BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ

MASTER: BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Sorana D. BOLBOACĂ

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Despre … 2

 Organizarea disciplinei:
 Curs
 Lucrări practice

 Structura cursurilor …
 La ce mă aştept …
 La ce vă aşteptaţi …

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Despre … disciplină 3

 Denumire: Biologie computaţională

 An de studiu: II
 Semestrul: III
 Număr credite: 8

 28 ore curs & 28 ore laborator

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Despre … curs 4

 Orar …
 Locaţie: H22

 Cursuri:
 http://sorana.academicdirect.ro
 Students
Facultatea de Horticultura (USAMV Cluj-Napoca) -
Master: Biodiversitate si Bioconservare
 Contact:
 sbolboaca@gmail.com

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Despre … activitatea didactică 5

Structura anului universitar 2013/2014

Semestrul I
 30.09.2013-20.12.2013 - activitate didactică
 21.12.2013-12.01.2013 - vacanţă
 13.01.2014-24.01.2014 - activitate didactică
 25.01.2014-16.02.2014 - sesiune de examene

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Despre … verificare 6

 Forma de verificare: Colocviu

 Colocviu
 = formă de control al cunoştinţelor dobândite de
studenţi, care constă în discuţii, lucrări de
laborator, lucrări practice
 = discuţie pe o temă ştiinţifică

 Tema de dezbatere …

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Despre … acest curs 7

 Sumarizarea modalităţii în care calculatoarele

sunt utilizate pentru a găsi soluţii la probleme
biologice
 Învăţare supervizată de calculator

1. Noţiuni introductive …
2. Căutarea informaţiei de interes în literatura de
specialitate
3. …

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

La ce mă aştept … 8

 Să aveţi cunoştinţe de bază în biologie şi matematică

 şi … dorinţa de a învăţa lucruri noi
 Cunoştinţe de utilizare a calculatorului: Microsoft Word,
Excel, PowerPoint
 Cunoştinţe şi abilităţi de căutare a informaţiilor în baze de
date
 Să fiţi activi la ore
 Dacă aveţi nelămuriri … sbolboaca@gmail.com

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

La ce vă puteţi aştepta … 9

 Două secţiuni:
 Biologie moleculară computaţională (analiză de secvenţe şi
structuri)
 Biologie celulară computaţională (modelarea şi analiza
imaginilor)
 Cursuri: prezentări şi demonstraţii
 Răspuns la întrebări din cursurile anterioare
 Alegerea temei de dezbatere

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

 10

BIOLOGIA COMPUTAŢIONALĂ

NOŢIUNI INTRODUCTIVE

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia Computaţională … Definiţie 11

 Aplicarea teoriilor biologice prin utilizarea modelelor

matematice, statistice, fizice şi a calculatorului în
analiza sistemelor complexe biologice

 Simularea experimentelor biologice cu ajutorul

calculatorului (neurobiologia, prelucrarea imaginii,
etc.)

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia Computaţională 12

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia Computaţională … 13

 Biologia computaţională
 Biologia moleculară computaţională
 Biologia sistemelor
Genomică structurală
Proteomică
Genomică
Bioinformatică
 Genomică & Bioinformatică & Biologie Computaţională
 Inteligenţa artificială – Robotică
 Baze de date – Teoria informaţiei
 Teoria grafurilor – Algoritmi
 Statistică - Probabilităţi

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Bioinformatică: scopuri computaţionale 14

 Învăţare şi Generalizare: identificare de modele în

secvenţe, structuri, interacţiuni, metabolism, etc. prin
studierea unor exemple bine studiate.

 Predicţie: obţinerea de informaţii structurale sau funcţionale

a secvenţelor noi de gene (genom, proteine, etc.) din
modelele de generalizare

 Organizare şi Integrare: dezvoltarea de abordări

sistematice şi genomice a interacţiunilor moleculare,
metabolice, semnale celulare, expresie de gene, …

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Bioinformatică: scopuri computaţionale 15

 Simulare: a modelelor de expresie genetică, reglare

genetică, interacţiune proteină-proteină, etc. …

 Inginerie: crearea de organisme sau funcţii noi, a noi

metode de reglare genetică sau proteică

 Terapie genică: gene cu ţintă specifică, mutaţii sau

recombinări RNAi pentru a schimba fenotipul bolii.

