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Existen enzimas que no son protenas Constituidas por RNA Siete formas distintas Catalizan: Maduracin de mRNA (splicing) Maduracin de pre-t-RNA Ruptura de mltiples RNA virales Reacciones que resultan en reordenamientos geonmicos Formar el centro cataltico de los ribosomas
Los siguientes hechos de la enzima: Especificidad de la reaccin enzimtica Carcter heterogneo de la catlisis enzimtica
Nos llevan a postular la existencia de un Centro Activo en la molcula de enzima, capaz de:
EL CENTRO ACTIVO Las enzimas son especficas por sus sustratos Interaccin precisa enzima sustrato Sitio de interaccin: centro activo CENTRO ACTIVO Hendidura tridimensional Zona pequea de la enzima Propiedades especiales para la unin y para la catlisis del sustrato Sustrato y centro activo tienen formas complementarias Interaccin a travs de enlaces dbiles
Enzima
Sustrato
Sitio activo
Encaje inducido
Llave cerradura.
Estado de transicin
Substrato y enzima se acoplan de forma estereospecfica, de la misma manera que una llave se ajusta a su cerradura. Modelo aceptado durante mucho tiempo; hoy se considera insuficiente al no explicar algunos fenmenos de la inhibicin enzimtica
Tanto la enzima como el substrato sufren una alteracin en su estructura por el hecho fsico de la unin.
Est mucho ms de acuerdo con todos los datos experimentales conocidos hasta el momento.
La teora del Ajuste Inducido se ampla en la actualidad definiendo la accin enzimtica como segn lo cual, el Centro Activo enzimtico es en realidad complementario no al substrato o al producto, sino al estado de transicin entre ambos.
Hay un nmero limitado de sitios en la enzima para fijar substrato; una vez que estn ocupados todos, por mucho que aumente la concentracin de substrato, la velocidad permanecer constante tendiendo a un valor asinttico
E+S
k+1
k-1
ES
k+2
E+P
SIGNIFICADO DE LA CONSTANTE Km
1. Constante de equilibrio de disociacin del complejo ES (en condiciones de equilibrio rpido) 2. Medida inversa de la afinidad de la enzima por el substrato (en condiciones de equilibrio rpido) 3. Mide la funcin de fijacin (en condiciones de equilibrio rpido) 4. Concentracin de substrato para la que la velocidad se hace igual a la mitad de la mxima (s0.5) 5. Se define para una pareja enzima-substrato 6. Se mide en unidades de concentracin
2. Directamente proporcional a la concentracin de enzima 3. Mide funcin de transformacin cataltica 4. Se expresa en unidades de velocidad
Vmax/2
Km
Vmax/2
Km
A mayor Km, menor es la afinidad de la enzima por el sustrato A menor Km mayor es la afinidad de la enzima por el sustrato
1/v
0.03
1/Vmax
0.02
-1/Km
0.01
1 Km 1 1 v Vmx s Vmx
1/s
Inhibicin enzimtica
INHIBIDOR:
Efector que hace disminuir la actividad enzimtica, a travs de interacciones con el centro activo u otros centros especficos (alostricos). Esta definicin excluye todos aquellos agentes que inactivan a la enzima a travs de desnaturalizacin de la molcula enzimtica
II. Alostricos: ejercen su accin sobre otra parte de la molcula, causando un cambio conformacional con repercusin negativa en la actividad enzimtica.
