Lucrările de pregătire a ședințelor plenare ale Parlamentului sunt efectuate de cele 20 de
comisii ale Parlamentului, ale căror competențe acoperă toate domeniile, de la drepturile femeii până la protecția consumatorilor și sănătate. O comisie este alcătuită din 24 până la 76 de deputați europeni și are un președinte, un birou și un secretariat. De asemenea, Parlamentul poate constitui subcomisii și comisii speciale pentru gestionarea unor probleme specifice, precum și comisii de anchetă în cadrul competențelor sale de control. Dezbaterile din cadrul comisiilor sunt publice. Consiliul Europei are două dimensiuni: una federalistă, reprezentată de "Adunarea Parlamentară", alcătuită din parlamentari proveniți din parlamentele naționale, și cealaltă, interguvernamentală, întruchipată de "Comitetul Miniștrilor", alcătuit din miniștrii de externe ai statelor membre. Comitetul Miniștrilor reprezintă organismul de decizie al Consiliului Europe