Sunteți pe pagina 1din 61

CHIMIA și PATOCHIMIA

PROTEINELOR

 Non pudor est nescire; pudor est nil


discere velle !
 Nu este rușine să nu știi, o rușine
este să nu vrei să înveți nimic!
PROTEINELE:
SUBSTANŢE MACROMOLECULARE, de
natură polipeptidică, cu marcată varietate
structurală și cu specifitate de specie și de
organ.
PROTEINELE servesc drept instrumente,
prin intermediul cărora informaţia genetică
este transpusă în viaţă.
FUNCŢIILE BIOLOGICE
ALE PROTEINELOR:
 Proteinele reprezintă instrumentul molecular al
expresiei informației genetice conținute în
ADN-ul din nucleul celulei.
 Proteinele sunt componente structurale și
funcționale intim legate de procesele vieții,
procese ce nu pot fi concepute în lipsa
substanțelor proteice.
 Rolul plastic este jucat de proteinele
structurale - constituenti principali ai
membranei celulare, citoplasmei, organitelor
subcelulare si fluidelor tuturor organismelor
vii.
FUNCŢIILE BIOLOGICE ALE PROTEINELOR

 Rolul energetic - în urma degradării


proteinelor se eliberează o mare cantitate
de energie ce se înmagazinează în
legăturile macroergice ale moleculelor de
ATP, utilizate în diferite procese vitale.
 Rolul catalitic este îndeplinit de către
enzime care sunt substante proteice
(amilaza, lipaza, ALT, AST, etc.).
 Rolul de apărare este îndeplinit de
proteinele specifice din clasa
imunoglobulinelor (anticorpi).
FUNCŢIILE BIOLOGICE ALE PROTEINELOR:

 Rolul de reglare este realizat de o serie de


hormoni cu structură polipeptidică (hormonii
reglatori ai hipotalamusului, hipofizei,
pancreasului, hormonii paratiroidieni, etc.).
 Rolul de transport - proteinele participă atât la
transportul activ prin membranele biologice,
cât si la transportul specific al unor metaboliți
sau elemente absolut necesare vieții (Hb -
transportul O2 de la plamâni la nivelul tuturor
organelor si țesuturilor).
 Rol în contractia musculară, realizat de către
proteine specifice - actina și miozina - ce
formează complexul acto-miozinic.
Structura proteinelor
Nivele de organizare structurală
Există 4 nivele de organizare structurală:
1.Primară,
2.Secundară,
3.Terțiară,
4.Cuaternară,

Proteinele formate dintr-un singur lanţ


polipeptidic posedă doar 3 nivele de organizare
structurală.
1.Structura primară
- succesiunea aminoacizilor
într-o catenă polipeptidică

1. 1.Succesiunea aminoacizilor este


determinată genetic.
2. 2.Aminoacizii sunt uniţi prin legături
peptidice.
Fragment al structurii primare
2.Structura secundară
 Este forma, conformaţia pe care o ocupă
catena polipeptidică în spaţiu - proprietăţi
induse de legăturile de hidrogen.
 Tipurile principale de structură
secundară:
- alpha helixul sau alfa-spirala;
- lanţurile beta (beta-structura).
Structura secundară
- alfa-Helix

 Structură helicoidală, sensul de răsucire către dreapta,


 Stabilizată prin legăturile de hidrogen formate între gruparea
C=O a aminoacidului n şi gruparea HN a aminoacidului din
poziţia n+4 => structură cilindrică al cărui perete este format
din legături de hidrogen;
 •Are 3,6 aminoacizi per spiră;
 •Distanţa de înaintare/spiră= pasul spirei= 5,4 Å;
Structura secundară- alfa-Helix
 Radicalii proemină în
exteriorul helixului
 Unghiul de răsucire /
aminoacid= 100 o
 Diametrul cilindrului = 5Å
Foaie pliată beta

