UNIVERSITATEA TEHNICĂ A MOLDOVEI

Departamentul Microelectronica şi Inginerie Biomedicală

ÎNDRUMAR

pentru lucrări de laborator la disciplina

MODELAREA SISTEMELOR
BIOMEDICALE

Cişinău
U.T.M.
2018

0
Departamentul Microelectronica şi Inginerie Biomedicală

MODELAREA SISTEMELOR BIOMEDICALE

LUCRAREA DE LABORATOR Nr.1

MODELAREA IMITAŢIONALĂ ŞI
MODELE ÎN MEDIUL AnyLogic

1
 MODELE IMITAŢIONALE ÎN MEDIUL AnyLogic

Scopul lucrării: a cunoaşte esenţa modelării imitaţionale.

Obiectivele: a face cunoştinţă cu:
1. Destinaţia pachetului de programe AnyLogic.
2. Modul de accesare din Internet.
3. Structura şi modul de lucru cu modele concrete.
4. Descrierea modelelor imitaţionale din domeniul ocrotirii
sănătăţii.
5. A face cunoştinţă cu procesul de modelare, optimizare şi
simulare a sistemelor din domeniul ocrotirii sănătăţii.

Conţinutul raportului de dare de seamă:

1. Teoria modelării imitaţionale.
2. Mediul AnyLogic: structura, destinaţia, arhitectura, scopul
formării modelului şi formele de exprimare a simulării
computerizate.
3. Descrierea modelelor din domeniul ocrotirii sănăţăţii.
4. Exemple de simulări a modelelor examinate.
5. Parametrii de intrare, de ieşire şi influenţele asupra modelului
examinat.
1. Particularităţile de bază a mediului AnyLogic.
Mediul proiectat – SO Microsoft Windows.
 Utilizarea tehnicilor și operațiilor de lucru a MW.
 Lucrul cu mouse-ul:
 Geamurile;
 Completarea geamurilor de dialog;
 Evidențierea elementelor în geamuri;
 Deschiderea și închiderea acestora;
 Deschiderea geamurilor concrete, etc.

2
INDEPENDENT : Paşii efectuării acţiunilor de lucru în AnyLogic.
( [1], pag. 34-57).

2. Concepte de bază a MI în AnyLogic

AnyLogic are 2 faze :
1. Elaborarea modelului – are loc în mediul de redactare;
2. Analiza – are loc în mediul de realizare. În ambele faze
există mijloacele sale de conducere. Trecerea de la o fază la
alta este simplă.
3. Obiectele active. Clase și exemple.
Obiectele active pot fi formate, au o structură proprie cu
legăturile respective și pot fi utilizate cele din biblioteca
AnyLogic.
4. Abordarea de obiecte orientate de prezentare a sistemelor.
5. Elaborarea vizuală a modelului.
6. Limbajul Java inclus.
7. Mijloacele de descriere a comportamentului obiectelor.
8. Imitarea paralelă a cîtorva procese.
9. Timpul real și de model.
10. Animația de comportare a modelului.
11. Analiza interactivă a modelului.

ORDINEA ÎNDEPLINIRII LUCRĂRII

şi rezultatele pentru prezentare în raportul dării de seamă

1. Accesaţi www.anylogic.com pentru a vă face cunoştinţă cu

producătorul mediului, evoluţia şi domeniile de utilizare.
Studiaţi informaţia despre companie şi serviciile propuse. Alegeţi
limba de citire: engleză, ori - rusă.

3
2. Accesaţi: http://www.anylogic.ru/video-tour pentru a face
cunoştinţă cu domeniile de utilizare.
3. Accesaţi http://www.anylogic.ru/webinar-anylogic-7 pentru
obţinerea unei informaţii despre particularităţile modelării
imitaţionale prin intermediul unei prezentări Video.

4. Accesaţi Healthcare (ori здравоохранение) prin

https://www.anylogic.com/healthcare// şi accesaţi
https://cloud.anylogic.com/models?
public=true&selectedCategory=Healthcare pentru a însuşi
utilizarea mediului AnyLogic în deomeniul Ocrotirii sănătăţii şi
farmaceuticii.

5. Efectuați accesările propuse şi efectuaţi paşii indicaţi în

Instrucţiunea pentru activarea AnyLogic cu ajutorul cheii propuse
şi anume:

http://www.anylogic.ru/ ori, “pentru instruire”.

http://www.anylogic.ru/downloads pentru a alege unul din

pachetele propuse, sau

https://www.anylogic.ru/downloads/personal-learning-edition-
download/ , pentru a descărca versiunea standard.

