SISTEME ICT IN MEDICINA

CALIN POENARU, MENG, PHD

DE CE E NEVOIE DE DATA
PROCESSING?
• Nevoia de decizii operationale rapide si eficiente
• Clinic: diagnoza, tratament, preventie, etc.5
• Administrativ: utilizare resurse, programari , internari/externari,
etc.
• Imbunatairea eficientei operationale intr-un spital duce, in final,
la aplicarea de analize predictive in toate procesele asociate
cu actul medical (care-delivery)
• Utilizarea datelor existente: 80 MB/an genereaza pacientul
mediu
• Eficientizarea costurilor: 300 bil USD pot fi salvate doar prin
analiza datelor existente [McKinsey]
DATA PROCESSING

Ad-Hoc Traditional

Expertiza
domeniu
Data
Engineering

Data Science
Computer Matematica
Science & Statistica
Machine
Learning
CE INSEAMNA DATA
SCIENCE
Domeniu de activitate pentru cei care:
• Fac cercetari pentru a raspunde la intrebari specializate
domeniului
• Utilizeaza volume mari de date pentru a furniza raspunsurile
cerute
• Pregatesc datele pentru a fi utilizate in studii inferentiale si
predictive
• Exploreaza datele pentru a gasi pattern-uri ascunse
• Automatizeaza procesele pentru studii statistice
• Prezinta rezultatele catre cei care iau decizii
CE INSEAMNA DATA
ENGINNERING
Domeniu de activitate pentru cei care:
• Dezvolta, construiesc, opereaza si intretin arhitecturi si solutii
pentru procesarea si stocarea datelor
• Aliniaza arhitecturile si solutiile la cerintele proceselor de
prelucrare de date
• Descopera noi modalitati de achizitii de date
• Dezvolta si implementeaza procese pentru data cleansing,
data modelling, data mining, etc.
• Recomanda proceduri pentru imbunatatirea calitatii, eficientei
si sigurantei datelor
DE CE NU E UTILIZAT
MODELUL
• Lipsa cererii interne
• Costuri
• Utilzare in procese
• Inlocuirea data scientist cu alti profesionisti interni existenti
• Utilizarea de combinatii medic/programator pentru sarcini
punctuale
• Lipsa increderii in rezultatul analizei de date (analytics vs.
instinct)
AGENDA
Elemente de ICT
• Hardware
• Software
• Storage
• Comunicatii
Modele de utilizare
• Datacenter
• Cloud Computing
DEFINITII GENERALE
Bioinformatica: este o arie interdisciplinara care dezvolta metode
si unelte software utilizate pentru studiul datelor biologice,
combinind ingineria software cu statistica si matematica. Este o
“umbrela” pentru cercetari in zona genetica/genomica
Informatica medicala: reprezinta aplicarea directa a tehnologiilor
ICT in medicina. Este o arie multidisciplinara care utilizeaza
tehnici ICT pentru a imbunatatii calitatea, eficienta si inovatia in
domeniul sanatatii. Zonele acoperite sint gestiunea resurselor, a
echipamentelor si metodelor necesare achizitiei, stocarii, regasirii
si utilizarii informatiei cu caracter medical.

Sursa: Wikipedia
HARDWARE

COMPUTING, STORAGE,
COMMUNICATIONS
DATA PROCESSING
DEFINITIE
Server software= o instanta functionala a unei aplicatii software
care primeste cereri de la o alta entitate software la care ofera un
raspuns adecvat serviciului oferit
Server hardware = defineste echipamentul special destinat
gazduirii aplicatiilor software care ofera un anumit serviciu

