ADN-ul
trebuie compactat.

• Există cinci nivele de compactare a ADN care

conduce la o scădere de 10.000 de ori lungimii
ADN.
 Nivelele de compactare
a ADN în nucleu
-Primul nivel-
• Dublul helix de ADN se
r înfăşoară în jurul unui octamer
proteic format din histone-
fiecare unitate de ADN
spiralată de 1,75 ori în jurul
unui compelx histonic se
numeşte nucleozom.

• Histonele sunt proteine bazice

cu masă moleculară mică (max.
20.000), bogate în aa bazici
(Arg pt.H2A, H2B şi, Lys pt
H3, H4).
 Nivelele de compactare
a ADN în nucleu
-Primul nivel-
• În jurul octamerului histonic
(H2A H2B H3 H4)x2 este spiralat ADN-ul
r nucleozomic fomat din 140 perechi de baze.

• Nucleozomii sunt legaţi între ei prin ADN

intrenucleozomic sau ADN linker format
din 30 perechi de baze).Histona H1
itercaţionează cu ADN linker, avînd rol în
superspiralizarea nucleozomilor.

• Polinulceozomul seamănă cu nişte “mărgele

pe aţă” (=fibrile de cromatină de 10nm ).
Mărgele de ametist
r

Aparenţa de
“mărgele pe aţă ” a
ADN
Nivelele de compactare
a ADN în nucleu
-al doilea nivel-
• Polinucleozomul se
superspiralează pentru a
forma structura de solenoid.

• Solenoidul conţine 6-7

nucleozomi per tur.Pasul e de
10nm, diametrul de 30 nm.

• Solenoidul formează fibrele

de cromatină de 30 nm.
 Nivelele de compactare
a ADN în nucleu
-nivelele 3,4 şi 5-

r
- Fibrele de cromatină se compactează
şi mai mult form domenii în formă de
buclă.

- Aceste domenii în buclă sunt

superspiralizate şi organizate în
structuri distincte numite cromozomi.

- ADN -ul uman nuclear ( genomul)

constă în 23 perechi de cromozomi.
 Diferenţa dintre celulele diploide şi
celulele haploide

• Majoritatea celulelor eucariote conţin

perechi de cromozomi şi sunt astfel
denumite diploide.

• Celulele care conţin cromozomi nepereche

sunt denumite haploide.
Cromozomii genomului uman