Inhibicin reversible
(a)
El inhibidor se fija al centro activo de la enzima libre, impidiendo la fijacin del substrato: Inhibicin Competitiva
(b) El inhibidor se fija a la enzima independientemente de que lo haga o no el substrato; el inhibidor, por tanto, no impide la fijacin del substrato a la enzima, pero s impide la accin cataltica: Inhibicin No Competitiva (c) El inhibidor se fija nicamente al complejo enzima-substrato una vez formado, impidiendo la accin cataltica; este tipo se conoce como Inhibicin Acompetitiva o Anticompetitiva
Inhibidores Competitivos
Compiten con el sustrato por el sitio activo de la enzima Se une solo a la enzima libre V mx no se altera y K M cambia
Inhibicin competitiva
Al aumentar la cantidad de SUSTRATO el inhibidor competitivo es desplazado y se forma producto
S
E
ES
E+P
[E] [I] Ki = [EI]
I
EI
Se define una constante de equilibrio de disociacin del inhibidor:
Caractersticas:
- Las fijaciones de substrato e inhibidor son mutuamente exclusivas - A muy altas concentraciones de substrato desaparece la inhibicin - Por lo general, el inhibidor competitivo es un anlogo qumico del substrato. - El inhibidor es tan especfico como el substrato
Sin inhibidor
Con inhibidor
El inhibidor competitivo aumenta la Km
1. El efecto cintico del inhibidor es el aumento aparente de la Km, que aparece multiplicada por el factor (1 + i/Ki) 2. La Vmax no aparece modificada; para concentraciones muy altas del substrato, v = Vmax, igual que en ausencia de inhibidor
3. Cuanto ms pequeo sea el valor de Ki mayor ser la potencia del inhibidor competitivo.
Inhibidores Competitivos
Malonato Deshidrogenasa del cido succnico
Sulfas
Infecciones microbianas
1/v
0.07
0.06
0.05
0.04
1/Vmax
0.03
0.02
-1/Km
0.01
1/s
0.00 -0.3 -0.2 -0.1 0.0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6
-1/(Km(1 + i/Ki))
Inhibidores competitivos
Succinato deshidrogenasa
COOCH2 CH2 COOSuccinato SDH FAD FADH2 COOCH CH COOFumarato
COOCH2 COOMalonato
No se forma producto
Metotrexato y Dihidrofolato
El cido flico en sus formas de dihidro y tetrahidrofolato es coenzima de la reaccin catalizada por la dihidrofolato reductasa Esta reaccin es parte del metabolismo de los nucletidos para la sntesis de DNA Metotrexato se usa en la terapia de algunos cnceres, inhibiendo la sntesis de DNA
H2N N
OH
cido Flico
H2N N
Methotrexate
Un paso ms all en el desarrollo de inhibidores potentes es el concepto de ANLOGO DE ESTADO DE TRANSICIN (AET)
-
El inhibidor no es estrictamente anlogo del substrato, sino del Estado de Transicin de la reaccin.
- La afinidad de las enzimas por los AET es enorme, del orden nM o pM, con lo que la fijacin es tan fuerte que puede considerarse irreversible
O O2N O C O
Susbtrato
O C
OO
O2N
Estado de transicin
H3C
O
O2N OH
+
HO
N+ CH3 CH3
Productos
O P
OO
O2N
COOH2C
-
Aspartato transcarbamilasa
NH2 OO
NH
OOC
O P OO-
Estado de transicin
COOH2C
-
O NH CH2 O P OO-
OOC
Angiotensingeno
Hipotensin, hipovolemia, ortostatismo Renina Angiotensina I
HL
Angiotensina II
C O C H NH HO C C O
CH COO-
C O H 3C C H H C H S
Zn2+
Estado de transicin de la ECA
Zn2+
Captopril
Inhibidor No Competitivo
Se une a un lugar diferente del sitio activo la enzima Se une a la enzima libre y tambin al complejo enzima-sustrato Por accin del inhibidor disminuye la Vm pero el valor de Km no se altera
Inhibicin NO competitiva
Inhibidor NO competitivo
El inhibidor NO competitivo se une a la enzima en un sitio diferente del sitio activo
E
I S I
ES
E+P
Inhibicin No Competitiva
EI
ESI
El inhibidor se fija indistintamente a la enzima libre E y al complejo enzima-substrato ES; ni el complejo EI ni el complejo ESI son productivos
Inhibidor Acompetitivo
En este tipo de inhibicin el inhibidor se enlaza al centro activo pero solo despus de que el sustrato lo haya hecho y, por tanto, inhibidor y sustrato no compiten. De esta manera, aunque todo el sustrato est saturando la enzima y toda la enzima est como complejo ES, el inhibidor puede enlazarse produciendo un complejo inactivo ESI. Como I solo se une a ES estimula la formacin de ES y, por tanto, incrementa la unin del sustrato a la enzima, disminuyendo Km . Sin embargo, el complejo ESI no conduce a productos y Vm disminuye.
