TRANSCRIEREA genetic PK + EK

TRADUCEREA informaiei genetice

CODUL GENETIC

10 apr 2017 Secia Biochimie anul II

EXPRESIA GENELOR
Fluxul informaiei genetice
traducerea
transcriere procesarea informatiei
genetic transcriptului genetice
gen transcript primar peptid
ARN mesager
(ADN) (ARN)

ARN ribozomal

ARN de transfer

ARN antisens

Prima etap n exprimarea genelor = transcrierea genetic a genelor

 Transcriere genetic (TG)
Drumul de la ADN proteine
Este de fapt ADN ARN proteine
TG = procesul de sintez a moleculelor de ARN ca urmare a citirii informaiei codificat n moleculele ADN
TG seamn cu replicarea, dar se sintetizeaz o caten ARN i nu ADN;
deci, n mod similar, este citit o caten ADN (=caten matri),
iar catena nou este sintetizeaz pe baz de complementaritate cu matria
TG este catalizat enzimatic de enzime denumite ARN polimeraze PK 1 specie molecular de ARN pol / celul
EK 3 specii moleculare de ARN pol / celul

Prin TG se sintetizeaza toate tipurile de ARN proprii celulelor: ARNm, ARNr, ARNt, ARNhn

- molecula ARN rezultata prin transcriere, inainte de orice alta procesare se numeste transcript primar
- n celule, moleculele ARN sunt sintetizate pe baz de complementaritate, folosind drept matri o caten ADN

Nucleotide pe catena ADN matri Nucleotide pe catena ARN transcript

G C
C G
T A
A U
n contrast cu ADN polimerazele, ARN polimerazele nu necesit primer, pot ataa i primul nucleotid de pe catena nou
 traducerea
transcriere procesarea informatiei
genetic transcriptului genetice
gen transcript primar
ARN mesager peptid
(ADN) (ARN)

ARN ribozomal

ARN de transfer

ARN antisens
inhibarea transcrierii
Transcrierea genetic se desfoar n bucla de transcriere zon unde desface dublul helix ADN

5 3
5 3
3 5

bucl de transcriere ARN transcript

Catena ARN ce se sintetizeaz prin transcriere - nu rmne ataat la matria ADN pe toat lungimea ei,
ci doar pe un segment scurt, de ~ 15 nucleotide
- restul moleculei ARN iese din hibridul ARN : ADN

5 3
5 3
3 5

bucl de transcriere ARN transcript

5 3
3
3 5

ARN transcript
bucl de transcriere

5
 n ansamblu, dei procesul de transcriere este suficient de corect (corectitudinea se refer la complementaritatea
ribonucleotidelordin catena ARN fa de deoxiribonucleotidele din matria ADN), este totui mai puin
acurat dect procesul de replicare.

Mecanismele de proofreading sunt mai puin eficiente n transcriere, comparativ cu replicare

Transcriere 1 nucleotid greit / 10.000 nucleotide

Replicare 1 nucleotid greit / 10 milioane nucleotide

n replicare este copiat tot genomul

n transcriere este copiat informaia doar de pe o singur caten ADN, i doar din anumite regiuni ADN, denumite gene

Gen = regiune din ADN a crei informaie este copiat n ARN

ORF = Open Reading Frame = cadru deschis citirii = zon ADN ce este transcris
Ce regiuni din ADN se transcriu ?

G E N
Zon din ADN care codific pentru o protein / ARN
Zon din ADN creia i corespunde o copie ARN

Promotor G E N Terminator

O zon din ADN cuprins ntre un promotor i un terminator poart numele de unitate de transcriere
Catena folosit ca matri ptr sinteza unui transcript este complementar cu el i = caten antisens
Catena ne-matri este denumit caten codificatoare sau caten sens

Transcrierea ncepe de la un PROMOTOR i se termin la un TERMINATOR

La EK fiecare gen are un promotor i, respectiv, un terminator.

La PK, unele gene au promotor i terminator, alte gene nu au promotor propriu (sunt transcrise mai
multe gene pornind de la un acelai promotor)
Pe o aceeai molecul ADN, unele gene sunt transcrise folosind o caten drept matri, iar alte gene sunt transcrise
folosind cealalt catena ca matri.

Acest lucru este determinat de modul n care se aeaz ADN pol pe molecula ADN

ARN pol

5 3
Promotor catena antisens
3 5
3
5
transcript ARN

ARN pol
transcript ARN
3 5

5 3
catena antisens
rotomorP
3 5
Convenii internaionale de notare

Orice regiune ADN dc cu secven cunoscut se poate lista doar pe o singur caten,
cealalt fiind cunoscut prin complementaritate
Astfel, se scrie doar secvena catenei 5 3, de ex.: 5-ATTGCCAATGGA-3
Mai mult chiar, de foarte multe ori nu se mai scriu i cifrele 5, 3

Pentru fiecare regiune ADN transcris, nucleotidele se numeroteaz astfel:

gena 2 ..... +5 +4 +3 +2 +1 -1 -2 -3

-4 -3 -2 -1 +1 +2 +3 +4 +5 .....
gena 1
situs
START

+1 Primul nucleotid din catena ADN matri care este citit i creia i corespunde primul
nucleotid n transcriptul ARN; acest prim nucleotid citit mai este numit i SITUS START

