Ministrul justiției aprobă prin ordin statele de organizare, organigramele și tabelele de
înzestrare cu armament dar și mijloacele și tehnicile de luptă în vederea asigurării funcționării penitenciarului din Iași. Penitenciarele sunt organizate în sectoare de activitate, servicii, birouri și compartimente. Fără toate acestea nu ar fi posibilă funcționarea lor. Regulamentul de organizare și funcționare a penitenciarelor se aplică și penitenciarelor pentru tineri dar și celor pentru femei. Toate activitățile organizatorice și funcționale din cadrul penitenciarului sunt reglementate de legi specifice sistemului administrației penitenciare. Compartimentele, sectoarele și birourile din cadrul sistemului penitenciar sunt: -Compartimentul juridic are la bază un consilier juridic care asigură apărarea drepturilor din unitate; -Compartimentul secretariat se ocupă de primirea corespondenței, transmitere de informații, este responsabil cu relațiile cu publicul având și relații cu autorități și instituții publice; -Compartimentul informații clasificate care controlează și monitorizează modul de respectare a normelor interne; -Compartimentul managementului situațiilor de urgență care supraveghează activitatea situațiilor de urgență în cadrul penitenciarului; -Compartimentul sănătate și securitate în muncă și protecția mediului asigură cele mai bune condiții de efectuare a sarcinilor de muncă; -Compartimentul tehnologia informației și comunicații care asigură securitatea tehnicii de calcul; -Sectorul reintegrare socială coordonează și evaluează educația, asistența psihologică și cea socială desfășurată în cadrul penitenciarului; -Biroul prevenirea criminalității și terorismului previne situațiile generatoare de evenimente grave; -Biroul resurse umane și formare profesională aplică legislația specifică domeniului resurselor umane; -Psihologul de personal care își desfășoară activitatea profesională în cadrul penitenciarului; -Difuzarea informațiilor de interes public este exercitată de către un responsabil desemnat de către directorul unității; -Sectorul economico-administrativ se ocupă de achiziții publice, servicii de întreținere- reparații, casierie etc. în cadrul penitenciarului; -Sectorul siguranța deținerii și regim penitenciar se ocupă de modul de executare a pedepselor privative de libertate și măsuri de arestare preventivă; -Cabinetul medical adică asistența medicală acordată deținuților; -Compartimentul cooperare și programe identifică nevoile unității; În penitenciar, consiliul de conducere al acestuia este un organ consultativ. Totodată, există în penitenciar și Comitetul de securitate și sănătate în muncă care asigură implicarea salariaților în aplicarea de decizii în domeniul securității muncii. În fiecare unitate de penitenciar, există și o comisie de disciplină care cercetează efectuarea faptelor și propune, dacă există un vinovat, sancțiuni disciplinare urmând comisia pentru atribuirea locuințelor de serviciu atribuind locuințe de serviciu și comisia de monitorizare, coordonare și îndrumare metodologică a implementării și dezvoltării sistemului de control intern managerial care monitorizează dezvoltarea sistemului de control intern managerial. Există și un purtător de cuvânt în fiecare unitate de penitenciar care are rolul de a gestiona relația cu mass-media. Colaborarea penitenciarului cu celelalte unități din sistemul penitenciar este o altă caracteristică din cadrul regulamentului de organizare și funcționare a penitenciarelor însemnând că șefii sau angajații din cadrul penitenciarului colaborează cu celelalte structuri de specialitate. Secretariatul din cadrul penitenciarului se ocupă de înregistrarea și circuitul documentelor adică petiții, solicitări de personal, corespondență obișnuită etc. Personalul din penitenciar este obligat să respecte programul de lucru stabilit de regulamentul de ordine interioară.