(Opțional) http://www.anylogic.ru/activation-guides

Instalaţi AnyLogic şi efectuaţi paşii recomandaţi.

6. Accesaţi în ordinea prezentată fiecare model practic de utilizare.

Dupa accesare va avea loc instalarea limbajului Java. Dupa
înstalarea Java are loc instalarea fiecărui model în parte.
4
7.Obţinînd informaţia despre posibilităţile modelului şi structura,
examinaţi şi stabiliţi parametrii de intrare şi de ieşire a modelului,
scopul modelului, posibilităţile de vizualizare şi prezentare a
rezultatelor simulării.

8. Identificaţi cerinţele faţă de sistemul computerului, necesară

pentru utilizarea mediului AnyLogic.

9.Căutaţi compartimentul VIDEO şi examinaţi prezentările pentru

modelele accesibile.

10. Accesaţi compartimentul DESPRE COMPANIE şi studiaţi

informaţia prezentată producătorului AnyLogic.

Bibliografie
1. Карпов Ю. Имитационное моделирование систем. Введение
в моделирование с AnyLogic 5. Санкт-Петербург, 2005.Sursa
poate fi accesată prin Internet.
2. Paul Borza, Ioan Matlac, Mihai D. Aparatura biomadicală./
Bucureşti, Editura Tehnica, 1996, - 208 p.
3. Самарский А.А. Математическое моделирование. Идеи,
методы, примеры.- М. Наука, 1997, 320
4. Ризниченко Г.Ю. Лекции по математическому
моделированию в биологии.
5. Избранные вопрсы математического моделирования и
численных методов. Составитель – Тарасевич Ю.Ю.
6. Напрвления, принципы интеграции медицинских и
технических наук. Викторов В.А., Селищев С.В., Штарк М.Б.
7. Киселева М.А. Имитационное моделирование в среде
AnyLogic. Учебно-методическое пособие.
Екатеринбург:УГТУ-УПИ, 2009, 88 с. Sursa poate fi accesată
prin Internet.

5
Surse Internet de informaţie

Cuvinte cheie: modele matematice, modele a sistemelor

biomedicale, biosisteme, sisteme medicale, nanomedicină,
nanorobot, modelare imitaţională, AnyLogic, Биофизика,
Biological Systems, Biosistems, вычислительный эксперимент.
 www.anylogic.com , site-ul producătorului AnyLogic.
 http://www.biosoft.ru , site-ul producătorlui BioUML.
 http://www.gpss.ru/ - dedicat teoriei modelării imitaţionale.
 http://headwire.narod.ru/ - exemple de modele elaborate în
mediul AnyLogic.

6
Departamentul Microelectronica şi Inginerie Biomedicală

MODELAREA SISTEMELOR BIOMEDICALE

LUCRAREA DE LABORATOR Nr.2

TEHNOLOGII DE MODELARE IMITAȚIONALĂ în

MEDIUL AnyLogic:

Formarea modelului contracțiilor inimii

7
Formarea modelului contracțiilor inimii

Scopul lucrării:
Obiectivele: a face cunoştinţă cu:
Lucrarea de laborator se efetueazăîn regim on-line încărcînd
mediul respectiv prin accesarea adreselor indicate și
completarea cerințelor înaintate de către distribuitorii
pachetului BioUML.

Conţinutul raportului de dare de seamă:

1.Concepţiile de bază a mediului.
2. Mediul BioUML: structura, destinaţia, arhitectura, scopul
formării modelului şi formele de exprimare a simulării
computerizate.
3. Descrierea modelelor din domeniul sistemelor biologice.
4. Exemple de simulări a modelelor.
5. Parametrii de intrare, de ieşire şi influenţele asupra modelului
examinat.

ORDINEA ÎNDEPLINIRII LUCRĂRII

şi rezultatele pentru prezentare în raportul dării de seamă.
1. Accesaţi adresele electronice prezentate şi căutaţi
posibilitatea copierii mediului BioUML întroducînd datele
electronice personale.

2. Studiaţi informaţia despre mediul copiat. Alegeţi limba de

citire: engleză, ori - rusă.

3. Studiaţi arhitectura mediului şi modul de lucru examinînd

interfaţa mediului.

