Sunteți pe pagina 1din 74
TRANSCRIEREA genetică PK + EK TRADUCEREA informației genetice CODUL GENETIC 10 apr 2017 Secția Biochimie
TRANSCRIEREA genetică PK + EK TRADUCEREA informației genetice CODUL GENETIC
TRANSCRIEREA genetică PK + EK
TRADUCEREA informației genetice
CODUL GENETIC

10 apr 2017

Secția Biochimie anul II

EXPRESIA GENELOR

Fluxul informaţiei genetice

genă (ADN)
genă
(ADN)

transcriere

genetică

informaţiei genetice genă (ADN) transcriere genetică transcript primar (ARN) procesarea transcriptului ARN
transcript primar (ARN)
transcript primar
(ARN)

procesarea

transcriptului

transcript primar (ARN) procesarea transcriptului ARN mesager ARN ribozomal ARN de transfer traducerea
transcript primar (ARN) procesarea transcriptului ARN mesager ARN ribozomal ARN de transfer traducerea
ARN mesager
ARN mesager
ARN ribozomal
ARN ribozomal
ARN de transfer
ARN de transfer

traducerea

informatiei

genetice

ribozomal ARN de transfer traducerea informatiei genetice ARN antisens peptid Prima etapă în exprimarea genelor =
ribozomal ARN de transfer traducerea informatiei genetice ARN antisens peptid Prima etapă în exprimarea genelor =
ARN antisens
ARN antisens
peptid
peptid
Prima etapă în exprimarea genelor = transcrierea genetică a genelor
Prima etapă în exprimarea genelor = transcrierea genetică a genelor

Transcriere genetică

Drumul de la ADN → proteine

Este de fapt ADN → ARN → proteine

(TG)
(TG)

TG = procesul de sinteză a moleculelor de ARN ca urmare a citirii informaţiei codificată în moleculele ADN TG “seamănăcu replicarea, dar se sintetizează o catenă ARN şi nu ADN; deci, în mod similar, este citită o catenă ADN (=catenă matriţă), iar catena nouă este sintetizează pe bază de complementaritate cu matriţa

TG este catalizată enzimatic de enzime denumite

ARN polimeraze PK – 1 specie moleculară de ARN pol / celulă EK – 3
ARN polimeraze
PK – 1 specie moleculară de ARN pol / celulă
EK – 3 specii moleculare de ARN pol / celulă

Prin TG se sintetizeaza toate tipurile de ARN proprii celulelor: ARNm, ARNr, ARNt, ARNhn

tipurile de ARN proprii celulelor: ARNm, ARNr, ARNt, ARNhn - molecula ARN rezultata prin transcriere, inainte

- molecula ARN rezultata prin transcriere, inainte de orice alta procesare se numeste transcript primar

- în celule, moleculele ARN sunt sintetizate pe bază de complementaritate, folosind drept matriţă o
- în celule, moleculele ARN sunt sintetizate pe bază de complementaritate, folosind drept matriţă o catenă ADN
Nucleotide pe catena ADN matriţă Nucleotide pe catena ARN transcript G C C G T
Nucleotide pe catena ADN matriţă
Nucleotide pe catena ARN transcript
G
C
C
G
T
A
A
U

În contrast cu ADN polimerazele, ARN polimerazele nu necesită primer, pot ataşa şi primul nucleotid de pe catena nouă

genă

(ADN)

genetică

genă (ADN) genetică transcript primar (ARN) transcriptului inhibarea transcrierii ARN mesager ARN ribozomal ARN de
transcript primar (ARN)
transcript primar
(ARN)

transcriptului

(ADN) genetică transcript primar (ARN) transcriptului inhibarea transcrierii ARN mesager ARN ribozomal ARN de
(ADN) genetică transcript primar (ARN) transcriptului inhibarea transcrierii ARN mesager ARN ribozomal ARN de

inhibarea transcrierii

ARN mesager
ARN mesager
ARN ribozomal
ARN ribozomal
ARN de transfer
ARN de transfer

traducerea

genetice

transcriptului inhibarea transcrierii ARN mesager ARN ribozomal ARN de transfer traducerea genetice ARN antisens peptid
transcriptului inhibarea transcrierii ARN mesager ARN ribozomal ARN de transfer traducerea genetice ARN antisens peptid
ARN antisens
ARN antisens
peptid
peptid

transcriere

procesarea

informatiei

ARN de transfer traducerea genetice ARN antisens peptid transcriere procesarea informatiei
Transcrierea genetică se desfăşoară în bucla de transcriere – zonă unde desface dublul helix ADN
Transcrierea genetică se desfăşoară în bucla de transcriere – zonă unde desface dublul helix ADN
5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ buclă de transcriere ARN transcript
5’
3’
5’
3’
5’
3’
buclă de transcriere
ARN transcript
– zonă unde desface dublul helix ADN 5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ buclă de transcriere
Catena ARN ce se sintetizează prin transcriere - nu rămâne ataşată la matriţa ADN pe
Catena ARN ce se sintetizează prin transcriere
- nu rămâne ataşată la matriţa ADN pe toată lungimea ei,
ci doar pe un segment scurt, de ~ 15 nucleotide
- restul moleculei ARN “iese” din hibridul ARN : ADN
5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ buclă de transcriere ARN transcript 5’ 3’ 3’ 3’
5’
3’
5’
3’
5’
3’
buclă de transcriere
ARN transcript
5’
3’
3’
3’
5’
ARN transcript
buclă de transcriere
5’
În ansamblu, deşi procesul de transcriere este suficient de corect (corectitudinea se referă la complementaritatea
În ansamblu, deşi procesul de transcriere este suficient de corect (corectitudinea se referă la complementaritatea
ribonucleotidelordin catena ARN faţă de deoxiribonucleotidele din matriţa ADN), este totuşi mai puţin
acurat decât procesul de replicare.
Mecanismele de proofreading sunt mai puţin eficiente în transcriere, comparativ cu replicare Transcriere – 1
Mecanismele de proofreading sunt mai puţin eficiente în transcriere, comparativ cu replicare
Transcriere – 1 nucleotid “greşit” / 10.000 nucleotide
Replicare – 1 nucleotid “greşit” / 10 milioane nucleotide
În replicare este copiat tot genomul
În replicare este copiat tot genomul

În transcriere este copiată informaţia doar de pe o singură catenă ADN, şi doar din anumite regiuni ADN, denumite gene

Genă = regiune din ADN a cărei informaţie este copiată în ARN
Genă = regiune din ADN a cărei informaţie este copiată în ARN
ORF = Open Reading Frame = cadru deschis citirii = zonă ADN ce este transcrisă
ORF = Open Reading Frame = cadru deschis citirii = zonă ADN ce este transcrisă

Ce regiuni din ADN se transcriu ?

G E N Ă Zonă din ADN care codifică pentru o proteină / ARN Zonă
G
E
N
Ă
Zonă din ADN care codifică pentru o proteină / ARN
Zonă din ADN căreia îi corespunde o copie ARN
Promotor
G
E
N
Ă
Terminator
corespunde o copie ARN Promotor G E N Ă Terminator O zonă din ADN cuprinsă între

O zonă din ADN cuprinsă între un promotor şi un terminator poartă numele de unitate de transcriere Catena folosită ca matriţă ptr sinteza unui transcript este complementară cu el şi = catenă antisens Catena ne-matriţă este denumită catenă codificatoare sau catenă sens

este denumită catenă codificatoare sau catenă sens Transcrierea începe de la un PROMOTOR şi se termină

Transcrierea începe de la un PROMOTOR şi se termină la un TERMINATOR

La EK fiecare genă are un promotor şi, respectiv, un terminator.