Inhibidor Acompetitivo
Se une a un lugar diferente del sitio activo de la enzima Se une slo al complejo enzima-sustrato Los efectos que tiene: disminuye el valor de Km y tambin el de Vmx
S E ES E+P
Inhibicin Anticompetitiva
I ESI
Inhibidores reversibles
3 Inhibidores incompetitivos
1/v
[I]
1/[S] 51
INHIBICIN IRREVERSIBLE
- Los inhibidores irreversibles reaccionan con un grupo qumico de la enzima, modificndola covalentemente - Su accin no se describe por una constante de equilibrio Ki, sino por una constante de velocidad ki: E+I E - A diferencia de la inhibicin reversible, el efecto de los inhibidores irreversibles depende del tiempo de actuacin del inhibidor. - Los inhibidores irreversibles son, por lo general, altamente txicos.
Inhibidores Irreversibles
Producen inactivacin permanente de la actividad enzimtica Se interfiere con el normal desarrollo de una reaccin o va metablica Ejemplos: p- cloromercuribenzoato, yodoacetato, diisopropilfluorfosfato
4. Metales pesados
IH
E SH
(b) Compuestos insaturados
E SH
O N CH2 CH3
p- Hidroximercuribenzoato
SH
S Hg
COO-
ORGANOFOSFRICOS
Ser CH CH2
H 3C
DFP: diisopropil fluorofosfato
OH
CH3 CH P O
CH3 CH
O P O CH H3C CH3
CH H 3C CH3
. Irreversibles: se combina con o destruye un grupo funcional necesario para la actividad enzimtica. - Actan nicamente sobre enzimas sernicas activas Se forma un enlace covalente. Ejemplo: .- Inhibidores de acetilcolinesterasa. Interfiere con la secuencia del impulso nervioso. Insecticidas: Parathion, Malathion .- Diisopropylphosphofluoridate, tabun y sarin (Neurogases) Control de la actividad enzimtica:
Inhibidor Irreversible
Fluorofosfato de diisopropilo (DFP) Acetilcolina
Acetilcolinesterasa
Acetato + Colina
Inhibidor Irreversible
Fluorofosfato de diisopropilo (DFP)
Serina Cistena
Iodoacetamida
Antibiticos Insecticidas
Histidina
Inhibicin enzimtica
Dolor Inflamacin
Hervicidas
Venenos Diferentes Medicamentos
Infecciones virales
Cncer
Se fija con gran afinidad a la sexta posicin de coordinacin del Fe hemnico, impidiendo toda modificacin posterior.
Por ello acta sobre sistemas de Fe hemnico con la sexta posicin de coordinacin libre, como la citocromo oxidasa, de lo que deriva su elevadsima toxicidad
SUBSTRATOS SUICIDAS
(Inhibidores activados enzimticamente) - Se trata de molculas que se unen al centro activo de manera especfica, igual que el substrato o los inhibidores competitivos - Una vez unidos al centro activo, la enzima transforma la molcula en una especie qumica muy reactiva que modifica covalentemente a la enzima, inactivndola - Tienen por tanto (a) la especificidad del inhibidor competitivo y (b) la potencia de los inhibidores irreversibles
E+I
EI
EI*
E + I*
1. El inhibidor se fija a la enzima igual que el substrato o un inhibidor competitivo convencional 2. La accin cataltica de la enzima convierte al inhibidor I en una especie altamente reactiva I* 3. I* modifica covalentemente a la enzima, inactivndola de forma definitiva al igual que un inhibidor irreversible.