+2 ... +n Urmtoarele nucleotide din catena ADN matri citite, aflate n aval (downstream) fa
de primul nucleotid citit

-1 ... -n Nucleotidele de pe catena matri aflate n amonte (upstream) fa de cadrul de citire,

importante ptr gena considerat
La EK, majoritatea genelor au promotor propriu i sunt transcrise n uniti distincte, procesul fiind denumit
transcriere monocistronic
La PK, unele gene (mai ales cele reglatoare) au promotor propriu i sunt transcrise monocistronic;
foarte multe gene ns, nu au P propriu, ci sunt cotranscrise prin transcriere policistronic

O unitatea de transcriere = 1 gen Transcriere monocistronic

(A) Transcriere monocistronic
P gena A t
transcriere

3 ARN transcript
5 monocistronic
traducere

un singur
A polipeptid

O unitatea de transcriere = mai multe gene Transcriere policistronic

(B) Transcriere policistronic

P gena B gena C gena D t

transcriere

5 3 ARN transcript
policistronic
traducere

B C D
mai multe polipeptide
ARN polimeraze
= enzime ce sintetizeaz molecule ARN, prin formarea legturilor fosfodiesterice ntre ribonucleotide, n direcie 5 3
Spre deosebire de ADN polimeraze, ARN polimerazele NU necesit primer pot ataa i primul nucleotid
Se ataeaz la molecula ADN, la secvene de tip PROMOTOR

ARN polimeraza de la PK PK

1 singur specie molecular de ARN polimeraz ~ 7000 molecule / celul

Sintetizeaz toate speciile moleculare de ARN celular: mesager (ARNm), ribozomal (ARNr), de transfer (ARNt) etc

Este format din 4 tipuri de subuniti, codificate de gene diferite, cu formula general : 2

asamblarea subunitilor ARN polimerazei -CTD

(alpha) se ataeaz la regiunea UP din promotori (-CTD) = linker flexibil
funcioneaz ca dimer -NTD

(beta) formarea legturilor fosfo-diesterice dintre ribonucleotide

(beta prim) afinitate chimic ptr ADN, se ataeaz situs-nespecific

recunoate specific regiunile promotor i se ataeaz la ele

desface dublul helix ADN, fr intervenia helicazei
(sigma)
dup terminarea fazei de iniiere a transcrierii, se desprinde,
iar restul subunitilor desfaoar elongarea i terminarea transcrierii
Etapele transcrierii genetice la PK
ncepe de la regiuni numite PROMOTORI
Att la PK, ct i la EK, un ciclu de TG -
continu i se desfoar pe regiuni deschise citirii
se termin n regiuni numite TERMINATORI
La toate tipurile de organisme, un ciclu de transcriere este format din 3 etape: iniiere, elongare, terminare

Iniierea transcrierii la PK

Regiunile promotor = regiuni unde ataeaz ARN polimerazele i, respectiv,

unde are loc deschiderea dublului helix ADN
unde se formeaz bucla de transcriere

Structura promotorilor la PK include secvene consensus, recunoscute de subuniti ale ARN polimerazelor
Start
Situsul UP Hexamerul -35 Hexamerul -10
30-60 b 15-20 b 5-10 b
UP // 5-TTGACA-3 5-TATAAT-3

Structura promotorilor la PK

La PK secvenele consensus recunoscute de subuniti ale ARN pol sunt:

hexamerul -35 = o secven hexameric (format din 6 pb) localizat n poziia -35 TTGACA recunoscut de

hexamerul -10 = o secven hexameric (format din 6 pb) localizat n poziia -10 TATAAT recunoscut de

situsul UP = o secven de ~ 20 pb, cu localizare variabil -40 ... -80 pb de situsul +1 recunoscut de -CTD
Schema ARN polimerazei de la procariote i ataarea acesteia la regiuni promotor
La PK, iniierea transcrierii se desfoar n 3 stadii: Promotor nchis I / Promotor nchis II / Promotor deschis

I. ARN polimeraza, respectiv, subunitatea , se ataeaz la hexamerul -35 Promotor nchis I

II. ARN pol se aeaz pe ADN, cuprinzndu-l; se ataeaz i la hex -10

Dar cei 2 hexameri nu sunt orientai optim fa de situsurile de ataare la
Promotor nchis II
Ptr a se ataa stabil la cei 2 hexameri, distorsioneaz molecula ADN
Ca urmare, ADN-ul este curbat i torsionat ntre cei 2 hexameri
III. Tensiunea torsional este eliberat prin deschiderea dublului helix, 15-20 pb,
regiune ce cuprinde i situsul start +1; Promotor deschis
se formeaz astfel bucla de transcriere

La organismele procariote, primul ribonucleotid ataat n transcript este ATP/GTP

Dup sinteza a 8-10 ribonucleotide, se desprinde din complex, miezul enzimei ARN polimeraz desfoar n
continuare singur reacia de polimerizare, cu formarea legturilor fosfodiesterice dintre ribonucleotide.
Elongare trasncrierii la PK
Molecula de ARN crete n direcia 5 3, reacia fiind catalizat de subunitatea

- bucla de transcriere se deplaseaz pe molecula de ADN

- transcriptul ARN nu este meninut n hibrid pe toat lungimea lui, ci doar pe aprox. 12 b

