Din cursul anului universitar 2005-2006, în conformitate cu cerințele aderării României la

Uniunea Europeană și potrivit principiilor Chartei de la Bologna, studiile din cadrul Facultății au
fost organizate pe un singur domeniu, al teologiei ortodoxe, cuprinzând patru specializări:
Teologie Pastorală, Teologie Didactică, Teologie Socială și Artă Sacră, cu o durată de 3 ani –
licență, 2 ani – master, 3 ani – doctorat.
În prezent, Facultatea de Teologie Ortodoxă „Patriarhul Justinian” din București se află
sub dubla coordonare a Bisericii Ortodoxe Române și a Ministerului Educației Naționale.