 Este alcatuită din fragmente învecinate spaţial, ale aceluiasi


lanţ polipeptidic sau ale diferitelor lanţuri, cu aşezare paralelă
sau antiparalelă;
 Este stabilizată prin legături de hidrogen formate între
grupările CO şi NH aparţinând legăturilor peptidice din
fragmentele învecinate;
 Legăturile de hidrogen sunt mai puternice în cazul asocierii
antiparalele => o structură mai stabilă!
3.Structura terţiară - aranjarea în
spaţiul tridimensional al catenei
polipeptidice

 Formele structurii terţiare:


 - Globulară (mioglobina, hemoglobina,
albumina, etc.)
 - Fibrilară (colagenul, elastina, fibrina,
keratina, etc.)
Structura terţiară
 Structura tridimensională a întregului
lanţ polipeptidic
 Conformaţia nativă, cu rol biologic
Interacţiuni chimice care
stabilizează structura terţiară
4.Structura cuaternară –

 Aranjarea, împachetarea spaţială într-o


moleculă unică a mai multor catene
polipeptidice (subunităţi, fiecare cu
structura sa primară, secundară si
terţiară) cu formarea conformaţiei native
ale proteinei oligomere.

 Este nivelul de organizare cel mai înalt al


proteinelor.
Structura cuaternară a proteinelor
pe modelul hemoglobinei (Hb)
Structura proteinelor
Nivele de organizare structurală
Nivele
de organizare structurală ale proteinelor
Structura domenică
sau suprastructura secundară

 Structura domenică este un fragment din


lanţul polipeptidic împachetat într-o
unitate funcţională cu organizare
secundară proprie.
 Este o unitate fundamentală a evoluţiei şi
diversificării proteinelor
Structura domenică
sau suprastructura secundară

 Este format din mai multe structuri secundare sau


structuri supra-secundare de tipul “all α”, “all β”, α/β,
α + β.
 Este codificat de un exon.
 Proteinele mici au un singur domeniu.
 Proteinele mari au mai multe domenii (fiecare având o
anumită funcţie) legate prin regiuni cu structură
neordonată.
Împachetarea proteinelor-
Caracteristici

 Împachetarea proteinelor este un proces dinamic.


 Proteinele se împachetează în etape, urmărind un
anume“scenariu”.
 Primele se constituie structurile secundare, apoi se
formează domeniile şi la sfârşit structura terţiară.
 Din numeroasele structuri tridimensionale posibile, adoptate
pe parcursul împachetării, conformaţia finală va fi cea mai
stabilă d.p.d.v. energetic.
Proteine care “asistă” împachetarea
proteinelor
Proteinele ​care asistă împachetarea (folding-ul) sau defolding-ul și asamblarea
sau dezasamblarea proteinelor se numesc chaperone moleculare. Principala
lor funcție este de a preveni agregarea lanțurilor polipeptidelor nou sintetizate și
a subunităților asamblate greșit. Multe chaperone sunt proteine ​de șoc termic,
adică proteine ​exprimate ca răspuns la temperaturi ridicate sau alte stresuri
celulare – stres osmotic, stres oxidativ, hipoxie, deprivare de nutrienți, depleție
de calciu, pH scăzut, hiperproliferare, infecție virală etc.
Proteine care “asistă”
împachetarea proteinelor
 În reticulul endoplasmatic (ER) există chaperone
moleculare generale, lectinice și non-clasice care
asistă împachetarea proteinelor.
1. Chaperone generale: Glucose-regulated protein 170 (GRP170),
GRP78 / BiP, GRP94.
2. Lectin chaperone: calnexin și calreticulină - proteine chaperone
ER care asigură plierea și controlul adecvat al glicoproteinelor
recent sintetizate.
3. Chaperonele moleculare non-clasice: HSP47 și ERp29.
4. Chaperone pliabile:
 Proteina disulfid izomeraza (PDI);
 Peptidil prolil cis-trans-izomeraza (PPI);
 ERp57 chaperoninele
Proteine care “asistă”
împachetarea proteinelor
1. Proteinele de şoc termic (HSPs) sunt
chaperone moleculare importante care
reglează plierea proteinei. Familia HSP
include proteine cu masă moleculară
diferită: HSP90, HSP70, HSP60, HSP40 și
mici HSP (<34 kD).
HSP 70 se asociază de fragmentele
hidrofobe ale lanţului polipeptidic (în curs de
sinteză) prevenind asocierea lor.
Chaperoninele “asistă” împachetarea
corectă a lanţului polipeptidic.

