Mutations

 Mutation  Tout changement brusque et permanent

des facteurs héréditaires
( de Vries, 1901 )

 Le mot mutation désigne:

 les altérations affectant les gènes

 mutations géniques

 les variations strcuturales des chromosomes

 mutations chromosomiques
Mutations

 Toutes les cellules de l’organisme peuvent être sujettes à des

mutations. On distingue :

 les mutations somatiques, touchant les cellules somatiques

 les mutations germinales, touchant les cellules germinales

Mutations

 Mutation Autosomique Dominante

Elle est décelée dans la descendance immédiate

Mutations

 Mutation Autosomique Récessive

Elle ne se manifeste généralement que de nombreuses générations

après sa production
Mutations

 Mutation Liée à X Dominante

 Elle est portée par le chromosome X et se comporte en dominance

 Le père transmet la mutation à toutes ses filles

 Les garçons héritent la mutation de leur mère

Mutations

 Mutation Liée à X Récessive

Elle se manifeste chez le sexe hétérogamétique de l’individu qui a subi la

mutation. Exemple: Hémophilie A
Mutations

 Une mutation somatique se transmet de cellule à cellule

 Elle peut déterminer une masse de cellules de phénotype

différent de celui des cellules avoisinantes  Mosaïque

 Elle disparaît à la mort de l’individu

Est-ce le milieu qui provoque les mutations ?

 Théorie pré-adaptative

Quand les conditions du milieu changent, les populations qui

s’adptent aux nouvelles conditions sont celles qui possèdent les
mutations appropriées. Ces mutations ont été produites tout à fait
par hasard sans aucune influence de leur utilité future

 Théorie post-adaptative ( Lamarck )

Quand intervient un changement dans les conditions du milieu,

ce sont ces nouvelles conditions du milieu qui modifient
graduellement des gènes pré-existants pour produire l’adaptation
requise
Est-ce le milieu qui provoque les mutations ?

 Expérience de Lederberg et Lederberg (1952)

Répliques sur milieu sélectif

Milieu
Répliques + Sm

Milieu
+ Phage
 Technique de
répliques sur velours
Expérience de Lederberg et Lederberg

 Donc, sans aucun contact

direct avec l'antibiotique,
on a pu augmenter la
proportion de mutants, à
chaque cycle d'étalement,

 Ceci prouve que la mutation

originelle confèrent la
résistance à l'antibiotique,
est apparue en l'absence de
l'antibiotique qui ne joue
dans l'expérience que le
rôle d'agent sélecteur.
Mutations

 L’ADN est une molécule organique complexe dont la stabilité

chimique est limitée. Il peut ainsi subir plusieurs types
d’altérations :

 des mutations spontanées

 des mutations induites

Mutations spontanées

 Selon Watson et Crick, les mutations pouvaient être dues à la

composition chimique mêmes des bases

 Les bases azotées peuvent se présenter sous forme de tautomères qui

s’apparient, non plus avec les bases complémentaires usuelles, mais
avec l’autre base de la même catégorie

 La tautomérisation survient au moment de la réplication

 C’est un phénomène fugace: une base tautomérisée revient vite à son

état original
Mutations spontanées

H H
H H
N N H N N H O CH3
C C
C C C C C C
N N
C N C N H N C H A-T
H H
N C N C C N
A H A H O H T
Forme amino

Tautomérisation Transition At-C A-T

Forme imino

H H H
H H
N N N N H N H
C C
C C C C C C A-T G-C A-T A-T
N N
C N H C N H N C H
H H
N C N C C N
At H At H O H C
Mutations spontanées

Forme A-T
Amino

Forme
At - C A-T
Imino

Forme
A-T G-C A-T A-T
Amino
Mutations spontanées

H
H
H
H N H N O
H N H C
C C C C
C C N
N C H C N H
N C H H
C N N C C-G
C N
O H O H N H
C C H G
Forme amino

Tautomérisation Transition Ct-A C-G

Forme imino

H H H
H
N H H N H N N
C C-G T-A C-G C-G
C C C C C C
N
H N C H H C N H N C
H
C N N C C N
O H H O H
Ct Ct A
Mutations spontanées