Dup ce ARN pol a trecut de regiunea promotor, acesta se nchide, iar la el se poate ataa o alt molecul de ARN pol

ARN pol de la E.coli are o rat de polimerizare de aprox. 30-40 nucleotide / secund la 37oC

n faza de elongare, ARN pol de la PK desfoar i activitate de proof-reading, prin 2 mecanisme:

editare pirofosforolitic : ARN pol ndeprteaz un ribonucleotid ncorporat incorect

editare hidrolitic : ARN pol se deplaseaz napoi pe transcript cu unul sau mai multe
ribonucleotide, taie o poriune de transcript, ndeprteaz regiunea cu
eroare i reia apoi procesul de sintez; n aceast reacie, ARN pol este
asistat de proteina Gre

n transcrierea multor gene de la PK, n etapa de elongare particip un set de proteine cu rol de factori de elongaie,
dintre care cel mai important este proteina NusG , careNusG
crete procesivitatea ARN polimerazei (rol similar cu cel al
peptidului sliding clamp n procesul de replicare).
ADN
3
5

bucl de transcriere

5
ARN transcript

5 bucla de transcriere se deplaseaz pe ADN

bucla de transcriere se nchide,iar transcriptul ARN este expulzat

ADN

5 ARN transcript
Terminarea transcrierii la PK

ARN polimeraza se deplaseaz pe molecula ADN i transcrie pn ajunge in regiunea unui terminator.
O secven ADN de tip terminator este format din :

- 2 copii poli-GC repetate invers, ce prezint complementaritate intracatenar

- 4-10 adenine, ce formeaz un aa-numit semnal de terminare;
legturile de H dintre A de pe matria ADN i U de pe transcriptul ARN sunt extrem de slabe

n molecula de ARN regiunea format din cele 2 copii poli-GC o structur n ac-de-pr (hairpin)
care blocheaz naintarea ARN pol

ARN pol staioneaz

Legturile de H din regiunea hibrid A ...U sunt instabile transcriptul este expulzat din bucla de transcriere

bucla se nchide
i
ARN polimeraza se deprinde de pe molecula ADN

n acest mod este terminat transcrierea genetic

Se constat deci c, dei regiunile terminator sunt definite pe molecula ADN, funcia de terminare a transcrierii o are
transcriptul ARN
Funcie de gradul de complementaritate intracatenar, la PK au fost descrise dou clase de terminatori :

terminatori Rho-independeni - complementaritatea intracatenar este perfect

structura hairpin este stabil fr intervenia vreunei proteine
5 .. U U U U U U U 3
.
G . C
.
G . C
G .
. C
Structur ac-de-
Structur n ac- pr, cu rol n
de-pr, G .
. C
terminarea transcrierii genetice .
G . C
.
G . C
.
G . C

terminatori Rho-dependeni - cele dou copii poli-GC nu prezint o complementaritate intracatenar perfect
structura hairpin este instabil stabilizat de proteina Rho
(de la litera greceasc )
5 .. U U U U U U U 3
G .
. C
G .
. C
Proteina Rho
G .
. C
A .
. C
G .
. C
G .
. U
G .
. C
TRANSCRIEREA GENETIC LA EK
n fiecare celul EK exist cel puin 3 specii moleculare de ARN pol ce transcriu tipuri diferite de gene
n afar de ARN pol, n transcrierea la EK intervin multe alte proteine denumite factori de transcriere = TF
Factorii generali de transcriere (GTF) funcioneaz n majoritatea proceselor de transcriere

Factorii specifici de transcriere (STF) funcioneaz doar n transcrierea anumitor gene

ARN polimerazele de la EK n nucleu exist 3 specii moleculare de ARN pol, cu structur i funcii diferite

Denumire Localizare Produs

ARN pol I (Pol I, Pol A)
ARN pol II (Pol II, Pol B)
ARN pol III (Pol III, Pol C)
nucleol ARN ribozomal - ARNr 28S, 18S, 5,8S
ARN mesager - ARNm
Majoritatea ARN nuclear mic - ARNsn
nucleu
ARN de interferen - ARNi
microARN - ARNmi
nucleu i ARN de transfer ARNt
interfaa nucleol ARN ribozomal 5S ARNr 5S
nucleu Unele specii moleculare de ARN micARNsn U6, SRP ARN

La plante au fost descrise nc 2 specii moleculare de ARN polimeraze

ARN pol IV, ARN pol V ARNi
ARN pol I Transcrie toate genele ptr ARNr, cu excepia genelor ptr ARN 5S
Genele ptr ARNr sunt organizate ntr-o singur unitate de transcriere
Transcriere policistronic un singur ARN transcript conine informaia de la mai multe gene
ARN precursor este procesat 3 molecule Arn: ARN 18S, 5,8S, 28S
Transcrierea genelor ptr ARNr are loc n nucleol, unde apoi ARNr este combinat cu proteine ribozomale ribozomi

ARN pol II Transcrie toate genele ptr ARNm

Transcrie i unele gene ptr ARNsn, ARNsi i toate ARNmi
Transcriere monocistronic un ARN transcript comine infomaia de la o singur gen
ARN transcript = ARN pre-mesager este procesat ARNm iese prin porii membranei nucleare n citoplasm