2.Enzime:
– Peptidil-prolil cis-trans izomeraza(PPI);
– Protein disulfid-izomeraza (PDI);
3. Proteine“chaperone” ( Ex. HSP 40,
70, 90), etc.
Rolul proteinelor “Chaperone”
 Proteinele chaperone
sunt implicate în:
1. împachetarea corectă
a proteinelor;
2. oligomerizarea
proteinelor;
3. “repararea”
proteinelor alterate;
4. translocarea
proteinelor în diferite
compartimente
celulare.
Proteostaza - controlul de
calitate al proteinelor
Controlul de calitate al proteinelor -
PROTEOSTAZA, este constituit din reglarea
sintezei proteice, plierea (folding-ul),
deplierea (misfolding-ul) și degradarea.
PROTEOSTAZA este mediată de sistemele
de chaperone și proteaze.
PROTEOSTAZA joacă un rol esențial în
viața celulelor, anume ea este responsabilă
de asamblarea corectă a proteinelor și
funcționalitatea lor la locul și timpul potrivit.
PROTEOSTAZA este esențială pentru
atenuarea efectelor dăunătoare ale tulburării
asamblării proteinelor și agregării lor, care,
prin mecanisme neelucidate încă, pot
determina moartea celulelor în bolile
neurodegenerative și alte boli cauzate de
asamblarea incorectă a proteinelor/
Proteostaza - controlul de
calitate al proteinelor
 Menținerea homeostazei
proteice sau a proteostazei
implică asamblarea și
degradarea proteinelor
deteriorate.
 Se crede că deprecierea
legată de vârstă a controlului
calității proteinelor (PQC)
afectează rețelele generale de
PROTEOSTAZĂ, provocând
agregarea sporită a proteinelor
greșite care pot fi toxice pentru
celule și scurtează durata de
viață a organismului.
Interacțiunea dîntre stresul oxidativ și
sistemul de proteostază.
 Cantitatea redusă de ROS induce
aparatul celular adaptiv, cum ar fi
răspunsurile șocului termic, răspunsul
proteinei asamblate eronat- unfolded
protein response (UPR) și autofagia
(săgeți verzi).
 Expunerea cronică la ROS conduce la
acumularea de proteine oxidate,
precum și la componentele specifice
ale controlului calității proteinelor
(PQC) care dăunează (săgeata de
inhibare roșie), ceea ce exacerbează
acumularea de proteine
dezasamblate / asamblate eronat.
Boli determinate de împachetarea
incorectă a proteinelor
 Bolile neuro-degenerative ale SNC:
1. Boala Creutzfeldt-Jakob (encefalopatia
spongiformă).
2. Boala Alzheimer.
3. Boala Huntington.
4. Boala Parkinson.
Amiloidoze
 Boli neurodegenerative cauzate de acumularea
agregatelor proteice (amiloide) formate din
proteine împachetate greşit.
- Împachetarea greşită poate fi:
- spontană, sau cauzată de
–mutaţii la nivelul genelor
–proteoliza parţială, anormală

 Exemple:
- Boala Alzheimer.
- Encefalopatia spongiformă (Boala Creutzfeldt-
Jakob).
Boala Alzheimer
Boală neurodegenerativă
determinată de
acumularea amiloidelor
neurotoxice formate prin
agregarea spontană a
amiloidului β(Aβ) =
peptidă cu 40-43 AA.
Aβ rezultă prin clivarea
proteolitică a proteinei
transmembranare APP
(“amyloid protein
precursor”)
Amiloidul= agregat insolubil
de peptidă Aβ (structură
foaie β-pliată).
Encefalopatia spongiformă
(Boala Creutzfeldt-Jakob)

