INSTITUTUL PASTEUR CENTRUL DE CERCETARE DEZVOLTARE DIAGNOSTIC SI CONTROLUL CALITATII LABORATORUL DE BIOLOGIE MOLECULARA ANALIZE PCR

PCR amplificare PCR clasica mPCR amplificare PCR multiamorsa (multiprimer / multiplex, in aceeasi reactie sunt puse in evidenta mai multe gene, astfel ca sunt evidentiati mai multi factori de virulenta sau pot fi identificati mai multi agenti infectiosi) RT-PCR amplificare PCR clasica cu etapa de revers-transcriptie (cazul virusurilor ARN de exemplu) rPCR amplificare PCR in timp real calitativa qPCR amplificare PCR in timp real cantitativa rPCR-Tq (sau Tq-rPCR) amplificare PCR in timp real cu sonde Taqman (sonde de confirmare a ampliconului obtinut in reactie, inalt specifice); de obicei, reactie calitativa mrPCR-Tq amplificare PCR in timp real multiamorsa (multiprimer / multiplex) cu sonde Taqman RAPD (random amplified polymorphic DNA) amprenta genetica obtinuta prin PCR marker epidemiologic util in discriminarea tulpinilor sau organismelor sau marker privind stabilitatea unei tulpini / unui organism, cand este aplicata pe probe prelevate din diverse pasaje ale organismelor studiate (similar testelor de paternitate). VNTR (Variable number tandem repeat) alt tip de amprenta genetica, utila in discriminarea tulpinilor, dar spre deosebire de RAPD, care este aplicabila oricarui organism, VNTR este specifica pentru fiecare specie bacteriana.

Specificare / specie animala Suine

Agent infectios App

Analiza Tipizarea tulpinilor de Actinobacillus pleuropneumoniae (pe baza evidentierii genelor apx I, II, III, IV) Tipizarea tulpinilor de Escherichia coli stabilirea si discriminarea patotipurilor ETEC (enterotoxigene) / VTEC (verotoxigene), pe baza evidentierii genelor

Cod 4903

Metoda PCR

Specimene (Probe biologice) Tulpini / colonii izolate de Actinobacillus pleuropneumoniae.

Suine

ETEC/VTEC

4905

mPCR

Tulpini / colonii izolate de Escherichia coli.

Specificare / specie animala

Agent infectios

Analiza enterotoxinei termolabile LT si ale verotoxinelor de tip 2 VT2-SLT2 / asociata bolii edemelor VT2vVT2e Detectia Mycoplasma hyopneumoniae Detectia M. hyopneumoniae / M. hyorhinis / M. floculare Detectia de adenovirus porcin tip 4 (PAV4)

Cod

Metoda

Specimene (Probe biologice)

Suine Suine

Mh Mh+Mh+Mf

4906 4907

PCR mPCR

Pulmon, splina, limfonod, rinichi, tp. nazale Pulmon, splina, limfonod, rinichi, tp. nazale

Suine

PAV4

4908

PCR

Suine

PAV4+PRV

Detectia adenovirusului porcin tip 4 si al virusului bolii Aujeszky Detectia circovirusului porcin tip 1 (PCV1)

4910

mPCR

Suine

PCV1

4911

PCR

Suine

PCV2

Detectia circovirusului porcin de tip 2 (PCV2) prin PCR clasic Detectia virusului PCV2 si a virusului parvo porcin

4912

PCR

Suine

PCV2+PPV

4913

mPCR

0.5 ml sange integral pe EDTA sau ACD; 0.5 ml materii fecale; 0.5 ml tesut proaspat sau congelat sau fixat; tampoane nazale; tampoane fecale (rectale). 0.5 ml sange integral pe EDTA sau ACD; 0.5 ml materii fecale; 0.5 ml tesut proaspat sau congelat sau fixat; tampoane nazale; tampoane fecale (rectale). sange (pe EDTA): 0.5 ml, saliva: 2 ml, tampoane orale, probe de organ (pulmon, limfonod), sperma: 0.5 ml, tampoane sange, materii fecale, amprente organ (tampoane) sange (pe EDTA): 0.5 ml, saliva: 2 ml, tampoane orale, probe de organ (pulmon, limfonod), sperma: 0.5 ml, tampoane sange, materii fecale, amprente organ (tampoane) sange (pe EDTA): 0.5 ml, saliva: 2 ml, tampoane orale, probe de organ (pulmon, limfonod), sperma: 0.5 ml, tampoane sange, materii fecale, amprente organ (tampoane)

Specificare / specie animala Suine Suine

Agent infectios PEV PPV

Analiza Detectia enterovirusului porcin (PEV) Detectia parvovirusului porcin (PPV)

