CALCUL ADN.

MODELE DE FILTRARE
Cromozomii

, responsabili de transmiterea materialului genetic,

sunt formati din proteine si ADN;
In majoritatea organismelor vii, materialul genetic este depozitat
in ADN (Acid Dezoxiribonucleic), nu in proteine, chiar daca au o
structura mult mai complexa;
Bioinformatica este un domeniu al stiintei in care biologia, stiinta
despre calculatoare si tehnologia informatiei se unesc intr-o
singura disciplina;
Principalele obiective ale bioinformaticii sunt:
Dezvoltarea unor noi algoritmi, mai rapizi;
Analiza si interpretarea diferitelor tipuri de date
referitoare la secventele de nucleotide si aminoacizi;
Dezvoltarea si implementarea unor unelte care sa permita
accesul eficient si manipularea diferitelor tipuri de
informatii

Calcul ADN

ADN-ul are potentialul unui computer, deoarece stocheaza

informatii;
Primul om care a sugerat ca celulele vii si moleculele complexe pot
fi privite ca poteniale componente mecanice a fost Richard
Feynman;
Leonard Adelman este considerat a fi parintele bioinformaticii;
El a preluat ideea lui Feynman si, in 1994, a reusit sa rezolve
Problema Drumurilor Hamiltoniene cu ajutorul calculului ADN;
Scopul operatiilor cu ADN este acela de a crea dispozitive care sa
poate lucra independent, fara implicarea oamenilor;
Structura ADN-ului a fost descoperita in 1953 de Francis Crick si
James Watson;
ADN-ul este format din siruri de polimeri (lanturi ADN). Fiecare lant
este un sir de nucleotide;
ADN-ul are o structura dublu- inlantuita, care se formeaza atunci
cand doua siruri de polimeri se leaga;
Doua lanturi simple de ADN alcatuiesc un lant dublu, care este
stabilizat de legaturile de hidrogen dintre nucleotide;

Calcul ADN.Operatii
Cele patru tipuri de aminoacizi care alcatuiesc ADN-ul sunt
Adenina, Timina, Citozina si Guanina (A, T, C, G);

Structura lor chimica permite legarea Adeninei cu Timina si

a Citozinei cu Guanina;

Perechea A-T se uneste printr-o legatura dubla de hidrogen,

iar cea dintre C- G printr-una tripla;
Operatii cu ADN:

Sinteza ;

Procesul de legare a doua lanturi simple si de formare a

unui lant dublu este cunoscut sunb numele de tratament
termic sau hibridizare. Ea presupune racirea lenta a unei
solutii, deoarece o racire brusca forteaza o renaturare;

Denaturarea: ADN-ul poate fi redus la un singur lant prin

incalzirea solutiei la o temperatura anume, astfel incat
caldura rupe legaturile de hidrogen;

Legarea: daca una din componentele ADN-ului contine o

discuntinuitate, se repara prin procesul de legare;

Calcul ADN. Operatii

Divizarea presupune extragerea oricarui sir ce contine o

secventa specifica dintr-o eprubeta (Ex: extragerea
tuturor componentelor ce contin secventa GCTA.
Electroforeza gelului ajuta la trierea sirurilor dupa
marimea lor. Electroforeza este miscarea moleculelor
incarcate intr-un camp electric. Intrucat moleculele de
ADN transporta o sarcina negativa, cand sunt puse intr-un
camp electric ele au tendinta de a migra catre polii
pozitivi. Rata de migrare a unei molecule intr-o solutie
apoasa depinde de forma ei si de sarcina electrica.
Deoarece moleculele de ADN au aceeasi sarcina pe
unitatea de lungime, ele migreaza in totalitate cu aceeasi
viteza in solutia apoasa.
PCR: Reactia in lant a polimerazei. Polimerazele ADN-ului
indeplinesc mai multe functii, inclusiv repararea si
duplicarea ADN-ului. Dat ind un oligoelement initial scurt,
p, in prezenta unor trifosfati de nucleotide (nucleotida de
rezerva), polimeraza extinde p numai si numai daca p

Calcul ADN. Operatii

Enzimele de restrictie recunosc o secventa specica de

ADN cunoscuta ca o zona de restrictie. Orice ADN ce
contine zona de restrictie in secventa sa este intrerupt de
enzime in acel punct.
Clonarea este definita, ca producerea de multiple copii
identice ale unei singure gene, celule, virus sau organism.
In cazul calculelor moleculare, clonarea ne permite deci sa
obtinem mai multe copii de secvente specifice de ADN.