8
 4. Pentru perfectarea raportului în conformitate cu cerințele
propuse folosiți adresele electronice indicate mai jos.

Surse de informaţie

1. Карпов Ю. Имитационное моделирование систем. Введение

в моделирование с AnyLogic 5. Санкт-Петербург, 2005.

2. Лабораторный практикум по дисциплине ”Kомпьютерное

моделированиe с использованием программы AnyLogic.”
//.А.Е.Осоргин A.E. – Самара: СГПУ, 2008.

NOTĂ:
- Sursele propuse pot fi accesate prin Internet.
- Manualul [1] este în BTȘ a UTM..

9
Departamentul Microelectronica şi Inginerie Biomedicală

MODELAREA SISTEMELOR BIOMEDICALE

LUCRAREA DE LABORATOR Nr.3

MODELAREA ÎN MEDIUL
BioUML

10
MODELAREA utilizînd platforma BioUML

Scopul lucrării: a cunoaşte esenţa modelării sistemelor bologice

utilizînd platforma BioUML
Obiectivele - a face cunoştinţă cu:
6. Destinaţia platformei.
7. Modul de accesare din Internet.
8. Structura şi modul de lucru.
9. Descrierea proiectelor concrete.
10. A face cunoştinţă cu procesul de formare a modelelor.
Lucrarea de laborator se efetuează în regim on-line încărcînd
platforma respectivă prin accesarea adreselor indicate și
completarea cerințelor înaintate de către distribuitorii platformei
BioUML.

1. CONSIDERAŢII TEORETICE
BioUML- Biological Unified Modeling Language, este un mediu
extins integrat, platformă, pentru modelarea vizuală a sistemor
biologice.

11
2. TEHNOLOGIILE UTILIZATE

- Limbajul JAVA ca sistem de operare.

- Biblioteca de acces şi prezentarea pe obiecte-orientate a
informaţiei din bazele de date;
- BeanExplorer (http://www.beanexplorer.com) tehnologie
pentru generarea interfeţelor de utilizator şi publicarea
datelor în diferite forme;
- MATLAB, pentru rezolvarea numerică şi prezentarea
grafică a rezultatelor.

3. MODELAREA PRIN “AGENŢI ORIENTAŢI”

12
13
4. ELEMENTELE MODELULUI PRIN BLOCURI

5. FORMA UNUI PROIECT DE MODELARE A UNUI SISTEM

BIOLOGIC în BioUML

14
6. ARHITECTURA

15
 Database search engine
Formalized description and graphic
notation for biological pathways
Database module Data types
- compartment
Database
- cell
- molecule
Module type (Database adapter) - gene Diagram types
- data types - RNA - pathway
- data types meta information - protein - pathway simulation
- transformers - reaction - generalized pathway
- graph query system - relation

Meta model
Diagram type (Diagram adapter)
Node Compartment - diagram view builder
DiagramElement n
location:Point nodes:Node[] - diagram semantic controller
kernel:DataElement image:Image edges:Edge[]
title:String
view:View n
role:Role Edge
Diagram
in:Node
type:DiagramType
Diagram Graph layout &
out:Node
Role
viewer/editor search engine
diagramElement

Dynamics model
Modeling tools MATLAB
Equation Variable ExecutableModel
n
variable:Variable
equation:String
initilaValue:double variables:Variable[]
constants:Constant[]
XML HTML
Constant n
MatlabODEModel publisher
Meta value:double
generateModel():File[] XSLT
model Node Compartment
DiagramElement location:Point n nodes:Node[]
kernel:DataElement image:Image edges:Edge[]
7. META – MODEL. Meta - modelul deteremină n ivelul de
title:String
abstracţie pentru descrierea modelelor sistemelor biologice.
view:View
Descrierea constă din douăEdgepărţi: n
role:Role Diagram
in:Node type:DiagramType
1. Structura de out:Node
logică a sistemei, prezentată sub forma unui
Role
graf clasterizat;
diagramElement
2. Modelul matematic al sistemei, în care cu fiecare element
al grafului se asociază un rol – vîrfurile grafului sunt în rol
Dynamics
de variabile, iar laturile - în calitate de ecuaţii.
model
Equation Variable ExecutableModel
variable:Variable initilaValue:double n variables:Variable[]
equation:String constants:Constant[]

Constant 16 n MatlabODEModel
value:double generateModel():File[]
8. CONCEPTUL DE MODUL.
- BioUML oate fi considert ca un sistem de operare, iar
MODULUL- ca un program separat.
- MODULUL se formează pentru o bază oarecare bază de date şi
determină metoda de prezentare a informaţiei din baza de date sub
forma de obiecte pentru limbajul Java. Modulul poate conţine
diagrame specifice pentru baza de date examinată, care se
reperezintă ca subclase a clasei DiagramType şi, metoda de
prezentare grafică, ca extensii a DiagramViewBuilder.