La PK, unele gene au promotor şi terminator, alte gene nu au promotor propriu (sunt transcrise mai multe gene pornind de la un acelaşi promotor)

Pe o aceeaşi moleculă ADN, unele gene sunt transcrise folosind o catenă drept matriţă, iar
Pe o aceeaşi moleculă ADN, unele gene sunt transcrise folosind o catenă drept matriţă, iar alte gene sunt transcrise
folosind cealaltă catena ca matriţă.
Acest lucru este determinat de modul în care se aşează ADN pol pe molecula ADN
Acest lucru este determinat de modul în care se aşează ADN pol pe molecula ADN

5’

3’

ARN pol
ARN pol

Promotor

3’

5’

catena antisens
catena antisens
5’ transcript ARN
5’
transcript ARN

3’

5’

3

ARN pol transcript ARN 3’ 5’
ARN pol
transcript ARN
3’
5’
catena antisens
catena antisens

rotomorP

3’

5’

Convenţii internaţionale de notare

Orice regiune ADN dc cu secvenţă cunoscută se poate lista doar pe o singură catenă,
Orice regiune ADN dc cu secvenţă cunoscută se poate lista doar pe o singură catenă,
cealaltă fiind cunoscută prin complementaritate
Astfel, se scrie doar secvenţa catenei 5’  3’, de ex.: 5’-ATTGCCAATGGA-3’
Mai mult chiar, de foarte multe ori nu se mai scriu şi cifrele 5’, 3’
Pentru fiecare regiune ADN transcrisă, nucleotidele se numerotează astfel:
Pentru fiecare regiune ADN transcrisă, nucleotidele se numerotează astfel:
gena 2 +5 +4 +3 +2 +1 -1 -2 -3 -4 -3 -2 -1 +1
gena 2
+5
+4
+3
+2
+1
-1
-2
-3
-4
-3
-2
-1
+1
+2
+3
+4
+5
gena 1
situs

START

+1 Primul nucleotid din catena ADN matriţă care este citit şi căreia îi corespunde primul
+1
Primul nucleotid din catena ADN matriţă care este citit şi căreia îi corespunde primul
nucleotid în transcriptul ARN; acest prim nucleotid citit mai este numit şi SITUS START
+2 +n
+2
+n
prim nucleotid citit mai este numit şi SITUS START +2 +n Următoarele nucleotide din catena ADN

Următoarele nucleotide din catena ADN matriţă citite, aflate în aval (downstream) faţă de primul nucleotid citit

-1 -n Nucleotidele de pe catena matriţă aflate în amonte (upstream) faţă de cadrul de
-1
-n
Nucleotidele de pe catena matriţă aflate în amonte (upstream) faţă de cadrul de citire,
importante ptr gena considerată
La EK, majoritatea genelor au promotor propriu şi sunt transcrise în unităţi distincte, procesul fiind
La EK, majoritatea genelor au promotor propriu şi sunt transcrise în unităţi distincte, procesul fiind denumit
transcriere monocistronică
La PK, unele gene (mai ales cele reglatoare) au promotor propriu şi sunt transcrise monocistronic;
foarte multe gene însă, nu au P propriu, ci sunt cotranscrise prin transcriere policistronică
O unitatea de transcriere = 1 genă
Transcriere monocistronică
(A) Transcriere monocistronică
P gena A
t
transcriere
ARN transcript 3’ monocistronic
ARN transcript
3’
monocistronic
5’
5’
traducere un singur A polipeptid O unitatea de transcriere = mai multe gene Transcriere policistronică
traducere
un singur
A
polipeptid
O unitatea de transcriere = mai multe gene
Transcriere policistronică
(B) Transcriere policistronică
P gena B
gena C
gena D
t
transcriere
5’
5’
3’ ARN transcript policistronic
3’
ARN transcript
policistronic
B
B
traducere C D mai multe polipeptide
traducere
C
D
mai multe polipeptide

ARN polimeraze

= enzime ce sintetizează molecule ARN, prin formarea legăturilor fosfodiesterice între ribonucleotide, în direcţie
= enzime ce sintetizează molecule ARN, prin formarea legăturilor fosfodiesterice între ribonucleotide, în direcţie 5’  3’
Spre deosebire de ADN polimeraze, ARN polimerazele NU necesită primer – pot ataşa şi primul nucleotid
Se ataşează la molecula ADN, la secvenţe de tip PROMOTOR
PK
ARN polimeraza de la PK
1 singură specie moleculară de ARN polimerază ~ 7000 molecule / celulă
Sintetizează toate speciile moleculare de ARN celular: mesager (ARNm), ribozomal (ARNr), de transfer (ARNt) etc
Este formată din 4 tipuri de subunităţi, codificate de gene diferite, cu formula generală : 2α−β−β’−σ
α-CTD
α (alpha)
asamblarea subunităţilor ARN polimerazei
se ataşează la regiunea UP din promotori (α-CTD)
funcţionează ca dimer
=
linker flexibil
α-NTD
β (beta)
formarea legăturilor fosfo-diesterice dintre ribonucleotide
β’ (beta prim)
afinitate chimică ptr ADN, se ataşează situs-nespecific
recunoaşte specific regiunile promotor şi se ataşează la ele desface dublul helix ADN, fără intervenţia
recunoaşte specific regiunile promotor şi se ataşează la ele
desface dublul helix ADN, fără intervenţia helicazei
σ (sigma)
după terminarea fazei de iniţiere a transcrierii, se desprinde,
iar restul subunităţilor desfaşoară elongarea şi terminarea transcrierii

Etapele transcrierii genetice la PK

Atât la PK, cât şi la EK, un ciclu de TG - începe de la
Atât la PK, cât şi la EK, un ciclu de TG -
începe de la regiuni numite PROMOTORI
continuă şi se desfăşoară pe regiuni deschise citirii
se termină în regiuni numite TERMINATORI
La toate tipurile de organisme, un ciclu de transcriere este format din 3 etape: iniţiere, elongare, terminare
Iniţierea transcrierii la PK
Iniţierea transcrierii la PK
Regiunile promotor = regiuni unde ataşează ARN polimerazele şi, respectiv, unde are loc deschiderea dublului
Regiunile promotor = regiuni unde ataşează ARN polimerazele şi, respectiv,
unde are loc deschiderea dublului helix ADN
unde se formează bucla de transcriere
Structura promotorilor la PK include secvenţe consensus, recunoscute de subunităţi ale ARN polimerazelor
Start
Situsul UP
Hexamerul -35
Hexamerul -10
30-60 b
15-20 b
5-10 b
UP
//
5’-TTGACA-3’
5’-TATAAT-3’
Structura promotorilor la PK
La PK secvenţele consensus recunoscute de subunităţi ale ARN pol sunt: hexamerul -35 = o
La PK secvenţele consensus recunoscute de subunităţi ale ARN pol sunt:
hexamerul -35 = o secvenţă hexamerică (formată din 6 pb) localizată în poziţia -35
TTGACA
recunoscut de σ
hexamerul -10 = o secvenţă hexamerică (formată din 6 pb) localizată în poziţia -10
TATAAT
recunoscut de σ
situsul UP = o secvenţă de ~ 20 pb, cu localizare variabilă -40
-80 pb de situsul +1
recunoscut de α-CTD
Schema ARN polimerazei de la procariote şi ataşarea acesteia la regiuni promotor
Schema ARN polimerazei de la procariote şi ataşarea acesteia la regiuni promotor
Schema ARN polimerazei de la procariote şi ataşarea acesteia la regiuni promotor
La PK, iniţierea transcrierii se desfăşoară în 3 stadii: Promotor închis I / Promotor închis
La PK, iniţierea transcrierii se desfăşoară în 3 stadii:
Promotor închis I / Promotor închis II / Promotor deschis
I.
ARN polimeraza, respectiv, subunitatea σ, se ataşează la hexamerul -35
Promotor închis I
II. ARN pol se aşează pe ADN, cuprinzându-l; se ataşează şi la hex -10 Dar
II.
ARN pol se aşează pe ADN, cuprinzându-l; se ataşează şi la hex -10
Dar cei 2 hexameri nu sunt orientaţi optim faţă de situsurile de ataşare la σ
Ptr a se ataşa stabil la cei 2 hexameri, σ distorsionează molecula ADN
Ca urmare, ADN-ul este curbat şi torsionat între cei 2 hexameri
Promotor închis II
Promotor închis II
σ distorsionează molecula ADN Ca urmare, ADN-ul este curbat şi torsionat între cei 2 hexameri Promotor
III. Tensiunea torsională este eliberată prin deschiderea dublului helix, 15-20 pb, regiune ce cuprinde şi
III.
Tensiunea torsională este eliberată prin deschiderea dublului helix, 15-20 pb,
regiune ce cuprinde şi situsul start +1;
se formează astfel bucla de transcriere
Promotor deschis
La organismele procariote, primul ribonucleotid ataşat în transcript este ATP/GTP
După sinteza a 8-10 ribonucleotide, σ se desprinde din complex, miezul enzimei ARN polimerază desfăşoară în
continuare singur reacţia de polimerizare, cu formarea legăturilor fosfodiesterice dintre ribonucleotide.
Elongare trasncrierii la PK Molecula de ARN creşte în direcţia 5’  3’, reacţia fiind
Elongare trasncrierii la PK
Molecula de ARN creşte în direcţia 5’  3’, reacţia fiind catalizată de subunitatea β
- bucla de transcriere se deplasează pe molecula de ADN
- transcriptul ARN nu este menţinut în hibrid pe toată lungimea lui, ci doar pe aprox. 12 b
După ce ARN pol a trecut de regiunea promotor, acesta se închide, iar la el se poate ataşa o altă moleculă de ARN pol
ARN pol de la E.coli are o rată de polimerizare de aprox. 30-40 nucleotide / secundă la 37oC
În faza de elongare, ARN pol de la PK desfăşoară şi activitate de proof-reading, prin 2 mecanisme:
► editare pirofosforolitică : ARN pol îndepărtează un ribonucleotid încorporat incorect
► editare hidrolitică
: ARN pol se deplasează înapoi pe transcript cu unul sau mai multe
ribonucleotide, taie o porţiune de transcript, îndepărtează regiunea cu
eroare şi reia apoi procesul de sinteză; în această reacţie, ARN pol este
asistată de proteina
Gre
În transcrierea multor gene de la PK, în etapa de elongare participă un set de
În transcrierea multor gene de la PK, în etapa de elongare participă un set de proteine cu rol de factori de elongaţie,
dintre care cel mai important este proteina NusG
, care NusG creşte procesivitatea ARN polimerazei (rol similar cu cel al
peptidului β – sliding clamp în procesul de replicare).

