Universitatea de Stat din Moldova

Departamentul de Informatica

Modelarea matematică în bioinformatică

Curs 1. Structuri ce se autoorganizează.

Aurelia Prepelita,
conf. univ., dr.

Chișinău, 2018 1
Cuprins prelegeri:

Obiectul de studiu al bioinformaticii. Noi domenii de
aplicabilitate a bioinformaticii (Introducere).

Sisteme complexe. Caracteristicile unui sistem
complex. Sisteme ce se auto-organizează.
Sinergetica, teoria autoorganizării. Structuri disipative.
Autoorganizarea – caracteristici. Structuri ce se
autoorganizează - exemple (Tema 1).

Calculatoare pe bază de ADN. Experimentul lui
Adleman (Tema 2).

Metodele analizei calitative a sistemelor de ecuaţii
diferenţiale. Triggeri biologici - structuri bistabile.
Funcţii logice. Modelul SOS (Tema 3).
(2
 Cuprins prelegeri:

Calcul membranal. P sistemele cu membrane active.
Soluţionarea nSAT (Tema 4).

Conceptul de rețele Petri membranale 2D și 3D.
Modele pacient-specifice (Tema 5).

3
Cuprins, ore laborator:


Laborator 1. Sisteme ce se autoorganizeză (3 parti, 2
saptamani):

 Partea 1 (teorie): (3p)


Bioinformatica: definitia, obiectul de studiu, domenii de aplicabilitate.

Sisteme complexe: caracteristici, exemple.

Sisteme ce se auto-organizează: principii de bază, tipuri de structuri
ce se autoorganizează, exemple.
Cuprins, ore laborator:

Laborator 1. Sisteme ce se autoorganizeză (3 parti, 2
saptamani):

 Partea 2a (teorie): (2p)


Modelul matematic Lotka-Volterra. Sistemul de ecuații dIferențiale,
analiza calitativa a sistemului, tabloul fazic.

 Partea 3a (practică): (5p)


Modelul Lotka-Volterra în rețele Petri hibride. Ajustarea parametrilor.
Analiza calitativa a sistemului, tabloul fazic. Obținerea și analiza
rezultatelor simulării (amortizarea/amplificarea oscilațiilor,
autooscilații).

Concluzii.

Bibliografie
Cuprins, ore laborator:

Laborator 2. Calcul membranal. Soluţionarea 3SAT
(un ex. la alegere) (2 saptamani):

 Prezentarea evolutiei P sistemului cu membrane active in procesul de

calcul: (7p)
 starea initiala a sistemului,
 algoritmul de calcul: starea sistemului membranal pe pasi,
 regulile ce se activeaza/executa la fiecare pas de calcul,
 reprezentarea grafica a sistemului (la anumiti pasi de calcul).
 Analiza caracteristicilor P sistemului cu membrane active. (1p)
 Analiza rezultatelor obtinute. (1p)
 Concluzii. (1p)

6
Introducere


Obiectul de studiu al bioinformaticii.

Noi domenii de aplicabilitate

7
 Obiectul de studiu al bioinformaticii

Bioinformatica (Bioinformatics, Computational Biology) este

domeniul care se ocupa de extragerea, acumularea, prelucrarea,
gestionarea şi integrarea informaţiei produse de stiinţele vieţii
(la nivel molecular) cu ajutorul tehnologiilor informationale.
Obiectul de studiu al bioinformaticii a evoluat în timp.
Initial au fost studiate:
- structuri simple, cu identificarea modelelor fizice la nivel
molecular;
- unele mecanisme de interacţiune moleculară.
Urmatorul pas a fost studiul:
- secventelor de ADN;
- alinierea nucleotidelor;
- predicţia structurii secundare şi terţiare în baza structurii
primare. 8
 Obiectul de studiu al bioinformaticii

Odata cunoscute procedurile de lucru cu secvente simple,

s-a trecut la studiul complex al procesarii a mai multe
secvente, la identificare genelor. Informaţiile au fost stocate in
baze de date specializate.
Multitudinea informatiilor obţinute in timp şi creştearea
complexitatii prelucrarii datelor a dus la dezvoltarea uneltelor
de integrare a datelor din baze de date diferite.
Convergenţa informaţiilor este urmaturul pas in evoluţia
bioinformaticii.

