ACIZII

NUCLEICI

Caractere ereditare

Factorii genetici

Mediu ambiant

Genotipul

Fenotipul

INFORMAIA
GENETIC

GENOM
ACIZI NUCLEICI
ADN
ARN

Acizi nucleici

ADN
acidul
dezoxiribonucleic

ARN
acidul ribonucleic

Acizi nucleici sunt polinucleotide,

alctuite din mononucleotide, unite
prin legturi 3, 5-fosfodiesterice.

Coninutul AN n celule depinde de starea lor

fiziologic.
n spermatozoizi se conin 60% de ADN
n muchi - 0,2%
n rest esuturilor 1-10%
Coninutul ARN este 5-10 ori mai mare dect cel al
ADN.
Raportul ARN/ADN este mai mare n celulele ce
sintetizeaz activ proteina, de exemplu ficat,
pancreas, esuturile embrionare (acest raport este de
4-10, comparativ cu alte esuturi unde este de 0,32,5).
Masa molecular a AND-ului la bacterii este 2109, la
om i animale ajunge la 1011
Masa molecular a ARN este mult mai mic dect a
ADN-ului.

Acizii nucleici

ADN

a.
b.
.

Localizarea:
97-99% - n nucleu
1-3% - n mitocondrii ; cloroplaste.
Rolul: pstreaz i transmite
informaia genetic de la ADN
parental la ADN fiic sau ARN.

ARN

1.
2.
3.
.
.

Localizarea:
11% - n nucleu
15% -n mitocondrii
50% - n ribosomi
24% - n hialoplasm
Deosebim:i:
ARN mesager
ARN ribozomal
ARN de transport
ARN cromosomial
ARN nuclear

Acizi nucleici
ADN
acidul
dezoxiribonucleic
Dezoxiribonucleotide

ARN
acidul ribonucleic

Nucleotide

Ribonucleotide
d -Adenozinmonofosfat
Adenozinmonofosfat (AMP)
(dAMP)
Guanozinmonofosfat (GMP)
d-Guanozinmonofosfat (d
Citidinmonofosfat (CMP)
GMP)
Uridinmonofosfat(UMP)
d-Citidinmonofosfat (dCMP)
Nucleozide + H3PO4
d-Timidinmonofosfat (dTMP)
Dezoxiribonucleozide
Ribonucleozide
d -Adenozin
d-Guanozin
d-Citidin
d-Timidin
Adenina +
dezoxiriboza
Guanina
Citozina
Timina

Adenozin
Guanozin
Citidin
Uridin
Baze azotoase +
pentoz

Adenina + riboza
Guanina
Citozina
Uracil

Bazele azotate
a. BA se clasific n :
1. majore: purinice: A, G i pirimidinice: C,T,U
2. minore:purinice (2metil A; 1 metilG) i
pirimidinice (5 metil C;5 hidroximetil C)
b. Sunt slab solubile n H2O
c. Prezint fenomenul de tautomerie (forme lactimlactam)
d. Sunt responsabile de informaia genetic
e. BA purinice- au structur plan; cele pirimidiniceaproape plan, puin plat
j. Max capacitii de absorbie n ultraviolet este
ntre 260-280 nm

Bazele azotate

PURINICE

PIRIMIDINICE

Baze azotate minore

Pentoze

Nucleozidul
const dintr-o BA ( purinic sau
Pirimidinic) +o pentoz (riboza sau
dezoxiriboza).
Nucleozidele se refer la N- Glicozide, n care
atomul C-1 al pentozei este unit cu N-9
al purinei sau N-1 al pirimidinei - leg. N
glicozidic
n funcie de pentoz: dezoxi i
ribonucleozide
BA purinice +Riboza sau dezoxiriboza --au terminaia
ozin
Ex. adenozin, guanozin
sau dezoxiadenozin, dezoxiguanozin
BA pirimidinice +riboza sau dezoxiriboza
--- au terminaia
idin
Ex. citidin, timidin, uridin sau dezoxicitidin
etc.

Unite ntre ele prin

legtura N glucozidic

Nucleozide

Dezoxiribonucleozide
Adenina + dezoxiroboza
=dAdenozin
Guanina + dezoxiroboza=
dGuanozin
Citozina + dezoxiroboza =dCitidin
Timina + dezoxiriboza =dTimidin

Ribonucleozide
Adenina + riboza =Adenozin
Gunanina + riboza=Guanozin
Citozian +riboza= Citidin
Uracil + riboza=Uridin

Nucleozidele
Proprietile:
Mai solubile n H2O dect
Bazele azotate
Mai stabile n soluii alcaline
Uor hidrolizeaz la nclzire
cu acid

NUCLEOTIDE
-compui alctuii din nucleozide i rest de acid fosforic.
-Deosebim ribonucleotide i dezoxiribonucleotide
Fosfatul poate fi adiionat n
diferite poziii ale gruprii OH
ale inelului pentozei.
n ribonucleotide poziia 2,3,
5
n dezoxiribonuleotide
poziia,
3,al5acidului
Rest

Nucleozid

fosforic

n nuleotidele
libere, restul de
fostat este adiionat
n poziia 5
Alungirea captului fosfat prin adiionarea
gruprilor suplimentare de fosfat duce la
formarea nicleozidpolifosfailor, i anume:
Nucleozid mono-; di-; trifosfafat

Timidinmonofosfat nucleozidmonofosfat

Cel mai frecvent n celul se

gsesc nucleoziddifosfaii i
nucleozidtrifosfaii.

