DEFINITION CONVENTIONNELLE

Sommet de Rio (05/06/1992) :

 Diversité Génétique
 Diversité Spécifique
 Diversité éco-systémique
 Trois Niveaux de Biodiversité

Biodiversité génétique Biodiversité des

Biodiversité spécifique écosystèmes
 Les niveaux de la Biodiversité
• La diversité génétique: la variété qui existe au
niveau des allèles, celui des gènes entiers ou
celui de la structure chromosomique.

• La diversité spécifique: la variété qui existe au

niveau des espèces.

• La diversité écosystémique: la variété qui existe au

niveau des écosystèmes en tenant compte des
fonctions des espèces et leurs interactions entre
elles.
POTENTIEL DE BIODIVERSITE
Près de 100
millions d’espèces

1,75
millions
sont
décrites
• Ces niveaux sont reliés entre eux,
mais suffisamment distincts pour que
chacun puisse être étudié en soi.

• La plupart des études s'intéressent au

niveau spécifique (celui des espèces),
car c'est le palier le plus abordable
tant au niveau conceptuel que
pratique.
 Biodiversité Spécifique - Mesures
1. Dimensions
2. Indicateurs
3. Combien d’espèces
4. Échelle Géographique:
5. 3 Types de Diversités 
6. Mesures de Diversité 
– Indices de diversité  Non-paramétriques
1. Indice Shannon de diversité D et d’équitabilité E
2. Indice de diversité D et d’équitabilité E de Simpson
3. Indice de diversité D de Margalef
– Indices de diversité a Non-paramétriques
1. Série géométrique
2. Modèle log, log normal
3. Modèle de broken stick “canne cassée”
6. Raréfaction

7. Relation Richesse-Aire (mesure relative)

8. Problèmes Pratiques

9. Diversité 

10. Diversité 
COMMENT EVALUER LA BIODIVERSITE?

PAS DE MESURE PARTICULIERE

STANDARD:
MESURES QUANTITATIVE ET
QUALITATIVE: NOMBRE ET
TAILLE DES ORGANISMES

PASSE

PRESENT
FUTUR ?
QUI EST LE 1er RESPONSABLE?
L’HOMME,
LES PHENOMENES NATURELS ET LES INVASIONS
BIOLOGIQUES
 CONSEQUENCES?
Rupture des équilibres écologiques (à
quelque échelle que ce soit : habitat, forêt, région, monde)

Dysfonctionnements biologiques aux

conséquences souvent désastreuses, parfois
imprévisibles, sur les sociétés humaines en
général et leurs fondements économique en
particulier.
 COMMENT Y REMEDIER?

1
• Conservation in situ (dans le milieu
naturel). zones de protection
2
Conservation ex situ (hors du milieu
naturel: La conservation de gènes dans
des banques de semences
 Avantages de la biodiversité?

 Composante essentielle du DD.

 Industrie Pharmaceutique.
 Satisfaction des besoins alimentaires.
 Support à la production par les écosystèmes.
 Purification de l’air, de l’eau, adoucissement du
climat et réduction des effets des phénomènes
hydrologiques extrêmes.
 Patrimoine Naturel vital pour les peuples et les
Etats.
AVANTAGES DE LA BIODIVERSITE

BIODIVERSITE
 Actions Internationales

Reconnaissance en tant que composante

essentielle du DD: Sommet Rio(1992-UN).

Convention sur la diversité biologique.1993.

Sommet européen de Göteborg en 2001.

 Questions Importantes
1. Dimensions
2. A quelle échelle géographique?
3. Combien d’espèces?
– Richesse taxonomique (nombre de taxa)
4. Combien d’individus par espèce ?
– Équitabilité (abondance relative des taxa)
5. Comment et où sont-elles distribuées?
6. Quels facteurs influencent leur nombre?
 Dimensions de la biodiversité
• La biodiversité a 3
dimensions:
– composition (ce qui est
présent)
– structure (comment les Structure Fonction
éléments présents sont
organisés les uns par
rapport aux autres)
– fonction (les processus Composition
qui génèrent la
biodiversité et qui
affectent la structure et
la composition
 Détermination de l’état de la
biodiversité
• Implique la surveillance d’indicateurs de la
biodiversité et la détermination de seuils
d’action (les niveaux auxquels une action
doit être prise pour prevenir une perte plus
grande de biodiversité)
• Les indicateurs varient selon les
composantes de la biodiversité et le niveau
d’organisation biologique.
LA BIODIVERSITE EST- ELLE MENACEE?
 D’OÙ PROVIENNENT CES MENACES?