Grafuri ADN

Graful este o pereche G=(V, E), unde multimea V= {v1,

v2, ..., vn} reprezinta multimea varfurilor grafului, iar
multimea E ={e1, e2, ..., en } reprezinta multimea
formata din submultimile a doua elemente din V. O
muchie are forma e={uv}. Numarul varfurilor unui graf
reprezinta gradul acelui graf.
Formal, un graf ADN este un graf conectat, cu varfuri
etichetate din alfabetul ADN, = {A, C, G, T} si cu muchii
etichetate e cu denumirea de coloana, e cu cea de
pereche de baza. Muchiile coloana sunt directionate,
indicand directia 5` spre 3`, in timp ce muchiile "pereche
de baza" sunt nedirectionate si sunt de tip Watson- Crick.
Mai mult, ecare varf dintr-un graf ADN are cel mult o
muchie de intrare si una de iesire de ecare tip. Exista 10
grafuri ADN cu doua muchii coloana si doua muchii
pereche de baza.

Grafuri ADN. Operatii

Hibridizarea: se iau doua grafuri ADN, D1 si D2 si se asigura
un graf ADN combinat D3, D3= D1+D2, prin formarea
muchiilor perechi de baze unind varfurile din D1 cu varfurile
din D2.

Procesul de legare: se considera un graf ADN D si se produce

un graf ADN D`= -D prin adugare de muchii coloana care
leaga varfurile in D.

Denaturarea: se alege un graf ADN D si se dobandeste un set

de grafuri ADN, D = Di, fiecare fiind componenta a coloanei D
fara muchii perechi de baza.
Algoritmul lui Adelman. Abordare

Genera siruri ce codicau drumurile aleator astfel incat

problema era reprezentata cu probabilitate mare. Cantitatile
de ADN folosite depaseau cu mult necesarul pentru un graf
mic , asa ca mai degraba existau mai multe siruri care codicau
drumurile.

Sterge toate sirurile care nu codicau drumurile hamiltoniene.

Se verica sirurile care codicau drumurile.

Grafuri ADN. Algoritmul lui

Adelman
Fiecarui varf si muchie
i-a fost asociata o secventa distincta de

ADN. Secventele reprezentand muchiile se comporta ca niste

atele intre sirurile ce marcheaza capetele. In termeni formali,
secventa asociata cu muchia i -j este 3` 10-mer la secventa ce
reprezinta vi, urmata de a 10-a mer 5` a secventei
reprezentand vj . Aceste oligonucleotide au fost apoi
combinate pentru a forma siruri ce codica aleator drumuri prin
graf. O cantitate fixa de oligonucleotideau fost amestecate
intr-o singura operatie de legare. La finalul reactiei, se
presupune ca un sir ce reprezinta un drum hailtonian este
prezent cu o posibilitate mare. Aceasta abordare rezolva
problema generarii unui numar exponential ale diferitelor rute
folosind un numar polinomial de oligoelemente initiale.
PCR a fost folosit initial pentru a amplica masiv populatia de
oligonucleotide ce codica rutele ce incep de la v1 pana la v7.
Apoi, sirurile care nu codifica exact n cai au fost eliminate.
Apoi a urmat o serie de pasi de purificare care au avut rolul de
a izola sirurile ce codica drumurile care au vizitat fiecare varf o
singura data.

Grafuri ADN. Problema colorarii grafului

Abordarea din punct de vedere molecular presupune construirea

unei librarii initiale de culori: pentru ecare nod v1 din V , vom
sintetiza o singura oligonucleotida pentru a reprezenta fiecare vi=
rosu, vi= verde, vi= albastru. Fiecare muchie este o molecula
dublu- inlantuita. Pentru fiecare muchie avem exact sase molecule
dublu- inlantuite, fiecare reprezentand o pereche de culori distincte
la capatul muchiei moleculei. Acum, pentru a forma graful, toate
moleculele- muchii si toate nodurile sunt combinate si capetelor lor
compatibile li se permite sa formeze ADN-ul dublu inlantuit. Odata
formate, muchiile se unesc prin etansarea tuturor crestaturilor din
lanturile ADN cu ajutorul operatiei de legare.
Se combina toate blocurile de constructie ale nodurilor cu toate
muchiile intr-un singur test de tub si i se permite capatului
complementar sa hibrideze si sa fie legat.
Se elimina partial structura ADN-ului format cu capete deschise
care
nu s-au potrivit. Din graful format la pasul anterior, se elimina prin
electroforeza gelului grafurile care sunt mai mari decat graful
initial. Daca mai sunt structuri de graf in tubul de test, atunci
tragem concluzia ca graful este 3- colorabil.