ARN pol III Transcrie toate genele ptr ARNt

Transcrie i genele ptr ARNr 5S, ARNsn U6, SRP ARN, ARN TER
Toate cele 3 ARN pol de la EK au structur complex, fiind formate din 14, 12 i, respectiv, 17 subuniti, din care
unele sunt similare cu subunitile ARN pol PK
Structura promotorilor la EK
La EK, promotorii au structur multi-modular i sunt regiuni mult mai complexe dect P de la PK

La EK, nu ARN polimerazele recunosc promotorii (P), ci factorii de transcriere (TF) :

mai nti se ataeaz TF la P, iar acest complex este apoi recunoscut de ARN polimeraze

Fiecare din cele 3 ARN polimeraze recunosc TF diferii care se ataeaz la P cu structur diferit

Factorii de transcriere se noteaz diferit, funcie de ARN polimeraz :

ARN pol I recunoate clasa I = TFI

ARN pol II recunoate clasa II = TFII
ARN pol III recunoate clasa III = TFIII

Promotorii ptr cele 3 ARN polimeraze difer nu doar ca structur, ci i ca localizare fa de gena de transcris :

- majoritatea promotorilor ptr ARN pol I i II sunt upstream fa de situsul start

- promotorii ptr ARN pol III au multe module downstream fa de start
Structura de baz a unui P ptr ARN pol II
Ptr ca o singur gen s fie transcris de ARN pol II, este necesar ca seturi ntregi de proteine (factori de transcriere TFII)
s se ataeze la multiple regiuni din ADN :
- regiuni de tip promotor
- regiuni cu funcii reglatorii (enhanceri, silenceri, insulatori) vor fi discutate n alt curs
promotor primar
Majoritatea genelor transcrise de ARN pol II au mai multe regiuni de tip promotor : promotor proximal
promotor distal
Promotorul primar (core promoter) ptr ARN pol II = 80 pb: -40 ... +40
- are structur multi-modular
- la fiecare modul / regiune se ataeaz un factor de transcriere - TF
- majoritatea modulelor sunt upstream, dar exist i unele downstream
- exist i un modul exact peste situsul start

n esen, un P primar ptr ARN pol II este format din urmtoarele regiuni/module :

+1
-33 -25 +5 +15 +30

BRE TATA Inr DCE I DCE II DCE III

upstream downstream
Parte din genele transcrise ARN pol II, au o structur puin diferit - n loc de modul TATA au DPE

+1
-20 +5 +15 -25 +30

BRE Inr DCE I DCE II DPE DCE III

upstream downstream

P cu TATA P fr TATA
BRE BRE
TATA -
Inr Inr
DCE I, II, III DCE I, II, III
- DPE
 +1
-33 -25 +5 +15 +30

P cu TATA BRE TATA Inr DCE I DCE II DCE III

upstream downstream

+1
-20 +5 +15 -25 +30

P faraTATA BRE Inr DCE I DCE II DPE DCE III

upstream downstream

P cu TATA P fr TATA
BRE BRE
TATA -
Inr Inr
DCE I, II, III DCE I, II, III
- DPE
 +1

BRE TATA Inr DCE I DCE II DPE DCE III

upstream downstream

Situsuri upstream

BRE - TFIIB Recognition Element = octamer (8pb), bogat in GC : GGGCGCCC

TATA - cutia TATA = heptamer (7 pb), bogat in AT: TATA AAA/TAT

Situsul Inr - Initiator: YYCAYYYYY ( Py2CAPy5 ) , Py = orice pirimidin, de obicei A = nucleotidul +1

Situsuri downstream

DCE I/II/III

DPE - Downstream Promoter Element, la P fr TATA

 Situsuri upstream Situsuri downstream

Inr

Poziiile situsurilor

Secvenele
situsurilor

Variaii de
secven
n afar de P PRIMAR, cu toate regiunile lui, transcrierea genetic la EK
este influenat i de alte regiuni ADN:

Promotorul PROXIMAL

- upstream fa de P primar, la 250 pb de situsul start

- conine regiuni reglatorii primare
- la acestea se ataeaz factori de transcriere specifici

Promotorul DISTAL

- upstream fa de P primar, la > 250 pb de situsul start

- conine regiuni reglatorii, dar influena este mai slab dect a P proximal
- la acestea se ataeaz tot factori de transcriere specifici
Factorii de transcriere = Transcription Factors = TF
Tem ptr seminar: clase structurale de TF
Sunt proteine cu structur tipic ptr ataare la ADN
Se noteaz cu I, II i III, funcie de ARN polimeraza pe care o recruteaz (ARN pol I, II sau III)

Din punct de vedere funcional se clasific n :

Factori de transcriere GENERALI General Transcription Factors ( GTF ), se ataeaz la P primar
Factori de transcriere SPECIFICI Specific Transcription Factors ( STF ), se ataeaz la P proximal i la cel distal
Factorii generali de transcriere ptr ARN pol II sunt : TBP, TFIIB, TFIID, TFIIA, TFIIF, TFIIE i TFIIH
GTF
TBP = TATA-binding protein secvena TATA

TFIIB secvena BRE = TFIIB recognition element

TFIID = TAFs = TBP-Associated Factors secvenele Inr, DCE, DPE

TFIID

TFIIB TBP TAF TAF TAF TAF TAF

Doar TFIID i TFIIB se leag la molecula ADN (la regiunile specifice din P primar);
restul se leag la TFIID sau la TFIIB sau la ARN pol II
 TFIID