Sursa: Wikipedia, 2017

DATA PROCESSING
FUNCTIONALITATI
Un server hardware (o masina dedicata) poate avea unul sau mai
multe server-e software active, oferind servicii diferite
Server-ul faciliteaza accesul concurent la date, schimbul de
informatii, partajarea resurselor, etc.
Serviciile oferite sint accesibile prin intermediul retelelor de
comunicatii, fie private (intranet), fie publice (Internet).
DATA PROCESSING
CARACTERISTICI
Hardware “specializat” in termeni de
performanta, marime, disponibilitate,
consum
Anumite componente ale unui calculator
obisnuit sint absente (monitor, tastatura,
porturi I/O, mouse, interfete specializate,
etc.)
Modul uzual de impachetare:
• sasiu rackabil 19”
• blade
DATA PROCESSING
CERINTE SPECIALE
1. Performanta:
• CPU, memorie, HDD, I/O
2. Disponibilitate:
• Calculata ca raport:
A = UpTime/TotalTime
• Exprimata ca procent: 99.999%
3. Consum energie/racire
• Relevant pentru echipamente care functioneaza continuu
• Calculat ca raport, eficacitatea consumului de energie:
PUE= Total_Energy/Total_IT_Energy
• Exprimat in KW sau BTU
DATA PROCESSING
TIPURI COMUNE
Web server – distribuirea de informatie utilizind un model standardizat de
comanda/raspuns (HTTP - Hypertext Transfer Protocol)
Mail server – gestioneaza transportul si accesul la email (SMTP - Simple Mail
Transfer Protocol)
Name server – conversia nume à adresa IP si invers (DNS – Domain Name
System )
Print server – asigura servicii de printer peste o retea (LPD - Line Printer
Daemon protocol)
Server proxy - acționează ca intermediar pentru cereri provenind de la clienți,
care caută resurse de la alte servere
Media server – servicii de multimedia broadcasting, streaming (SIP - Session
Initiation Protocol)
NAS (Network-Attached Storage) Server – asigura stocarea/regasirea de
fisiere peste o retea (NFS/ CIFS - Network File Systems/Common Internet
File Systems )
…
DATA STORAGE
DEFINITIE
Computer Data Storage: utilizarea de medii de stocare volatile si
non-volatile pentru pastrarea informatiei pe termen scurt/lung
In mod uzual:
• Mediu volatil = mentine datele cit timp device-ul este alimentat (ex.
memorie)
• Mediu non-volatil = mentine datele indiferent de starea alimentarii
(ex. HDD, SSD/flash)
Unitatea fundamentala este bit
Unitatea cea mai folosita este bytes (8 bits) si multiplii acestuia
(KB, MB, GB, TB, …)
DATA STORAGE
IERARHIE

Primary

Secondary

Tertiary
Source: Wikimedia
DATA STORAGE
FUNCTIONALITATI
Protectie la erori
• Codare speciala pentru detectie/corectie de erori (CRC)
Criptare
• Utilizare de algoritmi speciali pentru prevenirea accesului neautorizat
(LRW)
Redundanta
• Utilizare de arhitecturi de sistem specializate pentru a evita
pierderea datelor critice (RAID)
Acces la distanta
• Utilizare de protocoale speciale pentru accesul datelor pe sisteme
remote (SAN/NAS)
DATA STORAGE
RAID
RAID (Redundant Array of Independent Disks) permite gruparea mai
multor discuri intr-o singura unitate logica in scopul evitarii pierderii
datelor si a cresterii performantelor de acces
Modul de distributie al datelor pe discurile fizice este dat de “RAID
level” (RAID <N>)
Scopuri:
• Siguranță (Reliability)
• Disponibilitate (Availability)
• Performanta
• Capacitate
 DATA STORAGE
RAID
Nivel Reliability Availability Performance Capacity Obs
RAID 0 - - X X Stripping
RAID 1 X X - - Mirroring
RAID 2 X X - x Bit-level Stripping,
Dedicated Parity
RAID 3 X X X X Byte-level Stripping,
Dedicated Parity
RAID 4 X X X X Block-level Stripping,
Dedicated Parity
RAID 5 X X X X Block-level Stripping,
Distributed Parity
RAID 6 X X X X Block-level Stripping,
Parity
Double Distributed
Parity
Exista si Hybrid (Nested) RAID – combinatii ale tipurilor fundamentale (ex. RAID 10)
DATA STORAGE
CARACTERISTICI
Volatilitate: dependenta (sau nu) de prezenta alimentarii cu energie
electrica
Mutabilitate: posibilitatea de a face operatii de citire/scriere sau doar
de citire
Accesibilitate: posibilitatea de a accesa (sau nu) orice locatie in
acelasi timp, independent de pozitie
Adresabilitate: defineste unitatea atomica de informatie adresabila
(bit, byte, fisier)
Capacitate: defineste capacitatea totala de stocare
Performanta: defineste timpul de acces la o anume locatie si
capacitatea de transfer (in/out) a datelor
Consum: cantitatea de energie necesara accesarii unei cantitati
predefinite de informatie intr-un interval de timp
DATA STORAGE
TEHNOLOGII
Stocare
• Semiconductor
• Magnetic
• Optic
Acces
• DAS (Direct Attached Storage) – sistemul de stocare este atasat fizic
direct cu sistemul de prelucrare
• NAS (Network Attched Storage) – sistemul de stocare este conectat
de sistemul de prelucrare prin intermediul LAN/WAN si ofera acces
direct la fisiere
• SAN (Storage Area Network) – sistemul de stocare este conectat de
sistemul de prelucrare prin intermediul unei retele specializate si
ofera acces direct la blocuri de disk
DATA TRANSMISSION
DEFINITII
Data trasmission/communications: defineste transmiterea (fizica)
a datelor reprezentate in forma unui semnal electromagnetic,
intre sisteme conectate prin canale punct-la-punct sau punct-la-
multipunct (electrice, magnetice, optice)
Transmisia poate fi:
• Analogica
• Digitala
DATA TRANSMISSION
MODELUL TCP