Cod 4914 4915

Metoda RT-PCR PCR

Specimene (Probe biologice) Continut intestinal / amprenta (tampoane), materii fecale 0.5 ml sange integral pe EDTA sau ACD; 0.5 ml materii fecale; 0.5 ml tesut proaspat sau congelat sau fixat; tampoane nazale; tampoane fecale (rectale). 0.5 ml sange integral pe EDTA sau ACD; 0.5 ml materii fecale; 0.5 ml tesut proaspat sau congelat sau fixat; tampoane nazale; tampoane fecale (rectale); saliva: 2 ml, tampoane orale, probe de organ (pulmon, limfonod), sperma: 0.5 ml, tampoane sange. 0.5 ml sange integral pe EDTA sau ACD; 0.5 ml materii fecale; 0.5 ml tesut proaspat sau congelat sau fixat; tampoane nazale; tampoane fecale (rectale); 2 ml saliva:, tampoane orale, probe de organ (pulmon, limfonod), sperma: 0.5 ml; tampoane sange. ser sanguin (0.5 ml), saliva: 2 ml, probe de organ (pulmon, limfonod), sperma: 1 ml, tampoane sange, tampoane nazale, culturi celulare, amprente organ (tampoane) 0.5 ml sange integral pe EDTA sau ACD Tampoane nazale, pulmon, sange 0.5 ml sange integral pe EDTA sau ACD; 0.5 ml materii fecale; 0.5 ml tesut proaspat, sau congelat sau fixat; tampoane nazale; tampoane rectale (fecale). Probe / amprente de organ: pulmon, ficat, splina, limfonod, cord, continut intestinal.

Suine

PAV+PCV2

Detectia adenivirus porcin si a circovirusului porcin tip 2

4916

mPCR

Suine

PCV2+PRV

Detectia circovirusului porcin tip 2 si a virusului bolii Aujeszky

4917

mPCR

Suine

PRRSV

Suine Suine Suine

PRV SIV TGEV

Detectia virusului sindromului respirator si reproductiv porcin (PRRSV) Detectia virusului bolii Aujeszky (gD) Detectia virusului influenzei suine (SIV) Detectia virusului gastro-enteritei transmisibile a porcului (TGEV)

4826

RT-PCR

4918 4919 4920

PCR RT-PCR / rPCR rPCR

Specificare / specie animala Pasari

Agent infectios ALV ABCDE

Analiza Detectia virusului leucozei aviare (toate tipurile ABCDE) Detectia virusului leucozei aviare (tip A)

Cod 4922

Metoda -

Specimene (Probe biologice) Folicul plumifer (varf pana, Umbiculus inferior). Tampoane cloacale Albus de ou. Oua embrionate. Sange. Splina. Ficat.. Tumori. Creasta. Amprente de organ (pe tampoane). Folicul plumifer (varf pana, Umbiculus inferior). Tampoane cloacale Albus de ou. Oua embrionate. Sange. Splina. Ficat.. Tumori. Creasta. Amprente de organ (pe tampoane). Folicul plumifer (varf pana, Umbiculus inferior). Tampoane cloacale Albus de ou. Oua embrionate. Sange. Splina. Ficat.. Tumori. Creasta. Amprente de organ (pe tampoane). Probe / amprente de organ (trahee, pulmon, corneti nazali); secretii / excretii nazale, bucale, faringiene (prelevate pe tampoane)

Pasari

ALV A

4923

Pasari

ALV J

Detectia virusului leucozei aviare (tip J)

4924

Pasari

Pasari

Pasari

Pasari

AMPV (TRT / Detectia si discriminarea ART) - ABCD tipurilor de metapneumovirus aviar (virusul rinotraheitei infectioase aviare) APEC Stabilirea patotipului APEC la tulpinile de E.coli (genele iss+ompA+fimH) APV / DV Detectia virusului Avipox (virusului diftero-variolei) prin evidentierea genei dtk (timidin kinaza) IBV Detectia / tipizarea virusului bronsitei infectioase aviare (IBV) (tipuri Qx / Mass / It 02) IBDV Detectia / tipizarea

4925

PCR / rPCR

4926

mPCR

Tulpini / colonii izolate de Escherichia coli.

4927

rPCR

Noduli / tesut cu leziuni specifice. Cruste. Mucoase faringiana / laringiana. Tampoane de pe leziuni / aparat respirator / tampon oral / pene?

