Oct 2014 Ian 2015

ReglajulexprimriigenelorlaPK
1 Principiigenerale

REGLAJULEXPRIMRIIGENELOR
Exprimareagenelorpresupuneunfluxdeinformaiegenetic

gen
(ADN)

transcriere
genetic

transcript primar
(ARN)

procesarea
transcriptului

ARN mesager
ARN ribozomal

ARN de transfer
ARN antisens

traducerea
informatiei
genetice

peptid

Transcriere genetic (TG) =primaetapnexprimareagenelor

DrumuldelaADN proteine

EstedefaptADN ARN proteine

TG=procesuldesintez amoleculelordeARN caurmareacitiriiinformaieicodificat nmoleculeleADN

TGseamncureplicarea,darsesintetizeazocatenARNinuADN;
deci,nmodsimilar,estecititocatenADN(=catenmatri),
iarcatenanouestesintetizeazpebazdecomplementaritatecumatria
TGestecatalizat enzimatic deenzimedenumite ARNpolimeraze

PK1speciemoleculardeARNpol/celul
EK3speciimolecularedeARNpol/celul

PrinTG sesintetizeazatoatetipuriledeARNpropriicelulelor:ARNm,ARNr,ARNt,ARNhn
moleculaARNrezultat printranscriere,naintedeoricealt procesare, senumetetranscriptprimar
ncelule,moleculeleARNsuntsintetizatepebazdecomplementaritate,folosinddreptmatriocatenADN
NucleotidepecatenaADNmatri

NucleotidepecatenaARNtranscript

G
C
T
A

C
G
A
U

ncontrastcuADNpolimerazele,ARNpolimerazelenunecesitprimer,potataaiprimulnucleotiddepecatenanou

Transcriereageneticsedesfoarnbucladetranscriere zonundedesfacedublulhelixADN

3
5

bucldetranscriere

ARNtranscript

nurmneataatlamatriaADNpetoatlungimeaei,
cidoarpeunsegmentscurt,de~15nucleotide

CatenaARNcesesintetizeazprintranscriere

restulmoleculeiARNiese dinhibridulARN:ADN

3
5

bucldetranscriere

ARNtranscript

3
3

ARNtranscript
bucldetranscriere

ADN
5

3
bucl de transcriere

3
5

ARN transcript

bucla de transcriere se deplaseaz pe ADN

bucla de transcriere se nchide,iar transcriptul ARN este expulzat

ADN

3
5

ARN transcript

nansamblu,deiprocesuldetranscriereestesuficientdecorect
(corectitudineasereferlacomplementaritatearibonucleotidelordincatenaARN fadedeoxiribonucleotidele
dedeoxiribonucleotidele
dinmatriaADN),
estetotuimaipuinacuratdectprocesuldereplicare.

Mecanismeledeproofreadingsuntmaipuineficiententranscriere,comparativcureplicare
Transcriere 1nucleotidgreit /10.000nucleotide
Replicare 1nucleotidgreit /10milioanenucleotide

nreplicareestecopiattotgenomul
ntranscriereestecopiatinformaiadoardepeosingurcatenADN,idoardinanumiteregiuniADN,denumitegene
Gen=regiunedinADNacreiinformaieestecopiatnARN

ORF=OpenReadingFrame=cadrudeschiscitirii=zonADNceestetranscris

Ce regiuni din ADN se transcriu ?

G E N
Zon din ADN care codific pentru o protein / ARN
Zon din ADN creia i corespunde o copie ARN

N
R
A

Promotor

l
po

Terminator

O zon din ADN cuprins ntre un promotor i un terminator poart numele de unitate de transcriere
Catena folosit ca matri ptr sinteza unui transcript este complementar cu el i = caten antisens
Catena ne-matri este denumit caten codificatoare sau caten sens

TranscriereancepedelaunPROMOTOR iseterminlaunTERMINATOR
LaEKfiecaregenareunpromotori,respectiv,unterminator.
LaPK,unelegeneaupromotoriterminator,altegenenuaupromotorpropriu(sunttranscrisemaimultegene
porninddelaunacelaipromotor)

PeoaceeaimoleculADN,unelegenesunttranscrisefolosindocatendreptmatri,iaraltegenesunttranscrise
araltegenesunttranscrise
folosindcealaltcatenacamatri.
AcestlucruestedeterminatdemodulncareseaeazADNpolpemoleculaADN
CaiADNpolimerazele,iARNpolimerazelesintetizeazlegturilefosfodiestericedincatenanoundirectia5 3.
ncazulprocesuluidetranscriere,funciedeorientareaARNpolimerazei,estecititunasaucealaltdinceledou
catenealemoleculeiADN

ARNpol

5
Promotor

catenaantisens

5
3

5
transcriptARN

5
3

transcriptARN

ARNpol

3
catenaantisens

rotomorP

Conveniiinternaionaledenotare
OriceregiuneADNdccusecvencunoscutsepoatelistadoarpeosingurcaten,
cealaltfiindcunoscutprincomplementaritate
Astfel,sescriedoarsecvenacatenei5 3,deex.:5ATTGCCAATGGA3
Maimultchiar,defoartemulteorinusemaiscriuicifrele5,3
PentrufiecareregiuneADNtranscris,nucleotidelesenumeroteazastfel:

gena2
-4 -3

-2 -1 +1 +2 +3 +4 +5 .....