Source: Wikimedia
DATA TRANSMISSION
MODELUL TCP

Source: Wikimedia
DATA TRANSMISSION
CARACTERISTICI
Aria acoperita
• PAN (Personal Area Network)
• LAN (Local Area Network)
• MAN (Metropolitan Area Network)
• WAN (Wide Area Network)
Capacitatea (viteza) de transmisie
• Kbps, Mbps, Gbps
Mediul de transmisie
• Shared
• Point-to-point
Protocolul de transmisie
DATA TRANSMISSION
TEHNOLOGII
Wired
• Ethernet
• Fiber Channel
• History = {Token Ring, ATM, Frame Relay}
Wireless
• PAN (Personal Area Network): Bluetooth, zigBee
• LAN (Local Area Network): WiFi
• MAN (Metropolitan Area Network): WiMAX
• WAN (Wide Area Network): Cellular 2G/3G/4G
SOFTWARE

COMPUTING, STORAGE,
COMMUNICATIONS
SISTEME DE OPERARE
Sistem de operare (OS): software care administreaza resursele unui
computer si le pune la dispozitia aplicatiilor
Resursele hardware uzuale sint:
• Memorie
• CPU
• I/O (devices)
Resursele software uzuale sint:
• Sistem de fisiere
• Gestiunea proceselor
• Gestiunea intreruperilor
SISTEME DE OPERARE
Tipuri de OS:
• Multi-tasking/Multi-user
• Real-time
• Embedded

Source: Wikimedia
VIRTUALIZARE
DEFINITII
Virtualizare: reprezinta gruparea si abstractizarea resurselor si
serviciilor intr-un mod in care natura si limitele fizice ale acestora
sint ascunse utilizatorilor

Source: Gardner
VIRTUALIZARE
COMPUTING - HARDWARE
Hardware (full) virtualization: crearea unui “masini virtuale” care
din puctul de vedere al OS se comporta ca un computer real, cu
resurse proprii, partitionate din resursele reale ale masinii fizice
pe care ruleaza.
VIRTUALIZARE
COMPUTING - HARDWARE
Presupune existenta unui “Host
OS” transformat in “hypervisor” si
a unui “Guest OS” cel in care
ruleaza aplicatiile dorite
Exista si alte metode de
virtualizare (ex. la nivel de OS),
dar utilizarea este restrinsa
 VIRTUALIZARE
SERVER