4929

rPCR

Tampoane faringiene / traheale / cloacale. Trahee. Pulmon. Rinichi. Tonsile cecale. Lichid alantoidian / oua embrionate. Bursa Fabricius. Tampoane Bursa Fabricius.

rPCR

Specificare / specie animala

Agent infectios

Analiza virusului bursitei infectioase aviare (patotip foarte virulent / patotip atenuat) Detectia virusului Marek

Cod

Metoda

Specimene (Probe biologice)

Pasari

MDV

4930

PCR

Pasari

MG+MS

Pasari Pasari

MM+MI NDV (APMV1)

Pasari

ORT

Detectia prezentei tulpinilor de Mycoplasma gallisepticum si M.synoviae Mycoplasma meleagridis si M. iowae Detectia virusului bolii de Newcastle pe baza evidentierii genei F (neuraminidaza) Detectia Ornithobacterium rinotracheale.

4931

mPCR

4932 4933

rPCR

Folicul plumifer (varf pana, Umbiculus inferior). Sange (depozit limfocitar). Tesut tumoral. Cruste / formatiuni nodulare. Splina. Creier. Plex nervos / nerv sciatic. Probe / amprente organ: pulmon, trahee, saci aerieni, narine / sinusuri (MG, MS); articulatii (membrane sinoviale, MS); sac vitelin (MG, MS). Tampoane traheale. Probe / amprente organ: pulmon, trahee, saci aerieni, narine. Tampoane traheale. Tampoane oro-faringiene. Trahee. Pulmon. Creier. Proventricul. Tonsile cecale. Amprente organ (tampoane). Probe / amprente de organ (cord, creier, ficat, pulmon, saci aerieni, trahee, sinusuri infraorbitale, vertebre toracale, articulatii).Oua embrionate. Tulpini / colonii izolate Mycoplasma spp. 0.5 ml lapte. Tulpini / colonii izolate de enterobacteriacee.

4934

PCR

Ovine, caprine

MA

Multispecii

Identificarea Mycoplasma agalactiae pe baza genei uvrC. QacD / floR / b- Detectia genelor de lac / int I rezistenta la sarurile de amoniu cuaternar, a genei de rezistenta la florfenicol, a genei de rezistenta la beta-

4935

PCR

4936

PCR

Specificare / specie animala

Agent infectios

Analiza lactamine, a integronilor de clasa I. Caracterizarea tulpinilor de Bacillus anthracis pe baza evidentierii genelor sap / cap / pag Detectia tulpinilor de Brucella spp pe baza secventei omp25 Caracterizarea / tipizarea tulpinilor de Pasteurella multocida prin detectia genelor tbpA (achizitia de fier), serB (rezistenta la complement) si toxA (toxina dermonecrotica, specifica tulpinilor de origine porcina) Detectia Toxoplasma gondii Identificarea Trichinella spiralis / T. pseudospiralis / T. britovi / T. nativa Detectia / identificarea parvovirusului canin tip 2, tip clasic si variant Detectia virusului diareei virale bovine tip 1 si tip 2 Detectia virusului

Cod

Metoda

Specimene (Probe biologice)

Multispecii

BA

4937

PCR

Tulpini / colonii izolate de Bacillus anthracis

Multispecii

Bspp

4938

PCR (rPCR)

Tulpini / colonii izolate de Brucella spp. 0.5 ml sange pe EDTA sau ACD. 0.5 ml lapte. Tulpini / colonii izolate de Pasteurella spp.

Multispecii

PM

4941

PCR / mPCR

Multispecii Multispecii

TG Ts/Tp/ Tb/Tn

4943 4945

PCR mPCR

Creier, limba, muschi (spate / file), cord, sange integral pe EDTA Larve post digestie artificiala

Caine

CPV2

4947

rPCR-Tq

Bovine / suine

BVDV

4948

rPCR

Probe / amprente de organ: pulmon, cord, creier, splina, limfonod, bila, continut intestinal. Materii fecale, tampoane rectale (fecale). Probe / amprente de organ (limfonod, splina, pulmon). Probe / amprente de organ (limfonod, splina,

Bovine

IBRV

4949

PCR

Specificare / specie animala

Agent infectios

Analiza rinotraheitei infectioase bovine Determinarea amprentelor genice ale tulpinilor microbiene / probelor de material genic eucariot prin RAPD / Testul PCR RAPD (amprente ADN prin amplificare arbitrara) Discriminarea genetica a tulpinilor de Enterococcus faecium pe baza polimorfismului locilor VNTR

Cod

Metoda pulmon).

Specimene (Probe biologice)

Amprente genetice

RAPD

4951

PCR

Tulpini bacteriene / virale / paraziti / vaccinuri / etc. Linii celulare. Produsi de amplificare / digestie enzimatica. Plasmide.

Amprente genetice

EF

4952

PCR

Tulpini / colonii izolate de Enterococcus faecium.

20.09.2013

Dr. Virgilia Popa, PhD Cercetator stiintific gr.I