9
Noi domenii de aplicabilite a bioinformaticii

1D:
- Extragerea şi analiza noilor secvenţe de cDNA;
- Calculul temperaturii de topire ("melting temperature");
- Design de primeri PCR.
2D:
- Analiza structurii secundare ADN şi ARN;
- Traducerea secvenţei de ADN complementar (cDNA) în
secvenţa de aminoacizi;
- Cautarea de omologi ai secvenţei de ADN sau aminoacizi;
- Alinierea secventei proteinei de interes cu cea a proteinei
identificate ca fiind (partial) omoloage;
- Predictie de structura secundara;
- Analiza proteinei de interes, etc. 10
 Noi domenii de aplicabilite a bioinformaticii

3D:
Realizarea modelelor de structura 3D prin tehnici de "homology
modelling" şi "Remote homollogy modelling" (în funcţie de
gradul de omologie între proteina de interes şi o proteina cu
structura determinata), etc.
Domenii de aplicativitate:
- Studiul organismelor vii cu ajutorul metodelor generative
bazate pe limbaje formale;
- Funcţii de crestere în sistemele vii;
- Influenţa factorilor de mediu asupra organismelor vii;
- Modele statistice aplicate viului in general.
11
Noi domenii de aplicabilite a bioinformaticii

Datorita exploziei de informatii structurale

materializate în secvente de ADN, bioinformatica joaca
un rol din ce in ce mai important in studiul problemelor
biologice şi biomedicale fundamentale. Genele şi
proteinele care participa la diviziunea celulara
bacteriana pot fi tinte potentiale ideale pentru o nouă
generaţie de antibiotice. Identificarea şi analiza genelor
necunoscute cu ajutorul tehnicilor şi metodelor
informatice, clonarea şi supraexprimarea acestora în
proteine cu ajutorul tehnicilor şi metodelor de biologie
moleculara reprezinta o noua directie de cercetare cu
aplicatii potentiale, în special în domeniul biomedical şi
în industria farmaceutica.
12
 Noi domenii de aplicabilite a bioinformaticii

Medicina
- Dezvoltarea unui diagnostic mai precis şi mai rapid
- Dezvoltarea tratamentelor personalizate
- Curatarea reziduurilor toxice
- Captura carbonului în exces pentru reducerea
încălzirii globale

Identificarea ADN-ului
- Identificarea rudelor, a victimelor catastrofelor
- Identificarea criminalilor
- Identificarea contaminantilor din aer, apa, sol,
alimentatie
- Confirmarea pedigree-ului la animale 13
 Noi domenii de aplicabilite a bioinformaticii

Agricultura, încrucisarea raselor, bioprocesarea

- Obtinerea de plante si animale mai rezistente la boli, agenti
patogeni si conditii de mediu
- Cresterea productivitatii si calitatii culturilor
- Încorporarea vaccinurilor in produse
- Dezvoltarea de procese industriale mai eficiente

Bio-antropologia
- Întelegerea descendenţei genetice umane

14
 Noi domenii de aplicabilite a bioinformaticii

Noi directii de cercetare in Informatica

(Bioinformatica)
- Calcul molecular
- Modele formale
- Calcul membranal (P sisteme)
- Calcul bazat pe ADN
- Biocalculatoare
- Modelare pacient-specifica
- Modele IA in biologie, medicina, industria farmaceutica

15
Curs 1
Concepte de bază privind apariţia
structurilor ce se auto-organizează

16
 Sisteme complexe

Complicitatea exprimă gradul de structurare al

sistemului, varietatea elementelor şi numărul lor,
sistemele complicate pot fi formate din diferite
componente şi diferite subsisteme. Pe cînd
complexitatea mai implică şi gradul de schimbare al
sistemului în timp, varietatea corelaţiilor elementelor
şi schimbarea corelaţiilor elementelor. Prigogine a
definit sistemele complexe ca sisteme ce au
capacitatea de aşi schimba forma şi caracteristicile în
sistem.
17
Sisteme complexe

Structura globală
într-un sistem complex
crează răspunsul
componentelor la un
moment dat în timp.

Interacţiunile locale
ale componentelor
determină noua structură
globală a momentului
următor.

18
 Caracteristicile unui sistem complex


un sistem complex nu este un întreg alcătuit din părţi,
ci un întreg alcătuit din alţi întregi.

componentele sistemului interacţionează local: nici o
componentă nu interacţionează direct cu toate celelalte,
ci numai cu cele învecinate.

comportamentul global este independent de structura
internă a componentelor.

comportamentul global al sistemului este bine definit.

