Biserica este încojurată de un zid a cărui formă în
plan este aproape pătrată, cu latura răsăriteană supraîntărită şi flancată de trei turnuri prismatice, două dintre ele poziţionate în colţuri şi unul în mijloc, al intrării. Turnul intrării cuprindea deasupra gangului boltit al porţii o mică locuinţă, care comunica printr-un drum de strajă cu turnurile din colţuri. Biserica se compune dintr-un pridvor închis (exonartex), pronaos, gropniţă, naos şi altar, toate despărţite cu axcepţia altarului. Planul este o reluare a planului trilobat alungit al bisericii mânăstirii Neamţului. Acoperirea pronaosului se face printr-o boltire alungită, divizată în două compartimente, despărţite printr- un arc diafragmă. De la boltirea alungită se trece, la partea superioară, prin intermediul a câte două late arce transversale, la un pătrat, peste care se înalţă, susţinută de o coroană de opt arce piezişe, câte o calotă sferică. Modalitatea de boltire nu se reflectă şi la exterior, fiind acoperită cu învelitoarea de şindrilă. Boltirea naosului este caracteristică prin folosirea arcelor in consolă şi reducerea deschiderii turlei prin intercalarea unui etaj de arce diagonale, prelund astfel structura moldoveneacă curentă. Un element caracteristic, în ceea ce priveşte aspectul exterior este tratarea pridvorului, prevăzut cu ferestre înalte, divizate prin menouri, mult mai aerat, amintind prin aceasta de spiritul arhitecturii gotice. Se păstrează în general formele arhitecturale din vremea lui Ştefan cel Mare. Apar unele modificări în chenarele golurilor de la uşile interioare prin apariţia unor forme noi, influenţate de Renaşterea transilvăneană. În comparaţie cu bisericile ulterioare, Probota păstrează arhitectura exterioară compusă dintr-o multitudine de firide şi ocniţe. În plus, soclul, deşi de profilatură simplă, capătă o importanţă deosebită prin alipirea unei bănci continue din piatră cu treapă. Este a doua biserică din Moldova care are faţadele pictate în întregime, prima fiind Sf.Gheorge, din Hârlau de Ştefan cel Mare. În prezent nu au mai ramas decât urme slabe de contururi. Împodobirea faţadelor cu fresce se dezvoltă în perioada lui Petru Rareş şi este un element caracteristic în Moldova.
Bibliografie:
GRIGORE IONESCU-“ARHITECTURA PE TERITORIUL ROMÂNIEI DE-A
LUNGUL VEACURILOR”-editura Academiei, Bucureşti 1981
GHEORGHE CURINSCHI-VORONA-”ISTORIA ARHITECTURII ÎN