H
H
N O H
C N O H N H
C C C
N C C C C
C N H N
H C N H N C H
N C H
N C C N G-C
N H
N H O H
H
G G H C
Forme céto

Tautomérisation Transition Gt-T G-C

Forme énol

H H
N OH N OH O CH3
C C
C C C C C C
N N G-C A-T G-C G-C
C N C N H N C H
H H
N C N C C N
N H N H O H
H H
Gt Gt T
Mutations spontanées

H
O H3C H
H3C O H N N
C C C
C C C C
H N C H N
H C N H N C T-A
C N H
N C C N
O H
T T H O H A
Forme céto

Tautomérisation Transition Tt-G T-A

Forme énol
H
H3C OH O N
OH H 3C C
C C C C
C C N
C H
H C N H N C T-A C-G T-A T-A
N H
N C C N
C N
H O H N
O H
Tt Tt H G
Classification des mutations

 Mutations ponctuelles : Selon la modification au niveau de l’acide

aminé, on distingue :

 Mutations silencieuses :

 Un codon remplace un autre qui code pour le même acide aminé

 Redondance du code génétique
GAA Leu

GAG Leu

 Mutations neutres :

 Un codon en remplace un autre qui code pour un acide aminé

de nature chimique proche
GAA Leu

TAA Ile
Classification des mutations

 Mutations faux sens :

 Un codon en remplace un autre qui code pour un acide aminé

différent
TAC Met

TGC Thr

 Mutations non sens :

 Un codon est remplacé par un codon Stop

 3 codons Stop: UAG (Ambre), UAA (Ochre) et UGA (Opale)
TCT Arg

ACT Stop
Classification des mutations

 Mutations ponctuelles: Selon le changement de paires de bases, on

distingue :

 Substitutions : Elles peuvent être de 2 types :

 Transitions  Remplacement purine par purine ou

pyrimidine par pyrimidine

 Transversions  Remplacement purine par pyrimidine ou

pyrimidine par purine
transition
A G

transversion transversion

T C
transition
Classification des mutations

 Frame-shifts ( décalage du cadre de lecture ) : produites par

délétion / insertion d’1 ou +ieurs paires de bases, elles peuvent
être de 2 types :

 Additions

 Délétions
… Phe Ser Tyr Leu Ileu Ser …

… AAA AGG ATA AAT TAG AGT …

… AAA AGA TAA ATT AGA GT… …

… Phe Ser Ileu stop

Classification des mutations

 Slippage

Des mutations frame-shift peuvent survenir spontanément dans

des séquences répétées par glissement ( “ slippage ” )

ACG AAA AAA CGC

TGC TTT TTT GCG

ACG AAA AAA CGC

TGC TTT TTT GCG
ACG AAA AAA CGC
TGC TTT TTT GCG
 ACG AAA AAA TCG C...
T TGC TTT TTT TGC G...
Classification des mutations

 Mutations chromosomiques  Altérations de la structure des

chromosomes (variations structurales)

 Duplications : Elles peuvent être de 2 types :

 Intra-chromosomiques  Inter-chromosomiques
Classification des mutations

 Inversions : Elles peuvent être de 2 types :

 Péricentriques  Paracentriques
 centromère inclus  centromère non inclus
Classification des mutations

 Translocations : Elles peuvent être de 2 types :

 Simples  Réciproques
Classification des mutations

 Mutations génomiques  Altérations du nombre de

chromosomes (variations numériques)

 Euploïdie : implique le génome entier

 haploïdie, diploïdie, triploïdie, tétraploïdie, ..., polyploïdie

 Exemple : Les formes polyploïdes sont souvent rencontrées

parmi les plantes (Mousses, Ptéridophytes, Angiospermes, ...)
Classification des mutations

 Aneuploïdie : implique une partie du génome

 monosomie, trisomie, nullisomie, tétrasomie, ...

 Exemples chez l’homme :

Syndrome de Down  Trisomie 21 1-2 / 1.000

Syndrome de Patau  Trisomie 13 1-2 / 10.000
Syndrome d’Edward  Trisomie 18 1 / 8.000
Syndrome de Turner  X0 1 / 2.000
Syndrome de Klinefelter  XXY 1 / 1.000
Classification des mutations

 Syndrome de Klinefelter
47,XXY
 Screening des mutations

 Mutations visibles : mutations touchant un trait morphologique

(forme, taille, couleur, ...)