H : Habitat

I : Invasion

P : Pollution

P : Population

O : Overexploitation
Indicateurs compositionnels
de la biodiversité
• Fréquences géniques
• Richesse spécifique
• Nombre d’habitats
Indicateurs structurels de
la biodiversité
• Distribution en taille ou en âge d’une
population
• Abondance relative des espèces d’une
communauté
• Indices de fragmentation de l’habitat
 Indicateurs fonctionnels
de la biodiversité
• Taux d’échanges génétiques entre les
populations
• Taux de croissance des populations
• Taux de recyclage des éléments
nutritifs
 Échelle Géographique
Types de Diversités 
La diversité peut se mesurer selon 3 niveaux géographiques
Diversité Gamma Mesure la diversité à une échelle géographique
u niveau local au niveau régional

Région géographique régionale

Diversité Beta Mesure le changement entre 2 sites le long

Entre habitats d’un gradient dans la même région
géographique. Un indice plus grand indique
moins de similarité dans la composition des
espèces entre les differents habitats.

Diversité Alpha Nombre d’espèces qui coexistent

Un seul habitat dans un habitat uniforme de taille
fixe. Mesures de diversité 
comprennent Shannon's, Simpson's
 Échelle géographique

 

  


- Indice  au site 1 est > qu’au site 2
- Indice  dans la région Y est > que dans la région X (Le
changement est plus grand en passant du site 2 au site 4 qu’en
passant du site 1 au site 3)
- Indice  dans la région Y est > qu’à la région X
 Types de biodiversité
I: Diversité 
• Nombre d’espèces qui
coexistent dans un habitat Habitat A Habitat B
uniforme de taille fixe
Habitat C
• Forte diversité-a résulte

Nombre d’espèces
d’une accumulation

espèces/km2
d’espèces par habitat et
d’une grande spécialisation
des espèces (chaque espèce
utilise peu d’habitat).
A B C
“packing” Habitat
 Diversité- (Oiseaux des Caraïbes)

Site Nombre Habitats Abondance

• Abondance relative d'espèces par relative par
par habitat espèce espèce et
baisse quand le par habitat
nombre d’espèces Panama 30.2 2.01 2.95
Trindiad 28.2 2.35 3.31
par habitat augmente
Jamaica 21.4 3.43 4.97
et que la St. Lucia 15.2 4.15 5.77
spécialisation St. Kitts 11.9 5.35 5.88
augmente
No. d’espèces
Haute diversité-

• En général les Basse

habitats qui ont une diversité-
diversité-a forte ont
des abondances par
Abondance
espèce plus faibles
 Mesures de Diversité 
2 traditions dans les méthodes de mesures 
I- Méthodes Nonparamétriques NP (Distribution-free)
Mesures des composantes d’hétérogeneité/ équitabilité
Combiner les mesures en un indice
Multitude d’indices developés
1. Margalef
2. Shannon H
3. Shannon E
4. Simpson D
5. Q statistique
II- Methodes paramétriques
Basées sur les distributions de probabilités telles
1. Série géométrique
2. Modèle log
3. Modèle log normal
4. Modèle de broken stick “canne cassée”
Indices de diversité  NP (1)
Indice H’ de Shannon-Weiner
• Basé sur la théorie de
l’Information
S

• Mesure la difficulté à H    pi  log2 pi 

'

prédire l’identité du i 1
prochain individu H’ = Shannon / Wiener Indice de Diversité
pi = proportion par espèce i allant de 1 à S
• Combine richesse
taxonomique et
équitabilité

Shannon, C. 1948: Mathematical Theory of Communication, Illinois Press

Wiener, N. 1948: Cybernetics, MIT Press
 Indices de diversité  NP (2)
Indice Shannon E d’équitabilité ‘Evenness’

E = H' / H'max =H' / ln S

H’ = indice diversité de Shannon / Wiener
H'max = ln S
E = H' / ln S
Hmax = diversité au cas de d’équitabilité maximale
S = nombre d’espèces
E = (varie entre 0 – 1)

Shannon, C. 1948: Mathematical Theory of Communication, Illinois Press

Indices de diversité  NP (3)
Indice de diversité D et d’équitabilité E de Simpson
1. Basé sur la théorie de probabilité:
2. P de trouver 2 individus de même  S 2
espèce d’abondance pi = pi*pi D  1    pi 
3. D= Indice de diversité de  i 1 
Simpson
4. E=indice d’équitabilité
E=(pi) 2
5. pi = proportion d’abondance de
l’espèce i
6. D varie de 0 à 1-1/S

