GENETIQUE MOLECULAIRE (BIO1321):

Bernard Hallet (Unité GENE, hallet@gene.ucl.ac.be)

Cours « magistral »: 30h (Lu 10h45, Sud 11)

Partie « séminaires »: 10h (semaine 8-14, Je 10H45)

Leçon N°1: 17/09/2007

 La démarche scientifique

information approche information approche

existante expérimentale existante expérimentale communication

« Le commencement de toutes les sciences,

c’est l’étonnement de ce que les choses sont ce qu’elles sont »
« La science consiste de passer d’un étonnement à l’autre »

(Aristote, IV av. J. C.)

 Concrètement:

BAC 1&2 BAC 3

Biologie
Biologie
cellulaire
cellulaire Une vision intégrée
intégrée
Génétique Sémin. des
Biochimie (10 h)
des processus
processus
moléculaire (30h)
(30h) cellulaires
cellulaires
Génétique
Génétique

Examen oral Ecrit

« Que
« Que savez-vous
savez-vous ? »
? » « à
« à cahier
cahier ouvert »
ouvert »
« A
« A votre
votre avis
avis ? »
? »
 Concrètement:

BAC1/2 BAC3
Biologie
cellulaire
Une
Une vision
vision intégrée
Génétique
Génétique Sémin. des processus
Biochimie (15h)
processus
moléculaire
moléculaire (30h)
(30h) cellulaires
Génétique

Exercices intégrés
Une
Une initiation concrète
de génétique Sémin. aux approches de
moléculaire et (15h)
biologie moléculaire
biochimie (45h)
GENETIQUE MOLECULAIRE (BIO1321): Les supports
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Peuvent être
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l’unité GENE)
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Diaporamas Déposés sur « iCampus »

Photocopies ?
 La problématique de la génétique moléculaire

Information-containing system
(genome / genotype) The living cell:
« a self-sustaining metabolic
Information processing system system »
(gene expression & regulation)

Information duplicating system

(replication)

Alteration of information
Expression programme
 GENETIQUE MOLECULAIRE (BIO1321): Cours magistral

I. Introduction (Watson 5th: ~Part 1)

La génétique moléculaire dans son contexte
pluridisciplinaire et méthodologique
Quelques rappels et nouveaux concepts généraux

II. Structure, maintenance et modifications du génome

(Watson 5th: ~Part 2)
Structure et topologie de l’ADN (Chap 6)
Notions de chromosomes, chromatine et nucleosome (Chap7)
Synthèse de l ’ADN et réplication (Chap 8)
Mutation et réparation de l ’ADN (Chap 9)
Mécanismes de recombinaison génétique (Chap 10 & 11)

III. Expression du génome: « du signal à la réponse cellulaire »

(Watson 5th: ~ Part 3 & 4)
Mécanisme et Machinerie de transcription (Chap 12)
Régulation de la transcription chez les procaryotes (Chap 16)
Régulation de l’expression des gènes chez les eucaryotes (Chap 17)
Maturation des ARN et
mécanismes de contrôle post-transcriptionnels (Chap 12, 13 & 17)
Traduction et code génétique (Chap. 14 & 15)
GENETIQUE MOLECULAIRE (BIO1321): Séminaires

« une découverte qui a fait

beaucoup de bruit! »

Découverte ?

Mécanisme(s) ?
L’interférence
ARN
(RNA interference Fonction(s) ?
RNA silencing) Applications
biotechnologiques ?
Thérapie
génique
Effets sur la
Autre…
chromatine
Tellement de bruit que…  « le silence est d’or »

Nobel Price 2006 in Medecine or Physiology

Andrew Z. Fire Craig C. Mellor

Standford University University of Massachusetts
School of Medecine, CA Medical School, MA
b. 1959 b. 1960
 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
1850
1850
1859:
1859: The
The Origin
Origin of
of Species
Species (Charles
(Charles Darwin
Darwin and
and Russel
Russel Wallace)
Wallace)
présuppose
présuppose la
la transmision
transmision de
de « caractères »
« caractères » sélectionnables
sélectionnables

1900
1900

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2000
2000
 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
1850
1850
1859:
1859: The
The Origin
Origin ofof Species
Species (Charles
(Charles Darwin
Darwin and
and Russel
Russel Wallace)
Wallace)
Présuppose
Présuppose lala transmision
transmision dede « caractères »
« caractères » sélectionnables
sélectionnables
1865:
1865: Les
Les lois
lois de
de l’hérédité
l’hérédité (Gregor
(Gregor Mendel)
Mendel)
Les
Les caractères
caractères sont
sont transmis
transmis sous
sous forme
forme d’entités
d’entités discrètes
discrètes ou
ou « gènes »
« gènes »