Dezoxiribonucleotide
d Adenozin mono, di, tri fosfat (dAMP,
dADT, dATP)
d-Guanozin mono, dt, tri fosfat (d GMP,
dGDP, dGTP)
Ribonucleotide
d-Citidin mono, di, tri fosfat (dCMP, d CDP,
Adenozin mono, di, tri fosfat (AMP, ADT, ATP)
dCTP)
Guanozin
mono, di, tri fosfat (GMP, GDP, GTP)
d-Timidin mono, di, tri fosfat (dTMP,
dTDP,
Citidin mono, di, tri fosfat (CMP, CDP, CTP)
dTTP)
Timidin mono, di, tri fosfat (TMP, TDP, TTP)

Nucleotide - Rolul

1. Element structural al AN
2. Intermediari energetici
(ATP- purttorul energiei
chimice n organism)
3. Intr n componena
CoEn
4. Servesc ca activatori ai
unor molecule (UDP-Gl;
CDP-colina)
5. Servesc ca mesageri
secunzi intracelulari ai
hormonilor (AMPc; GMPc)

Toate nucleotidele se gsesc n celul sun form de anioni, de

aceea adenozinfosfaii, ar fi corect de notat, dup cum urmeaz:
AMP2-, ADP3-, ATP4-.
ADP i ATP sunt compui macroergici, adic bogai n energie,
care se utilizeaz de ctre organism pentru asigurarea
diverselor funcii.
Restul de nucleozid di i trifosfai de asemenea particip n
reaciile de sintez a substanelor.
Derivaii nucleotidelor.
Printre derivai ai nucleotidelor deosebim:
-Nucleotidele ciclice (3, 5- AMP, i 3, 5 GMP) , care sunt
reglatori universali ai metabolismului n interiorul celulei,
funcionnd ca mesageri secundari).
-- Un grup mare de derivai ai nucleotidelor servesc ca coenzime
a diverselor enzime, participnd n reaciile de transformare a
substanelor.

Nucleozide i nucleotide
rare
Pe lng nucleozidele i nuleotidele, care conin bazale
azotate principale sunt nucleozide i respectiv nuleotide
care conin baze azotate rare, sau minore.
Majoritatea acestora se conin n ARNt, cele mai frecvente
sunt: dihidrouridina, pseudouridina (se noteaz ) i
ribotimidina (5-metil uridina).
n pseudouridina lipsete legtura N-glicozidic. Atomul C1
de carbon al ribozei se leag de C-5 a uracilului.

Structura AN

Structura primar a AN

Reprezint secvena
mononucleotidelor n
lanul polinucleotidic
liniar, legate ntre ele
prin legturile 3' - 5'
fosfodiesterice
Catenele au dou
capete:
5 nucleozid tri
fosfatul;
3 gr. OH liber

Structura primar
Structura primar a ADN i ARN se numete catena liniar
polinucleotidic, n care mononucleotidele sunt legate prin legturi 3,
5 fosfodiesterice.
Principiul structurii primare a ADN i ARN este identic: fiecare 3
hidroxigrup a pentozei a unui mononucleotid este unit prin legtur
covalent cu 5 hidroxigrupa pentozei altui mononucleotid. De aici
denumirea, legtura 3, 5 fosfodiesteric.
Catenele liniare ale ADN i ARN, lungimea crora depinde de numrul
mononucleotidelor constituente, au dou capete: unul 3, iar altul 5.
Deoarece materialul iniial (nucleotidele) pentru asamblarea
catenelor AN n celul este prezentat prin nucleozidtrifosfai, atunci
captul 5 conine trifosfat, iar captul 3 - grupa OH liber.
Catenele AN sunt polare. Pot avea direcie 53 i 3 5. Excepie
fac ADN i ARN inelari din unele virusuri i bacterii.
Textul genetic al ADN este compus din cuvinte codificate, care
prezint triplete de nucleotide, numite codogene.
Consecutivitatea nucleotidelor n AR este aceiai ca i la ADN de
reproducere cu diferena c const din ribonucleotide, iar n locul
timinei este uracilul.
Structura primar a ARNm este copiat de pe sectorul de ADN, care
conine informaia despre structura primar a catenei polipeptidice a
ARNm, iar a ARNt, ARNr i ARN rare copia final a fragmentelor de