Simpson 1949: Measurement of diversity. Nature 163:688

Indices de diversité  NP (4)
Indice de diversité D de Margalef

D = (S-1)/ln(N)

D = Indice de diversité D de Margalef

S = nombre d’espèces
N = nombre d’individus

Margalef, R 1958: Information theory in ecology ; General Systems 3: 36 - 71

 Indices de diversité  NP
Indice mesure Definition
Shannon Combination de richesse et H’=- pi ln pi
équitabilité
Shannon équitabilité H’/ln S
équitabilité
Simpson Combination de richesse et D=1- (pi) 2
équitabilité
Margalef Richesse (S-1)/ln N
Berger-Parker Dominance 1/(Nmax/N)
Mesure de la richesse taxonomique
Raréfaction (mesure absolue)
25

• Nombre de taxa 20
observés augmente

Nombre de taxa
15
avec l’effort
d’échantillonnage 10

5
• Rechercher
0
l’asymptote 0 10 20
Effort
 Mesurer la richesse taxonomique
Relation Richesse-Aire (mesure relative)

1.5

• Mesure
relative 1.0
obtenue en
LOGNTAXA

standardisant
0.5 EXP,SITE
l’effort bio,Chelsea
d’échantillonn bio,Rideau
col,Chelsea

age 0.0
100 1000 10000
col,Rideau

SURFACE
 Mesures de diversité 
Paramétriques (1)

Basées sur les distributions de probabilités

telles
1. Série géométrique
2. Modèle log
3. Modèle log normal
4. Modèle de broken stick “canne cassée”
 Types de biodiversité
II: Diversité-
• Taux de remplacement
des espèces dans un
gradient topographique, Habitat A Habitat B

climatique, ou d’habitat
dans une zone Habitat C

géographique donnée

Nombre cumulé
• Généralement mesuré par

d’espèces
Haute diversité-
le nombre de nouvelles
espèces trouvées le long
d’un gradient Basse diversité-

A B
• Résulte de la C
Habitat
spécialisation
 Types de biodiversité
III: diversité-
• Taux d’addition de
nouvelles espèces lorsque
l’on échantillonne le même
habitat à différents
endroits.
• Souvent mesurée par
chevauchement de la

total d’espèces
1.0

Proportion du
faible
communauté, les habitats
ayant une faible similarité
 élevé
ont une forte diversité 
0
0 Proportion des sites1.0
occupés
Archaéobactéries = unicellulaires procaryotes
Eubactéries extrêmophiles
• Euryarchées
Eucaryotes
• Crénarchées

Methanopyrus sp.
Archaéobactéries = unicellulaires procaryotes
• Protéobactéries
Eubactéries
• Cyanobactéries
Eucaryotes
• Bactéries Gram +
• Spirochètes
• Chlamydiés
Autotrophes ou hétérotrophes
Pas d ’organites cellulaires
Les cyanobactéries (algues bleues)

Procaryotes photosynthétiques coloniaires.

Les cellules s’entourent souvent d’une substance gélatineuse.
Certaines colonies sont formées de cellules contenues dans un tube.
Domaine Eucaryote
eucaryotes unicellulaires/
4 Règnes:
multicellulaire simples
1. Protistes
2. Eumycètes
3. Végétaux
4. Animaux
Règne des Protistes

Rhizopodes

Ciliés

Chrysophytes

Euglénophytes
Protistes ciliés

Vorticelle
Chrysophytes

Un seau d’eau de mer en contient des

millions! La plupart du temps elles se
reproduisent de façon asexué.
Euglénophytes
Domaine Eucaryote
4 Règnes: Eucaryotes décomposeurs
1. Protistes • Levures (unicellulaires)
2. Eumycètes • Moisissures
3. Végétaux • Champignons « à chapeau »
4. Animaux • Et autres formes peu connues
Les eumycètes sont-ils plus
près des végétaux ou des
animaux ?
Phalaceae
Ressemblent à un
phallus. Produisent une
odeur nauséabonde
collante qui attire les
mouches. Les mouches
repartent avec des spores
collées aux pattes
Domaine Eucaryote
4 Règnes: Multicellulaires eucaryotes
photosynthétiques
1. Protistes
• Mousses (bryophytes)
2. Eumycètes
• Fougères (ptéridophytes)
3. Végétaux
• Conifères (gymnospermes)
4. Animaux • Plantes à fleur (angiospermes)
Bryophytes
Ex: Petite lentille d’eau
Ptéridophytes