ADN

ADN

5’

5’

5’

3’

5’

buclă de transcriere

3’

ARN transcript

3’

bucla de transcriere se deplasează pe ADN

3’

bucla de transcriere se închide,iar transcriptul ARN este expulzat

Terminarea transcrierii la PK

ARN polimeraza se deplasează pe molecula ADN şi transcrie până ajunge in regiunea unui terminator.
ARN polimeraza se deplasează pe molecula ADN şi transcrie până ajunge in regiunea unui terminator.
O secvenţă ADN de tip terminator este formată din :
- 2 copii poli-GC repetate invers, ce prezintă complementaritate intracatenară
- 4-10 adenine, ce formează un aşa-numit semnal de terminare;
legăturile de H dintre A de pe matriţa ADN şi U de pe transcriptul ARN sunt extrem de slabe
ADN şi U de pe transcriptul ARN sunt extrem de slabe Î n molecula de ARN

În molecula de ARN regiunea formată din cele 2 copii poli-GC o structură în ac-de-păr (hairpin) care blochează înaintarea ARN pol

- de - păr ( hairpin ) care blochează înaintarea ARN pol ARN pol staţionează Legăturile
ARN pol staţionează Legăturile de H din regiunea hibridă A U sunt instabile transcriptul este
ARN pol staţionează
Legăturile de H din regiunea hibridă A
U sunt instabile
transcriptul este expulzat din bucla de transcriere
bucla se închide
şi
ARN polimeraza se deprinde de pe molecula ADN
În acest mod este terminată transcrierea genetică
În acest mod este terminată transcrierea genetică

Se constată deci că, deşi regiunile terminator sunt definite pe molecula ADN, funcţia de terminare a transcrierii o are transcriptul ARN

că, deşi regiunile terminator sunt definite pe molecula ADN, funcţia de terminare a transcrierii o are
Funcţie de gradul de complementaritate intracatenară, la PK au fost descrise două clase de terminatori

Funcţie de gradul de complementaritate intracatenară, la PK au fost descrise două clase de terminatori :

terminatori Rho-independenţi
terminatori Rho-independenţi
- complementaritatea intracatenară este perfectă  structura hairpin este stabilă fără intervenţia vreunei
- complementaritatea intracatenară este perfectă
 structura hairpin este stabilă fără intervenţia vreunei proteine

5’– ……………………………………………

5’– ……………………………………………

5’– ……………………………………………

5’– ……………………………………………

– – – – G G G G
G G
G
G

StrucStructurătură StrucStructurătură îînn îînn acac--dede--părpăr,, acac--dede--părpăr,, cucu cucu rolrol rolrol îînn îînn

terminareaterminarea terminareaterminarea transcrieriitranscrierii transcrieriitranscrierii geneticegenetice geneticegenetice

G G G G G G G G G G G G G G G
G
G G
G
G
G G
G
G
G G
G
G
G
G G
G
G
G G
G
G
G G
…. …. …. …. …. …. …. …. …. …. …. …. C C C
…. …. …. …. …. …. …. …. …. …. …. ….
C C
C
C
…. …. …. …. …. …. …. ….
…. C
…. C
…. C
…. C
…. …. …. …. …. …. ….
…. C
….
…. C
…. C
…. C
…. …. …. …. …. …. …. ….
…. C
…. C
…. C
…. C
…. …. …. …. …. …. …. ….
…. C
…. C
…. C
…. C
…. …. …. …. …. …. …. ….
…. C
…. C
…. C
…. C
…. …. …. …. …. …. …. ….
…. C
…. C
…. C
…. C

U

U – U – U – U – U – U – U – 3’

– U – U – U – U – U – U – 3’

U

U

– U – U – U – U – U – U – 3’

– U – U – U – U – U – U – 3’

terminatori Rho-dependenţi - cele două copii poli-GC nu prezintă o complementaritate intracatenară perfectă
terminatori Rho-dependenţi
- cele două copii poli-GC nu prezintă o complementaritate intracatenară perfectă
structura hairpin este instabilă  stabilizată de proteina Rho
(de la litera grecească ρ)
5’– ……………………………………………
5’– ……………………………………………
5’– ……………………………………………
5’– ……………………………………………
U U
U
U – U – U – U – U – U – U – 3’
– U – U – U – U – U – U – 3’
– U – U – U – U – U – U – 3’
– U – U – U – U – U – U – 3’
G
G G
G
…. …. …. …. …. …. …. …. …. …. …. ….
C C
C
C
…. …. …. …. …. ….
…. ….
G
G
G G
…. C
…. C
…. C
…. C
ProteinaProteina ProteinaProteina RhoRho RhoRho
….
….
…. ….
…. ….
G
G
G G
…. C
…. C
…. C
…. C
….
….
…. …. …. …. …. …. …. ….
A
A
A
A
C C
C
C
…. …. ….
…. ….
…. ….
…. C
….
G G
G
G
…. C
…. C
…. C
…. …. …. …. …. …. …. ….
G G
G
G
U U
U
U
….
…. ….
…. …. …. ….
….
G G
G
G
…. C
…. C
…. C
…. C

TRANSCRIEREA GENETICĂ LA EK

În fiecare celulă EK există cel puţin 3 specii moleculare de ARN pol ce transcriu
În fiecare celulă EK există cel puţin 3 specii moleculare de ARN pol ce transcriu tipuri diferite de gene
În afară de ARN pol, în transcrierea la EK intervin multe alte proteine denumite factori de transcriere = TF
Factorii generali de transcriere (GTF) funcţionează în majoritatea proceselor de transcriere
Factorii specifici de transcriere (STF) funcţionează doar în transcrierea anumitor gene
ARN polimerazele de la EK
În nucleu există 3 specii moleculare de ARN pol, cu structură şi funcţii diferite
Denumire
Localizare
Produs
ARN pol I (Pol I, Pol A)
nucleol
ARN ribozomal - ARNr 28S, 18S, 5,8S
ARN pol II (Pol II, Pol B)
nucleu
ARN mesager - ARNm
Majoritatea ARN nuclear mic - ARNsn
ARN de interferenţă - ARNi
microARN - ARNmi
ARN pol III (Pol III, Pol C)
nucleu şi
interfaţa nucleol
– nucleu
ARN de transfer – ARNt
ARN ribozomal 5S – ARNr 5S
Unele specii moleculare de ARN mic–ARNsn U6, SRP ARN
La plante au fost descrise încă 2 specii moleculare de ARN polimeraze ARN pol IV,
La plante au fost descrise încă 2 specii moleculare de ARN polimeraze
ARN pol IV, ARN pol V → ARNi
Transcrie toate genele ptr ARNr, cu excepţia genelor ptr ARN 5S Genele ptr ARNr sunt
Transcrie toate genele ptr ARNr, cu excepţia genelor ptr ARN 5S
Genele ptr ARNr sunt organizate într-o singură unitate de transcriere
Transcriere policistronică → un singur ARN transcript conţine informaţia de la mai multe gene
ARN precursor este procesat → 3 molecule Arn: ARN 18S, 5,8S, 28S