 Observation de l’individu
Ex: Drosophila melanogaster : white (w), bar (b), ...
Ex: Neurospora crassa : abn1 (hyphe très petit), ...

 Observation de l’organisme unicellulaire

Ex: Saccharomyces cerevisiae : petite, Myc5

 Observation indirecte
Ex: Phages : r (lyse rapide) – observation de la bactérie lysée,
et non du phage
 Screening des mutations

 Mutations nutritionnelles

 Individu prototrophe : microorgansime peut se multiplier sur milieu

minimum

 Individu auxotrophe : microorganisme ne peut plus se multiplier sur

milieu minimum

 Microorganisme ne peut pas se multiplier sans l’ajout d’un

supplément de croissance particulier

 Voie de biosynthèse altérée

 Microorganisme ne peut pas utiliser une substance particulière
pour sa croissance

 Voie de catabolisme altérée

Screening des mutations

 Méthode directe
 Elle permet d’isoler, localiser et identifier les mutants

 Elle présente l’inconvénient d’être longue

Répliques sur milieu sélectif

Milieu Milieu Milieu Milieu Milieu

complet minimum minimum minimum minimum
+aa1 +aa2 +aa1 +aa2
Screening des mutations

 Contre-sélection

 Elle est basée sur le principe d’enrichissement du milieu en

mutants. Les conditions du milieu éliminent les cellules
parentales et amplifient les mutants

 Exemple : Le 5-Bromodeoxy-Uracile (5-BU), lorsqu’il est

incorporé à l’ADN, rend les cellules sensibles à la destruction
par les UV
Les mutants qui ne se divisent pas n’absorbent pas le 5-BU et
poussent sur un milieu contenant les éléments essentiels pour
leur croissance
Exemple d’un protocole d’enrichissement en mutants
Screening des mutations

 Sélection physique

 Exemple: Les mutants thermosensibles montrent une plus petite

taille que les sauvages

 Exemple: Les mutants HU ont un temps de génération plus long,

forment de petites colonies, sont sensibles aux basses et aux
hautes températures et montrent un phénotype de filamentation

 Lorsqu’un test de mobilité vers des substances attractives est

réalisé, les cellules se répartissent en groupes
 Screening des mutations

 Mutations conditionnelles

 Les allèles mutants n’expriment le phénotype que dans certaines

conditions restrictives

 Dans les autres conditions (dîtes permissives), le phénotype est

normal

 Exemple: mutants sensibles à la température (modification d’un

acide aminé nécessaire à la stabilité de la protéine)

 Exemple: phage T1 infecte E. coli dans différentes conditions

permissives ou restrictives selon le comportement de la bactérie
 Screening des mutations

 Mutations de résistance ou de dépendance

 Résistance : l’organisme résiste à :

 une substance toxique (Ex: streptomycine, chlorate, ...)

 une infection virale (Ex: bactériophage T1)

 Exemple : résistance à la streptomycine, due à une protéine

ribosomale S12 différente

 Dépendance : l’organisme dépend du produit toxique

 Screening des mutations

 Cas particulier des mutations léthales récessives liées à X

 Mutations léthales sont plus fréquentes que celles viables et visibles

 Mutations récessives sont plus fréquentes que celles dominantes

 Les femelles sont conductrices

 La moitié de la progéniture mâle d’une femme hétérozygote sont

atteints (et meurent)
Test d’Ames

 Ce test a été développé par Ames et McCann pour la détection du

pouvoir mutagène/carcinogène des produits chimiques

 Il est basé sur le fait que les produits carcinogènes endommagent

l’ADN, que ce soit chez l’homme ou la bactérie

 Ce test utilise des mutants His- de Salmonella spp., présentant

plusieurs mutations différentes dans le gène his

 Les souches Salmonella mutées sont mises en croissance sur boîte en

présence du produit chimique

 La réversion de ces mutants His- traduit le pouvoir mutagène du

produit chimique

 La sensibilité du test a été améliorée en utilisant des souches mutées

dans le système de réparation par excision de nucléotide
Taux de mutation / Fréquence des mutants

