GS Junior

GS Junior este un secventator next-generation bazat pe tehnologia 454 Sequencing, conceput pentru laboratoarele de cercetare academice si de tranzitie. Sistemul GS Junior utilizeaza tehnologia bine-cunoscuta de la 454 Sequencing, intr-o prezentare benchtop, cu care beneficiati de aceleasi performante de secventare prin citiri lungi, ajustate la cerintele fiecarui laborator. Fluxul de pregatire a probelor este rapid, de la ADN la rezultatele finale, printr-un protocol peste noapte de secventare si prelucrare de date, si un set de programe pentru analiza datelor obtinute.

Performantele sistemului

Capacitate de lucru Timp de rulare

>35 milioane baze filtrate, de calitate inalta, pe runda de lucru* 10 ore pentru secventare 2 ore pentru prelucrarea datelor

Lungime citiri

Modala = 500 baze Medie = 400 baze* 99% acuratete la 400 baze 100.000 citiri (in medie) ADNg, ampliconi, ADNc sau BACs, in functie de aplicatie 40 cm latime x 60 cm adancime x 40 cm inaltime (dimensiunile unei imprimante laser) greutate = 25 kg. Computer de tip HP desktop inclus, cu sistem de operare bazat pe Linux. Toate programele sunt point-and-click.

Acuratete Citiri pe runda de lucru Proba acceptata Dimensiuni fizice

Bioinformatica

*Rezultate tipice. Lungimea medie si numarul de citiri depind de fiecare proba si caracteristicile genomice

Flux de lucru Sistemul GS Junior ofera solutia secventarii de la inceput pana la sfarsit, cu protocoale robuste, ce implica putine etape de manipulare. Beneficiind de un flux de lucru simplificat in etapa de PCR in emulsie (emPCR), sistemul genereaza date de aceeasi calitate ca si reactivii Titanium.
Librariile se pot obtine in mai putin de zi, cu protocoale de lucru clare si simple. Schematic,

Nebulizare
A A

Ligaza Atasare adaptor

T A

A T

SPRI
T T

Cuantificare FAM
T A A T

Purificare

si filtrare

Nu este nevoie de echipamente suplimentare in afara acelora folosite in mod obisnuit in laboratorul PCR Secventarea si prelucrarea datelor are loc peste noapte, timp total de ocupare a instrumentului de doar 10 ore Obtineti rapid date de secventare care sunt publicabile folosind instrumentele directe pentru asamblari de novo, mapare si analiza variantelor de ampliconi.

Tehnologia 454 Sequencing - la indemana tuturor Avand sistemul GS Junior nu trebuie sa fiti expert bioinformatician pentru a explora biologia si a va atinge scopurile de cercetare. Intreaga prelucrare a datelor 454 poate fi efectuata pe computerul sistemului, preinstalat cu GUI-based GS Data Analysis Software*. Nu sunt necesare instructiuni de comanda speciale sau un cluster/server de mare capacitate si costisitor. Pachetul GS Data Analysis Software include instrumente de lucru usor de folosit pentru asamblarea, maparea si detectia variantelor.
* GUI graphical user interface (interfata grafica utilizator)

GS De Novo Assembler
Asamblarea genoamelor si a transcriptoamelor tip point-and-click Produce asamblari de mare calitate, pentru genoame microbiene in 15 minute si a genoamelor mai mari in cateva ore Foloseste citirile individuale ca atare sau le combina cu citirile paired-end pentru imbunatatirea asamblarilor prin ordonarea si alipirea contigs** in schelete Executa asamblarile de novo ale citirilor EST provenite din rundele de secventare a librariilor ADNcprogramul este conceput sa rezolve cerintele specifice asamblarii si analizei transcriptoamelor, incluzand detectia variantelor ARN de jonctiune (splice) si identificarea izoformelor de transcriere Grafica programului software este explicita sau operati pe linie de comanda Formatul datelor: fna.file (secventa contigs, in format FASTA), qual.file (scor de calitate echivalent Phred), ace.file (aliniamentul citirilor la secventa contig).
** serii de segmente de ADN clonate

GS Reference Mapper
Detectie automata a variatiilor pentru proiectele de resecventare Mapeaza citirile fata de oricare genom de referinta si genereaza secventa consens Identifica rapid cu mare fidelitate diferentele fata de genomul de referinta, ce sunt separate intr-un fisier aparte Exploreaza intregul spectru de variatii genomice Detectia variatiei locale: SNPs, insertii si deletii (blocuri de pana la 50 baze) Detectia variatiei structurale: punctele si regiunile cu rearanjamente Datele obtinute: fna.file (secventa contigs, FASTA format), qual.file (corespunde scorului calitativ echivalent Phred), ace.file (alinierea consens a citirilor fata de secventa de referinta data)