1900
1900

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2000
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 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
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1859:
1859: The
The Origin
Origin ofof Species
Species (Charles
(Charles Darwin
Darwin and
and Russel
Russel Wallace)
Wallace)
Présuppose
Présuppose lala transmision
transmision dede « 
« caractères
caractères »
 » sélectionnables
sélectionnables
1865:
1865: Les
Les lois
lois de
de l’hérédité
l’hérédité (Gregor
(Gregor Mendel)
Mendel)
Les
Les caractères
caractères sont
sont transmis
transmis sous
sous forme
forme d’entités
d’entités discrètes
discrètes ou
ou « 
« gènes
gènes »
 »

1900
1900
1900:
1900: Les
Les lois
lois de
de Mendel
Mendel redécouvertes
redécouvertes (Carl
(Carl Correns,
Correns, Hugo
Hugo dede Vries,
Vries,
Erich
Erich von
von Tschermak):
Tschermak): adoption
adoption des
des termes
termes « 
« mutations »
mutations » et
et « 
« mutants »
mutants »
1903:
1903: Lien
Lien entre
entre hérédité,
hérédité, chromosomes
chromosomes et et méiose
méiose (Walter
(Walter Sutton)
Sutton)
1911:
1911: Chromosome
Chromosome theory
theory of
of heridity
heridity (Thomas
(Thomas H.H. Morgan):
Morgan): mutagénèse
mutagénèse
(RX)
(RX) et
et recombinaison
recombinaison:: premières
premières cartes
cartes génétiques
génétiques supperposables
supperposables
aux
aux Chromosomes.
Chromosomes.

1950
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2000
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 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
1850
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1859:
1859: The
The Origin
Origin ofof Species
Species (Charles
(Charles Darwin
Darwin and
and Russel
Russel Wallace)
Wallace)
Présuppose
Présuppose lala transmision
transmision dede « 
« caractères
caractères »
 » sélectionnables
sélectionnables
1865:
1865: Les
Les lois
lois de
de l’hérédité
l’hérédité (Gregor
(Gregor Mendel)
Mendel)
Les
Les caractères
caractères sont
sont transmis
transmis sous
sous forme
forme d’entités
d’entités discrètes
discrètes ou
ou « 
« gènes
gènes »
 »

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1900: Les
Les lois
lois de
de Mendel
Mendel redécouvertes
redécouvertes (Carl(Carl Correns,
Correns, Hugo
Hugo dede Vries,
Vries,
Erich
Erich von
von Tschermak):
Tschermak): adoption
adoption des
des termes
termes «  « mutations »
mutations » et
et « 
« mutants »
mutants »
1903:
1903: Lien
Lien entre
entre hérédité,
hérédité, chromosomes
chromosomes et et méiose
méiose (Walter
(Walter Sutton)
Sutton)
1911:
1911: Chromosome
Chromosome theory
theory of
of heridity
heridity (Thomas
(Thomas H. H. Morgan):
Morgan): mutagénèse
mutagénèse
(RX)
(RX) et
et recombinaison
recombinaison:: premières
premières cartes
cartes génétiques
génétiques supperposables
supperposables
aux
aux Chromosomes.
Chromosomes.
1920:
1920: Les
Les chromosomes
chromosomes sontsont constitués
constitués d’acides
d’acides nucléiques
nucléiques::
1950
1950 composition
composition trop
trop simple
simple pour
pour porter
porter l’information
l’information génétique!
génétique!

2000
2000
 La parabole du biochimiste et du généticien

http://review.ucsc.edu/spring04/twoversions.html
http://review.ucsc.edu/spring04/twoversions.html

Le
Le généticien:
généticien: Bill
Bill Sulyvan
Sulyvan Le
Le biochimiste:
biochimiste: Doug
Doug Kellog
Kellog
 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
1850
1850
1940:
1940: Les
Les gènes
gènes sont
sont responsables
responsables de
de l’activité
l’activité des
des protéines
protéines
(enzymes
(enzymes de
de synthèse
synthèse des
des aa
aa chez
chez neurospora,
neurospora, George
George Beadle
Beadle et
et Ed
Ed
Tatum)
Tatum)
1944:
1944: L’
L’ADN
ADN est
est la
la molécule
molécule de
de l’hérédité
l’hérédité (Osvald
(Osvald Avery,
Avery, Colin
Colin
MacLeod
MacLeod etet Maclyn
Maclyn McCarty)
McCarty)
1900 1950:
1950: Les
Les règles
règles de
de Chargaff
Chargaff (chromatographie
(chromatographie sursur papier:
papier: Py=Pu;
Py=Pu; T=A,
T=A,
1900
G=C;
G=C; Erwin
Erwin Chargaff):
Chargaff): L’ADN
L’ADN n’est
n’est pas
pas un
un polymère
polymère monotone
monotone