 Taux de mutation

 Probabilité qu’un événement mutationnel spécifique se produise

en un laps de temps donné

 On ne parle pas de jours, d’heures ou de minutes, mais de

temps de génération ou de temps de division

 Fréquence relative des mutants

 Elle est définie comme la fréquence avec laquelle on trouve un

type spécifique de mutations ou de mutants dans une population
de cellules ou d’individus
Taux de mutation / Fréquence des mutants

 Lorsque plusieurs mutations peuvent provoquer un phénotype

particulier, le taux de mutation sera relativement élevé

 Si seules quelques mutations peuvent créer un phénotype donné,

le taux de mutation sera relativement faible

Taux de mutation / Fréquence des mutants

 Exemple: le phénotype mutant His- est beaucoup plus fréquent ( au

moins 1.000X ) que le phénotype mutant SmR (Streptomycine)

 11 produits de gènes sont nécessaires pour la biosynthèse de

l’histidine, chacun composé de centaines d’acides aminés

 Le changement de l’un de ces acides aminés peut donc entraîner

l’inactivation d’une des enzymes impliquées

 La résistance à la streptomycine résulte du changement d’un

acide aminé parmi quelques acides aminés d’une protéine
ribosomale unique ( S12 )

 Mutation His+  His- 10-6 à 10-7

 Mutation SmS  SmR 10-10 à 10-11

Réversion / Suppression

 On distingue deux groupes de réversions :

 Mutation réverse

 La 2ème mutation a lieu au même site que la 1ère mutation

 Mutation suppressive

 La 2ème mutation se produit en un site différent et annule le

changement dû à la 1ère mutation
 Suppression intragénique

 2ème mutation a lieu dans le même gène

 Suppression intergénique

 2ème mutation a lieu dans un autre gène

Eléments transposables

 1ère description d’éléments transposables a été faîte par Barbara

McClintock (1951) chez le maïs: facteur Ds qui provoque, à haute
fréquence, des ruptures de chromosomes à l’endroit où il se trouve
 Ces cassures ont été détectées par des analyses cytologiques ou
parce qu’elles démasquent des gènes récesifs
 Barbara McClintock ne parvint par à localiser cet élément car il
changeait continuellement de position

c sh bz wx Ds

C Sh Bz Wx Ds

c sh bz wx Ds

Ds
C Sh Bz Wx
Eléments transposables

Gène 1 Gène 2
Ds Ac

Gène 1 Gène 2
Ac

Ds

Gène 1 Gène 2
Ds Ac
Eléments transposables

 Ds détermine l’instabilité, l’inactivité et parfois la perte d’un gène

situé à proximité

 Ds n’agit qu’en présence de Ac

 Ds et Ac peuvent tous deux se transposer

 Ac peut se déplacer de manière autonome, alors que Ds demeure

stationnaire à moins qu’un élément Ac ne soit présent

 Ac contrôle l’activité de Ds ainsi que sa fréquence

 Ac est un élément autonome  capable de se transposer

 Ds est un élément non autonome ou défectif  incapable de se

transposer seul
Eléments transposables

 Chez les bactéries Gram-, les éléments transposables ont été

découverts vers 1960 en étudiant la régulation de l’expression
des gènes des opérons lactose et galactose chez E. coli
 La démonstration de leur existence a été réalisée après analyse
de la structure de molécules hétéroduplex générées de mutations
survenant dans ces opérons

IS

IS
Eléments transposables

 Ils ont été trouvés chez les phages, bactéries, champignons, virus,
plantes, insectes, eucaryotes, ...

 Ce sont des séquences qui ont la capacité de se déplacer d’un site à un

autre sans aucune analogie entre les séquences du donneur et du
receveur  Recombinaison illégitime

 En général, leur taille varie de 700 pb à 40 kb

 Là où ils se transposent, ils provoquent des mutations

Séquences d’insertion

 Les ISs ont toutes des propriétés communes :

 Elles contiennent des IRs ( “Inverted Repeats” ou “Séquences

Répétées Inversées” ), spécifiques à chaque IS

 Chaque IS code pour une transposase

IR IR

Transposase
Séquences d’insertion

 Lorsque les ISs se transposent, une séquence de l’ADN-hôte est

dupliquée au site d’insertion

ATGCA Séquence cible

TACGT

ATGCA CGTA ATGC

TACGT GCAT TACG

Séquence d’insertion

ATGCACGTA ATGCATGCA
TACGTGCAT TACGTACGT
Séquences d’insertion

 IS1 est présente chez E. coli en 6-10 copies selon la souche

 IS1 a été détectée chez d’autres Entérobactéries :

