SISTEMATICA MICROORGANISMELOR

NOIUNI DE TAXONOMIE I NOMENCLATUR BACTERIAN

SISTEMATICA MICROORGANISMELOR

Lundu-se drept criteriu de baz nivelul de organizare biologic (subcelular, unicelular eucariot sau procariot , pluricelular), la propunerea lui H a e c k e l (1866), reluat de Stanier (1964 ), microorganismele au fost incluse n regnul

Protista, divizat n protiste superioare care

grupeaz microorganismele eucariote (algele, protozoarele, micromiceii) i protiste inferioare, reprezentate de microorganismele procariote (algele albastre-verzi i bacteriile).

In 1968, M u r r a y ncadreaz bacteriile i algele albastre-verzi (cianobacteriile) n regnul Procaryotae. n 1969, W h i t t a k e r creeaz regnul Fungi care grupeaz ciupercile microscopice. Virusurile, au fost ncadrate ntr-un regn de sine stttor, regnul Vira.

TAXONOMIA MICROORGANISMELOR

Taxonomia (gr. taxon = grup) este tiina clasificrii (gruprii) fiinelor, obiectelor, fenomenelor, n a crei sfer de preocupri intr urmtoarele obiective: 1. stabilirea criteriilor de grupare (criterii taxonomice); 2. clasificarea indivizilor sau a unitilor de baz n grupe (taxoni) pe baza criteriilor stabilite; 3. nomenclatura sau numirea taxonilor. 4. identificarea unitilor necunoscute prin comparaie cu sistemul taxonomic rezultat din primele trei operaiuni.

 Criteriul

cel mai obiectiv de clasificare a fiinelor vii este criteriul

filogenetic.

Un taxon biologic reunete indivizii asemntori datorit descendenei dintr-un strmo comun, posesori ai unei
informaii genetice comune.

Comparativ cu celelalte regnuri, clasificarea filogenetic a organismelor procariote (bacteriilor) a ntmpinat numeroase dificulti, generate de cauze obiective, dintre care menionm: - numrul redus de caractere morfologice i

singure celule; - apariia frecvent n populaiile bacteriene a variantelor. n consecin, clasificarea bacteriilor s-a bazat deseori pe criterii fenotipice discutabile.

insuficiena amprentelor fosile care reflect filogenia ; - bacteriile nu pot fi studiate ca indivizi, ci ca populaii, din cauza dificultilor de manipulare a unei

Gruparea bacteriilor n categorii taxonomice pe criterii filogenetice a devenit posibil prin aplicarea tehnologiilor moderne de biologie molecular i biochimie n studiile de genetic bacterian.

Principalii parametri luai n studiu, n acest scop, sunt :

1. coninutul relativ de guanin citozin( GC%) al

ADN purificat; cu ct coninutul GC a dou bacterii este mai apropiat, cu att acestea sunt mai nrudite; 2. omologia secvenelor nucleotidice ale ADN,; 3. numrul de secvene oligonucleotidice comune din ARN ribozomal.

Pe baza criteriului omologiei materialului genetic, n ultimii ani clasificrile convenionale ale bacteriilor au fost supuse unor repetate remanieri.

Categorii de taxoni
Specia

- unitatea taxonomic de baz a lumii vii.

n cazul organismelor superioare, din regnul vegetal sau animal, exist criterii bine stabilite de delimitare a speciilor, cel mai important fiind capacitatea de ncruciare.
Specia = o comunitate reproductiv format din

populaii care habiteaz un anumit areal i ai cror indivizi se ncrucieaz liber n natur cu orice individ de sex opus, dnd natere la descendeni fertili care menin relativ omogen fondul de gene al populaiei.

Spre deosebire de organismele superioare, bacteriile se nmulesc vegetativ prin diviziunea celular, iar schimbul de material genetic prin conjugare este rar i nu reprezint un caracter de specie. Aceste diferene, la care se adaug: - deosebirile fenotipice mai puin tranante ale bacteriilor i - capacitatea mult mai mare de a suferi variaii fenotipice i genotipice, sporesc gradul de dificultate n delimitarea speciilor bacteriene i gsirea unui punct de vedere unitar asupra conceptului de specie bacterian.

Speciile bacteriene =populaii de celule cu caractere

fenotipice comune, prin care difer semnificativ de alte populaii.

Fiecare populaie care aparine unei specii poart numele de tulpin bacterian (clon sau su).

Pentru practica bacteriologic, tulpina bacterian are, prin analogie cu organismele superioare, valoarea unui individ, deoarece o tulpin provine din descendena uneia sau a unui numr restrns de celule i este genetic omogen.

 Pentru

fiecare specie bacterian exist n coleciile bacteriene recunoscute pe plan internaional (ex. ATTC), o tulpin tip sau de referin la care se raporteaz i cu care se compar celelalte tulpini din specia respectiv.

Periodic, avndu-se n vedere fenomenele de variabilitate care se produc n orice populaie bacterian, tulpinile din colecii se cloneaz. Operaia de clonare const n dispersarea germenilor pe medii solide, urmat de transplantarea unui numr de colonii izolate. n urma examinrii subculturilor, se selecioneaz pentru a fi pstrate mai departe n colecie, clonele ale cror proprieti se apropie, pe ct posibil pn la identificare, de proprietile iniiale pe care le prezenta tulpina respectiv la izolarea ei din mediul natural.

Subdiviziunile speciei bacteriene.

importante, fr a depi ns limitele admise pentru specie. Varianta (var.) sau tipul se abate de la fenotipul speciei printr-un singur caracter diferenial, sau printr-un numr restrns de caractere. n funcie de caracterul diferenial se pot distinge mai multe categorii de variante sau tipuri ( tabelul 2).