ARN pol I

3 molecule Arn: ARN 18S, 5,8S, 28S A R N p o l I Transcrierea genelor

Transcrierea genelor ptr ARNr are loc în nucleol, unde apoi ARNr este combinat cu proteine ribozomale → ribozomi

apoi ARNr este combinat cu proteine ribozomale → ribozomi Transcrie toate genele ptr ARNm Transcrie şi
Transcrie toate genele ptr ARNm Transcrie şi unele gene ptr ARNsn, ARNsi şi toate ARNmi
Transcrie toate genele ptr ARNm
Transcrie şi unele gene ptr ARNsn, ARNsi şi toate ARNmi
Transcriere monocistronică → un ARN transcript comţine infomaţia de la o singură genă
ARN transcript = ARN pre-mesager → este procesat → ARNm iese prin porii membranei nucleare în citoplasmă

ARN pol II

ARN pol III Transcrie toate genele ptr ARNt Transcrie şi genele ptr ARNr 5S, ARNsn
ARN pol III Transcrie toate genele ptr ARNt
Transcrie şi genele ptr ARNr 5S, ARNsn U6, SRP ARN, ARN TER
Toate cele 3 ARN pol de la EK au structură complexă, fiind formate din 14, 12 şi, respectiv, 17 subunităţi, din care
unele sunt similare cu subunităţile ARN pol PK
Structura promotorilor la EK La EK, promotorii au structură multi-modulară şi sunt regiuni mult mai
Structura promotorilor la EK
La EK, promotorii au structură multi-modulară şi sunt regiuni mult mai complexe decât P de la PK
La EK, nu ARN polimerazele recunosc promotorii (P), ci factorii de transcriere (TF) :
mai întâi se ataşează TF la P, iar acest complex este apoi recunoscut de ARN polimeraze
Fiecare din cele 3 ARN polimeraze recunosc TF diferiţi care se ataşează la P cu
Fiecare din cele 3 ARN polimeraze recunosc TF diferiţi care se ataşează la P cu structură diferită
Factorii de transcriere se notează diferit, funcţie de ARN polimerază : ARN pol I recunoaşte
Factorii de transcriere se notează diferit, funcţie de ARN polimerază :
ARN pol I recunoaşte clasa I = TFI
ARN pol II recunoaşte clasa II = TFII
ARN pol III recunoaşte clasa III = TFIII
Promotorii ptr cele 3 ARN polimeraze diferă nu doar ca structură, ci şi ca localizare
Promotorii ptr cele 3 ARN polimeraze diferă nu doar ca structură, ci şi ca localizare faţă de gena de transcris :
- majoritatea promotorilor ptr ARN pol I şi II sunt upstream faţă de situsul start
- promotorii ptr ARN pol III au multe module downstream faţă de start

Structura de bază a unui P ptr ARN pol II

Structura de bază a unui P ptr ARN pol II Ptr ca o singură genă să

Ptr ca o singură genă să fie transcrisă de ARN pol II, este necesar ca seturi întregi de proteine (factori de transcriere TFII) să se ataşeze la multiple regiuni din ADN :

- regiuni de tip promotor - regiuni cu funcţii reglatorii (enhanceri, silenceri, insulatori) vor fi
- regiuni de tip promotor
- regiuni cu funcţii reglatorii (enhanceri, silenceri, insulatori) vor fi discutate în alt curs
promotor primar
promotor proximal
promotor distal
+40 - are structură multi-modulară - la fiecare modul / regiune se ataşează un factor
+40
- are structură multi-modulară
- la fiecare modul / regiune se ataşează un factor de transcriere - TF
- majoritatea modulelor sunt upstream, dar există şi unele downstream
- există şi un modul exact peste situsul start

Majoritatea genelor transcrise de ARN pol II au mai multe regiuni de tip promotor :

Promotorul primar (core promoter) ptr ARN pol II = 80 pb: -40

În esenţă, un P primar ptr ARN pol II este format din următoarele regiuni/module :
În esenţă, un P primar ptr ARN pol II este format din următoarele regiuni/module :
+1
-33
-25
+5
+15
+30
BRE
TATA
Inr
DCE I
DCE II
DCE III
upstream
upstream
downstream
downstream
Parte din genele transcrise ARN pol II, au o structură puţin diferită - în loc
Parte din genele transcrise ARN pol II, au o structură puţin diferită - în loc de modul TATA au DPE
+1 -20 +5 +15 -25 +30
+1
-20
+5
+15
-25
+30
Inr
Inr
DCE I
DCE I
DCE II
DCE II
BRE
BRE
DPE DCE III
DPE
DCE III
upstream
upstream
downstream
downstream

P cu TATA

P fără TATA

BRE TATA Inr DCE I, II, III
BRE
TATA
Inr
DCE I, II, III

-

BRE
BRE

-

Inr DCE I, II, III DPE
Inr
DCE I, II, III
DPE

P cu TATA

P faraTATA

+1 -33 -25 +5 +15 +30 BRE TATA Inr DCE I DCE II DCE III
+1
-33
-25
+5
+15
+30
BRE
TATA
Inr
DCE I
DCE II
DCE III
upstream
downstream
+1
-20
+5
+15
-25
+30
BRE
BRE
Inr
Inr
DCE I
DCE I
DCE II
DCE II
DPE DCE III
DPE
DCE III
upstream
upstream
downstream
downstream

P cu TATA

BRE TATA Inr DCE I, II, III
BRE
TATA
Inr
DCE I, II, III
P fără TATA BRE
P fără TATA
BRE

-

Inr DCE I, II, III
Inr
DCE I, II, III

-

DPE

+1

Inr
Inr
BRE TATA
BRE
TATA
upstream
upstream
DCE I
DCE I
DCE II
DCE II
DPE DCE III
DPE
DCE III
+1 Inr BRE TATA upstream DCE I DCE II DPE DCE III downstream Situsuri upstream BRE
downstream
downstream
Situsuri upstream BRE - TFIIB Recognition Element = octamer (8pb), bogat in GC : GGGCGCCC
Situsuri upstream
BRE
- TFIIB Recognition Element = octamer (8pb), bogat in GC : GGGCGCCC
TATA
- cutia TATA = heptamer (7 pb), bogat in AT: TATA AAA/TAT
Situsul Inr
Situsul
Inr
= heptamer (7 pb), bogat in AT: TATA AAA/TAT Situsul Inr - Initiator: YYCAYYYYY ( Py

- Initiator: YYCAYYYYY ( Py 2 CAPy 5 ) , Py = orice pirimidină, de obicei A = nucleotidul +1

) , Py = orice pirimidină, de obicei A = nucleotidul + 1 Situsuri downstream DCE
Situsuri downstream DCE I/II/III
Situsuri downstream
DCE I/II/III
DPE - Downstream Promoter Element, la P fără TATA
DPE
- Downstream Promoter Element, la P fără TATA

Pozițiile situsurilor

Situsuri downstream Situsuri upstream Inr
Situsuri downstream
Situsuri upstream
Inr

Secvențele

situsurilor

Pozițiile situsurilor Situsuri downstream Situsuri upstream Inr Secvențele situsurilor Variații de secvență

Variații de

secvență

Pozițiile situsurilor Situsuri downstream Situsuri upstream Inr Secvențele situsurilor Variații de secvență
În afară de P PRIMAR, cu toate regiunile lui, transcrierea genetică la EK este influenţată
În afară de P PRIMAR, cu toate regiunile lui, transcrierea genetică la EK
este influenţată şi de alte regiuni ADN:
Promotorul PROXIMAL - upstream faţă de P primar, la 250 pb de situsul start -
Promotorul PROXIMAL
- upstream faţă de P primar, la 250 pb de situsul start
- conţine regiuni reglatorii primare
- la acestea se ataşează factori de transcriere specifici
Promotorul DISTAL
Promotorul DISTAL
- upstream faţă de P primar, la > 250 pb de situsul start - conţine
- upstream faţă de P primar, la > 250 pb de situsul start
- conţine regiuni reglatorii, dar influenţa este mai slabă decât a P proximal
- la acestea se ataşează tot factori de transcriere specifici
Factorii de transcriere = Transcription Factors = TF Temă ptr seminar: clase structurale de TF
Factorii de transcriere
= Transcription Factors = TF
Temă ptr seminar: clase structurale de TF
Sunt proteine cu structură tipică ptr ataşare la ADN
Se notează cu I, II şi III, funcţie de ARN polimeraza pe care o recrutează (ARN pol I, II sau III)
Din punct de vedere funcţional se clasifică în :
Factori de transcriere GENERALI – General Transcription Factors ( GTF ), se ataşează la P primar
Factori de transcriere SPECIFICI – Specific Transcription Factors ( STF ), se ataşează la P proximal şi la cel distal

Factorii generali de transcriere ptr ARN pol II sunt : TBP, TFIIB, TFIID, TFIIA, TFIIF, TFIIE şi TFIIH