Structura secundar a ADN

Erwin Chargaff (1949) studiind componena ADN a stabilita legitile
principale, privind bazale azotate n el, care au contribuit la stabilirea
structurii secundare a ADN. Aceste legiti au primit denumirea de regulile
lui Chargaff.
1. Coninutul adeninei este egal cu al timinei, iar al guaninei cu al citozinei
(A=T, iar G=C)
2.
n orice preparat de ADN independent de specie suma bazelor purinice
este egal cu cea a bazelor pirimidinice (A+G=T+C)
3. Preparatele de ADN separate din diferite esuturi a uneia i aceeai
specie de organisme sunt absolut identice privind componena
nucleotidic.
4. Componena nucleotidic a DNA la aceeai specie nu se modific odat
cu vrst, nu depinde de regimul alimentar i modificrile mediului.
5. dac A+T este mai mare dect G+T avem DNA de tip AT
6. dac G+T este mai mare dect A+T avem DNA de tip GT
7. t de topire este mai mica cnd predomin perechile A-T
8. t de topire este mai mare cnd predomin perechile G-C
9. la eucariote ADN mitocondrial este circular.

Aceste reguli arat, c la formarea ADN-ului trebuie

respectat mperecherea strict anume a adeninei cu
timina i a citozinei cu guanina.

Structura secundar a ADN

1.

2.

Watson i Crick (1953) au

postulat modelul
structural al moleculei de
DNA - dublul helix
(spiral dubl)
Caracteristicile dublei
spirale:
2 lanuri
polidezoxiribonucleotidice se
rsucesc helicoidal n jurul unui
ax comun, formnd o dubl
helice cu orientare spre
dreapta;
Cilindrul ce ncadreaz dublul
helix are d=2nm

Structura secundar a ADN

3. Lanurile sunt antiparalele (unul are direcia 53,
altul 35)
4. Complementaritatea (A i corespunde T; iar G-C).
5. Stabilitatea dublului helix este asigurat att de
interaciunile hidrofobe dintre BA, ct i de
legturile de hidrogen ntre BA (A=T formeaz 2
legturi de hidrogen, iar G C trei legturi). Bazele
azotate n molecula de ADN sunt aezate sub
form de teanc de monede; ntre planurile bazelor
azotate apar interaciuni Van-der-Waals
6. BA hidrofobe sunt situate n interiorul spiralei duble
i aranjate sub form de stive, pe cnd complexul
pentozofosfat este situat la exteriorul spiralei
duble, bine interacioneaz cu apa, de aceia
molecula gigant de DNA se dizolva n ap.
7. Spiral este regulat (fiecare spir cuprinde 10
nucleotide). Distana dintre BA nvecinate este de
0,34 nm, perioada de identitate (pasul) 3,4 nm.
8. La pH=7 grupele fosfat sunt ionizate, poarta sarcini
negative, de aceea ADN prezint acid puternic.
9. Dublul helix este de tip plectonemical, dar nu
paranemical
Sunt cunoscute spirale de 2 tipuri:
-Paranemice (componentele se despart
fr o despiralizare preliminar )
-Plectonemice (componentele se desfac
numai dup despiralizare, deoarece sunt
strns interconencate .

Exist diferite forme de DNA

- care sunt determinate de gradul de
dehidratare a acizilor nucleici: A,B i Z.
Modificrile n dublul helix sunt
dependente de anturajul extern ai
moleculei de DNA.
Dublul helix posed dinamism.
forma A:
- conine 11 resturi la o spir,
- este rsucit spre dreapta.
forma clasica B:
- conine 10 mononucleotide la o spir.
- este rsucit spre dreapta.
- 10 nucleotide ocup 34 A (3,4 nm).
- o nucleotid cuprinde 3,4A (0,34 nm).
conformatia Z spre deosebire de A
i B este rsucit spre stnga.

ADN cromozomial spiralizarea este ntrerupt n anumite

sectoare numite palindromi. n aceste fragmente succesiunea
nucleotidelor de-a lungul catenei este identic de la dreapta
spre stnga i invers, la fel ca literele n cuvntul capac. Bazele
azotate n palindromi se mperecheaz formnd structuri n
form de cruci sau agrafe. Aceste structuri asigur proprietatea
proteinelor reglatoare de a cunoate locul transcrierii informaiei
genetice de pe ADN cromozomial.

Structura teriar
Se formeaz la rsucirea suplimentar a moleculei
bispiralate n spaiu. Are form de supraspiral sau
spiral dubl curbat.
La superspiralizarea dublului helix particip
proteinele histone i formeaz cromatina
Unitatea structural a cromatinei este nucleosomul
Nucleosomul este un octamer histonic (2H2a;
2H2b; 2H3; 2H4) nfurat de aproximativ de 2 ori
de dublul helix cu o lungime de 146 perechi de
nucleotide.
ntre 2 nucleosomi se conin poriuni de ADN
alctuit din 20-60 perechi de nucleotide asociate cu
H1
Lanul polinucleosomic formeaz un superhelix
(solenoid), fiecare spir are 10 nucleosomi, d=30nm
i pasul de 10nm