9. MODULE A BAZELOR DE DATE

17
Există module pentru următoarele baze de date:
- GeneNet (http://wwwmgs.bionet.nsc.ru, pentru baze de date
despre reţele de gene.
- KEGG/Ligand (http://www.kegg.com) Kyoto Encyclopedia
of Genes and Genomes, pentru baze de date a căilor
metabolice.
- TRANSPATH (http://transpath.gbf.de), pentru baza de date
de transmitere a semnalelor prin trasee în celulă.

10. VIZUALIZAREA PRELIMINARĂ în BioUML

11. REDACTORUL în BioUML

18
 12.SISTEMUL UNIVERSAL de selectare prin bazele de date

Универсальная система поиска

информации по базам данных

13.SISTEMUL DE CĂUTARE A COMPONENTELOR

INTERACTIVE RECIPROC A SISTEMELOR BIOLOGICE
19
14. SISTEMUL DE MODELARE VIZUALĂ A SISTEMELOR
BIOLOGICE

15. REZULTATE A SIMULĂRII NUMERICE a unui model

20
16. METODOLOGIA DE LUCRU
- elaborarea tehnicii de modelare:
a. modelarea vizuală (notarea grafică);
b abordarea de module;
c. determinarea stărilor (selectarea stărilor).
- elaborarea software:
a. abordarea iterativă;
b. teste funcţionale;

17. CONŢINUTUL RAPORTULUI DE DARE DE SEAMĂ

1. Concepţiile de bază a platformei.

2. Platforma BioUML: structura, destinaţia, arhitectura, scopul
formării modelului şi formele de exprimare a simulării
computerizate.
3. Descrierea modelelor din domeniul sistemelor biologice.
4. Exemple de simulări a modelelor.
5. Parametrii de intrare, de ieşire şi influenţele asupra modelului
examinat.

18.ORDINEA ÎNDEPLINIRII LUCRĂRII

21
Accesaţi adresele electronice prezentate şi căutaţi posibilitatea
copierii platformei BioUML întroducînd datele electronice
personale, conform paşilor din p.14.

19. MODALITATEA DE ACCES ŞI DE LUCRU CU

PLATFORMA BioUML

Pasul 1. Scrieţi in google > “bioUML wiki” si accesaţi;

Pasul 2. Accesaţi “download”.

22
Pasul 3. Accesaţi linkul “bio-store.org/biostore/”.

Pasul 4. Accesaţi “register” si efectuaţi înregistrarea.

23
Pasul 5. După înregistrare accesaţi ”Log in to the server” .

Pasul 6. Dupa înregistrare introduceţi E-mail personal si parola

(parola este trimisa pe e-mail Dvs).

Pasul 7. Aţi obţinut interfaţa de lucru cu platforma BioUML

24
Pasul 8. EXAMINAŢI CONŢINUTUL COMPARTIMENTELOR
INTERFEŢEI şi alegeţi proiectele de modelare şi simulare
cunoscute din materialul theoretic al cursului “Modelarea
sistemelor biomedicale”.

Pasul 9. Descrieţi patru proiecte de modele alese, nominalizaţi

tipul ecuaţiilor modelului, parametrii de intrare şi ieşire, scopul
modelului şi forma de interpretare a rezultatelor simulării.