GTF TBP TFIIB
GTF
TBP
TFIIB
TFIIB, TFIID, TFIIA, TFIIF, TFIIE şi TFIIH GTF TBP TFIIB = TATA - binding protein secvența

= TATA-binding protein

TFIIE şi TFIIH GTF TBP TFIIB = TATA - binding protein secvența TATA secvența BRE =
TFIIE şi TFIIH GTF TBP TFIIB = TATA - binding protein secvența TATA secvența BRE =

secvența TATA

secvența BRE = TFIIB recognition element

TFIID = TAFs = TBP-Associated Factors
TFIID
= TAFs = TBP-Associated Factors
recognition element TFIID = TAFs = TBP-Associated Factors secvențele Inr, DCE, DPE TFIID TFIIB TBP TAF

secvențele Inr, DCE, DPE

TFIID
TFIID
TFIIB TBP TAF TAF TAF TAF TAF Doar TFIID şi TFIIB se leagă la molecula
TFIIB
TBP
TAF
TAF
TAF
TAF
TAF
Doar TFIID şi TFIIB se leagă la molecula ADN (la regiunile specifice din P primar);

restul se leagă la TFIID sau la TFIIB sau la ARN pol II

TFIID
TFIID
TFIIB TBP TAF TAF TAF TAF TAF +1 BRE TATA Inr DCE I DCE II
TFIIB
TBP
TAF
TAF
TAF
TAF
TAF
+1
BRE
TATA
Inr
DCE I
DCE II
DPE
DCE III
upstream
downstream
TFIID
TFIID
TFIIB TBP TAF TAF TAF TAF TAF +1 BRE TATA Inr DCE I DCE II
TFIIB
TBP
TAF
TAF
TAF
TAF
TAF
+1
BRE
TATA
Inr
DCE I
DCE II
DPE
DCE III
upstream
downstream

Etapele transcrierii genetice la EK

Pre-iniţiere, Iniţiere, Elongare, Terminare
Pre-iniţiere, Iniţiere, Elongare, Terminare
Pre-iniţiere - ataşarea factorilor generali de transcriere GTF la P primar - ataşarea GTFs la
Pre-iniţiere
- ataşarea factorilor generali de transcriere GTF la P primar
- ataşarea GTFs la P primar are loc într-o anumită ordine
- formarea acestui complex începe de la elementul TATA
TBP
TBP

TFIIB- formarea acestui complex începe de la elementul TATA TBP TFIID TAF TFIID TAF TFIIF +

TFIID TAF
TFIID
TAF
TFIID TAF
TFIID
TAF
TFIIF + ARN pol II
TFIIF
+
ARN pol II
formarea complexului de preiniţiere setul complet de GTF = ARN pol TATA Molecula ADN se
formarea complexului de preiniţiere
setul complet de GTF
= ARN pol
TATA
Molecula ADN se îndoaie cu 80 o =
semnalul ptr ataşarea în cascadă a celorlalte proteine
BRE
TFIIB stabilizează complexul TBP-TATA şi recrutează ARN pol II
Inr
DCE I, II, III
TBP
TFIIF face legătura dintre TBP ataşat la TATA şi ARN pol
TFIIF face legătura dintre TBP ataşat la TATA şi ARN pol TFIIE ARN pol II TFIIE
TFIIE ARN pol II TFIIE recrutează TFIIH activitate ATPazică (ptr desfacerea d.h. şi formarea buclei
TFIIE
ARN pol II
TFIIE recrutează TFIIH
activitate ATPazică (ptr desfacerea d.h. şi formarea buclei de transcriere)
7. TFIIH
ARN pol II
TFIIH are
activitate protein kinazică (ptr fosforilarea capătului C al ARN pol II)
Datorită faptului că molecula ADN este complexată cu histone (nucleozomi), pre-iniţierea / iniţierea transcrierii
Datorită faptului că molecula ADN este complexată cu histone (nucleozomi),
pre-iniţierea / iniţierea transcrierii genetice necesită şi intervenţia altor proteine = complex mediator
Complexul de preiniţiere TFIID-TBP TFIIB TFIID-TAF ARN pol II TFIIA, F, E, H Formarea buclei
Complexul de preiniţiere
TFIID-TBP
TFIIB
TFIID-TAF
ARN pol II
TFIIA, F, E, H
Formarea buclei de transcriere
Desfacerea dublului helix ADN
Formarea buclei de transcriere
Procesul e mediat de TFIIH cu hidroliză ATP
=
Iniţiere
Ataşarea primelor ribonucleotide în transcriptul ARN
Elongarea - această etapă începe atunci când ARN pol părăseşte promotorul - la trecerea dintre
Elongarea
- această etapă începe atunci când ARN pol părăseşte promotorul
- la trecerea dintre Iniţiere şi Elongare, factorii de transcriere sunt înlocuiţi cu alte proteine :
FACTORI DE ELONGARE (EF)
TFIIS
- are rol în activitatea de proof-reading a ARN pol, similar cu proteina Gre de la PK
SPT5 - are rol în procesivitatea ARN pol II, similar cu sliding clamp = un
SPT5
- are rol în procesivitatea ARN pol II, similar cu sliding clamp
= un EF similar cu NusG de la PK
NusG/SPT5 = singurul TF conservat universal la toate cele 3 domenii – Bacteria, Archaea, Eukarya
Proteine de DEZASAMBLARE / ASAMBLARE a NUCLEOZOMILOR
FACT
Facilitates Chromatin Transcription
- dezasamblează nucleozomii în faţa ARN polimerazei II, ptr ca aceasta să poată transcrie
- asamblează nucleozomii în zonele deja transcrise
ARN transcript
FACT
FACT
FACT
FACT

Proteine de PROCESARE a TRANSCRIPTULUI

Dacă la PK, traducerea ARN transcript începe chiar în timp ce acesta este sintetizat, la
Dacă la PK, traducerea ARN transcript începe chiar în timp ce acesta este sintetizat, la EK transcriptul ARN este
procesat înainte de a fi tradus.
I. Un prim mecanism de procesare a transcriptului = adăugarea unei guanine metilate la capul 5’ al ARN =
CAPPING
- procesul are loc în timpul fazei de elongare a transcrierii
- enzima care realizează transferul unei guanine metilate =
guanilil-transferaza
- această enzimă se ataşează iniţial la domeniul carboxi-terminal al ARN polimerazei,
apoi enzima se ataşează la capul 5’ al transcriptului şi realizează transferul unei G metilate
ARN
şi realizează transferul unei G metilate ARN II. Cronologic, un al doilea mecanism de procesare a

II. Cronologic, un al doilea mecanism de procesare a transcriptului = adăugarea cozii poli(A) la capul 3’ al ARN

- procesul are loc la terminarea transcrierii, dar parte din proteinele necesare se ataşează la ARN pol II în faza de elongare

- proteina care se ataşează în faza de elongare = proteina ce taie ARN =
- proteina care se ataşează în faza de elongare = proteina ce taie ARN =
PT
(Procesare Transcript)

PT = proteina ce taie ARN PAP = proteina ce adaugă ~ 200 adenine = poli-A-polimerază

ARN Ataşarea proteinelor de procesare a transcriptului la ARN pol II în faza de elongare
ARN
Ataşarea proteinelor de procesare a transcriptului la ARN pol II în faza de elongare a transcrierii
Terminarea transcrierii la EK (la genele transcrise de ARN pol II) La EK, terminarea transcrierii
Terminarea transcrierii la EK
(la genele transcrise de ARN pol II)
La EK, terminarea transcrierii este declanşată de ajungerea ARN pol II în regiunea denumită secvenţă semnal poli-A:
- proteina PT (Procesare Transcript) trece de pe ARN pol II pe transcriptul ARN, în regiunea semnal poli-A de pe acesta
- proteina PT clivează molecula ARN în această regiune
- restul moleculei ARN, ce nu are Met-G la capul 5’, este digerată de o RNază
- bucla de transcriere se închide, ARN pol II se desprinde de pe ADN
are Met-G la capul 5’, este digerată de o RNază - bucla de transcriere se închide,

PROCESAREA ARN mesager

PK Genă secvenţă codificatoare Transcriere genetică ARN mesager
PK
Genă
secvenţă codificatoare
Transcriere genetică
ARN mesager

Proteinăsecvenţă codificatoare Transcriere genetică ARN mesager Traducere genetică La PK , traducerea informaţiei

Traducere genetică
Traducere genetică
genetică ARN mesager Proteină Traducere genetică La PK , traducerea informaţiei genetice a transcriptului
genetică ARN mesager Proteină Traducere genetică La PK , traducerea informaţiei genetice a transcriptului