TFIIB TBP TAF TAF TAF TAF TAF

+1

BRE TATA Inr DCE I DCE II DPE DCE III

upstream downstream
 TFIID

TFIIB TBP TAF TAF TAF TAF TAF

+1

BRE TATA Inr DCE I DCE II DPE DCE III

upstream downstream
Etapele transcrierii genetice la EK Pre-iniiere, Iniiere, Elongare, Terminare

Pre-iniiere
- ataarea factorilor generali de transcriere GTF la P primar formarea complexului de preiniiere
- ataarea GTFs la P primar are loc ntr-o anumit ordine setul complet de GTF
= ARN pol
- formarea acestui complex ncepe de la elementul TATA

1. TBP TATA Molecula ADN se ndoaie cu 80o = semnalul ptr ataarea n cascad a celorlalte proteine

2. TFIIB BRE TFIIB stabilizeaz complexul TBP-TATA i recruteaz ARN pol II

3. TFIID TAF Inr

4. TFIID TAF DCE I, II, III

5. TFIIF + ARN pol II TBP TFIIF face legtura dintre TBP ataat la TATA i ARN pol

6. TFIIE ARN pol II TFIIE recruteaz TFIIH

activitate ATPazic (ptr desfacerea d.h. i formarea buclei de transcriere)

7. TFIIH ARN pol II TFIIH are
activitate protein kinazic (ptr fosforilarea captului C al ARN pol II)
Datorit faptului c molecula ADN este complexat cu histone (nucleozomi),
pre-iniierea / iniierea transcrierii genetice necesit i intervenia altor proteine = complex mediator

Complexul de preiniiere
TFIID-TBP
TFIIB
TFIID-TAF Formarea buclei de transcriere
ARN pol II
TFIIA, F, E, H

Desfacerea dublului helix ADN Formarea buclei de transcriere

Procesul e mediat de TFIIH cu hidroliz ATP
Iniiere =
Ataarea primelor ribonucleotide n transcriptul ARN
Elongarea
- aceast etap ncepe atunci cnd ARN pol prsete promotorul
- la trecerea dintre Iniiere i Elongare, factorii de transcriere sunt nlocuii cu alte proteine :
FACTORI DE ELONGARE (EF)
TFIIS - are rol n activitatea de proof-reading a ARN pol, similar cu proteina Gre de la PK

SPT5 - are rol n procesivitatea ARN pol II, similar cu sliding clamp
= un EF similar cu NusG de la PK
NusG/SPT5 = singurul TF conservat universal la toate cele 3 domenii Bacteria, Archaea, Eukarya

Proteine de DEZASAMBLARE / ASAMBLARE a NUCLEOZOMILOR

FACT Facilitates Chromatin Transcription
- dezasambleaz nucleozomii n faa ARN polimerazei II, ptr ca aceasta s poat transcrie
- asambleaz nucleozomii n zonele deja transcrise

ARN transcript

FACT

FACT
Proteine de PROCESARE a TRANSCRIPTULUI
Dac la PK, traducerea ARN transcript ncepe chiar n timp ce acesta este sintetizat, la EK transcriptul ARN este
procesat nainte de a fi tradus.
I. Un prim mecanism de procesare a transcriptului = adugarea unei guanine metilate la capul 5 al ARN = CAPPING
- procesul are loc n timpul fazei de elongare a transcrierii
- enzima care realizeaz transferul unei guanine metilate = guanilil-transferaza
- aceast enzim se ataeaz iniial la domeniul carboxi-terminal al ARN polimerazei,
apoi enzima se ataeaz la capul 5 al transcriptului i realizeaz transferul unei G metilate

ARN

II. Cronologic, un al doilea mecanism de procesare a transcriptului = adugarea cozii poli(A) la capul 3 al ARN
- procesul are loc la terminarea transcrierii, dar parte din proteinele necesare se ataeaz la ARN pol II n faza de elongare
- proteina care se ataeaz n faza de elongare = proteina ce taie ARN = PT (Procesare Transcript)

PT = proteina ce taie ARN

PAP = proteina ce adaug ~ 200 adenine = poli-A-polimeraz
 ARN

Ataarea proteinelor de procesare a transcriptului la ARN pol II n faza de elongare a transcrierii

 Terminarea transcrierii la EK (la genele transcrise de ARN pol II)

La EK, terminarea transcrierii este declanat de ajungerea ARN pol II n regiunea denumit secven semnal poli-A:
- proteina PT (Procesare Transcript) trece de pe ARN pol II pe transcriptul ARN, n regiunea semnal poli-A de pe acesta
- proteina PT cliveaz molecula ARN n aceast regiune
- restul moleculei ARN, ce nu are Met-G la capul 5, este digerat de o RNaz
- bucla de transcriere se nchide, ARN pol II se desprinde de pe ADN
PROCESAREA ARN mesager
PK EK

Gen Gen
secven codificatoare secv codif secv necodif secv codif

Transcriere genetic Transcriere genetic

ARN mesager ARN pre-mesager

Traducere genetic Procesare transcript

Protein ARN mesager

Traducere genetic

Protein

La EK, transcriptul iniial este mai nti procesat :