1950
1950

2000
2000
 L’ADN contient l’information génétique

Griffith (1928)
Streptococcus pneumoniae

DNA
Avery, MacLeod, Mc Carty.
(1944)
Sensible aux DNases
Résistant aux RNases et protéases
 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
1850
1850
1940:
1940: Les
Les gènes
gènes sont
sont responsables
responsables de
de l’activité
l’activité des
des protéines
protéines
(enzymes
(enzymes de
de synthèse
synthèse des
des aa
aa chez
chez neurospora,
neurospora, George
George Beadle
Beadle et
et Ed
Ed
Tatum)
Tatum)
1944:
1944: L’
L’ADN
ADN est
est la
la molécule
molécule de
de l’hérédité
l’hérédité (Osvald
(Osvald Avery,
Avery, Colin
Colin
MacLeod
MacLeod et et Maclyn
Maclyn McCarty)
McCarty)
1900 1950:
1950: Les
Les règles
règles dede Chargaff
Chargaff (chromatographie
(chromatographie sur sur papier:
papier: Py=Pu;
Py=Pu; T=A,
T=A,
1900
G=C;
G=C; Erwin
Erwin Chargaff):
Chargaff): L’ADN
L’ADN n’est
n’est pas
pas unun polymère
polymère monotone
monotone
1952:
1952: L’
L’ADN
ADN est
est bien
bien le
le support
support dede l’information
l’information génétique,
génétique, pas
pas les
les
protéines
protéines (Alfred
(Alfred Hershey
Hershey et
et Martha
Martha Chase)
Chase)
1953:
1953: Modèle
Modèle de
de la
la double
double Hélice
Hélice d’
d’ADN
ADN (Rosalind
(Rosalind Franklin,
Franklin, James
James
Watson
Watson and
and Francis
Francis Crick)
Crick)

1950
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2000
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 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
1850
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1940:
1940: Les
Les gènes
gènes sont
sont responsables
responsables de
de l’activité
l’activité des
des protéines
protéines
(enzymes
(enzymes de
de synthèse
synthèse des
des aa
aa chez
chez neurospora,
neurospora, George
George Beadle
Beadle et
et Ed
Ed
Tatum)
Tatum)
1944:
1944: L’
L’ADN
ADN est
est la
la molécule
molécule dede l’hérédité
l’hérédité (Osvald
(Osvald Avery,
Avery, Colin
Colin McLeod
McLeod
et
et Maclyn
Maclyn McCarty)
McCarty)
1900 1950:
1950: Les
Les règles
règles dede Chargaff
Chargaff (chromatographie
(chromatographie sursur papier:
papier: T=A,
T=A, G=C;
G=C;
1900
Py=Pu;
Py=Pu; Erwin
Erwin Chargaff):
Chargaff): L’ADN
L’ADN n’est
n’est pas
pas un
un polymère
polymère monotone
monotone
1952:
1952: L’
L’ADN
ADN est
est bien
bien le
le support
support dede l’information
l’information génétique,
génétique, pas
pas les
les
protéines
protéines (Alfred
(Alfred Hershey
Hershey etet Martha
Martha Chase)
Chase)
1953:
1953: Modèle
Modèle de
de la
la double
double Hélice
Hélice d’
d’ADN
ADN (Rosalind
(Rosalind Franklin,
Franklin, James
James
Watson
Watson and
and Francis
Francis Crick)
Crick)

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Modèle de
de la
la double
double Hélice
Hélice d’
d’ADN
ADN (Rosalind
(Rosalind Franklin,
Franklin, James
James
Watson
Watson andand Francis
Francis Crick)
Crick)
"il
"il n'a
n'a pas
pas échappé
échappé àà notre
notre attention
attention que
que l'appariement
l'appariement spécifique
spécifique des
des
bases
bases que
que nous
nous avons
avons proposé
proposé suggère
suggère immédiatement
immédiatement un un mécanisme
mécanisme
possible
possible dede réplication
réplication pour
pour le
le matériel
matériel génétique".
génétique".
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1953: Modèle
Modèle de
de la
la double
double Hélice
Hélice d’
d’ADN
ADN (Rosalind
(Rosalind Franklin,
Franklin, James
James
Watson
Watson and
and Francis
Francis Crick)
Crick)
1958:
1958: La
La réplication
réplication de
de l’ADN
l’ADN est
est semi-conservative
semi-conservative (Matthew
(Matthew meselson
meselson
and
and Frank
Frank Stahl)
Stahl)