La PK, traducerea informaţiei genetice a transcriptului ARN începe chiar înainte de terminarea transcrierii

ARN începe chiar înainte de terminarea transcrierii La PK traducerea este cvasi - simultană cu transcrierea

La PK traducerea este cvasi-simultană cu transcrierea

EK
EK
Genă secv codif secv necodif secv codif Transcriere genetică ARN pre-mesager Procesare transcript ARN mesager
Genă
secv codif
secv necodif
secv codif
Transcriere genetică
ARN pre-mesager
Procesare transcript
ARN mesager
Traducere genetică
Traducere genetică
Proteină
Proteină
transcript ARN mesager Traducere genetică Proteină La EK, transcriptul iniţial este mai întâi procesat :
La EK, transcriptul iniţial este mai întâi procesat : ARN pre-mesager → ARN mesager Apoi
La EK, transcriptul iniţial este mai întâi procesat :
ARN pre-mesager → ARN mesager
Apoi acesta iese din nucleu spre citoplasmă
În citoplasmă începe traducerea informaţiei genetice
La EK, traducerea NU este simultană cu transcrierea

Etapele procesării transcriptelor pre-mesager

1. CAPPING = adăugarea unei guanine metilate la capul 5’ al ARN - în timpul
1.
CAPPING
= adăugarea unei guanine metilate la capul 5’ al ARN
- în timpul fazei de elongare a transcrierii
- enzima
guanilil-transferaza
(GT) transferă o guanină metilată la capul 5’ al ARN
- GT se ataşează iniţial la domeniul carboxi-terminal al ARN polimerazei,
apoi enzima se ataşează la capul 5’ al transcriptului şi realizează transferul unei G metilate
ARN
2. Coada poli-A
2. Coada poli-A
adăugarea cozii poli(A) la capul 3’ al ARN
adăugarea cozii poli(A) la capul 3’ al ARN

- procesul are loc la terminarea transcrierii, dar parte din proteinele necesare se ataşează la ARN pol II în faza de elongare

- proteina care se ataşează în faza de elongare = proteina ce taie ARN =
- proteina care se ataşează în faza de elongare = proteina ce taie ARN =
PT
(Procesare Transcript)
care se ataşează în faza de elongare = proteina ce taie ARN = PT (Procesare Transcript)
PT = proteina ce taie ARN
PT = proteina ce taie ARN
După ce transcriptul este tăiat de proteina PT, se ataşează proteina poli-A polimerază (PAP) la
După ce transcriptul este tăiat de proteina PT, se ataşează proteina poli-A polimerază (PAP) la
După ce transcriptul este tăiat de proteina PT,
După ce transcriptul este tăiat de proteina PT,
se ataşează proteina poli-A polimerază (PAP) la capul 3’ PAP = o ARN polimerază specială
se ataşează proteina poli-A polimerază (PAP) la capul 3’
PAP = o ARN polimerază specială
PAP adaugă ~ 200 adenine
PAP adaugă ~ 200 adenine
Pe măsură ce PAP adaugă adenine, la coada poli-A se ataşează nişte proteine specifice –
Pe măsură ce PAP adaugă adenine,
la coada poli-A se ataşează nişte proteine specifice – PABP
(poly-A Binding Protein)
ce PAP adaugă adenine, la coada poli-A se ataşează nişte proteine specifice – PABP (poly-A Binding
3. Splicing La EK, multe gene ce codifică ptr proteine sunt formate din regiuni codificatoare
3.
Splicing
La EK, multe gene ce codifică ptr proteine sunt formate din regiuni codificatoare ce alternează cu regiuni necodificatoare
Aceste gene au structură “mozaicată”

regiuni codificatoare = regiuni ADN ce sunt transcrise şi apoi traduse (au echivalent în secvenţa de aminoacizi din proteine)

EXONI
EXONI

regiuni necodificatoare = regiuni ADN ce sunt transcrise, dar nu sunt traduse (nu au echivalent în secvenţa de aminoacizi din proteine)

INTRONI
INTRONI
EXON INTRON EXON INTRON EXON reg. codif. reg. codif. reg. codif. reg. codif. reg. codif.
EXON
INTRON
EXON
INTRON
EXON
reg. codif.
reg. codif.
reg. codif.
reg. codif.
reg. codif.
codif. reg. codif. reg. codif. reg. codif. reg. codif. ADN TRANSCRIERE GENETICĂ EXON INTRON EXON INTRON

ADNcodif. reg. codif. reg. codif. reg. codif. reg. codif. TRANSCRIERE GENETICĂ EXON INTRON EXON INTRON EXON

TRANSCRIERE GENETICĂ EXON INTRON EXON INTRON EXON ARN pre-mesager SPLICING (eliminarea intronilor) EXON EXON
TRANSCRIERE GENETICĂ
EXON
INTRON
EXON
INTRON
EXON
ARN
pre-mesager
SPLICING (eliminarea intronilor)
EXON
EXON
EXON
ARN mesager
TRADUCERE GENETICĂ
Proteină
Proteină
EXON ARN pre-mesager SPLICING (eliminarea intronilor) EXON EXON EXON ARN mesager TRADUCERE GENETICĂ Proteină
Numărul de introni per genă variază de la genă la genă, de la specie la
Numărul de introni per genă variază de la genă la genă, de la specie la specie

Mecanisme de splicing

Introni grup 1 – self splicing ribozyme Introni grup 2 – spliceosomi – snRNPs exon
Introni grup 1 – self splicing ribozyme
Introni grup 2 – spliceosomi – snRNPs
exon
intron

Secvenţe din ARN pre-mesager implicate în splicing-ul intronilor de grup II

exon GU A(Py)10 AG 5’ situsul 5’ splice situsul branch situsul 3’ splice
exon
GU
A(Py)10
AG
5’
situsul 5’ splice
situsul branch
situsul 3’ splice
splicing - ul intronilor de grup II exon GU A(Py)10 AG 5’ situsul 5’ splice situsul

Dpdv chimic, splicingul se realizează în mai multe etape :

1. Clivaj la situsul 5’ splice exon 1 intron exon 2 3’ 5’ 5’ GU
1.
Clivaj la situsul 5’ splice
exon 1
intron
exon 2
3’
5’
5’
GU
A(Py)
AG
10
3’
situsul branch
situsul 3’ splice
2. Capul 5’ al intronului se ataşează prin transesterificare la A din situsul branch
intron lariat
exon 2
exon 1
3’
5’
A(Py) 10
AG
3’
3. Clivaj la situsul 3’ splice
exon 1
exon 1
A(Py) 10 AG 3’ 3. Clivaj la situsul 3’ splice exon 1 intron lariat exon 2
intron lariat
intron lariat
exon 2
exon 2
3’
3’
3’ 5’
3’
5’
5’
5’
3’
3’
splice exon 1 intron lariat exon 2 3’ 3’ 5’ 5’ 3’ A(Py) 1 0 AG

A(Py) 10

AG

lariat exon 2 3’ 3’ 5’ 5’ 3’ A(Py) 1 0 AG 4. Capul 3’OH al
4. Capul 3’OH al exonului 1 se ataşeaz la capul 5’OH al exonului 2 A(Py)
4. Capul 3’OH al exonului 1 se ataşeaz la capul 5’OH al exonului 2
A(Py) 10
AG
intron lariat
intron lariat
5’
5’
exon 1
exon 1
exon 2
exon 2
3’
3’
al exonului 1 se ataşeaz la capul 5’OH al exonului 2 A(Py) 10 AG intron lariat
al exonului 1 se ataşeaz la capul 5’OH al exonului 2 A(Py) 10 AG intron lariat
ARN mesager
ARN mesager
SPLICEOSOM = complex ribonucleoproteic (RNP) ce realizează eliminarea intronilor din grupul II = 5 RNP

SPLICEOSOM = complex ribonucleoproteic (RNP) ce realizează eliminarea intronilor din grupul II = 5 RNP

1 proteină 1 RNP = 1 ARN
1 proteină
1 RNP =
1 ARN
Cele 5 molecule ARN = ARNsn (small nuclear = nuclear mic, 100-300b): U1, U2, U4,
Cele 5 molecule ARN = ARNsn (small nuclear = nuclear mic, 100-300b): U1, U2, U4, U5, U6
U1 + proteină  U1-snRNP U2 + proteină  U2-snRNP U4 + proteină  U4-snRNP
U1 + proteină  U1-snRNP
U2 + proteină  U2-snRNP
U4 + proteină  U4-snRNP
U5 + proteină  U5-snRNP
U6 + proteină  U6-snRNP
U1-snRNP U2-snRNP SPLICEOSOM U4-snRNP U5-snRNP U6-snRNP
U1-snRNP
U2-snRNP
SPLICEOSOM
U4-snRNP
U5-snRNP
U6-snRNP
U5-snRNP U1-snRNP U2-snRNP exon 1 intron exon 2 GU A(Py)10 AG 5’ situsul 5’ splice
U5-snRNP
U1-snRNP
U2-snRNP
exon 1
intron
exon 2
GU
A(Py)10
AG
5’
situsul 5’ splice
situsul branch
situsul 3’ splice

RNA Polymerase I and RNA Polymerase III terminate transcription in response to specific termination sequences in either the DNA being transcribed (RNA Polymerase I) or in the newly-synthesized RNA (RNA Polymerase III).