La PK, traducerea informaiei genetice a transcriptului
ARN ncepe chiar nainte de terminarea ARN pre-mesager ARN mesager
transcrierii
Apoi acesta iese din nucleu spre citoplasm

n citoplasm ncepe traducerea informaiei genetice

La PK traducerea este cvasi-simultan cu transcrierea La EK, traducerea NU este simultan cu transcrierea

 Etapele procesrii transcriptelor pre-mesager

1. CAPPING = adugarea unei guanine metilate la capul 5 al ARN - n timpul fazei de elongare a transcrierii

- enzima guanilil-transferaza (GT) transfer o guanin metilat la capul 5 al ARN

- GT se ataeaz iniial la domeniul carboxi-terminal al ARN polimerazei,
apoi enzima se ataeaz la capul 5 al transcriptului i realizeaz transferul unei G metilate

ARN

2. Coada poli-A adugarea cozii poli(A) la capul 3 al ARN

- procesul are loc la terminarea transcrierii, dar parte din proteinele necesare se ataeaz la ARN pol II n faza de elongare
- proteina care se ataeaz n faza de elongare = proteina ce taie ARN = PT (Procesare Transcript)

PT = proteina ce taie ARN

 Dup ce transcriptul este tiat de proteina PT,

se ataeaz proteina poli-A polimeraz (PAP) la capul 3

PAP = o ARN polimeraz special

PAP adaug ~ 200 adenine

Pe msur ce PAP adaug adenine,

la coada poli-A se ataeaz nite proteine specifice PABP
(poly-A Binding Protein)
 3. Splicing
La EK, multe gene ce codific ptr proteine sunt formate din regiuni codificatoare ce alterneaz cu regiuni necodificatoare
Aceste gene au structur mozaicat

regiuni codificatoare = regiuni ADN ce sunt transcrise i apoi traduse (au echivalent n secvena de aminoacizi din proteine)
EXONI

regiuni necodificatoare = regiuni ADN ce sunt transcrise, dar nu sunt traduse

(nu au echivalent n secvena de aminoacizi din proteine)
INTRONI

EXON INTRON EXON INTRON EXON

ADN reg. codif. reg. codif. reg. codif. reg. codif. reg. codif.

TRANSCRIERE GENETIC

EXON INTRON EXON INTRON EXON

ARN
pre-mesager
SPLICING (eliminarea intronilor)

EXON EXON EXON

ARN mesager

TRADUCERE GENETIC

Protein
Numrul de introni per gen variaz de la gen la gen, de la specie la specie

i dimensiunea intronilor variaz; uneori, intronii sunt chiar mai mari dect exonii
Mecanisme de splicing
Introni grup 1 self splicing ribozyme
Introni grup 2 spliceosomi snRNPs

Secvene din ARN pre-mesager implicate n splicing-ul intronilor de grup II

exon intron exon
5 GU.........................................A(Py)10..............AG
situsul 5 splice situsul branch situsul 3 splice
Dpdv chimic, splicingul se realizeaz n mai multe etape :
1. Clivaj la situsul 5 splice
exon 1 3 5 intron exon 2
5
GU.........................................A(Py)10..............AG 3
situsul branch situsul 3 splice
2. Capul 5 al intronului se ataeaz prin transesterificare la A din situsul branch

exon 1 intron lariat exon 2

5 3
A(Py)10 AG 3

3. Clivaj la situsul 3 splice

exon 1 3 intron lariat 3 5 exon 2
5 3
A(Py)10 AG

4. Capul 3OH al exonului 1 se ataeaz la capul 5OH al exonului 2

A(Py)10 AG exon 1 exon 2

5 3
intron lariat
ARN mesager
SPLICEOSOM = complex ribonucleoproteic (RNP) ce realizeaz eliminarea intronilor din grupul II = 5 RNP
1 protein
1 RNP = 1 ARN

Cele 5 molecule ARN = ARNsn (small nuclear = nuclear mic, 100-300b): U1, U2, U4, U5, U6

U1 + protein U1-snRNP
U2 + protein U2-snRNP U1-snRNP
U4 + protein U4-snRNP U2-snRNP
U5 + protein U5-snRNP
SPLICEOSOM U4-snRNP
U6 + protein U6-snRNP U5-snRNP

U6-snRNP
 U5-snRNP

exon 1 U1-snRNP intron U2-snRNP exon 2

5 GU.........................................A(Py)10..............AG
situsul 5 splice situsul branch situsul 3 splice
RNA Polymerase I and RNA Polymerase III terminate transcription in response to specific termination
sequences in either the DNA being transcribed (RNA Polymerase I) or in the newly-synthesized RNA
(RNA Polymerase III).

RNA Polymerase II terminates transcription at random locations past the end of the gene being
transcribed. The newly-synthesized RNA is cleaved at a sequence-specified location and released
before transcription terminates.

The termination of transcription is different for the three different eukaryotic RNA polymerases.
The ribosomal rRNA genes transcribed by RNA Polymerase I contain a specific sequence of basepairs (11 bp long in
humans; 18 bp in mice) that is recognized by a termination protein called TTF-1 (Transcription Termination Factor for
RNA Polymerase I.) This protein binds the DNA at its recognition sequence and blocks further transcription, causing
the RNA Polymerase I to disengage from the template DNA strand and to release its newly-synthesized RNA.