- Shigella dysenteriae 40 copies

- Klebsiella aerogenes 1 copie
- Serratia marcescens 2 copies

 Aucune copie chez les espéces de Salmonella ou Edwartsiella iorda,

malgré leur proximité taxonomique avec les précédentes bactéries

 E. coli présente également 5 copies IS3 et 1 copie IS4

Quelques éléments IS chez les Gram-

IS Hôte Taille (pb) IR (pb) ORFs

IS1 Entérobactéries, phages, plasmides 768 20/23 8

IS2 E. coli, plasmides F 1327 32/41 2
IS3 E. coli, plasmides F 1258 39/39 3
IS4 E. coli K12 1426 16/18 2
IS5 E. coli, Shigella, phage , Mu 1195 15/16 3
IS10 Tn10 1329 17/22 1
IS26 Tn2680 820 14/24 2
IS30 Phage P1, E. coli 1221 23/26 3
IS50R Tn5 1534 8/9 2
IS52 Pseudomonas savastanoi 1209 9/10
IS102 Plasmide pSC102 1057 18 3
IS136 Agrobacterium tumefaciens 1313 32/30 3
IS222 Pseudomonas aeruginosa 1350 40
IS476 Xanthomonas campestris 1225 13
ISRm Rhizobium meliloti 2700 24/25
Séquences d’insertion

 La plupart des ISs contiennent une seule région codante majeure

débutant dans une des IRs et codant pour la transposase

IR IR

Transposase

 D’autres ORFs peuvent chevaucher cet ORF majeur, mais leurs

fonctions n’ont pas été élucidées
Séquences d’insertion

 Cas surprenant de IS1

 Elle différe de toutes les autres ISs par le fait qu’elle contient
8 cadres de lectures ouverts

 C’est la plus petite IS connue

 2 ORFs : InsA et InsB , codent pour les protéines nécessaires

à la transposition

 Les autres ORFs pourraient être impliqués mais ne sont pas

essentiels
Transposons

 En 1971, il a été découvert que le déterminant ß-lactamase, qui confère

la résistance aux antibiotiques ß-lactames (ampicilline ou pénicilline)
était capable de passer d’un plasmide vers un autre palsmide
compatible

 Il a été montré que ce déterminant pouvait s’insérer dans le

chromosome de E. coli

 La similarité entre cet élément (Tn3) et les séquences d’insertion

connues ne fut établie que quelques années plus tard

 La capacité d’autres gènes de résistance aux antibiotiques à “sauter”

en d’autres localisations fut alors ensute démontrée, et ces éléments
“sauteurs” furent appellés “transposons”
Transposons composés

 En plus de la fonction de transposition, ils possèdent une région

centrale contenant un marqueur génétique codant pour :

- Production de toxines

- Résistance aux antibiotiques

- Résistance aux métaux lourds ...

 Au moins 5 classes sont connues : I, II, III, IV, V

Classe I

 Transposons composites composés d’une région centrale bordée par 2

ISs quasi-identiques, elles-mêmes bordées par des IRs

 La fonction de transposition est codée par les ISs

 2 ISs peuvent être identiques, mais dans la plupart des cas, elles
diffèrent par quelques paires de bases
Ex: IS50 (Tn5): # de 1 pb, IS10 (Tn10): # de 2.5%

 Les ISs peuvent être dans la même orientation ou le plus souvent dans
des orientations opposées
Ex: IS1 (Tn9): répétitions directes, IS50 (Tn5): inversées

 Les IS ne se déplacent pas seules, mais ont évolué de manière à

favoriser le mouvement du complexe dans son ensemble

 Repésentants types: Tn5 (Km/Nm), Tn9 (Cm), Tn10 (Tc)