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia moleculară / Bioinformatică 16

 Paradigma centrală:
 Biologia moleculară:
 DNA  RNA  Proteina  Fenotip
 Biologia moleculară a genei: James Watson

 Bioinformatic:
 Informaţia genetică  Structura moleculară 
Funcţia biochimică  Fenotip

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Bioinformatica 17

 Provocări în înţelegerea informaţiei genetice:

 Informaţia genetică este redundantă (surplus de informaţie
faţă de strictul necesar / abundenţă inutilă de informaţie)
 Informaţia structurală este redundantă
 Genele şi proteinele sunt metastabile
 Metastabilitatea: concept al sistemelor complexe:

 Genele au funcţii multiple

 Genele sunt unidimensionale dar funcţia depinde de
structura tri-dimensională …

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia computaţională

 Biologia computaţională se dezvoltă rapid prin îmbinarea

interdisciplinară a aplicării cunoştinţelor domeniului ştiinţei
calculatoarelor, statisticii şi matematicii aplicate în rezolvarea
problemelor biologice.
 Bioinformatica: matematica aplicată, statistica şi teoria
probabilităţilor sunt utilizate în rezolvarea unor probleme de
biologie moleculară şi proteomică:
 Genomul uman ← puterea de procesare a
calculatoarelor
 1989 – start → 13 ani (2001)

 3 bilioane de dolari americani

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

 Biologia computaţională

 Biofizica, biochimia şi biologia

structurală: ramură a biologiei
moleculare, biochimiei şi
biofizicii care se ocupă de
structura moleculară a
macromoleculelor - proteine,
acizi nucleici, carbohidraţi şi
lipide

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia computaţională

 Modelarea şi vizualizarea sunt două componente esenţiale în

înţelegerea fenomenelor biologice. Modelarea este în relaţie cu
totalitatea tehnicilor şi metodelor de predicţie a structurilor
genetice şi/sau proteice.

Modelarea este frecvent folosită ca instrument:

 De analiză a structurilor tridimensionale: ARN, interacţiunea
proteică.
 De predicţie: modele de predicţie a interacţiunii proteină-ligant,
tehnici moderne de predicţie a proteinelor.

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia computaţională: Istoric

 Matematicianul Charles Lutwidge Didgson (1832-1898)

cunoscut sub numele de Lewis Carrol (autorul cărţii Alice) este
cel ale cărui soluţii implementate în jocuri se regăsesc în
biologia computaţională.

Lewis Carrol a arătat că două cuvinte ('APE' şi 'MAN') pot fi

conectate printr-un lanţ (APE  ARE  ERE  ERR  EAR
 MAR  MAN), parsimonia în şirul de litere stând la baza
algoritmilor filogenetici utilizaţi în biologia computaţională.

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia computaţională şi Informatica

 Există diferenţe culturale enorme între cercetătorii în ştiinţele vieţii

şi cei în ştiinţele de calcul iar aceste diferenţe trebuie să-şi găsească
numitorul comun când e vorba de biologia computaţională:
 nimic nu e niciodată complet adevărat sau fals în ştiinţele vieţii pe
când totul este fie adevărat fie fals în informatică şi matematică;
 cercetătorii în ştiinţele vieţii încearcă să înţeleagă fenomenele
naturale în timp ce informaticienii încearcă să construiască propria
lor lume virtuală;
 cercetătorii în ştiinţele vieţii sunt cei care colectează/produc date în
timp ce informaticienii sunt cei care crează algoritmi;
 cercetătorii în ştiinţele vieţii sunt obsedaţi în a descoperii primii
ceva în timp ce informaticienii inventează ceva nu descoperă;
 cercetătorii în ştiinţele vieţii sunt conştienţi de faptul că toate
datele au erori - informaticienii nu
 …

