MICROBIOMUL UMAN

CURS MICROBIOLOGIE
03 IANUARIE 2017
 MICROBIOMUL UMAN
* Numarul total al celulelor bacteriene din corpul uman este de cel putin
10 ori mai mare decat numarul celulelor umane.
* Studii recente (NIH Human Microbiome Project/ HMP Consortium) au
permis identificarea si distributia microorganismelor care constituie
aceasta populatie microbiana.
* Metodele moderne de secventiere (next- generation sequencing/ NGS)
au adus informatii importante referitoare la modul cum aceste
microorganisme contribuie la starea de sanatate sau de boala a
organismului uman sau cum microbiomul uman este afectat de diverse
stari patologice.
 1. Microbiomul oral

In cavitatea orala exista nise ecologice cu o mare diversitate microbiana:

saliva, suprafata limbii, faringele posterior, crevasele gingivale etc. Se
estimeaza ca exista in microbiomul oral mai mult de 500 specii si
aproximativ 70 genuri bacteriene, mai multe decat in microbiomul intestinal.
Placa dentara si saliva contin cea mai mare diversitate bacteriana. Cele mai
frecvent identificate genuri sunt: Actinomyces, Prevotella, Streptococcus,
Fusobacterium, Corynebacterium, Veillonella, Rothia, Treponema etc.
Comunitatile microbiene din cavitatea orala, asociate starii de sanatate,
protejeaza impotriva infectiilor (prima poarta de aparare nespecifica), dar pot
fi implicate si in diverse procese infectioase localizate sau sistemice:
afectiuni periodontale, endocardita, pneumonie de aspiratie etc.
 Microbiomul oral

Periodontita: boala infectioasa si inflamatorie asociata cu perturbarea ecologiei microbiene

inca de la aparitia dentitiei si formarea microbiomului local. Socransky si colab. a propus
ideea ca periodontita este rezultatul actiunii unui complex de microorganisme patogene (asa-
numitul „red complex”): Porphiromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Treponema
denticola, foarte strans asociate cu patogeneza acestei boli.
Periodontita este un factor de comorbiditate care se poate asocia cu alte tipuri de afectiuni:
nastere prematura, boli cardiovasculare, afectiuni pulmonare, diabet, obezitate.
Descrierea profilului genetic al microbiomului oral s-a efectuat prin metode de
secventiere a genei 16S rRNA, ADN-ADN hibridizare, tehnica TRFLP, efectuate pe
totalitatea comunitatilor microbiene din placa supragingivala, subgingivala si biofilmul
dentar asociat.
Un patogen bacterian, Aggregatibacter actynomicetemcomitans, care apartine „complexului
rosu”, a fost asociat cu o forma clinica grava, periodontita localizata agresiva, la populatia
africana.
 Microbiomul oral

Toate situsurile din cavitatea orala, analizate genetic, au evidentiat

prezenta urmatoarelor specii bacteriene: Streptococcus mitis,
Streptococcus oralis, Granulicatella adiacens, la persoane sanatoase.
Aceste microorganisme, odata ce trec in sange, secundar unor manopere
stomatologice, pot determina (pe valve cardiace anterior agresate)
endocardita bacteriana.
Microbiomul salivar a fost studiat la indivizi provenind din 12 zone
geografice diferite: s-au descris 101 genuri bacteriene, cu o diversitate de
6 pana la 30 genuri diferite/ subiect. Genul Streptococcus spp. s-a
dovedit a fi predominant (23,7%), regasindu- se si in esofagul subiectilor
sanatosi.
 2. Microbiomul gastrointestinal