GS Amplicon Variant Analyzer

Detectia foarte sensibila a variatiilor pornind de la probe amplificate Aliniaza automat citirile ampliconilor, cu sau fara o secventa de referinta Identifica variantele si raporteaza frecventele in pool-uri mari de probe mixte Executa screening fata de variante cunoscute (cu referinta) si descopera variante noi Executa haplotipare/fazare identifica variante multiple pe toata lungimea ampliconilor Detecteaza variantele de frecventa scazuta (<1%) Vizualizarea GUI a variantelor arata aliniamentele, diferentele de pozitie si frecventa % in format grafic cu cod de culoare Constructia proiectelor este flexibila: probe / rezultate separate pe baza marcajelor MID (coduri de bare moleculare), importa direct resursele in proiect, utilizeaza fisierele de date initiale filtrate / modificate Datele finale: ace.file (aliniamente ale citirilor fata de secventa de referinta), png.file (fisier in format grafic, fisier text tab delimited)

Sistemul GS Junior este solutia optima pentru o gama larga de aplicatii de secventare.

De Novo Sequencing
Secventare convenabila a genoamelor microbiene integrale Puteti secventa genoame bacteriene, virale, fungice mici complete sau alte plasmide mici ori BAC si plasmide multiple cu acest sistem. Se pot folosi numai citiri unice lungi [long single reads] sau in combinatie cu citiri la ambele capete [paired end reads] pentru a genera asamblari de novo de mare calitate numai cu cateva contigs. Executati analize comparative ale mai multor genoame integrale si identificati diferentele dintre probe. Programul dedicat point-and-click reduce timpul de lucru si efortul depus, generand asamblari de mare calitate in numai 15 minute. Sistemul GS Junior ofera solutia secventarii genoamelor integrale atat pentru biologi, cat si pentru bioinformaticieni!

Targeted Resequencing
Secventarea ampliconilor cu mare sensibilitate Efectuati secventarea tintita [ultra-deep sequencing] a ampliconilor (care sunt, prin definitie, produsi de amplificare PCR) cu sistemul GS Junior. Deoarece acesta produce o medie de 100.000 de citiri de

mare calitate pe runda de lucru, sistemul este recomandat pentru detectia variantelor de nivel scazut (cu frecventa <1%) in pool-uri de probe amplificate, cum sunt ADN uman sau viral. Pentru multe proiecte de secventare directionata, duzini sau sute de ampliconi pot fi detaliati [tiled] pe toata intinderea regiunilor genomice de interes (adica regiunile asociate cu diferite maladii) si secventati laolalta. Secventele de ADN denumite Multiplex Identifiers (MIDs) sau coduri de bare moleculare pot fi adaugate in probe pentru a le marca specific intr-o singura runda de lucru cu GS Junior. Fiecare MID este identificat si separat de programul de analiza de date dupa runda de secventare, asigurand fidelitate maxima la atribuirea corecta a unei citiri secventei probei analizate. Secventarea tintita folosind tehnologii de imbogatire a probelor Tehnologiile pentru captura de secventa permit cercetatorilor sa vizeze si sa secventeze numai regiunile de interes din genom si sa evalueze variatia genetica in regiunile ADN capturat. Sistemul GS Junior este ideal pentru proiectele de captura de secvente mici, ce necesita secventarea a pana la 40 de milioane de baze.

Metagenomic Characterization
Obtineti tabloul complet al diversitatii de specie Sistemul GS Junior permite abordarea cuprinzatoare a diversitatii si a profilurilor metabolice ale probelor complexe din mediu. Analiza a 100.000 de citiri poate produce identificarea in procent crescut a speciilor din metagenoame complexe si cu si mai mare productivitate in probe mai putin complexe. Citirile lungi asigura specificitatea enorma necesara compararii citirilor de secventa cu bazele de date de ADN sau proteine si sa produca identificarea/clasificarea fara ambiguitate a speciilor, chiar si extrem de strans inrudite.

Si in plus
Sistemul GS Junior ofera protocoale clare pentru secventarea shotgun si paired end (3 Kb, 8 Kb, 20 Kb), precum si protocoale ADNc pentru analiza cuprinzatoare a transcriptoamelor. Tehnologia verificata de secventare de la 454 Sequencing a permis publicarea a sute de articole peer-reviewed, intr-o gama larga de aplicatii (va rugam sa consultati literatura GS FLX).