BIOINFORMTICA

Mas o que a bioinformtica?

Corresponde a aplicao das tcnicas da Informtica, no sentido de anlise da informao na rea de estudo da Biologia.

Uma definio ampla ento: (Bio)informtica o estudo da aplicao de tcnicas computacionais e matemticas gerao e gerenciamento de (bio)informao

O que dificulta a conversa entre bilogos e cientistas da computao?

Falta de uma formao multidisciplinar Objetos de estudo diferentes

Motivos de uma formao multidisciplinar: TRABALHO EM EQUIPE

Protemica ou Bioinformtica Estrutural:
Predio de estrutura de protenas Visualizao 3D de estruturas proteicas

Genmica:
Anlise, edio, manipulao de Genomas Banco de Dados biolgicos Genmica funcional Anotao de genomas

Linguagem de programao : O INICIO

Algoritmo: Uma sequencia de passos e aes para que se possa chegar na soluo de um determinado problema. baseado nesta sequncia lgica (algoritmos) que so construdos os programas.

Por que o PERL

O PERL possui como ponto forte a manipulao de texto. essa grande facilidade para a manipulao de texto que fez do PERL a linguagem mais utilizada no tratamento de dados de sequncias de DNA e protenas.

O que vem a ser um banco de dados?

O conceito mais adequado de banco de dados seria o conjunto de arquivos (ou tabelas) de dados existentes em um determinado local, e cada arquivo agrupa dados de vrias entidades que estejam relacionadas ou no entre si, mas que formam um conjunto de informaes bsicas para que esse local tenha controle sobre os dados que so importantes para o seu trabalho.

Bancos pblicos de bioinformtica

Bancos de sequncias primrios - sequncias de nucleotdeos, aminocidos ou estruturas proteicas, sem qualquer processamento ou anlise. Bancos de dados secundrios acumulam informaes sobre sequncias de protenas foram anotadas e associadas informaes sobre funo, domnios funcionais,protenas homlogas e outros. Bancos estruturais - mantm dados relativos estrutura de protenas. Bancos funcionais - Disponibiliza links para mapas metablicos de organismos com genoma completamente ou parcialmente sequenciados.

Bases de dados biolgicos:

Nucleotdeos / Aminocidos: GenBank Protenas: Swiss-Prot TrEMBL Motivos: Prosite Interpro Estruturas 3D: PDB Funcionais KEGG - (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)

Projetos genomas

Fragmenta todo o genoma de um organismo em pequenos pedaos e de sequenciar tais pedaos, utilizando programas computacionais para mont-los e reconstituir a informao genmica inicial. Emprego da tcnica do shotgun para fragmentar o DNA

Projetos transcriptomas
Utiliza de informaes do RNA mensageiro (mRNA) que convertido a cDNA, que representam etiquetas de genes expressos, ou ESTs (Expressed SequenceTags);

Projetos Proteomas
Nem sempre a quantidade de um mRNA reflete a quantidade da protena correspondente expressa na clula, necessitando que sejam analisadas as protenas expressas. Bioinformtica atua na anlise de dados obtidos por espectrometria de massas em bancos genmicos e de sequncias proticas.

Modelagem Molecular
O conhecimento da estrutura terciria de uma protena permite: identificao de domnios encontrar inibidores, ativadores enzimticos e outros ligantes A modelagem molecular permite prever a conformao de protenas a partir da sequncia primria dos aminocidos.

Mtodos em filogentica molecular

a partir das sequncias de DNA ou de protenas de diferentes organismos, sejam capazes de reconstruir a relao de parentesco entre as espcies; Toma-se como base sequncias de DNA ou protenas e identifique sequncias de interesse que apresentem ancestralidade comum, ou seja, que sejam homlogas.

Posteriormente deve-se realizar o alinhamento mltiplo entre elas e ento gerar rvores filogenticas

OBRIGADO