Transposon Tn10

1.33 kb 6.64 kb 1.33 kb

IS10L Tn10 R A C D IS10R

tet

Défectueuse Active

 Tn10 présente une séquence cible spécifique : NGCTNAGCN

Transposon Tn10

Tn10 IR IS10R IR

Pout ARN

ARN Pin

 Pout  poursuite de la transcription jusqu’aux séquences adjacentes

 Pin  transcription de IS10R et synthèse d’une protéine de 47 kDa
 La capacité de Tn10 à se transposer dépend du cycle de réplication et est
fonction de l’état de méthylation de 2 sites :
 l’un à l’intérieur de la répétition inversée (là où la transposase se lie)
 l’autre dans Pin (à partir duquel la transposase est transcrite)
 Le passage de la fourche de réplication par ces 2 sites engendre des
séquences non méthylées et active la transposition
Transposon Tn5

1.5 kb 2.7 kb 1.5 kb

IS50L * neo IS50R

ARN ARN ARN

Transposase 254kDa
Protéines
tronquées
Inhibiteur 158kDa

Néomycine Phosphotransférase II
(KmR/NmR)

 # de 1 pb entre les IS entraîne :

 terminaison prématurée des deux protéines dans IS50L
 création d’un promoteur pour la transcription du gène NPTII
Classe II

 Ils diffèrent souvent de ceux de la classe I par la présence de

déterminants génétiques accessoires directement adjacents aux gènes
de transposition qui ne sont pas portés par les ISs

 Ils ne forment pas de structures composites

 Les membres de cette classe montrent de grandes similarités

structurales et fonctionnelles

 Repésentants types: Tn3 (Ap), Tn1 (Ap), Tn501 (Hg), Tn21 (Sm/Ap)
Transposon Tn3

39 pb 5 kb 39 pb

IR tnpA x tnpR bla IR

- -

Transposase Résolvase ß-lactamase

 tnpA et tnpR sont exprimés de manière divergente à partir d’une région de

contrôle intercistronique riche
x en A-T

 Tous les effets de TnpR se font par l’intermédiaire de sa liaison à cette

région de contrôle

 Tn3 procure une immunité de transposition

 un ADN portant Tn3 est protégé d’insertions ultérieures
Classe III

 Ce sont les bactériophages qui se transposent, Mu et D108

 Ils utilisent la transposition pour promouvoir la réplication

végétative de leur génome lors du développement lytique et
l’insertion du prophage pendant la lysogénisation

 Ce sont les plus grands transposons connus : 39 kb

 Ils ne possèdent pas de répétitions terminales homologues

Classe IV

 Il s’agit du transposon Tn7

 Il diffère des autres transposons par le fait qu’il s’insère dans un

hotspot unique chromosomique

 Il est trouvé chez plusiuers genres bactériens : Escherichia coli,

Pseudomonas aeruginosa, Caulobacter crescentus et Vibrio

 Il s’insère néanmoins en de nombreux sites chez la plupart des

plasmides
Transposon Tn7

150 pb 14 kb 90 pb
tns

IR7L integron/cassettes E D C B A IR7R

TpR,SmR,SpR Protéines de transposition

Protéine Fonction Homologues ou motifs structuraux

TnsA Unité de la transposaseEnzyme de restriction type II

TnsB Unité de la transposaseIntégrase rétrovirale
TnsC Régulateur/connecteur Nucléotide-binding motif
TnsD DNA-binding protein
TnsE DNA-binding protein
Transposon Tn7

 TnsD et TnsE sont des sélecteurs alternatifs de cible

 Tn7 a plusieurs manières de promouvoir sa propagation, selon les

protéines impliquées :

 TnsABC+E  Transposition à faible fréquence en différents

sites, avec une préférence pour les plasmides
conjugatifs
 Transfert horizontal
 Dispersion de Tn7 dans la population
bactérienne

 TnsABC+D  Insertion à fréquence élevée dans un site

spécifique (attTn7 en aval de glmS) dans le
chromosome (sans effet négatif)
 Transfert vertical
 Pérennité du Transposon et transmission
aux cellules filles
Classe V

 Ce sont quelques transposons des bactéries Gram+

 Ils ont certaines caractéristiques qui les diffèrent de toutes les

autres classes de transposons :

 Ils n’ont pas de répétitions inversées terminales

 Ils ne génèrent pas de duplication dans l’ADN-cible lors du

processus de transposition

 Représentants types: Tn916 (Tc), Tn554 (Em/Sp), Tn1545 (Em/Km)