 La organismele superioare AND se conine n cromozomi, care au diferite forme n

dependen de strangulaia central i posed o organizare structural complicat. n
fiecare cromozom se conine o singur molecul gigant de ADN (masa molecular este de
circa 1011, iar Lungimea liniar de civa cm) , care constituie baza cromatinei.
Cromatina prezint o structur supramolecular, n care spirala dubl de ADN este
conjugat cu proteinele, cantiti mici de ARN i substane minerale.
Raportul componentelor cromatinei este: ADN - 30-45%, histone- 30-50%, proteine
nehistone- 4-33%; ARN- 1,5-10%.
Organizarea structural a cromatinei este de aa natur c ea permite de a utiliza una i
aceiai informaie genetic a ADN-ului caracteristic speciei date n mod diferit n celulele
specializate. Cota parte a cromatinei este inactiv, coninnd ADN mpachetat compact.
Cromatina activ n diferite celule constituie 2-11% (n ficat (3-4%, n rinichi 2-3%).
La microscopul electronic imaginea cromatinei amintete mrgelele: ngrori sferice
numite nucleosome cu dimensiune de 10nm desprite de strangulaii filiforme. Fiecare
nucleosom conine un sector al moleculei bispiralate de ADN avnd o lungime egal cu
140 de perechi de baze azotate i opt molecule (octoamer) de histone. n fiecare
nucleosom se conin cte dou molecule de histone de fiecare tip H 2a, H2b, H3, H4. n locul
strangulaiei filiforme spirala dubl de ADN conine 30-60 perechi de baze azotate i este
asociat cu histonul H1. Lungimea strangulaiilor n diferite celule variaz.
Gradul de mpachetare a ADN n nucleosom este egal cu 5, adic lungimea catenei se
micoreaz de 5 ori.
Modul de legare a ADN cu nucleosoma este urmtorul:
S-a constatat c spirala dubl a ADN nfoar suprafaa nucleului proteic (octamerului) al
nucleosomei formnd structur teriar. n locul ndoiturilor, spirala dubl se curbeaz
perturbnd spirala clasic dubl a ADN-ului. Gruprile fosfat ce poart sarcin negativ se
fixeaz pe moleculele histonelor. Acelai proces are loc i pe punile filiforme cu histona H 1.
Aproximativ 90% din ADN intr n componena nucleosomelor, iar restul revine punilor. Se
consider c nucleosomele reprezint fragmente cromatinice tcute (genetic inactive), iar
punile sunt genetic active. Nucleosomele, ns pot s se desfoare trecnd n form
liniar, genetic activ.
Proteinele nehistonice sunt mult mai variate. Au fost separate mai mult de 590 de fracii

Compactizarea
cromatinei

DNA

Firul de
cromatin?
~ 1,000

30 nm Solenoid ~40 / 50

Nucleosoma
= ctamer de
histone
H2a, H2b, H3, H4
146 / 200 bp DNA
Compactizare
~10 ori

Cromosoma metafazic/
cromatina interfazic
~ 10,000

Acizii ribonucleici

ARN
mesager
(ARNm)

ARN de
transfer
(ARNt)

Este o molecul intermediar,

ce reprezint o copie a unei din
cele 2 catene a moleculei de
ADN li particip la translarea
informaiei de la molecula de
ADN, la catena polipeptidic

Este un intermediar n sinteza

proteinelor. Fiecare molecul
de ARNt are o zon de 3
nucleotide numit anticodon,
iar la partea opus la unul din
capete se leag un anumit
aminoacid

ARN
ribosomal
(ARNr)

Este
un
component
al
ribosomilor, fiind totodat un
intermediar
n
sinteza
proteinelor

Structura secundar i teriar

a ARNm
ARNm se formeaz n celul din
precursorul su pre ARNm, care
conine copiile palindromilor ADN. De
aceea structura lui secundar conine
agrafe i sectoare liniare. n procesul
de maturare agrafele din pre ARNm
sunt tiate cu ajutorul enzimelor
formndu-se ARNm.
Structura secundar a ARN m prezint
o caten curbat,
iar cea teriar se aseamn cu un fir,
nfurat pe o bobin, rolul creia este
asigurat de o protein special de
transport, numit informer.
Elementul de codificare al ARNm este tripletul nucleotidic numit
codon. Fiecare codon corespunde unui anumit AA

Structura secundar a ARNt

1.

2.

3.
4.

5.