Tractul gastrointestinal uman, format din diferite situsuri anatomice (esofag, stomac,
intestin subtire, colon, rect, anus), este colonizat cu un numar impresionant de specii
bacteriene, de o mare diversitate.
* Microbiomul esofagian: esofagul este colonizat cu bacterii provenite din
cavitatea orala si din stomac, prin reflux gastric. Speciile bacteriene analizate la subiectii
sanatosi au evidentiat prezenta cocilor Gram pozitivi aerobi si anaerobi. Populatia
bacteriana din esofag nu contine spirochete. Ca si in cavitatea orala, Streptococcus spp.,
a fost genul bacterian dominant. Componenta microbiomului esofagian este diferita la
pacientii sanatosi si la cei cu patologie digestiva. Indivizii sanatosi au prezentat o mare
diversitate de specii bacteriene, dominant fiind genul Streprococcus spp., in timp ce la
pacientii bolnavi, au dominat bacilii Gram negativi anaerobi, cu diversitate scazuta a
speciilor bacteriene. Microbiomul esofagian este perturbat in afectiuni ca: esofagita,
sindrom Barrett (metaplazie intestinala), carcinom esofagian.
Microbiomul gastric:
pH- ul scazut si peristaltismul rapid nu permit colonizarea de durata si cu numar
mare de specii bacteriene a cavitatii gastrice.
 Stomacul si intestinul subtire, in repaus digestiv, contin fiecare, cate 100
microorganisme/ ml.
 Dupa consum alimentar, numarul microorganismelor creste la 105 / ml.
Microbiota dominanta in mucoasa gastrica e reprezentata de genul Helicobacter
spp.
 In absenta Helicobacter spp., domina genul Streptococcus spp.
 S- au descris si alte specii bacteriene Lactobacillus, Streptococcus,
Staphylococcus, membri ai familiei Enterobacteriaceae (provenite din cavitatea
orala si tubul digestiv), bacterii strict anaerobe, precum: Prevotella, Veillonella.
Microbiomul intestinului subtire:
regiunea proximala a intestinului subtire (duoden, jejun) are un pH acid si,
impreuna cu prezenta bilei, determina conditii care nu permit colonizarea
bacteriana, iar numarul de specii este foarte redus.
 Comunitatea bacteriana tipica acestui situs anatomic e reprezentata de
lactobacili, enterococi, coci Gram pozitivi aerobi si facultativ anaerobi, genul
dominant in duoden si jejun fiind, Streptococcus spp.
Studii moleculare recente, bazate pe tehnici PCR cantitative, au descris diferente
in compozitia microbiotei din tesutul intact al ileonului (pacienti sanatosi) fata de
cea obtinuta din piese biopsice din zone de ileostoma.
 In ileum, microbiomul este asemanator cu cel din colon, este complex, atat in
compozitie, cat si ca bogatie si diversitate a speciilor bacteriene.
Microbiomul colonului:
- Colonul uman contine o bogata colectie de comunitati bacteriene, cu un numar de
microorganisme cuprins intre 1011- 1012 UFC/ g.
- La indivizii sanatosi se intalnesc specii din diverse phyla, cum sunt:
Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, Proteobacteria, Verrucomicrobia.
La pacientii cu diverse afectiuni gastrointestinale, domina speciile din phyla
Proteobacteria.
- Microbiomul intestinal al pacientilor sanatosi contine 70- 100 de taxoni bacterieni
cunoscuti, identificarea facandu-se prin metoda secventierii intregului genom.
- Genul dominant in flora bacteriana totala a colonului este Bacteroides. Distributia
spatiala a microorganismelor difera in lumen (in specimenele de materii fecale) fata
de localizarea mucoasa.
 Speciile bacteriene din colonul distal sunt critice pentru metabolism,
digestie, nutritia organismului si joaca un rol cheie in mentinerea starii de
sanatate sau sunt implicate in diverse afectiuni.
Derivatii obtinuti din fermentarea bacteriana a carbohidratilor (in
compozitia carora intra acizii grasi cu lant scurt- SCFA): butirat, acetat,
propionat- asigura mai mult de 10% din necesitatile metabolice ale organismului.
Butiratul- produs de clusterele IV si XIV ale speciei Clostridium asigura
sursa principala de energie pentru epiteliul colonic, iar SCFA poseda efecte
anticancer colonic.
Acesti acizi grasi cu lant scurt confera protectie, rol in prevenirea infectiei
colonice cu patogeni digestivi, cum ar fi Salmonella enterica, serovar
typhimurium si Escherichia coli enterohemoragic EHEC O157:H7.
 Flora bacteriana colonica:
contribuie la procesul de nutritie al organismului,
 sinteza unor amino- acizi si vitamine (vit. K, B12, biotin, acid folic,
pantothenat).
 Au fost descrise 3 enterotipuri sau clase de microbiom colonic, diferite ca
si compozitie si functii.
 Enterotipurile 1,2,3 sunt bogate in genuri ca: Bacteroides, Prevotella si
Ruminococcus. Aceleasi enterotipuri sunt diferite prin caile metabolice si
compozitia in vitamine si metaboliti.
 diferente existente intre diferite populatii umane si susceptibilitatea diferita
la boala.
 - Microbiomul colonic poate fi perturbat in urma unei diete de lunga
durata.
Enterotipurile raman stabile pe o perioada scurta de dieta, de aproximativ
10 zile.
- Analiza cailor metabolice in care sunt implicate diverse specii
bacteriene a permis evidentierea unor enzime necesare degradarii
polizaharizilor din plante, producerii de acizi grasi cu lant scurt/ SCFA,
biosintezei unor vitamine, degradarii fenolilor toxici din surse alimentare.