Subspecia implic diferene privind caractere

TABELUL 2 . Taxoni infraspecifici Denumirea taxonului Sinonim Caracterul diferenial

Serovar Patovar Fagovar Morfovar

Serotip Patotip Fagotip Morfotip

Particulariti de structur antigenic Patogenitatea pentru organisme gazd din anumite specii Sensibilitatea fa de anumii bacteriofagi Caractere morfologice aparte Particulariti metabolice Sensibilitatea diferit la anumite bacteriocine

Chimio- sau chemovar Chimio- sau chemotip Colicino- sau bacteriocinovar Colicino- sau bacteriocinotip

Taxonii superiori speciei

divergent dintr-un strmo comun. Toate bacteriile i au locul n cadrul unui gen, iar identificarea genului st la baza diagnosticului bacteriologic curent. Familia grupeaz mai multe genuri nrudite. Numeroase genuri nu au fost ncadrate nc n familii. Ordinul este un taxon format din familii nrudite. Clasa este un taxon superior, care grupeaz mai multe ordine nrudite. Diviziunea (Phylum) reprezint o grupare de clase nrudite. Regnul grupeaz diviziunile nrudite.

Genul reunete speciile nrudite, aprute prin evoluie

Clasificarea bacteriilor
Ultima clasificare a bacteriilor a aprut n 2004 n cadrul Manualului de Sistematic Bacterian a lui B e r g e y i colab.(tab. 3). Regnul Procaryotae este divizat n patru diviziuni, care se difereniaz prioritar prin structura peretelui celular. Clasele, familiile, genurile i speciile sunt departajate pe baza unor caractere morfologice, fiziologice, ecologice etc.

Tabelul 3 Clasificarea bacteriilor la nivelul taxonilor superiori Diviziunea (Phylum)

I. Gracilicutes bacterii Gram negative

Clasa
I.1. Scotobacteria I.2. Anoxyphotobacteria I.3. Oxyphotobacteria

II. Firmicutes bacterii Gram pozitive

III. Tenericutes bacterii lipsite de perete celular

II.1. Firmibacteria
II.2. Thallobacteria III.1. Mollicutes

IV. Mendosicutes perete celular lipsit de stratul de peptidoglican

IV.1. Archaeobacteria

NOMENCLATURA BACTERIILOR
(numirea tiinific)

Conform

normelor internaionale de nomenclatur n biologie, specia este numit prin dou cuvinte latinizate care caracterizeaz foarte sinteticmicroorganismul respectiv. Exemple: Bacillus anthracis,

Staphylococcus aureus

Primul cuvnt indic genul i este inspirat de :

unele caractere morfologice, frecvent forma i modul de grupare (Bacillus = baston mic; Staphylococcus = ciorchine de strugure; Sarcina = pachet etc.), asociate uneori cu habitatul natural al bacteriei (Lactobacillus =
bastona din lapte);

numele bacteriologului care a izolat primul bacteria

respectiv sau a avut merite deosebite n studiul ei: Brucella (Bruce), Pasteurella (Pasteur), Escherichia (Escherich), etc.

Numele genului se scrie cu iniial majuscul, ntreg sau, n cazul unor enumerri i numai atunci cnd precede numele speciei, prescurtat: B. anthracis, E. coli, S. aureus.

Cel de-al doilea cuvnt denumete specia. El se poate referi la:

un caracter morfologic, cultural sau biochimic (Staphylococcus aureus, Lactobacillus acidophilus etc.); gazda receptiv la care produce infecii (Brucella suis, Streptococcus equi, Mycoplasma gallinarum etc.); boala, un simptom sau o leziune caracteristic (Clostridium tetani, Mycoplasma agalactiae, Listeria monocytogenes etc.); numele bacteriologului care a descris primul bacteria (Actinobacillus lignieresii, Clostridium chauvoei, Coxiella burneti etc.).

Numeroase specii bacteriene au i nume comune, folosite deseori n vorbirea curent, ca de exemplu : bacilul piocianic sau bacilul puroiului albastru, pentru Pseudomonas aeruginosa; bacilul lui Koch sau B.K., pentru Mycobacterium tuberculosis; bacilul tetanosului, pentru Clostridium tetani etc.

tulpin bacterian care nu a fost nc identificat este numit ,,izolat,

iar dup ncadrarea n gen, pn la precizarea speciei, poart denumirea genului urmat de abrevierea termenului species: sp. pentru singular i spp. pentru plural (ex. Streptococcus sp.,

Salmonella spp.).

Subspeciile i variantele se denumesc

adugnd la numele speciei, termenii subspecies (prescurtat subsp.), respectiv varietas (prescurtat var.), urmai de numele subspeciei sau variantei respective: Campylobacter fetus subsp. fetus;
Variantele se mai noteaz cu cifre (la Streptococcus pneumoniae i Brucella spp.), litere (la Clostridium perfringens i Clostridium botulinum), sau prin specificarea antigenilor O i H, (la Escherichia coli i Salmonella spp.).

genului celui mai reprezentativ la care se adaug sufixele ,,ales pentru ordin i ,,aceae pentru familie (ex. genul reprezentativ Rickettsia, ordinul Rickettsiales, familia Rickettsiaceae). ncrengtura i clasa taxoni de rang superior au denumiri constituite dintr-un nume generic i diverse sufixe. La ora actual, n taxonomia bacterian se manifest tendina de a se opera din ce n ce mai puin cu aceste categorii taxonomice, din cauza relativitii i ineficienei lor.

Ordinul i familia sunt denumite cu numele