Penicilina (activa)
R CO NH N O S CH3 CH3 COO-
b-Lactamasa
R CO NH O C HN O-
CH3 CH3
COO-
Muy a menudo los preparados de penicilinas o penicilinas semisintticas se formulan aadiendo un inhibidor suicida de la b-lactamasa, el cido clavulnico
O C N O COO
-
CH2OH H
- Lactamasa
C OHN
O C
CH2OH H
cido clavulnico
COO-
O C CH CH2 Ser O HN
O C
CH2OH H
COO-
Noradrenalina
HO HO CHOH CH2 NH2
O2 + H2O
Monoamino oxidasa
NH3 + H2O2
HO HO CHOH CHO
Dihidroxifenilglicol
La MAO es una flavoprotena: tiene un grupo prosttico flavnico (FAD) fundamental para la catlisis. Los inhibidores suicidas de la MAO inactivan al cofactor FAD.
O H3C E S H2C N N R N NH O
CH3 CH3
Flavina
H3C
N+
CH CH CH N N R NH O NH O
H3C H3C
E S H2C
Flavina modificada
LA INHIBICIN POR RETROALIMENTACIN Se refiere a la inhibicin de una de las primeras enzimas de la va metablica por los productos finales
L-Isoleucina es un efector alostrico negativo de la enzima E1, treonina deshidratasa
REGULACIN DE RUTAS METABLICAS Control a nivel de sustrato La acumulacin de producto inhibe la accin de la enzima que lo genera Glucosa + ATP Glucosa-6-P + ADP Hexoquinasa inhibicin
Control por retroinhibicin El producto final de una ruta inhibe el primer paso de la ruta A B C D N Retroinhibicin
Inhibicin de retroceso ( Feedback inhibition ) ( el enzima que cataliza el primer paso de un proceso biosinttico es inhibido por el producto final del proceso) A B Z
Enzima inhibida por Z Ej. Treonina .> Isoleucina 1er. (desaminacin) Treonina desaminasa
La activacin o inhibicin del enzima est controlado por pequeas variaciones en la concentracin de sustratos, inhibidores y efectores en general
REGULACIN FEED -BACK DE UN PROCESO POR INHIBICIN DE UN ENZIMA QUE ACTA DENTRO DE UNA VA
REGULACIN FEED-BACK DE UN PROCESO POR INHIBICIN DE UN ENZIMA QUE ACTA DENTRO DE UNA VA
Feedback negativo
Forma ms
corta (activa)
Enzimas Regulatorias Enzimas Alostricas Enzimas modificadas covalentemente Activacin proteoltica de pro-enzimas
ENZIMAS REGULATORIAS 1. ENZIMAS ALOSTRICAS Protenas Alostricas (Enzimas, Receptores, Transportadores) son protenas con mltiples sitios que interactan entre si. Presentan estructura cuaternaria. Son enzimas cuya estructura proteica est formada de varias subunidades. No se rigen por la cintica de Michaeli Menten Adems del sitio o centro activo tienen sitios alostricos o de regulacin Sitio activo sitio de unin al ligando o sustrato; Sitio alostrico sitio de unin al modulador o regulador
Son reguladas por la unin de .- Moduladores positivos .- Moduladores negativos que pueden ser: - Homotrpicos - Heterotrpicos La relacin entre la velocidad de reaccin y la concentracin de sustrato sigue cintica sigmodea. Cintica sigmoide, indica cooperatividad entre las subunidades. La unin de un sustrato a uno de los sitios, afecta el enlace en los otros sitios
Efectos Homotrpicos: cuando los sitios son idnticos. Por ejemplo las interacciones de la unin del O2 a la Hb. Efectos Heterotrpicos, cuando la unin de un ligando afecta la unin de otro sitio diferente . Por ejemplo el efecto de BPG (Bifosfoglicerato) en la afinidad de la Hb por el O2
Cooperatividad La protenas con efectos cooperativos tienen curvas de saturacin diferentes a la hiprbola rectangular (la funcin de saturacin de tipo Michaelis - Menten). Pueden ser de dos clases: Efectos cooperativos positivos: Curvas sigmoideas Efectos cooperativos negativos: Curvas pseudo hiperblicas Efectores Positivos o Activadores. Modifican las constantes de afinidad (aumentan la afinidad) de tal modo que la unin de la protena al ligando tiene lugar a mas bajas concentraciones del ligando. Los efectores positivos disminuyen la cooperatividad. Efectores Negativos disminuyen las constantes de afinidad. Aumentan la cooperatividad.