19
 Stabilitatea sistemelor complexe


Stabilitatea este o proprietate vitală a unui sistem.
 Preţul stabilităţii este inerţia, rezistenţa la schimbare.
 Nu putem avea stabilitate fără rezistenţă la schimbare;
este, de fapt, acelaşi lucru privit din unghiuri opuse.
 Schimbarea unui sistem presupune supunerea sa unor
presiuni puternice pentru un timp îndelungat.
 Sistemele Adaptive Complexe - sisteme complexe care se
auto transformă pentru a se adapta într-un mediu
schimbător.

20
 Caracteristicile unui sistem complex

- prezintă un mare grad de ordonare

- multe stări sau variabile de nivel
- există multiple bucle, negative şi pozitive
- sunt neliniare
- comportamentul este deseori curios, în
contradicţie cu aparenţele, contra-intuitiv
- manifestă o relativă rezistenţă la schimbare
- prezintă diverse puncte "de presiune" prin care
se poate modifica echilibrul sistemelor
- opun rezistenţă la acţiunile din exterior, deoarece
acestea alterează echilibrul interior al
sistemului
21
 Sinergetica, teoria autoorganizării

Sinergetica (ştiinţa despre interdependenţă, teoria

complexităţii, teoria autoorganizării, teoria dezechilibrului)
studiază sistemele deschise cu o evoluţie neliară ce se
autoorganizează când are loc trecerea la o nouă etapă de
dezvoltare (Hermann Haken, fondatorul Sinergeticii,
Universitătea din Stuttgard, 1969).

Autoorganizărea este o noţiune fundamentală ce

se referă la evoluţia obiectelor (sistemelor) mai
simple spre forme de organizare a substanţei mai
complexe şi mai organizate.
22
 Patru caracteristici de baza ale sistemelor ce
se autoorganizeaza (I. Prigojin)


Deschise (are loc schimb de
energie/substanţă cu mediul)

Conţin un număr nelimitat de elemente
(subsisteme) ce interacţionează coierent

Neliniare (descriptibile matematic prin
ecuaţii neliare)

Departe de echilibru
termodinamic (există
un prag (punct) critic)

23
 Sisteme ce se autoorganizează

Fenomenul de autoorganizare (apariţia

spontană de noi structuri şi noi forme de
comportament) este larg răspândit atât în
natura nevie, cât şi în natura vie.

În sisteme fizice, chimice, biologice şi sociale

pot apărea structuri:

spaţiale

temporale

spaţio-temporale

funcţionale
24
 Structuri disipative

Ilya Prigogine (Premiul Nobel în chimie, 1977, Belgia):

Structurile disipative - împrăştie energie proprie
pentru a se re-crea în noi forme de organizare.
Confruntate cu amplificarea nivelului de zgomot,
dezordinii, aceste sisteme posedă proprietăţi
pentru a se reconfigura astfel încât să poată
exploata noile informaţii.

25
 Autoorganizarea - caracteristici


sistemele complexe nu au nişte căi de dezvoltare fixate. Mai
degrabă trebuie de înţeles cum de contribuit la dezvoltare şi
cum de scos astfel de sisteme pe aceste căi. Este vorba despre
o dezvoltare autoorganizaţională.

sistemele ce se autoorganizează sunt supuse
fluctuaţiilor interne şi externe

sistemele pot deveni instabile în aceste sisteme se petrec
schimbări calitative

sistemele ce se auto-organizează nu doar importă ordine din
mediul lor, ci preiau şi materie bogată în energie pe care o
integrează în propria structură şi, astfel, îşi ameliorează
ordinea internă

sistemele complexe au, de regulă, căi multiple de dezvoltare.
Dar există un punct unde se alege calea de dezvoltare numit
punctul de bifurcaţie, şi la apropierea de acest punct se poate
determina calea de dezvoltare a sistemului 26
 Autoorganizarea - caracteristici

- evoluţia şi dezvoltarea sistemelor neliniare este

ireversibilă
- pentru sistemele neliniare deschise există o
multitudine de căi de dezvoltare, încît la influienţa unei
mici fluctuaţii venite din interior sau exterior, şi prin
schimbarea parametrului de ordine, sistemul poate
trece la o nouă cale de dezvoltare
- în punctul de bifurcaţie are loc alegerea unei singure şi
noi căi de evoluţie

27
 Autoorganizarea - caracteristici

Sistemele neliniare deschise, afirmă Hermann

Haken, sunt controlate într-un mod specific de
parametri de control, sau parametri de ordine, adică
de către fluxul de energie, substanţă sau informaţie
care intră într-un sistem. Schimbând unul sau mai
mulţi parametri de control, starea macroscopică a
sistemului se poate destabiliza şi poate fi înlocuită
de o stare calitativ nouă.

