Burducea Camelia

Anul 1, Biochimie
REFERAT CHIMIE INSTRUMETALA- GLICERAT-DEHIDROGENAZA

(D) -glicerat + NAD + + NADH + H +

Cele două substraturi ale acestei enzime sunt (R) -gliceratul și NAD + , în timp ce cele 3
produse sunt hidroxipruvat , NADH și H + . Cu toate acestea, în natură, aceste enzime au
capacitatea de a cataliza și reacția inversă. Astfel, hidroxipruvatul, NADH și H + pot acționa ca
substraturi în timp ce (R) -gliceratul și NAD + sunt formate ca produse. În plus, NADPH poate
lua locul NADH în această reacție. [1]

Această enzimă aparține familiei de oxidoreductaze , în special cele care acționează asupra
grupului donor CH-OH cu NAD + sau NADP + ca acceptor. Denumirea sistematică a acestei
clase de enzime este (R) -gliceratul: NAD + oxidoreductaza . Alte denumiri în uz comun includ
D-glicerat dehidrogenază și hidroxipruvat reductază (datorită reversibilității reacției).
Această enzimă participă la metabolizarea glicinei, serinei și treoninei și a metabolismului
glioxilat și dicarboxilat
Această clasă de enzime este parte a unei superfamilii mai mari de enzime cunoscute sub
numele de dehidrogenaze D-2-hidroxi-acizi . [2] Multe organisme de la Hyphomicrobium
methylovorum la oameni au o anumită formă de proteină de glicerat dehidrogenază. În
prezent , există mai multe structuri care au fost rezolvate pentru această clasă de enzimă
inclusiv cele pentru două menționate mai sus cu PDB cod de acces 1GDH , dehidrogenaza D-
glicerat și homologului uman glioxilatului Reductazei / Hydroxypyruvate reductază (GRHPR),
2WWR .
 Glicerat dehidrogenaza (GDH) catalizează reducerea legată de NADH a hidroxipruvatului
la d- gliceratul. GDH este un membru al unei familii de dehidrogenaze dependente de NAD
care este caracterizată printr-o specificitate pentru izomerul d al substratului hidroxiacid.
Structura cristalină a formei de apoenzimă a GDH de la Hyphomicrobium methylovorum a
fost determinată prin metoda înlocuirii izomorfice și rafinată la rezoluția de 2,4 Å utilizând o
metodă de păstrare a celor mai mici pătrate. R- cristalografia-factorul este de 19,4% pentru
toate cele 24,553 de reflecții măsurate între rezoluția de 10,0 și 2,4 Â. Molecula GDH este un
dimer simetric compus din subunități cu masa moleculară de 38.000 și prezintă o omologie
structurală semnificativă cu o altă enzimă dependentă de NAD, formate dehidrogenaze.
Subunitatea GDH constă din două domenii structurale similare care sunt aproximativ
corelate una cu cealaltă prin simetrie dublă . Domeniile sunt separate printr-o cleftă adâncă
ce formează situsurile presupuse de NAD și substrat de legare. Unul dintre domeniile a fost
identificat ca fiind domeniul de legare NAD pe baza apropierii sale structurale apropiate față
de domeniile care leagă NAD de alte dehidrogenaze dependente de NAD. Topologia celui de-
al doilea domeniu este diferită de cea din diferitele domenii catalitice ale altor
dehidrogenaze.d- izomer specific dehidrogenaze. O comparație structurală între GDH și l -
lactat dehidrogenaza indică o convergență a reziduurilor active ce și geometrii pentru aceste
două enzime. Reacțiile catalitice sunt echivalente chimic, dar cu stereospecificitate opusă. O
ipoteză este prezentată pentru a explica modul în care cele două enzime pot exploata
aceeași stereochimie a coenzimei și un aranjament spațial similar al reziduurilor catalitice
pentru a efectua reacții care se desfășoară în enantiomeri opuși.
A fosrt caracterizată putativa GDH dependentă de NADPH (L-glicerat dehidrogenază) a
parazitului protozoan Entamoeba histolytica (EhGDH). Gena EhGDH codifică o proteină de
318 aminoacizi cu un punct izoelectric calculat de 6,29 și o masă moleculară de 35,8 kDa.