Quelques éléments transposables chez les Gram+

IS Hôte Taille (kb) IR (pb) Duplication Classe

Tn4001 Staphyloccocus aureus4.7 IS256 I

Tn551 Staphyloccocus aureus5.3 40 5 II

Tn917 Streptococcus faecalis 5.27 38 5 II
Tn4430 Bacillus thuringiensis 4.19 38 5 II
Tn4451 Clostridium perfringens 6.2 12 II
Tn4556 Streptomyces fradiae 6.62 II

Tn916 Streptococcus faecalis 16.4 0 V

Tn918 Streptococcus faecalis 16 V
Tn919 Streptococcus sanguis 16 V
Tn1545 Streptococcus pneumoniae 25.3 0 V
Tn554 Staphyloccocus aureus6.69 0 V
Eléments mobiles des Archaebactéries

 Ce sont tous des séquences d’insertion

 Leur taille varie entre 300 et 1700 pb

 Ils sont principalement trouvés dans une région unique du gène bop de
la bactérioopsine du chromosome de Halobacterium halobium ou dans
ses plasmides

 Ils ont aussi été trouvés chez Methanobrevibacter ou Haloferax

volcanii
Quelques éléments mobiles chez les Archaebactéries

IS Hôte Taille (pb) IR (pb) Duplication (pb) ORFs

ISH1 H. halobium 1118 8/9 8 1

ISH2 H. halobium 520 19 10, 11 ou 20 3

ISH25 H. halobium 588 - -

ISH50 H. halobium 996 23/29 - 2

ISHS1 H. halobium 1700 26/27 8

ISH51 H. volcanii 1371 15/16 3

Réarrangements génétiques associés à la transposition

 Font partie du processus de transposition de +part des transposons

 Fusion de réplicons
 Quand un plasmide portant un transposon est transféré dans une
cellule, la réplication du transposon conduit à la formation d’une
structure co-intégrée, càd une fusion entre le plasmide portant
le transposon et un autre réplicon présent dans la cellule

 Seules les souches Rec- peuvent maintenir cette structure stable

Réarrangements génétiques associés à la transposition

 Dans les souches Rec+, la structure co-intégrée peut subir une

recombinaison Rec-dépendante et aboutit à la présence de cet
élément mobile sur les 2 réplicons

 Si la fusion se fait entre 2 plasmides, un grand plasmide hybride

se forme

 Si un des réplicons est le chromosome, le plasmide s’intègre dans

le chromosome (événement rare)
Réarrangements génétiques associés à la transposition

 Inversion et Délétions

a b c d e f g h i

a b c d

X e X
i h g f

a b c f e d g h i
Mécanismes de transposition

 Même si les évènements de transposition semblent similaires au

processus de recombinaison, des mécanismes spécifiques existent
pour chaque transposon

 Les mécanismes de transposition ont été élucidés pour quelques

transposons seulement

 Celui de Tn3 est celui qui est le mieux compris

 Les autres transposons montrent des mécanismes différents

Mécanismes de transposition

 Modèle réplicatif : Exemple de Tn3

TnpR
Mécanismes de transposition

 Modèle conservatif
Mutagénèse par transposons

 Avantages d’utiliser les transposons pour provoquer des mutations :

 Fréquence élevée des mutations par rapport aux autres

traitements mutagènes

 Plupart des mutations résultent d’un blocage complet de

l’expression des gènes où s’est inséré le transposon

 Présence le plus souvent d’une insertion unique

 Diminution du risque de double mutant

 Présence d’un marqueur génétique sur le transposon permet

une sélection directe

 Insertion du transposon peut être aléatoire

Mutagénèse par transposons

 Remarques

 Tous les transposons ne remplissent pas ces conditions

 Certains ont des sites d’insertion préférentiels

 Certains ne génèrent pas des insertions stables

 En raison de ses nombreux avantages, le transposon Tn5

est celui qui le plus couramment utilisé pour la mutagénèse
chez les bactéries Gram-
Mutagénèse par transposons

