Aceste variaţii de proiectare a bobinelor utilizate în stimularea magnetică transcraniană
permit o penetrare mult mai profundă a creierului decât adâncimea standard de 1.5-2.5 cm. Densităţile de curent induse de câmpul magnetic depind atât de conductivitatea ţesuturilor, cât şi de dimensiunile corpului uman expus câmpului electromagnetic, în condiţiile de tipul: - structura ţesuturilor este considerată omogenă; - variaţiile de conductivitate de la un organ la altul sunt neglijate; - câmpul extern este considerat omogen. Valorile inducţiei magnetice rezultate sunt de ordinul mT. Dacă se doreşte o stimulare magnetică mai profundă a craniului uman se recomandă folosirea unei bobine de tip fluture. Pentru o stimulare într-o zonă mai restransă e poate folosi şi o bobină sub formă de 8. Cele două tipuri de bobină sunt utilizate în zona capului deoarece forma acestora este adecvată pentru forma capului uman. Bobina simplă, loop coil, este mult mai precisă faţă de bobina fluture deoarece este mai intensă ca şi efect, dar pe măsură ce ne distanţăm efectul se pierde. Acest tip de bobină se foloseşte cel mai des in zona genunchiului, în zona urechilor (pentru detectarea anumitor boli ale urechii interne) etc. Ȋn funcţie de distanţa de amplasare a bobinei se pot obţine imagini ale diferitelor părţi ale corpului uman. De exemplu dacă amplasăm o bobina la o distanţă de aproximativ 10 cm se pot obţine imagini ale aortei, dacă reducem distanţa cu aproximativ 7 cm a bobinei faţă de corpul uman se poate obţine o imagine a arterei renale. Ţesutul nu are efect asupra distribuţiei câmpului magnetic, deoarece μţesut = μ0. Valorile inductiei magnetice cresc dar in realitate cu o astfel de bobina nu putem ajunge la aceste valori deoarece valoarea curentului este de ordinul sutelor de amperi.