28
Auto-organizarea - exemple

Celule Benard (structură

spaţială)

29
Auto-organizarea - exemple

Reacţia lui Belousov-Jabotinskii

(structură spaţio-temporală)
(B.Belousov, 1956), (A.Zdabotinskii,
A.Zaikin, 1970)

30
Auto-organizarea - exemple

Modelul Lotka-Volterra
(autooscilaţii-structură
temporală)

31
Auto-organizarea - exemple

Exemplu de structură funcţională: Modelul unui

trigger biologic (modelul Cernavskii). Schema
reglarii procesului de transcripţie a 2 enzime E1 şi
E2.
Tabloul fazic al sistemului, bistabilitate în sistem.

32
 Auto-organizarea - exemple
Lucrurile se organizeaza pentru ca nu sunt în echilibru
cu mediul extern, iar organizarea lor este un mijloc prin
care se ajunge la echilibru mai repede (Prigogin).

Exemplu clasic de auto-organizare: miscare organizata a moleculelor permite caldurii să

ajunga mai repede din partea fierbinte de jos în partea rece de sus (grăbind procesul de
egalizare a temperaturilor). Prin urmare, organizarea locala este un mijloc prin care se
ajunge mai repede la o dezorganizare globala. "Lucrurile in general nu tind nici catre
complexitate, nici catre simplitate, ci tind catre o diversitate şi o dezordine din ce in ce mai
mare. Dezordinea poate fi obtinuta prin descompunerea structurilor organizate, astfel
obţinând o mare diversitate de structuri simple. In mod similar insa, dezordinea poate fi
obtinuta combinand structurile simple în structuri complexe şi obtinand astfel o diversitate
mult mai mare de comportamente, deoarece structurile complexe manifesta comportamente
mult mai haotice şi mai diverse decat fiecare din componentele lor.

33
Bibliografie:

1. Синергетике – 30 лет. Интервью с професором Г. Хекеном. // «Вопросы

философии», № 3, 2000, с. 53.
2. Хакен Г. Тайны природы. Синергетика: наука о взаимодействии
(Hermann Haken. Erfolgsgeheimnisse der Natur. Synergetik: Die Lehre vom
Zusammenwirken). Москва 2003. c. 25.
3. Шаповалов В., Казаков Н. Законы синергетике и глобальное тенденции.
// «Обществерые науки и современность». 2002, № 3, с. 143.
4. Haken H., Mikhailov A. Interdisciplinary aproaches to nonlinear complex
sistems. Berlin, Springer-Verlag. 1993. p. 7.
5. Князева Е. Саморефлективная синергетика. // «Вопросы Философии»,
2001, №10, с. 100.
6. Прытков В. Оправдание сирергетики. // « Вопросы Философии», 2001,
№4, с. 149.
7. Kнеазева Е., Кудюмов С. Синергетика как новое мировидение: диалог с
И. Пригожиным- // «Вопросы Философии», 1992, № 12, c. 4.
34
 Întrebări

Curs 1. Bioinformatica – domeniu al informaticii

moderne.
 
1. Obiectul de studiu al Bioinformaticii.
2. Etapele de dezvoltare a Bioinformaticii.
3. Domenii de aplicabilitate a Bioinformaticii.

35
 Întrebări

Curs 1. Autoorganizarea. Sisteme complexe.

1.  Care este obiectul de studiu al Sinergeticii?

2. Ce inseamna un sistem complex?
3. Care e diferenta dintre un sistem complex si unul complicat?
4. În ce tipuri de sisteme pot avea loc fenomene de autoorganizare?
5. In ce sisteme pot aparea strucuri ce se auto-organizeaza? Exemple.
6. Ce caracteristici trebuie sa posede un sistem ce se autoorganizeaza?
7. Ce tipuri de structuri ce se autoaranjeaza cunoasteti? Exemple.
36