 Aceste rezultate sustin capacitatile metabolice ale microbiotei colonului.

 Microbiomul colonic are un rol fundamental in metabolismul uman:
- diferentele in compozitia populationala a acestuia: obezitatea si sindromul metabolic.
in functie de tipul dietei, procentajul microorganismelor din genul Bacteroides creste
odata cu pierderea in greutate, in timp ce procentajul microorganismelor ce apartin
phylia Firmicutes descreste.
 Multitudinea si diversitatea genelor intregului microbiom colonic este un
biomarker al starii de sanatate umana.
 Utilizand acest biomarker, indivizii se clasifica in doua categorii:
• HGC (high- gene- count)
• LGC (low- gene- count); numarul de gene din microbiomul colonic pare a stabili starea
de sanatate si susceptibilitatea la diverse boli.
• LGC si HGC sunt caracterizate printr- un interval de min 380 000 gene si max 640 000
gene bacteriene- fagice/ individ.
 Studiile metagenomice au avut ca obiectiv intelegerea contributiei
microorganismelor in mecanismele patogenetice ale bolilor cronice cu suport
imun:
• boala inflamatorie a colonului (IBD),
• diabetul zaharat tip 2.
-La pacientii cu IBD s-a inregistrat o deficienta a speciei Faecalibacterium
prausnitzii.
IBD are un suport patogenetic multifactorial: genetic, raspuns imun, factori de
mediu (dieta), calitatea microbiomului colonic.
 O scadere a diversitatii bacteriene si o mare diferenta in compozitia
microbiomului colonic fata de pacientii sanatosi, s-a inregistrat la cei cu diabet
zaharat tip 2: o afectiune cronica, cu componente autoimune si metabolice.
•Boala Crohn, colita ulcerativa sunt asociate cu scaderea diversitatii
microbiotei fecale.
•- Metodele de secventiere genetica a microbiomului colonic al acestor
pacienti au evidentiat o depletie a genurilor bacteriene comensale, cum
ar fi Bacteroides si Firmicutes.
• Membri clusterelor Clostridium spp. (XIVa, care contin organisme
producatoare de butirat) sufera o diminuare marcata.
Toate studiile bazate pe metagenomica sugereaza puternic ca
microbiota colonului contribuie la activarea cailor metabolice care duc la
aparitia unor boli metabolice umane, cum ar fi diabetul zaharat tip 2.
 Microbiomul vaginal:

joaca un rol important in prevenirea infectiilor urinare si genitale.

- Compozitia microbiotei vaginale variaza in functie de pH, varsta, nivel
hormonal.
 Este in continua schimbare, in dinamica, pe perioada ciclului
menstrual, a sarcinii.
 S-a studiat microbiomul placentar, care se formeaza in perioada sarcinii
si, paradoxal, este diferit de cel vaginal.
 Microbiomul placentar este mai apropiat ca si compozitie, de
microbiomul oral.
Microbiomul vaginal contine predominant lactobacili, in perioada de premenopauza,
la femeile sanatoase, conferind rol protector impotriva colonizarii cu specii patogene.
Aceste efecte protectoare se datoreaza aderarii lactobacililor la mucoasa vaginala,
producerii de acizi organici, scaderea pH- ului vaginal, producerea de substante
antibacteriene care previn proliferarea bacteriilor patogene.
 La fel ca lactobacilii, Leptotrichia si Atopobium, sunt specii producatoare de acid
lactic.
 Specii bacteriene conditionat patogene si patogene izolate din secretiile vaginale,
sunt: Mobiluncus spp., Gardnerella vaginalis, Bacteroides spp., Prevotella spp.,
Mycoplasma hominis (responsabile de vaginita, vaginoza bacteriana).
 Unele studii asociaza alterarea microbiotei vaginale cu cresterea riscului pentri
coinfectii virale.
 Studii privind compozitia microbiotei vaginale au aratat ca aceasta este
foarte variabila si fluctuatiile in compozitie se datoreaza practicilor
sexuale si de igiena diferite, pe fondul particularitatilor genetice.
Compozitia microbiomului vaginal este diferita la populatii
etnice si zone geografice diferite, in functie de fenotipul si genotipul
populational. Aceste diferente stau la baza susceptibilitatii diferite fata de
anumite afectiuni in sfera urogenitala.
 Microbiomul Tractului respirator:
La indivizii sanatosi, mucoasa nazala si din nazofaringe, este
colonizata cu streptococi, stafilococi, corynebacterii, Moraxella spp.,
Neisseria spp. (inclusiv Neisseria meningitidis), si Haemophilus spp.
Mucoasa foselor nazale anterioare este colonizata dominant de
Corynebacterium spp., Moraxella spp., Propionibacterium,
Staphylococcus spp.
 Speciile potential patogene colonizeaza frecvent mucoasa nazala si
nazofaringele. Specii precum Streptococcus pneumoniae, Haemophilus
influenzae si Moraxella catarrhalis, care determina otita medie si interna
la copii, deasemenea se afla in microbiota mucoasei nazale.
Portajul nazal de Staphylococcus aureus se situa in jur de 30% (SUA 2001- 2004), cu 1,5% portaj
de Staphylococcus aureus meticilino- rezistent (MRSA). - Staphylococcus aureus este specia
predominanta in microbiota mucoasei foselor nazale anterioare si reprezinta un posibil patogen,
conditionat patogen, pentru organismul uman. Modificarile in compozitia microbiotei cailor
respiratorii superioare sunt asociate cu cu diferite afectiuni ale acestora.
Diversitatea microbiana este mai mare la pacientii cu tuberculoza fata de indivizii
sanatosi.
Compozitia microbiomului respirator la pacientii cu fibroza chistica cuprinde speciile
enumerate.
 Microbiomul tractului respirator este inca insuficient studiat, dar este clar ca un dezechilibru
brutal al compozitie acestuia conduce la aparitia diverselor boli respiratorii.
 