EhGDH a prezentat identități cele mai înalte cu GDH de la epsilon-proteobacterii. Această
rudenie apropiată a fost susținută și de analize filogenetice, sugerând transferul lateral
posibil al genei de la epsilon-proteobacteria la E. histolytica. În contrast cu implicațiile din
alinierea proteinelor și analiza filogenetică, studiile cinetice au arătat că GDH amoebic a
prezentat proprietăți biochimice similare cu cele ale GDH mamifer, adică o preferință pentru
NADPH ca cofactor și afinități mai mari față de NADPH și beta-hidroxipruvat decât față de
NADP + și L -glycerate. În timp ce aminoacizii implicați în legarea și cataliza nucleotidelor
sunt conservați în totalitate în EhGDH, substituirea unui aminoacid încărcat negativ cu un
aminoacid conținând grupări hidroxi neîncărcate este probabil responsabil pentru afinitatea
ridicată observată a EhGDH pentru NADP + / NADPH. În plus, GDH amoebic, diferit de GDH-
urile bacteriene și de mamifere, nu are activitate de glicoxil reductază. EhGDH-ul nativ și
recombinant a prezentat o structură comparabilă a subunității, parametrii cinetici și profilele
de eluție pe cromatografia cu schimb de anioni. Propunem ca enzima GDH să fie implicată în
reglarea concentrației intracelulare a serinei și, deci, și în controlul biosintezei cisteinei
localizate în aval de căile metabolice serice în această contrast. substituirea unui aminoacid
încărcat negativ cu un aminoacid conținând grupuri hidroxilice neîncărcate este probabil
responsabil pentru afinitatea ridicată observată a EhGDH pentru NADP + / NADPH. În plus,
GDH amoebic, diferit de GDH-urile bacteriene și de mamifere, nu are activitate de glicoxil
reductază. EhGDH-ul nativ și recombinant a prezentat o structură comparabilă a subunității,
parametrii cinetici și profilele de eluție pe cromatografia cu schimb de anioni. Propunem ca
enzima GDH să fie implicată în reglarea concentrației intracelulare a serinei și, deci, și în
controlul biosintezei cisteinei localizate în aval de căile metabolice serice în această contrast.
substituirea unui aminoacid încărcat negativ cu un aminoacid conținând grupuri hidroxilice
neîncărcate este probabil responsabil pentru afinitatea ridicată observată a EhGDH pentru
NADP + / NADPH. În plus, GDH amoebic, diferit de GDH-urile bacteriene și de mamifere, nu
are activitate de glicoxil reductază. EhGDH-ul nativ și recombinant a prezentat o structură
comparabilă a subunității, parametrii cinetici și profilele de eluție pe cromatografia cu
schimb de anioni. Propunem ca enzima GDH să fie implicată în reglarea concentrației
intracelulare a serinei și, deci, și în controlul biosintezei cisteinei localizate în aval de căile
metabolice serice în această contrast. GDH amoebic, diferit de GDH-urile bacteriene și de
mamifere, nu are activitate de glicoxil reductază. EhGDH-ul nativ și recombinant a prezentat
o structură comparabilă a subunității, parametrii cinetici și profilele de eluție pe
cromatografia cu schimb de anioni. Propunem ca enzima GDH să fie implicată în reglarea
concentrației intracelulare a serinei și, deci, și în controlul biosintezei cisteinei localizate în
aval de căile metabolice serice în această contrast. GDH amoebic, diferit de GDH-urile
bacteriene și de mamifere, nu are activitate de glicoxil reductază. EhGDH-ul nativ și
recombinant a prezentat o structură comparabilă a subunității, parametrii cinetici și profilele
de eluție pe cromatografia cu schimb de anioni. Propunem ca enzima GDH să fie implicată în
reglarea concentrației intracelulare a serinei și, deci, și în controlul biosintezei cisteinei
localizate în aval de căile metabolice serice în această contrast.
Enzima D-glicerat dehidrogenază ,despre care se crede că are activitate de glicoxil reductază
(, joacă un rol în metabolismul serin și metabolismul glioxilat, iar deficitul acestei enzime
este considerat a fi cauza hiperoxaluriei primare de tip 2 (PH2) . Parametrii optimi ai pH-ului
și ai parametrilor kinetici ai D-GDH și GR în ficatul uman au fost determinați și s-au elaborat
teste pentru măsurarea lor. Activitățile maxime s-au observat la pH 6,0, 8,0 și 7,6 pentru
reacțiile inverse D-GDH, D-GDH și respectiv GR. Activitatea D-GDH în rinichi, limfocite și
fibroblaste a căzut în intervalul de valori observate în ficat, dar activitatea GR a fost de
aproximativ 30% în rinichi și abia detectabilă în limfocite și fibroblaste. Analiza probelor
hepatice și limfocite de la pacienții cu PH2 a arătat că activitatea GR a fost fie foarte scăzută,
fie nedetectabilă, în timp ce activitatea D-GDH a fost redusă în ficat, dar în intervalul normal
în limfocite. Aceste rezultate sugerează că există mai mult de o enzimă cu activitate D-GDH
în țesuturile umane, dar numai una dintre ele are o activitate semnificativă a GR.