Élodée du Canada
 Gymnosperme
Pinus longaeva

•De nombreux
spécimens ont plus de
4000 ans !
• Troncs d’arbres morts
encore présents après
10 000 ans !
•À droite, un des arbres
les plus large au
monde (où est
Charlie?).
Domaine Eucaryote
4 Règnes: Eucaryotes pluricellulaires se
nourrissant par ingestion
1. Protistes
Se divisent en 15 embranchements
2. Eumycètes (ou phylums)
3. Végétaux • Parazoaires (1)
• Radiaires (2)
4. Animaux
• Bilatériens (12)
 Les Parazoaires
• N’ont pas de vrai tissus ni organes.
• Aucune symétrie corporelle.
• Animaux filtreurs (1000L d’eau pour
100g de tissu)
• Sont hermaphrodite.
• Capacité de régénération spectaculaire.
Radiaires: symétrie radiale

• Hydres,
anémones,
méduses et
coraux.
• Vivent dans la
mer.
• 10 000 espèces.
• Carnivores.
• Bouche = anus.
Avec une symétrie bilatérale
Les Lophotrochozoaires

• Plathelminthes (vers
plats).
• Rotifères.
• Lophophoriens.
• Némertes.
• Mollusques.
• Annélides.
Les Lophotrochozoaires

• Plathelminthes (vers
plats).
• Rotifères.
• Lophophoriens.
• Némertes.
• Mollusques.
• Annélides.
Les Lophotrochozoaires

• Plathelminthes (vers
plats).
• Rotifères.
• Lophophoriens.
• Némertes.
• Mollusques.
• Annélides.
Les Lophotrochozoaires

• Plathelminthes (vers
plats).
• Rotifères.
• Lophophoriens.
• Némertes.
• Mollusques.
• Annélides.
Les Lophotrochozoaires

• Plathelminthes (vers
plats).
• Rotifères.
• Lophophoriens.
• Némertes.
• Mollusques.
• Annélides.
 Ecdysozoaires
• Les ecdysozoaires
subissent l’ecdysis
(la mue) au cours
de leur
développement.
Deux groupes:
• Nématodes
• Arthropodes
 Ecdysozoaires
• Nématodes
• Arthropodes

•Vivent dans les milieux humides (eau, sols,

végétaux et animaux).
•Entre 1mm et 1 m de long.
•90 000 espèces (peut-être 10x plus).
•Exosquelette fait de cuticule résistante.
•Les femelles pondent 100 000 œufs/jour!
•Certains sont décomposeur, d’autres sont
parasites (ver du cœur).
•Faire cuire sa viande!
 Les arthropodes
• Plus de 1018 arthropodes sur
Terre !
• Les plus diversifiés, les plus
répandus et les plus nombreux
de tous les animaux.

• Groupes principaux:
1. Les diplopodes (millipèdes)
2. Les chilopodes (centipèdes)
3. Les insectes (coléoptères,
papillon, fourmis)
4. Les arachnides (beurk!)
5. Les crustacés (miam!)
 Les diplopodes
• Tête distincte
des autres
parties.
• Deux paires
de pattes par
segments.
• Herbivores.
 Les chilopodes
• Grandes antennes et
trois paires de pièces
buccales.
• Crochets à venin.
• Une paire de pattes par
segment.
• Carnivores.
Les insectes
•Corps divisé en trois parties
•Antennes
•Pièces buccales
•Deux paires d’ailes (optionnel)
•Deux radiation adaptatives: à
cause du vol et des angiospermes
•métamorphose
Les arachnides
•Tronc en deux parties.
•Six paires d’appendices
(chélicères, pédipalpes
et 4 paires de pattes).
•Tiques, mites et
scorpions font partis de
ce groupe.
Sans oublier les
poux, les puces et
les morpions…
Les crustacés
•Les cousins qui sont restés
dans la mer !
•40 000 espèces.
•Exosquelette durci par du
calcaire.
•19 paires d’appendices pour le
homard et l’écrevisse !
Deutérostomiens

Deux groupes :

•Les échinodermes
(étoiles de mer, concombre de mer, oursins, lis
de mer, ophiures)

•Les cordés
 Les échinodermes
•Sont plus proche de
l’homme que tous les
animaux vus jusqu’à
maintenant…
•7000 espèces
 Quatre caractéristiques spéciales:
• La corde dorsale
• Le tube neural dorsal creux
• Les fentes brachiales
• La queue musculaire post-
natale

Les cordés