RNA Polymerase II terminates transcription at random locations past the end of the gene being transcribed. The newly-synthesized RNA is cleaved at a sequence-specified location and released before transcription terminates.

The termination of transcription is different for the three different eukaryotic RNA polymerases. The ribosomal rRNA genes transcribed by RNA Polymerase I contain a specific sequence of basepairs (11 bp long in humans; 18 bp in mice) that is recognized by a termination protein called TTF-1 (Transcription Termination Factor for RNA Polymerase I.) This protein binds the DNA at its recognition sequence and blocks further transcription, causing the RNA Polymerase I to disengage from the template DNA strand and to release its newly-synthesized RNA.

The protein-encoding, structural RNA, and regulatory RNA genes transcribed by RNA Polymerse II lack any specific signals or sequences that direct RNA Polymerase II to terminate at specific locations. RNA Polymerase II can continue to transcribe RNA anywhere from a few bp to thousands of bp past the actual end of the gene. However, the transcript is cleaved at an internal site before RNA Polymerase II finishes transcribing. This releases the upstream portion of the transcript, which will serve as the initial RNA prior to further processing (the pre-mRNA in the case of protein- encoding genes.) This cleavage site is considered the "end" of the gene. The remainder of the transcript is digested by a 5'-exonuclease (called Xrn2 in humans) while it is still being transcribed by the RNA Polymerase II. When the 5'- exonulease "catches up" to RNA Polymerase II by digesting away all the overhanging RNA, it helps disengage the polymerase from its DNA template strand, finally terminating that round of transcription. In the case of protein-encoding genes, the cleavage site which determines the "end" of the emerging pre-mRNA occurs between an upstream AAUAAA sequence and a downstream GU-rich sequence separated by about 40-60 nucleotides in the emerging RNA. Once both of these sequences have been transcribed, a protein called CPSF in humans binds the AAUAAA sequence and a protein called CstF in humans binds the GU-rich sequence. These two proteins form the base of a complicated protein complex that forms in this region before CPSF cleaves the nascent pre-mRNA at a site 10-30 nucleotides downstream from the AAUAAA site. The Poly(A) Polymerase enzymewhich catalyzes the addition of a 3' poly-A tail on the pre-mRNA is part of the complex that forms with CPSF and CstF.

Transcription termination by RNA Polymerase II on a protein-encoding gene. RNA Polymerase II has no specific signals that terminate its transcription. In the case of protein-encoding genes, a protein complex will bind to two locations on the growing pre-mRNA once the RNA Polymerase has transcribed past the end of the gene. CPSF in the complex will bind a AAUAAA sequence, and CstF in the complex will bind a GU-rich sequence (top figure). CPSF in the complex will cleave the pre-mRNA at a site between the two bound sequences, releasing the pre- mRNA (middle figure). Poly(A) Polymerase is a part of the same complex and will begin to add a poly-A tail to the pre- mRNA. At the same time, Xrn2 protein, which is an exonuclease, attacks the 5' end of the RNA strand still associated with the RNA Polymerase. Xrn2 will start digesting the non-released portion of the newly synthesized RNA until Xrn2 reaches the RNA Polymerase, where it aids in displacing the RNA Polymerase from the template DNA strand. This terminates transcription at some random location downstream from the true end of the gene (bottom figure). The tRNA, 5S rRNA, and structural RNAs genes

The tRNA, 5S rRNA, and structural RNAs genes transcribed by RNA Polymerase III have a not-entirely- understood termination signal. The RNAs transcribed by RNA Polymerase III have a short stretch of four to seven U's at their 3' end. This somehow triggers RNA Polymerase III to both release the nascent RNA and disengage from the template DNA strand.

TRADUCEREA INFORMAŢIEI GENETICE

Traducerea informaţiei genetice = complexul proceselor biochimice prin care informaţia genetică reprezentată de
Traducerea informaţiei genetice
= complexul proceselor biochimice prin care informaţia genetică reprezentată de
secvenţa de nucleotide din ARN mesager este tradusă în secvenţă de
aminoacizi în proteine
transcriere
traducere
ARNm
Proteine
ADN
Rezultatul transcrierii = ARN transcript primar Rezultatul splicingului (la EK) = ARN mesager (matur) Rezultatul
Rezultatul transcrierii = ARN transcript primar
Rezultatul splicingului (la EK) = ARN mesager (matur)
Rezultatul traducerii = proteine
La traducerea informaţiei genetice participă mai multe tipuri de molecule :
La traducerea informaţiei genetice participă mai multe tipuri de molecule :
ARNm - conţine informaţia genetică ce trebuie tradusă ARNt = ARN de transfer, aduce aminoacizi
ARNm
- conţine informaţia genetică ce trebuie tradusă
ARNt
= ARN de transfer, aduce aminoacizi la locul biosintezei proteice
ribozomi
= organite celulare, formate din ARNr şi proteine ribozomale, mediază sinteza proteinelor

ARNm

ARNm Doar o porţiune din secvenţa ARNm este decodificată în secvenţă de aminoacizi Informaţia în ARNm

Doar o porţiune din secvenţa ARNm este decodificată în secvenţă de aminoacizi Informaţia în ARNm este tradusă începând de la capul 5’ 3’, în seturi de câte 3 nucleotide = CODON Deşi procesul de traducere a informaţiei genetice este similar la PK şi EK, există diferenţe în structura moleculelor de ARNm

şi EK, există diferenţe în structura moleculelor de ARNm PK Multe molecule ARNm sunt policistronice (conţin
PK Multe molecule ARNm sunt policistronice (conţin informaţie de la mai multe gene) Pentru fiecare
PK
Multe molecule ARNm sunt policistronice (conţin informaţie de la mai multe gene)
Pentru fiecare secvenţă codificatoare (genă), ARNm de la PK conţine câte o secvenţă RBS, la care se
ataşează câte un ribozom, fiecare secvenţă codificatoare fiind tradusă separat.
RBS = ribosome-binding site = secvenţă Shine-Dalgarno
- este complementară cu o secvenţă din ARNr 16S
EK Majoritatea moleculelor ARNm sunt monocistronice (conţin informaţie de la o singură genă) La moleculele
EK
Majoritatea moleculelor ARNm sunt monocistronice (conţin informaţie de la o singură genă)
La moleculele ARNm de la EK nu există secvenţă SD,
ribozomul se ataşează la capul Met-G-5’

Cap

Met-G

5’

   

Secvenţă codificatoare

   

Coadă

5’ UTR

Start

Stop

3’ UTR

poli-A

3’

Structura tipică a unui ARNm uman

( UTR = Untranslated Region = regiune netradusă )

Codul genetic

Legătura logică între secvenţa de nucleotide din ARNm şi secvenţa de aminoacizi din proteine Codon
Legătura logică între secvenţa de nucleotide din ARNm şi secvenţa de aminoacizi din proteine
Codon = set de 3 nucleotidedin ARNm ce sunt traduse într-un AA
din ARNm şi secvenţa de aminoacizi din proteine Codon = set de 3 nucleotidedin ARNm ce