 Ce type de mutagénèse nécessite l’introduction du transposon dans la

cellule  Utilisation de vecteurs suicides

 Un des vecteurs beaucoup utilisé pour l’étude génétique des Gram- est
le RP4 (identique à RP1, R68 et RK2) (Famille IncP)

trfB Ap

Ap,Km,Tc Résistance aux antibiotiques

ori ampicilline,kanamycine,tétracycline
Tra1

RP4
ori Origine de réplication
Tc
TrfA,B Fonction de réplication en trans
trfA
Tra1,2,3 Fonctions de transfert
Tra3
Km Tra2
Mutagénèse par transposons

 1ère approche

 Elle consiste à utiliser un dérivé du plasmide RP4 avec des

fonctions de réplication thermosensibles

 L’instabilité du vecteur est provoquée par la présence d’une

mutation dans le système de réplication du plasmide

 Elle a été utilisée avec succés pour la mutagénèse chez

Pseudomonas aeruginosa, Legionella pneumophila, Erwinia
chrysanthemi, ...
Mutagénèse par transposons

 2ème approche
Elle consiste à utiliser le plasmide RP4::Mu (construction instable chez
beaucoup d’espèces)

Muc+ Mucts Mucts

Température
Conjugaison

Sélection
Muc+ Donatrice Réceptrice

RP4

Mucts Mucts Mucts

Mutagénèse par transposons

 3ème approche

Elle consiste à utiliser des vecteurs incapables de se répliquer dans

d’autres hôtes que E. coli

Mob
Tra

Donatrice Réceptrice
Mutagénèse par transposons

 Mutagénèse dirigée

Recombinaison

z::Tn5
Rétrotransposons

 Leur génome est constitué d’ARN simple brin

 Ils se répliquent via un ADN double brin intermédiaire

 Cet ADN double brin s’insère dans le génome-hôte par transposition

 L’intégration génère de courtes séquences directement répétées

 La forme rétrovirale qui s’intègre est une molécule circulaire contenant

2 copies LTR

 La transposase / intégrase est codée par le gène pol

 L’ADN viral s’intègre au hasard dans l’ADN-hôte

Rétrotransposons

R gag pol env R

ARN

LTR
 Transcriptase reverse
LTR
ADN

 Circularisation

R LTR
 Intégration
LTR R
Eléments transposables chez la levure : Ty

 L’élément le plus fréquement retrouvé chez la levure est Ty1

 ~ 35 copies de Ty1 sont retrouvés dans le génome de la levure
 Comme les éléments mobiles procaryotes, les éléments Ty créent
en leur site d’insertion une duplication directe (5 pb pour Ty1)

 Les éléments Ty se transposent via un intermédiaire d’ARN (tout

comme les rétrovirus)  Ty est un rétro-transposon

0.3 kb 5 kb 0.3 kb

δ δ

ORF1, ORF2  gag, pol

Eléments transposables chez la drosophile

 Les éléments transposables peuvent constituer jusqu’à 10% du génome

de la drosophile
 3 catégories de telles séquences sont connues chez la drosophile :

 Eléments Copia
 Il y’en a au moins 7 familles
 Ils sont présents à 10-100 exemplaires par génome

5 - 8.5 kb
Eléments transposables chez la drosophile

 Eléments FB
 Leur taille varie de quelques 100aines à quelques 1000iers pb
 En dépit de similitudes, des différences de séquence sont
trouvées pour cette famille
 Sont le plus souvent insérés dans des régions de contrôle
de l’expression des gènes
 Ont tendance à s’exciser à haute fréquence

Ou

Ou

Ou

Ou
Eléments transposables chez la drosophile

 Eléments P

 Leur taille varie entre 0.5 et 2.9 kb

 Ils sont présents entre 30 et 50 copies par génome

 Ils codent pour une transposase et un répresseur

IR 0.5 - 2.9 kb IR

213 aa 216 aa
266 aa

 En croisant des ♂ de cytotype P avec des ♀ de cytotype M, on obtient

une fréquence plus élevée de mutations et d’aberrations chromosomiques
 Pour le cytotype P, les éléments P synthétisent le répresseur qui bloque
alors la trasnposition / Pour le cytotype M, il n’y a pas d’élément P
 Lors du croisement, l’élément P se retrouve dans un environnement sans
répresseur et exprime alors sa transposase