ENZIMAS ALOSTRICAS Las enzimas alostricas presentan estructura cuaternaria. Tienen diferentes sitios activos, unen mas de una molcula de sustrato La unin del sustrato es cooperativa la curva de velocidad presenta una forma sigmoidal
Concepto de Cooperatividad
La unin de los sustratos al sitio activo de una subunidad produce un cambio conformacional que por contacto fsico se transmite a las subunidades vecinas, facilitando las interacciones Modelos de unin: secuencial y concertado Ejemplos: unin Hb-O2, enzimas alostricas y sus sustratos
Moduladores Alostricos
Tambin reciben el nombre de efectores y pueden ser positivos o negativos Se unen al sitio alostrico que puede estar en la misma subunidad que tiene al sitio activo o en las subunidades regulatorias Su unin produce un cambio conformacional que afecta al sitio activo
Aspartato Transcarbamilasa
cidoL- aspartato + Carbamil-P === Carbamil-aspartato + Pi . Primera reaccin en la sntesis de pirimidinas Efector positivo: CTP Efector negativo: ATP Tiene dos subunidades catalticas para los sustratos y tres subunidades regulatorias para los efectores
Enzimas Regulatorias 2. Enzimas Modificadas covalentemente .- Presentan estructura cuaternaria .- La unin es reversible y catalizada por enzimas
CONTROL DE LA ACTIVIDAD ENZIMTICA Modificacin covalente: la actividad de muchas enzimas mediante la modificacin covalente: fosforilacin, unin a varios lpidos, etc. Ej. Fosforilacin de la fosforilasa de glucgeno. La fosforilasa de glucgeno a, que cataliza la fosforolisis del glucgeno, se activa mediante la fosforilacin de una serina en respuesta a la unin de epinefrina a las clculas musculares.
ENZIMAS REGULATORIAS 3. Pro-enzimas Activadas por proteolisis Muchas enzimas se secretan como proenzimas o zimgenos que son catalticamente inactivos.
Algunos enzimas no se sintetizan como tales, sino como protenas precursoras sin actividad enzimtica. Estas protenas se llaman proenzimas o zimgenos. Para activarse, los zimgenos sufren un ataque hidroltico que origina la liberacin de uno o varios pptidos. El resto de la molcula proteica adopta la conformacin y las propiedades del enzima activo. Muchos enzimas digestivos se secretan en forma de zimgenos y en el tubo digestivo se convierten en la forma activa. Es el caso de la a- quimotripsina, que se sintetiza en forma de quimotripsingeno . Si estos enzimas se sintetizasen directamente en forma activa destruiran la propia clula que las produce. As, la tripsina pancretica (una proteasa) se sintetiza como tripsingeno (inactivo). Si por alguna razn se activa en el propio pncreas, la glndula sufre un proceso de autodestruccin (pancreatitis aguda), a menudo mortal.
Activacin proteoltica: algunas enzimas son inicialmente expresados como precursores inactivos ( zimgenos o proenzimas). Posteriormente su rotura en el tiempo y sitio apropiado del organismo da lugar al enzima activa Ej. La forma activa del quimotripsgeno (zimgeno) es la quimotripsina, enzima digestiva proteoltica. Protenas reguladoras: en algunos procesos, son otras protenas las que estimulan o inhiben la actividad de una enzima particular. Ej. La protena de unin de calcio (Calmodulina). Tiene cuatro sitios de unin de Ca. Regula, entre otras, la actividad de kinasas, adenilato ciclasa (c-AMP)
1. ACTIVADORES Son cofactores que producen un aumento de la velocidad de reaccin sin que se alteren ellos. 1. Interaccin con el enzima:
E+A EA + S EA EAS
EA + P