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia computaţională: descoperiri

 1970: Primul algoritm de aliniere al secvenţelor

 1969: Modele pentru selecţia liberă a evoluţiei moleculare
 1967 & 1970: Substituţia preferenţială a reziduurilor de amino
acizi în secvenţa proteică
 1967: Studiile formale ale structurii primare a proteinelor
 1969 & 1970: Preferinţele reziduurilor de aminoacizi în
structura secundară
 1967 & 1968: Reprezentarea helicoidală a secvenţelor de
proteine
 1969 & 1970: Utilizarea datelor moleculare în studii ale
evoluţiei
 1970: Originea vieţii
 1970: Teoria evoluţiei duplicării genetice

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia computaţională

 Dezvoltarea biologiei computaţionale poate fi prezentată

din prisma următoarelor problematici:
 Managementul informaţiei biologice: baze de date pentru
stocarea (2004; 2010), căutare (2006; 2008; 2010) şi analiza
informaţiei (2004; 2006; 2009).
 Analiza secvenţelor:  algoritmul de aliniere al secvenţelor
Smith-Waterman (programare dinamică) (1981),  algoritmi
de căutare în baze de date FASTA (1983; 1985),  algoritmi
de analiză a secvenţelor profil (1987; 1988),  identificarea
pattern-urilor (1984),  alinierea secvenţelor multiple (2011),
 identificarea secvenţelor motifs (2011),  algoritm de
corectare a erorilor (2011),  algoritmul intervalului de
potrivire (2010; 2011) etc.
BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE
Biologia computaţională
 Dezvoltarea biologiei computaţionale poate fi prezentată
din prisma următoarelor problematici:
 Baze de date dedicate:  GenBank,  EMBL Data Library, 
Allie, FungalRV,  OryzaPG-DB,  GlycoFly,  dbOGAP, 
Protein Information Management System (PiMS),  UniProt
Knowledgebase,  etc.
 Reţele de calculatore care asigură disponibilizarea
datelor/informaţiilor şi facilitează distribuirea:  EMBNET, 
BIONET,  GraphCrunch 2,  OryzaExpress,  iMAT, 
Asynchronous Inference of Regulatory Networks (AIRnet),
 FuzzyART,  BioExtract Server,  GNCPro,  SpotXplore,
 Gene Expression Browser,  MetPA,  BioNetCAD, 
GeneMANIA,  NeuroML,  geWorkbench, 
myExperiment,  MetExplore, etc.
BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE
Biologia computaţională

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Evoluţia publicaţiilor în biologia computaţională

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Noţiuni de bază în biologia computaţională

 Informaţia genetică: informaţia codificată în materialul genetic

cu care este înzestrat orice organism viu (unicelular sau
pluricelular). Aceasta este stocată în structura macromoleculară
a ADN-ului (acidul dezoxiribonucleic), la nivelul ADN-ului
nuclear (rol principal în stocarea informaţiei genetice) şi a
ADN-ului extracelular.

 Genotipul: totalitatea informaţiei genetice dintr-un organism.

 Genomul (nuclear, celular): întreaga material genetic dintr-un

organism. Genomul uman are o lungime de ~ 3 bilioane de
perechi de baze şi conţine toate informaţia necesară pentru a
crea toate proteinele.

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Noţiuni de bază în biologia computaţională

 Codul genetic: Set de reguli prin care informaţia din materialul

genetic (ADN, ARNm - acidul ribonucleic mesager) este
transformată în proteine (secvenţe de aminoacizi) în celulele vii.

 Codonul: secvenţa de trei nucleotide ale macromoleculei de acid

dezoxiribonucleic care codifică un aminoacid specific.