Are infiarea unei "frunze de trifoi" - se formeaz n urma

imperecherii complementare intracatenare a nucleotidelor
anumitor sectoare.
Sectoarele, care nu sunt ncadrate n formarea legturilor de H
formeaz lanuri sau bucle
Sectorul de acceptare (4 nucleotide, 3 din care au aceeai
succesiune- CCA cu hidroxilul 3OH al adenozinei este liber la care
se fixeaz grupa COOH al AA ,care este transportat spre ribosomi,
unde are loc sinteza proteinelor.
Bucla anticodonic - format din 7 nucleotide. Conine un triplet
nucleotidic specific pentru fiecare ARNt numit anticodon.
Anticodonul ARNt dup principiul complementarittii se
mperecheaz cu codonul respectiv din ARNm. Interaciunea
codon-anticodon determin ordinea aranjrii aminoacizilor n
catena polipeptidic.
Bucla pseudouridilic (sau laul T C ) const din 7 nucleotide
(restul acidului pseudouridilic este obligatoriu), particip la
interaciunea cu ribozomii.
Bucla dihidrouridinic (D) - const din 8-12 resturi nucleotidice
( resturi de dihidrouridin ), interactiuneaz cu E- aminoacil-ARNtsintetaza, care contribuie la recunoaterea de ctre aminoacid a
ARNt specific.
Bucla suplimentar (variabil), care variaz dup dimensiuni li
componena nucleotidic la diferite ARNt.

Structura teriar a tRNA

Are forma L
Include 2 segmente de dublu helix
situate perpendicular (fiecare helix10 perechi de baze)
n afara spiralei bazele formeaz
legturi de hidrogen. Interaciuni
apar ntre bazele necomplementare
(A-A; A-C).Multe baze sunt aranjate n
stive (hidrofobe)

ARNr
Structura secundar e
prezentat prin sectoare
spiralate unite ntre ele cu
ajutorul unei catene curbate
Structura teriar prezint
scheletul ribosomului. Are forma
unui bastona sau ghem pe
suprafaa cruia sunt nfurate
proteinele ribosomului.

Ribosoma
70S la E. coli

 ARN mesager (mARN) constituie 25% din

totalul ARN-lui.
Localizat -n nucleu i citozol.
Prezint copia sectorului de ADN i conine
informaia despre structura catenei
polipeptidice a proteinei.
Rolul:Transmite informaia de la ADN spre
ribozomi, sediul de sintez a proteinei.
ARN ribozomal (rARN) constituie 60% din
totalul ARN-ului.
Localizat- n ribozomii citoplasmei.
Rolul - formeaz scheletul ribozomilor.
Joac un rol auxiliar n procesul de
asamblare a proteinelor.

 ARN de transport (tARN) constituie

15% din totalul ARN-lui.
Localizat: n citoplasm, ribosomi,
mitocondrii.
Rolul: particip la activarea i
transportul AA spre ribozomi i
asamblarea lor n polipeptide.
ARN cromosomial activarea genelor
ADN
ARN nuclear formarea scheletelor
particulei proteice care transport
ARN din nucleu n citoplasm

Proprietile fizico-chimice ale

Acizilor Nucleici

 Proprietile fizico-chimice ale AN sunt determinate de masa

molecular mare i de nivelul de organizare structural.
Pentru AN este caracteristic: proprietile coloidale,
viscozitatea i densitatea nalt a soluiilor, capacitatea de
denaturare.
Proprietile coloidale sunt tipice pentru toi compuii
macromoleculari.
Dizolvndu-se, acizii nucleici se mbib, formnd soluii
vscoase de tipul coloizilor.
Proprietile lor hidrofile depind de fosfai. n soluii
moleculele AN se afl sub form de polianioni cu caracter acid
pronunat.
La valorile fiziologice al pH-ului toi AN sunt polianioni
nconjurai de proteine cationice i cationi neorganici.
Solubilitatea acizilor nucleici bispiralai este mai sczut
dect cea a acizilor nucleici unicatenari.

 ABSORPTION
The bases in DNA absorb ultraviolet light at the
wavelength of 260 nm
This absorption can be monitored using a
spectrophotometer
This is one method used to figure the
concentration of DNA in solution
The less ordered the bases the more ultraviolet
light is absorbed
Free bases absorb 1.60 units at 260 nm
Single stranded DNA absorb 1.37 units at 260 nm
Double stranded DNA absorb 1.00 units at 260 nm

 DENSITY
Density can be measured by CsCl-density ultracentrifugation
CsCl, upon ultracentrifugation, will form a density gradient, with
the most dense solution at the bottom
Macromolecules, such as DNA, will concentrate in the area of
CsCl that has the same density as themselves
Hence, more dense DNA will migrate downward and less dense
DNA upwards forming bands
Density can be used to estimate G+C content
GC base pairs are more dense than AT base pairs
Therefore, DNA with more GC base pairs will form bands lower
down than an equal number of base pairs with high AT content
Density studies show the existence of satellite DNA
If chromosomal DNA is cut into about equal size pieces and
subjected to CsCl-density ultracentrifugation two bands are
formed
One band contains most of the DNA from the genome
The second band (the satellite) contains about 5% of the DNA
from the genome and has a highly repetitive sequence