Metode de calcul ADN.Metode

de filtrare

In functie de natura operatiilor pe care le contin, metodele de

calcul ADN se impart in 3 categorii: Filtrare (in toate
metodele de ltrare, calculul consta dintr-o secventa de
operatii pe multimi finite de siruri de caractere); Separare;
Constructive (arie importanta de cercetare care se remarca
este cautarea algoritmilor care actioneaza asupra dimensiunii
polinomiale ale multimilor de caractere -cantitatea de ADN.
Este o certitudine faptul ca filtrarea nu suporta astfel de
algoritmi, din moment ce ea se bazeaza pe existenta
dimensiunii exponentiale ale multimii de siruri de caractere).
Modelul nerestrictionat. Operatii:
Separarea (T. S). fiind data o multime T si un subsir de
caractere S, se creeaza doua multimi noi +(T, S)- toate
sirurile de caractere din T care il contin pe S- si (T, S)-sirurile
de caractere din T care nu il contin pe S-.
Combinarea
Identificarea. Fiind data o multime T, se returneaza true daca
este nevida sau false in caz contrar.

Metode de filtrare
Modelul de satisfiabilitate (SAT): fiind data o multime finita V =
{v1, v2, ... , vn} de variabile logice, vom defini o litera ca fiind
o variabila vi sau complementul sau; daca vi este adevarat,
atunci complementul sau este fals si vice- versa. O instanta, I,
a SAT este formata dintr-o multime de propozitii. Problema
este sa asociem o valoare booleana fiecarei variabile din V
astfel incat cel putin o variabila din fiecare propozitie sa aiba
valoarea adevarat. Acesta este momentul in care putem spune
ca I a fost satisfacuta;

Filtrarea paralela. Acest model a fost primul care a furnizat un

cadru formal pentru o mai facila descriere a algoritmilor ADN
pentru orice problema a clasei N P complete.
Operatii:

sterge(U, {Si}); aceasta operatie elimina din multimea U,

orice sir de caractere care contine cel putin o aparitie a
oricarui substring {Si}. Aceasta operatie este compusa dintrun set de alte operatii:
marcarea (U, S). Aceasta operatie marcheaza toate sirurile
din multimea U care contin cel putin o aparitie a subsirului
S.

Metode de filtrare
distruge (U). Aceasta operatie distruge toate sirurile
marcate din multimea U.
uniunea ({Ui, U}). Aceasta operatie multimea U care este
multimea reunita a multimilor Ui;
copierea (U, {Ui}). Aceasta operatie produce un numar de
copii, Ui, ale multimii U;
selectarea(U). Aceasta operatie selecteaza un element
aleator din U; daca U este multime vida, atunci se
returneaza 0.

Problema colorarii nodurilor unui graf

Pentru a obtine o colorare potrivita a unui graf G=(V, E),

culorile sunt asociate astfel incat 2 noduri adiacente sa nu
aiba aceeasi culoare.
Multimea initiala, T, este formata din siruri de caractere de
forma c1, c2, cn, unde ci face parte din multimea {ri, gi,
bi} si n este |V|, numarul de varfuri din graful G. Astfel,
fiecare sir de caracter reprezinta o posibila (dar nu
neaparat favorabila) colorare a grafului dat.

Metode de filtrare
Algoritm:

se citeste multimea initiala T

pentru fiecare nod executa
din T, se creeaza canalul rosu ce contine sirurile de caractere ce
codica nodul rosu, si se creeaza canalul albastru/verde ce contine
toate celelalte siruri
se creeaza canalul albastru din canalul albastru/verde, si se
creeaza
tubul rosu din sirurile ramase
pentru toate muchiile adiacente acestui nod executa
din nodul rosu se elimina sirurile de caractere ce codica nodul
adiacent rosu
din nodul albastru se elimina sirurile ce codica nodul adiacent
albastru
8. din nodul verde se elimina sirurile ce codica nodul adiacent
verde
9. sfarsit pentru
10. se combina rosu, verde si albastru pentru a forma noul canal T
11. sfarsit pentru
12. se citeste ce a ramas in T

Concluzii

Calculul ADN reprezinta o modalitate de a regandi cu totul

metodele obisnuite de calcul. Matematica reprezinta,
probabil pentru majoritatea oamenilor, fundatia tuturor
lucrurilor. Prin descoperirea calculului ADN, realizam ca
matematica sta, de asemenea, si la baza biologiei.
Oamenii de stiinta au descoperit ca viitoarea generatie de
microprocesoare se poate afla in organismele vii, si anume
in ADN. Aceste molecule au potentialul de a efectua
calcule mult mai rapid decat cel mai performant computer
actual. ADN-ul ar putea integrat pe viitor intr-un chip,
pentru a creea asa- numitul biochip, care va avea
performante mult mai bune. Computerele ADN vor avea
capacitatea de a stoca de un miliard de ori mai multe date
decat computerele personale