Caracteristicile codului genetic

1. Codonii sunt citiţi în direcţie 5’  3’
1. Codonii sunt citiţi în direcţie 5’  3’
2. Codul genetic este nesuprapus Codonii din ARNm sunt citiţi la succesiv, nu au nucleotide
2. Codul genetic este nesuprapus
Codonii din ARNm sunt citiţi la succesiv, nu au nucleotide comune
3. Codul genetic nu are semne de punctuaţie - Informaţia din ARNm (secvenţa de nucleotide)
3. Codul genetic nu are semne de punctuaţie
- Informaţia din ARNm (secvenţa de nucleotide) este citită continuu
- Nu există nucleotide care să semnifice pază, punct, virgulă etc
4. Codul genetic este universal - Acelaşi codon codifică un acelaşi AA la toate organismele
4. Codul genetic este universal
- Acelaşi codon codifică un acelaşi AA la toate organismele
Excepţii: în mitocondrii (UGA = Trp), în anumite microorganisme PK, EK
5. Codul genetic este degenerat
Mai mulţi codoni pot codifica acelaşi AA
Codoni START / STOP
Codoni START / STOP
AUG = cel mai frecvent codon START = Met (EK) / fMet (PK) La anumite
AUG = cel mai frecvent codon START = Met (EK) / fMet (PK)
La anumite organisme GUG / UUG = START
UAG, UGA, UAA = codoni STOP (codoni nonsens)
UAG, UGA, UAA = codoni STOP
(codoni nonsens)

ARNt

= molecule adaptor între codoni şi AA - Molecule mici: 70-100 b - Au 22
= molecule adaptor între codoni şi AA
- Molecule mici: 70-100 b
- Au 22 n în anumite poziţii (poziţii fixe), ce nu variază la majoritatea ARNt cunoscute
- Conţine o serie de baze modificate: dihidro-uridina (DHU)
ribosil-timina (rT) = 5-metil-uridină (U metilat)
pseudo-uridina (Ψ)
inosina (I) = G dezaminata
dihidro-uridina (DHU) ribosil-timina (rT) = 5-metil-uridină (U metilat) pseudo-uridina (Ψ) inosina (I) = G dezaminata
dihidro-uridina (DHU) ribosil-timina (rT) = 5-metil-uridină (U metilat) pseudo-uridina (Ψ) inosina (I) = G dezaminata
- Toate moleculele ARNt au la capul 3’ secvenţa de nucleotide CCA = Capul acceptor
-
Toate moleculele ARNt au la capul 3’ secvenţa de nucleotide CCA =
Capul acceptor (capul CCA)
- Structura secundară a moleculelor de ARNt = Frunză de trifoi 3 bucle m.c.: bucla
- Structura secundară a moleculelor de ARNt =
Frunză de trifoi
3 bucle m.c.: bucla D
bucla Ψ
- are 2 DHU în poziţii fixe
- are 1 Ψ în poziţie fixă
bucla anticodonului - nucleotidele din poziţiile 34, 35, 36 =
Anticodon
4 regiuni d.c. = braţe
1 buclă variabilă, adiţională, de dimensiune mică
- Structura terţiară a moleculelor de ARNt = Litera L întoarsă
- Structura terţiară a moleculelor de ARNt = Litera L întoarsă
- Structura terţiară a moleculelor de ARNt = Litera L întoarsă
Fiecare moleculă ARNt ataşează covalent la capul CCA-3’ un AA Reacţia de încărcare a unui
Fiecare moleculă ARNt ataşează covalent la capul CCA-3’ un AA
Reacţia de încărcare a unui AA la o moleculă de ARNt = aminoacilare
aminoacil-ARNt-sintetaze (AAS)
1. AA + ATP Aminoacil-AMP + PPi 2. Aminoacil-AMP + ARNt Aminoacil-ARNt + AMP
1.
AA + ATP
Aminoacil-AMP + PPi
2.
Aminoacil-AMP + ARNt
Aminoacil-ARNt + AMP
Funcţionarea moleculelor ARNt ca adaptor întrer codoni şi AA, se bazează în primul rând pe
Funcţionarea moleculelor ARNt ca adaptor întrer codoni şi AA, se bazează în primul rând pe faptul că fiecare
specie moleculară de ARNt ataşează un anumit AA
- Există câte 1 specie moleculară de AAS (şi, de regulă, numai una) ptr fiecare AA
- Fiecare specie moleculară de AAS are o asemenea conformaţie moleculară, încât poate lega un singur tip de AA
doar cu anumite tipuri de ARNt
Fidelitatea traducerii informaţiei genetice se bazează pe : - aminoacilarea corectă a unui ARNt -
Fidelitatea traducerii informaţiei genetice se bazează pe :
- aminoacilarea corectă a unui ARNt
- împerecherea corectă codon – anticodon

Etapele traducerii genetice

Iniţierea
Iniţierea
- Ataşarea subunităţii ribozomale mici (30S) la secvenţa SD din ARNm - Codonul AUG este
- Ataşarea subunităţii ribozomale mici (30S) la secvenţa SD din ARNm
- Codonul AUG este adus în situsul P al subunităţii rbz mici
- Se ataşează fMet-ARNt Met şi se codonul AUG din ARNm cu anticodonul CAU din
- Se ataşează fMet-ARNt Met şi se codonul AUG din ARNm cu anticodonul CAU din ARNt Met
- Aceste etape sunt coordonate de 3 factori de iniţiere – IF1, IF2, IF3
- Se ataşează subunitatea rbz mare (50S) - După ataşarea subunităţii 50S, cei 3 IF
- Se ataşează subunitatea rbz mare (50S)
- După ataşarea subunităţii 50S, cei 3 IF se desprind
- Sinteza lanţului peptidic începe de la capul NH 2
Factori (proteine) de iniţiere IF1 , IF 2 , IF 3

Factori (proteine) de iniţiere IF1, IF2, IF3

3 IF se desprind - Sinteza lanţului peptidic începe de la capul NH 2 Factori (proteine)
Elongarea - Traducerea informaţiei de pe ARNm se face în direcţia 5’  3’ -
Elongarea
- Traducerea informaţiei de pe ARNm se face în direcţia 5’  3’
- Adiţia fiecărui AA se realizează prin reacţii complexe ce se repetă ptr fiecare AA
- AA2-ARNt  situsul A
- Se împerechează codonul din ARNm cu anticodonul din ARNt
- Atac nucleofilic al NH2 din AA2 asupra COOH din fMet
Formarea primei legături peptidice
(peptidil-transferază prezentă în 50S)
- Rezultă un peptidil-ARNt: aMet-AA2-ARNt
- Rbz se deplasează pe molecula ARNm cu un codon
- peptidil-ARNt sare din situsul A în situsul P
Situsul A este acum liber pentru ataşarea unui AA3-ARNt
Factori (proteine) de elongare EF- Ts, EF - Tu, EF -G

Factori (proteine) de elongare EF-Ts, EF-Tu, EF-G

situsul P Situsul A este acum liber pentru ataşarea unui AA3-ARNt Factori (proteine) de elongare EF-
Terminarea
Terminarea
- Codonii STOP: UAG, UGA, UAA - După ataşarea ultimului AA, peptidil-ARNt este in situsul
- Codonii STOP: UAG, UGA, UAA
- După ataşarea ultimului AA, peptidil-ARNt este in situsul A al rbz
- peptidil-ARNt este translocat din situsul A în situsul P
- Legătura dintre peptidil şi ARNt este hidrolizată
- Legătura dintre peptidil şi ARNt este hidrolizată
- Sunt eliberaţi: Catena peptidică Ultimul ARNt
- Sunt eliberaţi: Catena peptidică
Ultimul ARNt
- Sunt eliberaţi: Catena peptidică Ultimul ARNt - Ribozomul se disociază de ARNm, apoi 70S 

- Ribozomul se disociază de ARNm, apoi 70S 50S + 30S

Factori (proteine) de terminare RF1 , RF 2 , RF 3

Factori (proteine) de terminare RF1, RF2, RF3

50S + 30S Factori (proteine) de terminare RF1 , RF 2 , RF 3 Proteinele sunt

Proteinele sunt sintetizate numai în direcţie N C

Ribozomii se deplasează pe ARNm începând cu capul 5’ al acestuia

Fiecare ribozom sintetizează un singur polipeptid (pe moleculele ARNm policistronic se ataşează mai mulţi ribozomi)

Alfabet grecesc
Alfabet grecesc

Literă mare

Literă mică

Se citeşte

Literă mare

Literă mică

Se citeşte

Α

α alfa

 

Ν

ν niu

 

Β

β beta

 

Ξ

ξ ksi

 

Γ

 

γ gama

Ο

 

ο omicron

δ delta

 

Π

π pi

 

Ε

 

ε epsilon

Ρ

 

ρ rho (ro)

Ζ

ζ zeta

 

Σ

 

σ sigma

Η

η eta

 

Τ

τ tau

 

Θ

θ theta

 

Υ

 

υ ipsilon

Ι

ι iota

 

Φ

 

φ phi (fi)

Κ

 

κ kappa

Χ

 

χ chi (hi)

Λ

 

λ lambda

Ψ

ψ psi

 

Μ

µ miu

 

 

ω omega