Denaturarea i renaturarea
Denaturarea sub aciunea temperaturii, mediului pH, substanelor chimice
are loc ruperea legturilor de hidrogen i forelor hidrofobe (Van-derWaals), ce stabilizeaz structura secundar i teriar a ADN.
La denaturare ADN i pierde proprietile biologice. Ex. nclzirea ADNduce la desfacerea spiralei duble n dou catene ( are loc transformarea
spiral - ghem).
Degradarea unei jumti de structur de ADN are loc la temperatura de
topire. ADN bogat n C i G au o temperatur de topire mai nalt dect cele
bogate n A i T.
La rcirea treptat catenele din nou se reunesc dup principiul
complementaritii, formnd spirala dubl nativ. Acest fenomen se
numete renaturare (atunci cnd t e mai mic dect cea de topire).
La rcirea brusc renaturarea nu are loc.
Denaturarea i renaturarea acizilor nucleici este nsoit de schimbarea
activittii lor optice. Sectoarele spiralate (organizate ale AN rotesc planul
luminii polarizate, adic sunt optic active, dereglarea acestor structuri
organizate duce la pierderea activitii optice a AN.
Toi AN posed activitate optic maxim la lungimea de und 260 nm, ceea ce
corespunde cu absorbia maxim a bazelor azotate. ns, intensitatea absorbiei
acidul nucleic este mai mic dect a amestecului de baze azotate, obinut la
hidroliza acidului nucleic.
Aceasta se explic prin organizarea structural a ADN i ARN, care provoac
efectul clasic de micorare a densitii optice (efectul hipocromic). Acest efect
maximal este pronunat la acizii nucleici cu structur spiralat (ADN) i care conin
multe perechi GC (conin 3 legturi de H i se despart mai greu).

 DENATURATION
Definition
DNA is considered denatured when the double stranded DNA molecule is
converted into two single stranded molecules
This can be monitored by noting the increase in absorption of ultraviolet
light
Temperature
As thermal energy increases, the frequency of hydrogen bonds breaking
between the molecules increases
As temperature increases, the two molecules will separate into singlestranded molecules
TheTm(melting temperature) of a DNA molecule is the temperature in
which half the DNA molecules are denatures
TheTmis used to estimate the G+C content of a DNA molecule
G-C base pairs are held together by three hydrogen bonds (A-Ts by two)
and it therefore takes more energy (higher temperatures) to separate
molecules with high GC contents

Hydrophobicity of solvent
Substances that are hydrophobic tend to decrease
theTmof DNA molecules
Hydrophobic substances will allow the bases in DNA to
dissolve into the solvent
Hence, the bases are not constricted to being stacked upon
one another
This will make it easier to disrupt the hydrogen bonding
between DNA molecules
Substances that are hydrophilic tend to increase theTmof
DNA molecules
These will keep the bases of DNA stacked upon one another
in the orientation that most favors hydrogen bonding
between DNA strands

pH
Acids
pHs lower then one result in the breakage of phosphodiester bonds
between nucleotides and breakage of the N-glycosidic bond between
the sugar and purine bases
pH of around 4 results in the selective breakage of N-glycosidic bonds
between the sugar and purines
DNA treated this way is referred to a apurinic acid, since the purines
have been removed
Alkali
Base tends to change the polarity of groups involved in hydrogen bonds
Above pH 11.3, all hydrogen bonds are disrupted and the DNA is totally
denatured
DNA is resistant to hydrolysis to about pH 13
Unless it is apurinic, then it is hydrolyzed
RNA is hydrolyzed into ribonucleotides around pH 11

A.Ionic strength
1.The phosphates of the DNA sugar-phosphate backbones are negatively charged
a.Like charges repel each other
b.DNA in distilled water will spontaneously denature into single stranded DNA
2.Salts that dissociate into ions will neutralize the charges of the phosphate groups
a.Salts will stabilize the DNA double helix resulting in a higher Tm

A.G+C content
1.Variation
a.Most higher organisms have a G+C content of about 0.5 (0.49 - 0.51 for
primates)
b.Lower organisms range widely from 0.27 to 0.76 for some bacteria
2.Estimating G+C content
a.G+C content of a DNA molecule can be estimated from its thermal melting
temperature (Tm)

I.SOLUBILITY
A.RNA is more soluble in aqueous solutions then DNA
1.Ribose has a 2'-OH group where deoxyribose contains a 2'-H
a.Hydroxyl groups are polar and dissolve in water better
b.C-H is a non-polar bond and is therefore hydrophobic
B.RNA is less stable then DNA
1.The hydroxyl group on the 2' carbon of ribose is more reactive the hydrogen found in deoxyribo

SIZE
Electrophoresis
DNA has a negative charge that is proportional to its size
This is due to the negatively charged phosphates in the sugar-phosphate backbone
If DNA is placed in an electrical field it will migrate towards the positive electrode (the cathode)
If DNA is electrophoresed through a gel, smaller pieces will migrate faster than larger pieces
Larger pieces have trouble squeezing through the gel matrix and are hence retarded while smaller
pieces migrate easier
Type of gels
Agarose is used to separate fairly large DNA molecules
5 million to a few thousands base pairs