The protein-encoding, structural RNA, and regulatory RNA genes transcribed by RNA Polymerse II lack any specific
signals or sequences that direct RNA Polymerase II to terminate at specific locations. RNA Polymerase II can continue
to transcribe RNA anywhere from a few bp to thousands of bp past the actual end of the gene. However, the transcript
is cleaved at an internal site before RNA Polymerase II finishes transcribing. This releases the upstream portion of the
transcript, which will serve as the initial RNA prior to further processing (the pre-mRNA in the case of protein-
encoding genes.) This cleavage site is considered the "end" of the gene. The remainder of the transcript is digested by
a 5'-exonuclease (called Xrn2 in humans) while it is still being transcribed by the RNA Polymerase II. When the 5'-
exonulease "catches up" to RNA Polymerase II by digesting away all the overhanging RNA, it helps disengage the
polymerase from its DNA template strand, finally terminating that round of transcription.
In the case of protein-encoding genes, the cleavage site which determines the "end" of the emerging pre-mRNA
occurs between an upstream AAUAAA sequence and a downstream GU-rich sequence separated by about 40-60
nucleotides in the emerging RNA. Once both of these sequences have been transcribed, a protein called CPSF in
humans binds the AAUAAA sequence and a protein called CstF in humans binds the GU-rich sequence. These two
proteins form the base of a complicated protein complex that forms in this region before CPSF cleaves the nascent
pre-mRNA at a site 10-30 nucleotides downstream from the AAUAAA site. The Poly(A) Polymerase enzymewhich
catalyzes the addition of a 3' poly-A tail on the pre-mRNA is part of the complex that forms with CPSF and CstF.
Transcription termination by RNA Polymerase II on a protein-encoding gene.
RNA Polymerase II has no specific signals that terminate its transcription. In the case of protein-encoding genes, a protein
complex will bind to two locations on the growing pre-mRNA once the RNA Polymerase has transcribed past the end of
the gene. CPSF in the complex will bind a AAUAAA sequence, and CstF in the complex will bind a GU-rich sequence (top
figure). CPSF in the complex will cleave the pre-mRNA at a site between the two bound sequences, releasing the pre-
mRNA (middle figure). Poly(A) Polymerase is a part of the same complex and will begin to add a poly-A tail to the pre-
mRNA. At the same time, Xrn2 protein, which is an exonuclease, attacks the 5' end of the RNA strand still associated with
the RNA Polymerase. Xrn2 will start digesting the non-released portion of the newly synthesized RNA until Xrn2 reaches
the RNA Polymerase, where it aids in displacing the RNA Polymerase from the template DNA strand. This terminates
transcription at some random location downstream from the true end of the gene (bottom figure).
The tRNA, 5S rRNA, and structural RNAs genes

The tRNA, 5S rRNA, and structural RNAs genes transcribed by RNA Polymerase III have a not-entirely-
understood termination signal. The RNAs transcribed by RNA Polymerase III have a short stretch of four to
seven U's at their 3' end. This somehow triggers RNA Polymerase III to both release the nascent RNA and
disengage from the template DNA strand.
TRADUCEREA INFORMAIEI GENETICE
Traducerea informaiei genetice = complexul proceselor biochimice prin care informaia genetic reprezentat de
secvena de nucleotide din ARN mesager este tradus n secven de
aminoacizi n proteine

transcriere traducere
ADN ARNm Proteine

Rezultatul transcrierii = ARN transcript primar

Rezultatul splicingului (la EK) = ARN mesager (matur)
Rezultatul traducerii = proteine

La traducerea informaiei genetice particip mai multe tipuri de molecule :

ARNm - conine informaia genetic ce trebuie tradus

ARNt = ARN de transfer, aduce aminoacizi la locul biosintezei proteice

ribozomi
= organite celulare, formate din ARNr i proteine ribozomale, mediaz sinteza proteinelor
 ARNm
Doar o poriune din secvena ARNm este decodificat n secven de aminoacizi
Informaia n ARNm este tradus ncepnd de la capul 5 3, n seturi de cte 3 nucleotide = CODON
Dei procesul de traducere a informaiei genetice este similar la PK i EK, exist diferene n structura moleculelor de ARNm

PK
Multe molecule ARNm sunt policistronice (conin informaie de la mai multe gene)
Pentru fiecare secven codificatoare (gen), ARNm de la PK conine cte o secven RBS, la care se
ataeaz cte un ribozom, fiecare secven codificatoare fiind tradus separat.
RBS = ribosome-binding site = secven Shine-Dalgarno
- este complementar cu o secven din ARNr 16S

EK
Majoritatea moleculelor ARNm sunt monocistronice (conin informaie de la o singur gen)

La moleculele ARNm de la EK nu exist secven SD,

ribozomul se ataeaz la capul Met-G-5
 Coad
Cap Secven codificatoare
Met-G 5 UTR Start Stop 3 UTR poli-A

5 3
Structura tipic a unui ARNm uman
( UTR = Untranslated Region = regiune netradus )
Codul genetic
Legtura logic ntre secvena de nucleotide din ARNm i secvena de aminoacizi din proteine
Codon = set de 3 nucleotidedin ARNm ce sunt traduse ntr-un AA
Caracteristicile codului genetic
1. Codonii sunt citii n direcie 5 3