 
 Microbiomul tesutului cutanat:
• prima linie de aparare nespecifica impotriva infectiilor,
• rol important in modularea raspunsului inflamator.
• La cateva minute dupa nastere: tesutul cutanat (steril, initial) se colonizeaza
cu specii bacteriene ce apartin unui microbiom cu o slaba diversitate.
• Speciile bacteriene apartinand mediului inconjurator, incep sa colonizeze
diverse regiuni ale pielii, in functie de:
 gradul de umiditate,
 temperatura,
 grad de secretie a glandelor sudoripare.
 Microbiomul cutanat sufera schimbari la pubertate, in functie de varsta, sex,
expunerea la diversi factori de mediu ambiental.
 Genomul cutanat este format din 4 phylia:
Actinobacteria,
Firmicutes,
Bacteroides si
Proteobacteria.
•microbiomul palmar contine 158 specii bacteriene care colonizeaza o singura suprafata palmara.
• aceeasi compozitie se descrie si pentru zona axilara si plica poplitee.
• Propionibacterium spp. domina zonele bogate in glande sebacee (torace posterior, fruntea,
zona retroauriculara),
• Staphylococcus spp. si Corynebacterium spp. domina zonele cu umiditate crescuta, cum ar
fi plicile axilare.
• Speciile din phylia Proteobacteria sunt descrise pe suprafete cutanate uscate, cum sunt
antebratele si membrele inferioare.
Microbiota cutanata confera protectie impotriva colonizarii cu specii
bacteriene patogene.
Dar unele specii cutanate pot deveni patogene daca penetreaza tesutul
cutanat inspre zonele subjacente, la indivizi cu susceptibilitate genetica
pentru astfel de agresiuni.
Staphylococcus epidermidis este o specie comuna in microbiota
cutanata, care colonizeaza indivizii sanatosi.
Dar devine o specie cu rol patogen, care determina infectii la pacientii
imunocompromisi si la pacientii care prezinta diverse device- uri
implantate (catetere, sonde, valve, proteze din materiale inerte, care
favorizeaza formarea de biofilm).
Pseudomonas fluorescens are rol protector in cadrul microbiotei
cutanate, deoarece secreta o substanta cu rol antibacterian/ antibiotic,
mupirocin natural, activ impotriva bacteriilor Gram pozitive, inclusiv
Staphylococcus aureus meticilino- rezistent/ MRSA.
 Concluzii:

* Microbiomul uman include diverse colectii de microorganisme asociate

organismului uman, o mica fractiune din universul microbiomului care contine
specii specifice animalelor, mediului inconjurator,
* Studierea microbiomului uman a fost posibil datorita dezvoltarii tehnicilor
moleculare, de secventiere genetica si programelor de bioinformatica,
* Strategiile metagenomice au permis analizarea diversitatii microbiene la nivel de
situsuri anatomice, cohorte populationale, zone geografice, chiar diferente de la
individ la individ,
* Cunoasterea compozitiei microbiomului uman, impreuna cu tehnicile de
secventiere genomica, permit dezvoltarea microbiologiei umane clinice in
diagnosticul bolilor infectioase si neinfectioase (imune, autoimune, metabolice,
neurologice etc).