Encefalopatia spongiformă Atrofie severă a creierului

Prioni (acronimul pentru“proteinaceous infectious particles”) =


izoforme anormale ale PrPC, o glicoproteină din membrana
neuronală, puternic exprimată în creier.
Prionii anormali (PrPSC) rezultă prin modificarea structurii secundare
şi terţiare=> rezistenţa la acţiunea proteazelor şi agregare=> amiloid
insolubil care determină degenerarea neuronală şi atrofia creierului
(simptome asemănătoare bolii Alzheimer.
Encefalopatia spongiformă
(Boala Creutzfeldt –Jakob)
 Modificarea conformaţiei PrPC poate fi determinată de:
- mutaţii ale genei PrPC (PRNP de pe cromozomul 20) care
alterează structura primară;
- interacţiunea prionilor endogeni normali cu prioni
exogeni anormali.(sindromul vampirului Dracula)

Denaturare= alterarea structurii native


Denaturare= alterarea structurii native
Prin denaturare sunt desfăcute interacţiunile care stabilizează structura terţiară şi
secundară.
Denaturarea este reversibilă dacă după îndepărtarea agenţilor denaturanţi se
reface structura nativă. Ex. denaturarea cu: substanţe chaotrope (ex. uree),
substanţe care desfac legăturile disulfidice (ex. β-mercaptoetanol), solventi
organici (etanol, acetona).
Denaturarea este ireversibilă dacă după îndepărtarea agenţilor denaturanţi nu se
reface structura nativă. Ex. denaturarea prin încălzire, acidulare sau alcalinizare
excesivă (cu acizi si baze tari), etc.
Proprietăţile
fizico-chimice ale proteinelor

 - Masa moleculară mare


1. - Solubilitatea
2. - Proprietăţi amfotere
3. - Sarcina electrică
Masa moleculară a proteinelor
Soluţiile proteice

1. Soluţii coloidale specifice


2. Viscozitate înaltă
3. Viteză de difuziune mică
4. Efect optic (Tindal)
5. Proprietăţi osmotice
6. Proprietatea de a forma geluri
7. Stabile în absenţa stabilizatorilor
Factorii de stabilizare
a moleculei proteice:

1. Membrana hidrică

2. Sarcina electrică
Membrana hidrică
Apa interacționează cu grupările polare ale
proteinelor cu formarea unei membrane hidrice
Sarcina electrică
depinde de 2 factori:

1.Componenţa aminoacidică a
proteinei.
2. pH-ul soluţiei în care este dizolvată
proteina.
I. Grupele acide:

-COOH → -COO- + H+

II. Grupele bazice:

-NH2 + H+ → -NH3+
I. La un pH acid (cantităţi excesive de H+ în
soluţie) ionul H+ se adiţionează la grupele
bazice: -NH2 + H+ → -NH3+;
=> toate proteinele au sarcină pozitivă.
II. La un pH bazic (insuficienţă de H+) disociază
grupele acide: -COOH → -COO- + H+
=> toate proteinele au sarcină negativă.

III. La un pH neutru ambele grupe funcţionale


ale proteinei disociază cu formarea ionilor
=> sarcina netă a proteinei depinde de
raportul dintre aminoacizii acizi şi cei bazici.
Astfel,
1. Dacă predomină aminoacizii acizi =>
-COO- > -NH3+
proteina are sarcină negativă.
2. Dacă predomină aminoacizii bazici =>
-COO- < -NH3+
proteina are sarcină pozitivă.
3. Dacă numărul aminoacizilor acizi şi
bazici este practic egal
-COO- ≈ -NH3+
proteina este neutră, sarcina=0
Starea izoelectrică și Punctul
izoelectric:
I. O proteină se află în stare izoelectrică
atunci când sarcina electrică sumară a
proteinei este egală cu zero.
II. Valoarea pH-ului soluţiei la care proteina
se află în stare izoelectrică se numeşte
punct izoelectric.
III. Proteinele care se află in stare
izoelectrică au o solubilitate scăzută, ele
ușor pot să se precipite.
Punctul izoelectric
 al proteinelor acide se află în mediu acid;
 al proteinelor neutre – în mediu neutru;
 al proteinelor bazice – în mediu bazic.
Metodele de separare
şi purificare ale proteinelor