 Secvenţa ADN (acidul dezoxiribonucleic): este formată din

înşiruirea a 4 baze, 2 purinice (A -= adenina şi G = guanina) şi 2
pirimidinice (C = citozina şi T = timina, U = uracilul - ARN -
acidul ribonucleic). Fiecare bază se leagă de complementul său (A-
T şi C-G) astfel încât fiecare secvenţă are o secvenţă
complementară unică.

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Noţiuni de bază în biologia computaţională

 Proteinele sunt secvenţe de aminoacizi; orice proteină poate fi

văzută ca o şir de aminoacizi.

 Evoluţia apare datorită schimbărilor genomice care pot fi de tip

mutaţie sau recombinare. Mutaţiile sunt evenimente rare (pot
apărea la nivelul unei singure baze) care pot determina
evenimente importante. Recombinarea este modalitatea prin
care genomul a fost construit plecând de la informaţia genetică
primită de la părinte/părinţi. Prin selecţia naturală în genom tind
să se acumuleze schimbările favorabile.

 Algoritmii trebuie să fie corecţi şi eficienţi. De interes sunt acei

algoritmi care sunt capabili să identifice cea mai bună soluţie
posibilă la o problemă complexă bine definită.

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Vocabular controlat 31

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Vocabular controlat – terminologie standardizată 32

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

 Ontologia Plantelor 33
 Ontologie = teoria existenţei  Ontologia Plantelor
 https://gw.innocentive.com/ar/c
hallenge/9221029
 http://www.plantontology.org/

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

 Ontologia Plantelor 34
 http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/pgek/GlossaABC.html?ANTHER

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Ontologia Plantelor 35

 http://www.obofoundry.org/

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Ontologia Plantelor 36

 http://koios.generationcp.org/ontology-lookup/

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Plant-Associated Microbe Gene Ontology
37

 http://pamgo.vbi.vt.edu/
 http://www.geneontology.org/
 Ontologia Patologiilor Asociate
Plantelor

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

 SoyBase Soybean Ontologies 38

 http://soybase.org/ontology.php:
 Dezvoltare
 Structură
 Creştere
 Trăsătură

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Resurse informaţionale 39

 Analiza genomului la iarbă

 http://www.gramene.org/

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Resurse informaţionale 40
 http://www.arabidopsis.org/
 http://www.arabidopsis.info/
 Resurse Informaţionale Arabidopsis

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

 Reţeaua genetică 41
 http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/genenet/applet_genenet_viewer.shtml

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Genomul uman 42

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Comoara îngropată 43

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia computaţională 44

 Algoritmul: o secvenţă de instrucţiuni care trebuie aplicate

pentru a putea găsi o soluţie la o problemă formulată
corect:
 Identifică corect problema
 Problema = o clasă de sarcini computaţionale

 Evoluţie strict legată de evoluţia calculatorului:

 Viteza CPU vs. memorie: determinarea structurii unei
proteine necesită multe calcule dar memorie limitată;
căutarea genomului necesită puţine calcule dar
capacitate de memorare mare.

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

Biologia computaţională
Baze de date:
 > 1000 baze de date
biologice online (mărime,
calitate, conţinut, nivel de
interes)
 National Center for
Biotechnology
Information: : 30 baze de
date
BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE
45
Jurnale:
 Journal of Computational
Biology
 PLoS Computational Biology
 Journal of Bioinformatics and
Computational Biology
 Genome Biology
 Genome Research
 Computational Biology and
Chemistry
 Molecular Systems Biology
Resurse ... 46

 NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery
 Resurse biologie moleculară computaţională:
http://molbio.info.nih.gov/
 Jurnale:
 PLoS Computational Biology (Iunie 2005)
 Bioinformatics
 International Society for Computational Biology
 http://www.iscb.org/
 European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI):
 http://www.ebi.ac.uk/
BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE
Resurse ...
4747

BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BIOCONSERVARE

 Bio Wiki

4848

”We are swimming in a rapidly rising sea of data. . . how do we keep

from drowning?”

Roos (2001).
BIOLOGIE COMPUTAŢIONALĂ – BIODIVERSITATE & BScience. 291:1260
IOCONSERVARE