2. Codul genetic este nesuprapus

Codonii din ARNm sunt citii la succesiv, nu au nucleotide comune

3. Codul genetic nu are semne de punctuaie

- Informaia din ARNm (secvena de nucleotide) este citit continuu
- Nu exist nucleotide care s semnifice paz, punct, virgul etc

4. Codul genetic este universal

- Acelai codon codific un acelai AA la toate organismele

Excepii: n mitocondrii (UGA = Trp), n anumite microorganisme PK, EK

5. Codul genetic este degenerat

Mai muli codoni pot codifica acelai AA

Codoni START / STOP

UAG, UGA, UAA = codoni STOP
AUG = cel mai frecvent codon START = Met (EK) / fMet (PK) (codoni nonsens)

La anumite organisme GUG / UUG = START

ARNt = molecule adaptor ntre codoni i AA

- Molecule mici: 70-100 b

- Au 22 n n anumite poziii (poziii fixe), ce nu variaz la majoritatea ARNt cunoscute

- Conine o serie de baze modificate: dihidro-uridina (DHU)

ribosil-timina (rT) = 5-metil-uridin (U metilat)
pseudo-uridina ()
inosina (I) = G dezaminata
- Toate moleculele ARNt au la capul 3 secvena de nucleotide CCA = Capul acceptor (capul CCA)

- Structura secundar a moleculelor de ARNt = Frunz de trifoi

3 bucle m.c.: bucla D - are 2 DHU n poziii fixe

bucla - are 1 n poziie fix
bucla anticodonului - nucleotidele din poziiile 34, 35, 36 = Anticodon
4 regiuni d.c. = brae
1 bucl variabil, adiional, de dimensiune mic
- Structura teriar a moleculelor de ARNt = Litera L ntoars
 Fiecare molecul ARNt ataeaz covalent la capul CCA-3 un AA

Reacia de ncrcare a unui AA la o molecul de ARNt = aminoacilare aminoacil-ARNt-sintetaze (AAS)

1. AA + ATP Aminoacil-AMP + PPi

2. Aminoacil-AMP + ARNt Aminoacil-ARNt + AMP

Funcionarea moleculelor ARNt ca adaptor ntrer codoni i AA, se bazeaz n primul rnd pe faptul c fiecare
specie molecular de ARNt ataeaz un anumit AA
- Exist cte 1 specie molecular de AAS (i, de regul, numai una) ptr fiecare AA
- Fiecare specie molecular de AAS are o asemenea conformaie molecular, nct poate lega un singur tip de AA
doar cu anumite tipuri de ARNt

Fidelitatea traducerii informaiei genetice se bazeaz pe :

- aminoacilarea corect a unui ARNt
- mperecherea corect codon anticodon
Etapele traducerii genetice

Iniierea

- Ataarea subunitii ribozomale mici (30S) la secvena SD din ARNm

- Codonul AUG este adus n situsul P al subunitii rbz mici

- Se ataeaz fMet-ARNtMet i se codonul AUG din ARNm cu anticodonul CAU din ARNtMet

- Aceste etape sunt coordonate de 3 factori de iniiere IF1, IF2, IF3

- Se ataeaz subunitatea rbz mare (50S)

- Dup ataarea subunitii 50S, cei 3 IF se desprind

- Sinteza lanului peptidic ncepe de la capul NH2

Factori (proteine) de iniiere

IF1, IF2, IF3
Elongarea
- Traducerea informaiei de pe ARNm se face n direcia 5 3
- Adiia fiecrui AA se realizeaz prin reacii complexe ce se repet ptr fiecare AA

- AA2-ARNt situsul A

- Se mperecheaz codonul din ARNm cu anticodonul din ARNt

- Atac nucleofilic al NH2 din AA2 asupra COOH din fMet Formarea primei legturi peptidice
(peptidil-transferaz prezent n 50S)
- Rezult un peptidil-ARNt: aMet-AA2-ARNt

- Rbz se deplaseaz pe molecula ARNm cu un codon

- peptidil-ARNt sare din situsul A n situsul P Situsul A este acum liber pentru ataarea unui AA3-ARNt

Factori (proteine) de elongare

EF-Ts, EF-Tu, EF-G
Terminarea

- Codonii STOP: UAG, UGA, UAA

- Dup ataarea ultimului AA, peptidil-ARNt este in situsul A al rbz

Factori (proteine) de terminare
- peptidil-ARNt este translocat din situsul A n situsul P
RF1, RF2, RF3
- Legtura dintre peptidil i ARNt este hidrolizat

- Sunt eliberai: Catena peptidic

Ultimul ARNt

- Ribozomul se disociaz de ARNm, apoi 70S 50S + 30S

Proteinele sunt sintetizate numai n direcie N C

Ribozomii se deplaseaz pe ARNm ncepnd cu capul 5 al acestuia
Fiecare ribozom sintetizeaz un singur polipeptid
(pe moleculele ARNm policistronic se ataeaz mai muli ribozomi)
Alfabet grecesc

Liter mare Liter mic Se citete Liter mare Liter mic Se citete

alfa niu

beta ksi

gama omicron

delta pi

epsilon rho (ro)

zeta sigma

eta tau

theta ipsilon

iota phi (fi)

kappa chi (hi)

lambda psi

miu omega