Urmtoarea intervenie a NATO n Iugoslavia a avut loc n provincia Kosovo.

Aici, dei srbii i-au format nucleul statal n Evul Mediu, populaia majoritar a devenit de-a lungul ultimelor secole cea albanez, care, avnd 90%, i susinea autonomia. nc din 1989 au existat tensiuni ntre srbi i albanezi n regiune. n 1990, un parlament regional a proclamat Republica Kosovo, ca parte distinct a Iugoslaviei. Guvernul de la Belgrad a respins preteniile albanezilor, a dizolvat parlamentul i a desfiinat autonomia provinciei. Delegaii albanezilor s-au ntrunit n mod ilegal i au organizat n septembrie 1991 un referendum pentru independen. Albanezii au organizat n 1992 alegeri clandestine i au nfiinat organizaii politice. Din 1996 s-a nfiinat Armata de Eliberare din Kosovo (UCK), format din voluntari albanezi, care i-a chemat pe locuitori la rebeliune armat pentru obinerea independenei. Belgradul a trimis trupe n provincia din sudul rii, transformnd conflictul local ntr-unul etnic i religios, dup modelul bosniac, ceea ce a atras reacia comunitii europene. Micarea de eliberare s-a declanat n 1997, cu demonstraii de mare amploare la Pristina. Armata srb a ocupat zona Drenica, act care a declanat n ianuarie 1998 un violent rzboi mpotriva armatei srbe. Consiliul de Securitate ONU a cerut, n 1998, srbilor s-i retrag trupele i s permit instalarea unei misiuni internaionale de meninere a pcii. n acelai timp au continuat atrocitile de ambele pri. La presiunile internaionale, preedintele Slobodan Miloevi i secretatul american Richard Holbrooke au semnat un acord permind prezena a 2000 de oficiali OSCE pentru meninerea ordinii i aviaiei NATO s supravegheze zona. Dar nici armata srb i nici UCK nu au respectat acordul violenele continund. n aplanarea conflictului s-au implicat Consiliul NATORusia, ONU i OSCE. n februarie 1999, Javier Solana, secretarul Alianei Nord-Atlantice a reuit s i aduc pe beligerani la masa tratativelor, la Rambouillet. Aici, s-a semnat un Acord interimar de pace i autoguvernare n Kosovo. Provincia trebuia s primeasc un statut de autonomie, iar o for internaional KFOR II trebuie s devin garantul prevederilor din Acord. Srbii s-au retras de la masa negocierilor, considernd c prezena unor uniti NATO pe teritoriul rii i statutul obinut de acestea nclcau independen statului. Acordul de la Rambouillet a fost semnat de S.U.A., Marea Britanie i reprezentanii albanezilor dar a fost respins de Serbia i Federaia Rus. n aceste condiii n martie 1999, NATO a decis bombardarea forelor militare srbe. n aceste condiii, ncepnd din martie 1999, n cadru Operaiunii Forelor Aliate trupele NATO au bombardat insistent Serbia, oblignd-o dup 87 de zile s semneze un nou acord. Armata srb a continuat epurrile etnice din Kosovo, aproape 1 milion de persoane refugiindu-se din regiune. La 10 iunie 1999, Serbia a acceptat un plan de pace propus de G8 care prevedea: retragerea forelor srbe, dezarmarea UCK i trimiterea unei fore internaionale de meninere a pcii. Rzboiul a avut consecine pe termen lung, nu doar n Iugoslavia ci i n regiunea Dunrii. Abia n 2003, Federaia Serbia-Muntenegru a fost acceptat n arena relaiilor internaionale. Rzboiul a marcat i impunerea strategiei NATO i a legitimat politica american n regiune, care milita n numele umanitii, fr s aib mandat ONU. Serbia-Muntenegru a reuit s ias din izolare abia dup predarea unor militari considerai criminali de rzboi i a lui Slobodan Miloevi. Soarta sa a fost pecetluit de pierderea alegerilor n 2000, a fost predat Tribunalului Internaional de la Haga i a murit n condiii care au creat confuzie, n arest, n 2006.