Polyacrylamide is used to separate small pieces of DNA

2 to several hundred base pairs

The size of DNA is estimated by comparing its migration through the gel to DNA molecules of known
size
Velocity sedimentation
Sedimentation velocity is dependent upon two variables: density and shape
The more dense the DNA the quicker it will sediment upon centrifugation
Globular (more compact) molecules will sediment faster than linear molecules
Electron microscopy
The size of DNA molecules can be determined by electron microscopy
The DNA is visualized on a grid of known size so that the size of the DNA molecule can be estimated
DNA CONCENTRATION
Absorption
DNA absorbs ultraviolet light at 260 nm
The more DNA present, the higher the absorption
DNA concentrations can be estimated by comparing its absorption to known concentrations of DNA
DNA most be fairly pure, since many contaminating substances (e.g., proteins) also absorb around
this wavelength

Hibridizarea AN

Pe capacitatea de renaturare a AN este bazat

metoda de determinare a gradului de nrudire a
AN, care poart denumirea de hibridizare
molecular.
La baza ei st mperecherea complementar a
sectoarelor unicatenare ale AN cu formarea unui
heteroduplex
Hibridizarea se efectueaz n felul urmtor:
1. AN se denatureaz separat;
2. se incubeaz mpreun ambele tipuri de ADN (ori
ADN i ARN).
3. n condiiile unui grad relativ crescut de
complementaritate a acestora se formeaz
moleculele hibride (ADN-ADN sau ADN-ARN).
Aceste molecule constau din sectoare spiralate i
nespiralate. Cu ct gradul de nrudire este mai
nalt, cu att hibridizarea este mai complect.

 Aceast metod a permis descoperirea

particularitilor structurii primare a ADN. S-a stabilit,
c n componena ADN a animalelor se afl sectoare
cu o succesiune nucleotidic identic, care de multe
ori se repet (pn la 100000 ori), constituind 10-20%
din tot ADN. Hibridizarea decurge foarte repede.
Restul ADN este prezentat printr-o succesiune unical
a nucleotidelor, care nu se dubleaz. Aceste sectoare
se hibridizeaz foarte ncet, iar probabilitatea
coincidenei lor la organisme diferite este mic.
Cu ajutorul metodei hibridizrii moleculare se poate
stabili nrudirea ADN al organismului unei specii cu
ADN al altei specii sau nrudirea ARN cu sectoarele
ADN:

Razele
ultraviolete
(200-400nm=
pot cauza
formarea
dimerilor
pirimidinici i
alte modificri
chimice n ADN
bacterian sau
din celulele
pielii

AND poate fi afectat de

ctre reagenii chimici
care pot fi diviyai n
ageni de deyaminare
cum ar HNO2 sau ageni
alcalini.

Metilarea

Dup ce molecula de AND a fost asamblat, poate suferi unele modificri chimice
cum ar fi metilarea.
Metilarea are loc prin trei ci:
metilarea citozinei formnd fie C5 metilcitozina sau N 4-metilcitozina (prin metilarea
gruprii NH2 din poziia C4), i metilarea adeninei formnd N 6-metiladenina.
N4-metilcitozina i N6-metiladenina sunt specifice doar bacteriilor i unor organisme
archaice, pe cnd 5metilcitozina este larg rspndit n lumea vie.
Metilarea are loc cu ajutorul enzimei ADN metiltransferazei, care recunoate secvene
specifice n interiorul moleculei de ADN.
Alte metilrii a bazelor azotate sau a dezoxiribozei poate avea loc numai la aciunea
unor ageni carcinogeni.
Metliarea pe cale natural are multe funcii celulare i anume:
La bacterii i archae metilarea este parte component a sistemului imun, protejnd
ADN de fragmentare, cauzat de endonucleaze.
n unele organisme metilarea ajut la eliminarea secvenelor incorecte de baze
azotate, care se formeaz pe parcursul replicrii moleculei de ADN .
La eucariote 5-metilcitozina controleaz multe procese celulare ce previn trancrierea
ADN-ului.
Metilarea se consider a fi implicat imprimarea semnalului, proces n care unele
gene motenite de un printe sunt selectiv inactivate.
Metilarea corect poate activa sau inhiba genele cheie n dezvoltarea embrionului.
Pe de alt parte, 5-metilcitozina este un agent mutagenic potenial, deoarece timina
ce se produce n procesul metilrii poate transforma perechile C:G n T:A.
La mamifere metilarea are loc n secvenele rare de CG, mai degrab din cauza c a
fost pierdut prin mutaii. L a multe forme de cancer mutaiile sunt localizate n
genele-cheie la nucleotidele CG.