20. ELEMENTELE MODELULUI PRIN MODULE

Prezentarea Denumirea Desscrierea

grafică
Submodel Modul, care conţine modelul
matematic:
-Modelul prin module,
-Modelul SBML
-Modelul matematic în BioUML.
Datele de intrare şi ieşire se
prezintă de către porturi

25
 Modul- Modul, care determină valoarea
mediator medie a semnalului de intrare şi pe
care în transmite la intrare
Modul - Modul, care în dependenţă de
comutator condiţii transmite la intrare unul
din două semnale
Modul - Modul, care transmite la intrare
constantă parametri (valori) constante
Modul- Modul, care preia semnalul şi îl
grafic prezintă pe grafic

Modul - Variabila melului. Cîteva şine pot

şină servi unei variabile

Portul - Port, care determină variabila de

intrare intrare a submodelului
Port - ieşire Port, care determină variabila de
ieşire a submodelului
Port - Port, care determină variabila
contact divizibilă a submodelului

Legătură Legătură, care specifică

direcţionată transmiterea semnalului dintr-un
modul în alt în alt modul
Legătură Legătură, care specifică schimb de
fără semnale între module
direcţie

21. SURSE DE INFORMAŢIE

26
Cuvinte cheie: sisteme biologice, Биофизика, Biological
Systems, Biosistems, BioUML.

1. http://www.biosoft.ru
2. www.biouml.org
3. www.simulation.org.ua
4. http://www.biosoft.ru
5. http://www.ru.vlab.wiki.com/wiki
6. http://www.mgs.bionet.nsc.ru
7. Солодянников Ю. В. “Элементы математического
моделирования и идентификация системы кровообращения”.
Самара. Изд-во Самар. ун-та, 1994. 315 с.

ANEXĂ. EXEMPLU DE MODEL (Modulul “ventriculul sting”-

CONTRACŢIILE INIMII)

27
28
Departamentul Microelectronica şi Inginerie Biomedicală

MODELAREA SISTEMELOR BIOMEDICALE

LUCRAREA DE LABORATOR Nr.4

MODELAREA CIRCULAŢIEI
SANGVINE

29
MODELAREA CIRCULAŢIEI SANGVINE

Scopul lucrării: a cunoaşte structura sitemului circulator

sangvin şi modelele părţilor componente.

Obiectivele:
7. Structura sistemului circulator sangvin şi obiectele
modelării.
8. Sistemul de modelare a circulaţiei sangvine, parametrii
modelelor matematice.
9. Modul de obţinere a accesului la Web-laboratorul de
modelare a circulaţiei sangvine în regim on-line.
10. Modele concrete a componentelor sitemului circulator
sangvin.

Conţinutul raportului de dare de seamă:

1. Desrierea structurii şi funcţionării sistemului circulator sangvin.

2. Descrierea scopului formării modelelor şi formele de exprimare
a simulării computerizate a sitemului.
3. Descrierea modelelor matematice a componentelor sitemului
circulator.
4. Descrierea parametrilor modelelor matematice examinate
(parametrii de intrare, de ieşire şi influenţele asupra modelului
examinat). Descrieţi 4 modele (programe) din pachetul general de
programe.
6. Exemple de simulări a modelelor examinate (4).

Ordinea îndeplinirii lucrării şi rezultatele pentru prezentare în

raportul dării de seamă.
5. Accesaţi www.samara-dialog.ru.

30
 6. Faceţi cunoştinţă cu pagina prezentată şi accesaţi
«справочная система по моделированию и
идентификации кровообращения».

7. Faceţi cunoştinţă cu cuprinsul Manualului (Indrumarului)

accesat.

8. Studiaţi cap.1, 2 şi 3 a Manualului şi descrieţi independent

conţinutul în conformitate cu descrierea Conţinutului
raportului de dare de seamă.

9. Studiaţi cap.4 şi efectuaţi accesările necesare pentru

înregistrarea şi obţinerea accesului la „Web-laboratorul
sistemului circulator sangvin”.

Bibliografie
1. C. Buiu, A. Dumitrascu – Modelarea proceselor biologice
(Modelling biological processes, in Romanian), Electra Press,
Bucuresti, ISBN 973-7728-10-6, 2004

Surse - internet de informaţie

Cuvinte cheie: sistem circulator sangvin, model a sistemului

circulator sangvin, modelarea sitemului circulator sangvin.

1. www.samara-dialog.ru
2. http://www.samara-dialog.ru/help/rus/help.htm
3. http://www.samara-dialog.ru/science/program.php
4. http://www.medinfo.umft.ro/dim/PDF%20Lp/13-
human.pdf
5. http://ro.wikipedia.org/wiki/Modelul_unui_sistem#Tipuri_d
e_modele_ale_sistemelor
6. http://www.edumanager.ro/community/documente/tehnici_
de_simulare.pdf

31
7. http://biblioteca.regielive.ro/proiecte/automatica/modelarea-
si-simularea-sistemului-cardiovascular-302647.html

32