1900
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1950
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1953: Modèle
Modèle de
de la
la double
double Hélice
Hélice d’
d’ADN
ADN (Rosalind
(Rosalind Franklin,
Franklin, James
James
Watson
Watson and
and Francis
Francis Crick)
Crick)
1958:
1958: La
La réplication
réplication de
de l’ADN
l’ADN est
est semi-conservative
semi-conservative (Matthew
(Matthew meselson
meselson
and
and Frank
Frank Stahl)
Stahl)
1958:
1958: DNA
DNA pol
pol I:
I: Synthèse
Synthèse d’d’ ADN
ADN in
in vitro
vitro (Arthur
(Arthur Kornberg)
Kornberg)
1900
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1950
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2000
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 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
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1953: Modèle
Modèle de
de la
la double
double Hélice
Hélice d’
d’ADN
ADN (Rosalind
(Rosalind Franklin,
Franklin, James
James
Watson
Watson and
and Francis
Francis Crick)
Crick)
1958:
1958: La
La réplication
réplication de
de l’ADN
l’ADN est
est semi-conservative
semi-conservative (Matthew
(Matthew meselson
meselson
and
and Frank
Frank Stahl)
Stahl)
1958:
1958: DNA
DNA pol
pol I:
I: Synthèse
Synthèse d’d’ ADN
ADN in
in vitro
vitro (Arthur
(Arthur Kornberg)
Kornberg)
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1950
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aa
aa
?
DNA
DNA ? Proteins
Proteins

2000
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nucleus
nucleus cytosol
cytosol
 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
1850
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1950-1960: -Importance
1950-1960: Importance de
de l’ARN
l’ARN (rRNA,
(rRNA, mRNA,
mRNA, tRNA)
tRNA)
(Jean
(Jean Brachet
Brachet and
and Torbjörn
Torbjörn Carsepersson)
Carsepersson)
(François Jacob and Jacques Monod)
(Paul Zamecnik and Mahlon B. Hoagland)

1967-1968
1967-1968 Le
Le code
code Génétique
Génétique (Carl
(Carl Woese,
Woese, Leslie
Leslie Orgel,
Orgel, Francis
Francis Crick)
Crick)

1900
1900

1950
1950

aa
aa
aa-
aa-tRNA
tRNA
DNA
DNA mRNA
mRNA Proteins
Proteins

2000
2000
nucleus
nucleus cytosol
cytosol
 Thedes
L ’ARN: au centre central Dogma:Crick,
mécanismes 1956
d’expression génétique

DNA
DNA

RNA
RNA

Protein
Protein
 Themécanismes
L ’ARN: au centre des code is universal!
d’expression génétique
 2 Implications

Transferts

B. subtilis

E. coli

Pops!! A Universal Phylogenetic Tree

LUCA Based on small subunit rRNA (16S and 18S)
« The Last Universal sequences
Common ancestor » Woese et al. (1990) Proc Natl Acad Sci USA 87:4576
 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
1850
1850
1962:
1962: Découverte
Découverte des
des enzymes
enzymes de
de restriction
restriction (Werner
(Werner Arber)
Arber)
1966:
1966: Découverte
Découverte dede l’l’ ADN
ADN ligase
ligase (B.
(B. Weiss,
Weiss, CC
CC Richarsdon)
Richarsdon)
1970:
1970: Purification
Purification de
de lala première
première enzyme
enzyme dede restriction,
restriction, HindIII
HindIII
(Hamilton
(Hamilton Smith,
Smith, Kent
Kent Wilcox)
Wilcox)
1972:
1972: Production
Production dede la
la première
première molécule
molécule d’ADN
d’ADN recombinante
recombinante
(Paul
(Paul Berg,
Berg, Herb
Herb Boyer)
Boyer)
1900
1900
1973:
1973: Production
Production dede la
la première
première bactérie
bactérie manipulée
manipulée (E.
(E. coli)
coli)
(Annie
(Annie Chang,
Chang, Stanley
Stanley Cohen)
Cohen)
1975:
1975: Conférence
Conférence d’Asilomar
d’Asilomar

1950
1950

2000
2000
 Lorsque la génétique est devenue moléculaire
1850
1850
1977:
1977: Méthodes
Méthodes de
de séquençage
séquençage de
de l’ADN
l’ADN
(Fred
(Fred Sanger,
Sanger, Maxam
Maxam and
and Gilbert)
Gilbert)

1900
1900
Ere
Ere de
de la
la génomique
génomique
1995:
1995: Haemophilus
Haemophilus influenzae
influenzae
1996:
1996: la
la levure
levure Sacharomyces
Sacharomyces cerevisae
cerevisae
1997:
1997: Escherichia
Escherichia coli
coli
1998:
1998: Caenorhabditis
Caenorhabditis elegans
elegans
2000:
2000: Arabidopsis
Arabidopsis thaliana
thaliana
1950
1950
2001:
2001: Homo
Homo sapiens
sapiens

2000
2000
A