 Rata de metilare a
citozinei din ADN difer la
diferite specii de
organisme:
14% au fost depistate la
Arabidopsis thaliana,
8% nMus musculus,
2.3% nEscherichia coli,
0.03% nDrosophila,
i circa (< 0.0002%)
nspeciile de drojdii

Chromosomes are composed of chromatin, consisting of DNA wrapped around eight

histone protein units. Each DNA-bound histone octamer is a nucleosome. Histone tails
protruding from histone proteins are decorated with modifications, including
phosphorylation (Ph), methylation (Me), and acetylation (Ac). DNA molecules are
methylated by the addition of a methyl group to carbon position 5 on cytosine bases
when positioned adjacent to a guanine base (CpG sites), a reaction catalyzed by DNA
methyltransferase enzymes. DNA methylation maintains repressed gene activity.
Transcription involves the conversion of DNA to messenger RNA (mRNA), which is
usually repressed by DNA methylation and histone deacetylation. mRNA is translated
into a protein product, but this process can be repressed by binding of microRNA

DNA Methylation & Histone Modifications

Form the Epigenetic Code

Paula Vertino, Henry Stewart Talks

Structure & Epigenetics of

Euchromatin versus Heterochromatin

Me

Paula Vertino, Henry Stewart Talks

In response to an environmental or intrinsic signal at the morula stage, a

histone modification (red oval) occurs on nucleosomes packaging a
regulatory region of gene A, in those cells destined to form the inner cell
mass (ICM) of the blastocyst. Together with a pre-existing modification
(blue oval) this generates a distinctive epigenetic 'sign'. There is no
immediate change in transcription of gene A, but the sign is passed on to
successive cell generations, in the absence of the initial signal. In the ICM,
receipt of a second signal initiates transcription of gene A through
attachment of a binding protein to the sign (histone modifications) put in
place at the morula stage. Once transcription of gene A is underway, it
can be stabilised (maintained) by other 'memory' mechanisms25and the

In genetics, amiRNA(micro-RNA) is a form of single-stranded RNA which

is typically 20-25 nucleotides long, and is thought to regulate the
expression of other genes. miRNAs are RNA genes which are transcribed
from DNA, but arenot translatedinto protein. The DNA sequence that
codes for an miRNA gene is longer than the miRNA. This DNA sequence
includes the miRNA sequence and an approximate reverse complement.
When this DNA sequence is transcribed into a single-stranded RNA
molecule, the miRNA sequence and its reverse-complement base pair to
form adouble stranded RNA hairpin loop; this forms a primary miRNA

Acizii nucleici i
Genosistematica
Acizii nucleici, n special ADN sunt purttorii materialului genetic, ce determin
specificitatea de specie a organismului, format pe parcursul evoluiei. Studierea
particularitilor componenei nucleotidice a ADN din diferite organisme a permis
trecerea de sistematica dup caracterele exterioare la sistematica genetic. Aceast
direcie n biologia molecular poart denumirea de genosistematic.
Compararea componenei nucleotidice a ADN din diferite organisme a dus la concluzii
interesante.
S-a dovedit c coeficientul specificitii ADN-ului, adic raportul G+C i A+T variaz mult
la microorganisme, pe cnd la plante superioare i animale este destul de constant. La
microorganisme se observ variabiliti de la tipul GC pn la tipul AT pronunat. La
organismele superioare s-a pstrat constant tipul AT de ADN. De asemenea la
organismele superioare specificitatea ADN-ului este determinat nu de variabilitatea
componenei nucleotidice, ci de succesiunea alternrii nucleotidelor de-a lungul catenei.
O informaie mai ampl, privind rudenia organismelor este obinut prin metoda
hibridizrii moleculare, cu ajutorul creia a fost stabilit gradul de rudenie a diferitor
specii de animale i plante superioare.
Ex. a omului i a maimuelor. Circa 98 din genomul uman corespunde cu cel ai maimuei
cimpanzeu.
Particularitile structurale primare ale ADN-ului de asemenea pot fi folosite n
sistematic. Omologia dup sectoarele succesiunii lor se repet (hibridizarea repetat)
este folosit n macrosistematic, iar pentru fragmentele unice de ADN (hibridizarea
lent) n microsistematic (la nivelul superior al genurilor).

Testul de paternitate consta in analizarea a 16 secvente ADN (markeri) pentru

fiecare persoana testata. Pe baza acestor 16 markeri se realizeaz, pentru
fiecare persoana (prezumtivul tata, copil), un profil genetic. Profilele se
compara, stabilindu-se corespondenta pentru fiecare marker.
In cadrul testului de paternitate sunt analizate anumite segmente din
structura ADN denumitemarkeri STR(Short Tandem Repeats). Aceti
markeri, localizai in diferii cromozomi, prezint o variabilitate ampla in
populaia umana, fcnd combinaii specifice fiecrui individ. Pe baza
acestui fapt, prin utilizarea mai multor astfel de secvene, acurateea de
identificare a unei persoane creste enorm in comparaie cu alte metode.
Testarea ADN este utilizata de cele mai mari laboratoare criminalistice din
lume, de exemplu FBI, atingnd o acuratee de 1018. Cu alte cuvinte,
probabilitatea ca doi indivizi sa aib aceleai caracteristici genetice, deci sa
fie confundati prin aceasta analiza, este de 1 la
10.000.000.000.000.000.000. Markerii STR utilizai fac parte din sistemul de
date al USA CODIS(COmbinedDNAIndexSystem) folosit de FBI in
tehnica pentru stabilirea profilelor ADN umane.