Hypervisor
OS+App Hypervisor
OS+App Hypervisor
OS+App Hypervisor
OS+App Hypervisor
OS+App

Server Server Server Server Server

200-500Mb/s 200-500Mb/s 200-500Mb/s 200-500Mb/s 200-500Mb/s
 VIRTUALIZARE
SERVER

OS+App OS+App OS+App OS+App OS+App

Hypervisor Hypervisor Hypervisor Hypervisor Hypervisor

Server Server Server Server Server

200-500Mb/s 200-500Mb/s 200-500Mb/s 200-500Mb/s 200-500Mb/s
 VIRTUALIZARE
SERVER

OS+App OS+App
OS+App OS+App
OS+App OS+App
OS+App OS+App
OS+App OS+App
OS+App OS+App
OS+App OS+App
OS+App OS+App
OS+App OS+App
OS+App OS+App
Hypervisor Hypervisor

Server Fizic A Server Fizic B

 VIRTUALIZARE
SERVER

Un singur server fizic gazduieste

multiple si independente {Guest
OS + aplicatii}
Hypervisor-ul abstractizeaza
hardware-ul fizic de Guest OS si
de aplicatii
•Prezinta un “server” standard CPU
catre OS si aplicatie Hypervisor
vNIC
Virtual Machine
•Poate prezenta multiple Virtual SMP Virtual Switch File System
Identities (IP + MAC)
VMFS
RAM
Partitiile impart resursele fizice ale
sistemului
pNIC HBA
•RAM, CPU, disk, etc.
Multiple implementari diferite
•VMware, XEN, Microsoft,
Sun containers
VIRTUALIZARE
COMPUTING – DESKTOP
Desktop virtualization: este tehnologia ce permite separarea
completa a mediului Desktop si a aplicatiilor asociate de clientul
fizic utilizat pentru acces.
VIRTUALIZARE
COMPUTING – DESKTOP
Componente:
• Servere fizice
• Hypervisor
• Zero/Thin/Thick client
• Manager/Broker
MODELE DE
INTERCONECTARE
ARHITECTURI DISTRIBUITE
DEFINITII

O arhitectura distribuita include elemente de calcul (noduri) care

sint rezidente in locatii diferite (pe sisteme fizice sau virtuale
diferite) si care isi coordoneaza actiunile (asociate cu o aplicatie)
prin mesaje transmise prin intermediul unei retele de comunicatii
O astfel de arhitectura:
• Nu depinde de locatia nodurilor
• Fiecare nod are propria memorie
• Ansamblul tolereaza defectarea unor componente individuale
ARHITECTURI DISTRIBUITE
PEER-TO-PEER
Partitioneaza task-urile intre
perechi de entitati, cu aceleasi
drepturi si putere
Fiecare entitate pune la dispozitie
o parte din resurse catre alte
entitati cu care vine in contact
ARHITECTURI DISTRIBUITE
CLIENT – SERVER
Client – Server: partitioneaza task-
urile intre perechi de entitati, care
fie pun la dispozitie resursele sau
serviciile (server) sau fie le solicita
pentru utilizare (client)
Comunicatia Client – Server se
face (in majoritatea cazurilor) prin
intermediul unei retele
ARHITECTURI DISTRIBUITE
N-TIER

Multi-tier (N-Tier): o forma specifica a arhitecturii Client – Server

in care functiile (ex. prezentare, procesare, gestiune date) sint
separate fizic
Cel mai frecvent N=3:
• Prezentare: interfata cu utilizatorul (web)
• Aplicatie: functionalitatile cerute de logica de business a aplicatiei
(app)
• Date: stocarea si regasirea datelor (database)
ARHITECTURI DISTRIBUITE
N-TIER