A fost izolată o clonă cADN cu lungime întreagă care codifică maladia de malat
dehidrogenază dependentă de NAD (+) dependentă de castravete. Secvența de aminoacizi
dedusă este de 97% identică cu MDH glicoxizomal (gMDH) de pepene verde, incluzând
peptida de tranzit putativă amino terminal. Genomul de castravete conține doar o singură
copie a acestei gene. Expresia acestei gene mdh crește dramatic în cotiledonii în câteva zile
imediat după imbibiția semințelor, în paralel cu genele care codifică izocitratulază (ICL) și
sintaza de malat (MS), două enzime din ciclul glicoxilat. Nivelul mRNA MDH, ICL și MS scade
apoi, dar apoi mRNA MDH crește din nou împreună cu cel al reductazei hidroxipruvaturii
(HPR) dependentă de NAD (+) dependent de NAD (+). Gena mdh este exprimată și în timpul
senescenței cotiledonului, împreună cu genele hpr, icl și ms. Aceste rezultate indică faptul că
o singură genă codifică MDH care funcționează atât în glicoxizom, cât și în peroxizom. Spre
deosebire de genele icl și ms, expresia genei mdh nu este activată prin incubarea
cotiledonelor verzi detașate în întuneric și nici nu este afectată de zaharoză exogenă în
mediul de incubare. Funcția acestui microbody MDH și reglarea sintezei sale sunt discutate.
D-Glicerat dehidrogenaza (glicoxil reductază) a fost parțial purificată din ficatul de șobolan
prin cromatografie cu schimb de anioni și cationi. Când s-a analizat în direcția formării D-
gliceratului sau a glicolatului, enzima a fost inhibată mult mai puternic în prezența NADPH
prin concentrații nefiziologice de hidroxipruvat sau glioxilat (mai mari sau egale cu 0,5 mM)
decât în prezența NADH. Totuși, dehidrogenaza a prezentat o afinitate mult mai mare pentru
NADPH (Km mai mică de 1 microM) decât pentru NADH (Km = 48-153 microM). Mai mult,
NADP a fost de peste 1000 ori mai puternic decât NAD în inhibarea enzimei în mod
competitiv față de NADH. NADP a inhibat, de asemenea, reacția competitivă în ceea ce
privește NADPH, în timp ce NAD, la concentrații de până la 10 mM, nu a avut efect inhibitor.
Când se măsoară prin formarea hidroxipruvatului din D-gliceratul, enzima prezintă de
asemenea o afinitate mult mai mare pentru NADP decât pentru NAD. Aceste proprietăți
indică faptul că D-gliceratul dehidrogenază al ficatului funcționează fiziologic ca o reductază
specifică NADPH. În concordanță cu această concluzie, adăugarea de hidroxipruvat sau
glioxilat la suspensii de hepatocite de șobolan a stimulat calea pentoză-fosfat. Specificitatea
coenzimelor de D-glicerat dehidrogenază este discutată în legătură cu constatările
biochimice făcute în aciduria D-glicerică și în hiperoxaluria primară de tip II (aciduria L-
glicerică). adiția de hidroxipruvat sau glioxilat la suspensii de hepatocite de șobolan a
stimulat calea pentoză-fosfat. Specificitatea coenzimelor de D-glicerat dehidrogenază este
discutată în legătură cu constatările biochimice făcute în aciduria D-glicerică și în
hiperoxaluria primară de tip II (aciduria L-glicerică). adiția de hidroxipruvat sau glioxilat la
suspensii de hepatocite de șobolan a stimulat calea pentoză-fosfat. Specificitatea
coenzimelor de D-glicerat dehidrogenază este discutată în legătură cu constatările
biochimice făcute în aciduria D-glicerică și în hiperoxaluria primară de tip II (aciduria L-
glicerică)
Nucleul reductazei hidroxi-piruvat dependente de NADH din castravete și produsul genei
pdxB din E. coli prezintă o omologie semnificativă cu E. coli D-3-fosfoglicerat dehidrogenază.
În contrast, aceste proteine nu prezintă o mare asemănare cu alte oxidoreductaze sau cu
alte dehidrogenaze de 2-hidroxiacid în particular. Pe baza relației lor și a structurii
substraturilor lor, aceste trei enzime constituie o nouă familie de dehidrogenaze 2-
hidroxiacidice distincte de malat și lactat dehidrogenază.
Relevanța medicală
Hiperoxaluria primară este o afecțiune care duce la producerea excesivă de oxalat care se
combină cu calciu pentru a genera oxalat de calciu, principala componentă a pietrelor la
rinichi. [8] [9] Hiperoxaluria primară de tip 2 este cauzată de oricare din mai multe mutații
ale genei GRHPR și are ca rezultat acumularea de oxalat de calciu în rinichi, oase și multe alte
organe. [8] Mutațiile la GRHPR îl împiedică să transforme glioxilatul în glicolat, ceea ce duce
la acumularea de glioxilat. Acest exces de glicoxilat este apoi oxidat cu lactat dehidrogenază
pentru a produce oxalatul caracteristic hiperoxalurii