 1. Salifierea
 2. Electroforeza

 3. Cromatografia

 4. Dializa
1. Salifierea
 Salifierea este separarea unei substanțe (coloid)
dintr-o soluție prin adăugarea sărurilor metalelor
neutre - sulfat de amoniu - (NH4)2SO4, acetat de
sodiu - CH3COONa.
Precipitare diferențiată
Electroforeza proteinelor

2. Electroforeza este metoda


curenta pentru separarea
proteinelor serice.
 Se utilizeaza suporturi solide si pH
alcalin (pH=8,6), la care toate
componentele proteice sunt
incarcate negativ si migreaza spre
polul pozitiv.
 Pe electroforegrama, dupa
colorare, proteinele apar sub
forma de benzi carora li se
masoara densitatea optica, fiecare
banda avand un maxim de
absorbtie
Electroforeza proteinelor

 Prin electroforeza, se
obtin cinci
fractiuni: albumina
serică, a1, a2, b, g –
globuline. Unele sisteme
de electroforeza pot
diferentia zona b in doua
benzi distincte b1 si
b2 rezultand astfel 6
fractiuni proteice.
Tipurile de proteinograme
Metodele cromatografice

Cromatografia este o metoda de separare si analiza a substantelor chimice din


amestecuri, care se bazeaza pe interactiunea diferentiata a doi sau mai multi compusi
de separat cu doua faze cromatografice: faza mobila si faza stationara.
În functie de mecanismul separarii, metodele cromatografice se clasifica în:
-    Cromatografie de adsorbtie, în care fenomenul principal care sta la baza separarii
este adsorbtia, iar afinitatea componentelor pentru cele doua faze este în functie de
coeficientii lor de adsorbtie.
-    Cromatografie de repartitie, în care fenomenul care determina separarea este
extractia si separarea componentelor se face în functie de diferenta dintre coeficientii
lor de repartitie între cele doua faze.
-    Cromatografia de schimb ionic, care are la baza interactiunile electrostatice si
difuzia, iar separarea componentelor se face în functie de sarcinile lor electrice,
constantele de disociere si diametrul efectiv al ionilor.
-   Cromatografia de excluziune (numita si cromatografie pe gel), în care fenomenul
principal este difuzia, iar separarea se face în functie de marimile efective ale
moleculelor componentelor.
-      Cromatografia de bioafinitate, în care separarea are loc datorita unor interactiuni
biochimice specifice cu asa-numitele grupari de afinitate
Dializa proteinelor
 Metoda se
bazează pe
separarea
macromolecu-
lelor din soluţiile
coloidale de
substanţele
micromoleculare
cu ajutorul
membranelor
semipermeabile,
care pot fi
traversate de
micromolecule,
dar sunt
impermeabile
pentru
macromolecule.
Clasificarea proteinelor

Simple (holoproteine) sunt Complexe (heteroproteine)


proteine formate numai sunt formate din 2
din AA: componente - partea proteică
şi cea prostetică:
a. Protamine
b. Histone
a. Nucleoproteine
c. Scleroproteine b. Glicoproteine
d. Proteine fibrilare c. Lipoproteine
e. Prolamine d. Cromoproteine
f. Albumine e. Metaloproteine
g. Globuline f. Fosfoproteine
h. Gluteline
Întinzînd mîinele spre stele, oamenii, deseori, uită
de florile de sub picioare