Source: Dan Webb

DATACENTER
DEFINITII
Data Center: o locatie (facility) unde sint gazduite elemente de
computing, storage si comunicatii de date in scopul oferirii unor servicii
ICT
Cerintele obligatorii sint specificate de standarde specializate (TIA-942,
GR-3160)
DATACENTER
DEFINITII
Principala cerinta este business continuity:
• Tier 1: 99.671%
• Tier 2: 99.741%
• Tier 3: 99.982%
• Tier 4: 99.995%
A doua cea mai importanta este energy efficiency
• PUE = [1.1 – 2.0]
 DATA CENTER -
STRUCTURA FIZICA
HOT AISLE
DC
COLD AISLE Pod

Zone

Pod

Network

Servers

Storage

4 - 6 Zones Per DC & 6 – 15 MW per DC

5,000 – 8,000 m2 per zone – 1-3 MW per zone
200 – 400 racks/cabinets per zone
Cooling and power per pod (per pair of rack rows) Topologia poate fi diferita si depinde
8 – 48 servers per rack/cabinet – 1-1.5 KW per mai ales de tipul serverelor si al
cabinet echipamentelor de comunicatii
2 – 11 interfaces per server
2500 – 30000 server per DC
4000 – 120,000 ports per DC
 DATA CENTER - STRUCTURA LOGICA
DC Core
Gigabit Ethernet

10 Gigabit Ethernet
10GbE Core WAN
10 Gigabit DCE

IP+MPLS WAN 4Gb Fibre Channel

Agg Router 10 Gigabit FCoE/DCE

DC Aggregation
SAN A/B
10GbE Agg MDS 9500
10GbE VSS Agg DC Services
DC Services Storage Core

DC Access

End-of-Row Rack Blade End-of-Row Rack Blade Storage

10GbE and 4Gb FC Server Access

1GbE Server Access 10GbE and 4Gb FC Server Access Storage
10Gb FCoE Server Access
CLOUD COMPUTING
DEFINITII
Cloud Computing: Model de consum al resurselor si serviciilor IT
care este abstractizat de infrastructura necesara pentru livrare si
care este oferit la cerere si intr-un mod scalabil intr-un mediu
multi-utilizator
CARACTERISTICLIE CLOUD
COMPUTING (NIST)

Serviciu Elasticitate
Caracteristici
masurabil rapida
Esentiale Resurse
Self Service Broad Network
organizate in
la cerere Access
grupuri mari

Modele de Software as a Platform as a Infrastucture as a

servicii Service (SaaS) Service (PaaS) Service (IaaS)

Modele de
livrare Public Private Hybrid Community

http://www.csrc.nist.gov/groups/SNS/cloud-computing/index.html
 MODELE DE LIVRARE CLOUD
COMPUTING
Resursele si serviciile IT sint oferite
Public Cloud catre toata lumea folosind Internet-ul
public
Resursele si serviciile IT sint oferite
Private Cloud utilizatorilor dintr-o singura
NIST

organizatie
Federalizarea, automatizarea si
Hybrid Cloud integrarea cooperativa dintre could-ul
public si cel privat

Community Servicii de cloud oferite unei categorii

Cloud foarte bine definite de utilizatori (ex.
intr-o arie geografica, intr-o industrie)

…si unul suplimentar

Virtual Private Servicii de cloud de tip privat utilizind
Cloud infrastructura dintr-un cloud public
MODELE DE SERVICII CLOUD
COMPUTING
Application Servicii de aplicatii
(SaaS) (End users)

Platform Servicii de dezvoltare

as a Service (Execution Platforms –
Developers)

Infrastructure Servicii de infrastructura

as a Service (System Administrators)

Technologie Infrastructra provider-ilor de

servicii Cloud
(Public/Private Cloud Providers)
E UN SERVICIU DE
CLOUD ATUNCI CIND…
… este provizionat de utilizator (auto)
… creaza iluzia unor resurse infinite
… platesti doar ce utilizezi
 THE HEALTHCARE CLOUD
Cloud Computing pentru HC:
•Scalabilitate
•Optimizare costuri
•Reducere a complexitatii IT
•Standardizare
•OPEX vs CAPEX

Oportunitati SaaS in HC:

•EHR
•PACS
•Hospital IS
•Radiology IS
•ePrescription
•TP/HealthPresence
•Web Collaboration
•Email/vmail/IP Tel