..... +5 +4 +3 +2 +1 -1 -2

-3

gena1

situs
START

+1 PrimulnucleotiddincatenaADNmatricareestecititicreiaicorespundeprimul
nucleotidntranscriptulARN;acestprimnucleotidcititmaiestenumitiSITUSSTART
+2...+n

1...n

UrmtoarelenucleotidedincatenaADNmatricitite,aflatenaval(downstream))
fadeprimulnucleotidcitit
Nucleotideledepecatenamatriaflatenamonte(upstream)fadecadruldecitire,,
importanteptrgenaconsiderat

LaEK,majoritateageneloraupromotorpropriuisunttranscrisenunitidistincte,procesulfiinddenumit
transcrieremonocistronic
LaPK,unelegene(maialescelereglatoare)aupromotorpropiu isunttranscriseprinTmonocistronic;
foartemultegenens,nuauPpropriu,cisuntcotranscriseprintranscrierepolicistronic
Ounitateadetranscriere=1gen

Transcrieremonocistronic

(A)Transcrieremonocistronic
genaA

transcriere
3 ARNtranscript
monocistronic

5
traducere

unsingur
polipeptid

Ounitateadetranscriere=maimulte gene

Transcrierepolicistronic

(B)Transcrierepolicistronic
genaB

gena C

genaD

transcriere
3

5
traducere

C
maimultepolipeptide

ARNtranscript
policistronic

ARNpolimeraze
=enzimecesintetizeazmoleculeARN,prinformarealegturilorfosfodiestericentreribonucleotide,ndirecie5 3
SpredeosebiredeADNpolimeraze,ARNpolimerazeleNUnecesitprimer potataaiprimulnucleotid
SeataeazlamoleculaADN,lasecvenedetipPROMOTOR
PK

ARNpolimerazadelaPK
1singurspeciemoleculardeARNpolimeraz ~7000molecule/celul

Sintetizeaz toate speciilemolecularedeARNcelular:mesager(ARNm),ribozomal(ARNr),detransfer(ARNt)etc

Esteformatdin4tipuridesubuniti,codificatedegenediferite,cuformulageneral:

(alpha)
beta)
betaprim)
(sigma)

asamblareasubunitilorARNpolimerazei
seataeazlaregiuneaUPdinpromotori(CTD) =
funcioneazcadimer

CTD(carboxy
(carboxyterminal
terminaldomain)
linkerflexibil
NTD(amino
(aminoterminal
terminaldomain)

formarealegturilorfosfodiestericedintreribonucleotide

vezislide
vezislideulurmtor

afinitatechimicptrADN,seataeazsitusnespecific
recunoatespecificregiunilepromotor(secvenelecelor2hexameri)iseataeazlaele
desfacedublulhelixADN,frinterveniahelicazei
dupterminareafazeideiniiereatranscrierii,sedesprinde,
iarrestulsubunitilordesfaoarelongareaiterminareatranscrierii

EtapeletranscrieriigeneticelaPK
ncepedelaregiuninumitePROMOTORI
AttlaPK,ctilaEK,uncicludeTG
continuisedesfoarperegiunideschisecitirii
seterminnregiuninumiteTERMINATORI
Latoatetipuriledeorganisme,uncicludetranscriereesteformatdin3etape:iniiere,elongare,terminare

IniiereatranscrieriilaPK
Regiunilepromotor=regiuniundeataeazARNpolimerazelei,respectiv,
undearelocdeschidereadubluluihelixADN
undeseformeazbucladetranscriere
StructurapromotorilorlaPKincludesecveneconsensus,recunoscutedesubunitialeARNpolimerazelor
Start
SitusulUP

UP

30
3060b

//

Hexamerul
Hexamerul35
5TTGACA3

15
1520b

Hexamerul
Hexamerul10
5TATAAT3

510b

StructurapromotorilorlaPK
LaPKsecveneleconsensusrecunoscutedesubunitialeARNpolsunt:
hexamerul35=osecvenhexameric(formatdin6pb)localizatnpoziia35 TTGACA

recunoscutde

hexamerul10=osecvenhexameric(formatdin6pb)localizatnpoziia10 TATAAT

recunoscutde

situsulUP=osecvende~20pb,culocalizarevariabil40...80pbdesitusul+1

recunoscutdeCTD

SchemaARNpolimerazeidelaprocarioteiataarea acesteialaregiunipromotor

LaPK,iniiereatranscrieriisedesfoarn3stadii:

Promotornchis I /PromotornchisII/Promotordeschis

I.ARNpolimeraza,respectiv,subunitatea,seataeazlahexamerul35

II.ARNpolseaeazpeADN,cuprinzndul;seataeazilahex10
Darcei2hexamerinusuntorientaioptimfadesitusuriledeataarela
Ptraseataastabillacei2hexameri,distorsioneazmoleculaADN
Caurmare,ADNulestecurbatitorsionatntrecei2hexameri

PromotornchisI

PromotornchisII

III.Tensiuneatorsionalesteeliberatprindeschidereadubluluihelix, 1520pb,
regiunececuprindeisitusulstart+1;
seformeazastfelbucladetranscriere

Promotordeschis

Laorganismeleprocariote,primulribonucleotidataatntranscriptesteATP/GTP
Dupsintezaa810ribonucleotide,sedesprindedincomplex,miezulenzimeiARNpolimerazdesfoarn
continuaresingurreaciadepolimerizare,cuformarealegturilorfosfodiestericedintreribonucleotide.

ElongaretrasncrieriilaPK
MoleculadeARNcretendirecia 5 3,reaciafiindcatalizatdesubunitatea
bucladetranscrieresedeplaseazpemoleculadeADN
transcriptulARNnuestemeninutnhibridpetoatlungimealui,cidoarpeaprox.12b
DupceARNpolatrecutderegiuneapromotor,acestasenchide,iarlaelsepoateataaoaltmoleculdeARNpol
ARNpoldelaE.coliareoratdepolimerizaredeaprox.3040nucleotide/secundla37oC
nfazadeelongare, ARNpoldelaPKdesfoar iactivitatedeproofreading,prin2mecanisme:
editarepirofosforolitic
editarehidrolitic

:ARNpolndeprteazunribonucleotidncorporatincorect

:ARNpolsedeplaseaznapoipetranscriptcuunulsaumaimulte
ribonucleotide,taieoporiunedetranscript,ndeprteazregiuneacu
ndeprteazregiuneacu
eroareireiaapoiprocesuldesintez;naceastreacie,ARNpoleste
RNpoleste
asistatdeproteina Gre

ntranscriereamultorgenedelaPK,netapadeelongareparticipunsetdeproteinecuroldefactoride
elongaie,dintrecarecelmaiimportantesteproteinaNusG,carecre
teprocesivitateaARNpolimerazei(rol
NusG
similarcucelalpeptidului slidingclamp nprocesuldereplicare).

ADN
5

3
bucl de transcriere

3
5

ARN transcript

bucla de transcriere se deplaseaz pe ADN

bucla de transcriere se nchide,iar transcriptul ARN este expulzat

ADN

3
5

ARN transcript

TerminareatranscrieriilaPK
ARNpolimerazasedeplaseazpemoleculaADNitranscriepnajungeinregiuneaunuiterminator.
OsecvenADNdetipterminatoresteformatdin:
2copiipoliGCrepetateinvers,ceprezintcomplementaritateintracatenar
410adenine,ceformeazunaanumitsemnaldeterminare;
legturiledeH dintreAdepematriaADN iU depetranscriptulARNsuntextremdeslabe
nmoleculadeARN regiuneaformatdincele2copiipoliGC ostructurnacdepr(hairpin)
careblocheaznaintareaARNpol
ARNpolstaioneaz
LegturiledeHdinregiuneahibridA...Usuntinstabile

transcriptulesteexpulzatdinbucladetranscriere
bucla senchide
i
ARNpolimerazasedeprindedepemoleculaADN

nacestmodesteterminattranscriereagenetic.

Seconstatdecic,deiregiunileterminatorsuntdefinitepemoleculaADN,funciadeterminareatranscrieriio
iadeterminareatranscrieriio
aretranscriptulARN

Funciedegraduldecomplementaritateintracatenar,laPKaufostdescrisedouclasedeterminatori :
terminatoriRhoindependeni

complementaritateaintracatenaresteperfect
structurahairpinestestabilfrinterveniavreuneiproteine

5 ..

Structur
Structurnac
nacde
depr,curol
pr,curoln
terminareatranscrieriigenetice

terminatoriRhodependeni

celedoucopiipoliGCnuprezintocomplementaritateintracatenarperfect
structurahairpinesteinstabil stabilizatde proteinaRho
(delaliteragreceascr)

5 ..

ProteinaRho

.
G . C
.
G . C
.
G . C
.
G . C
.
G . C
.
G . C
.
G . C

U U U U U U U 3

. C
G .
.
G . C
. C
G .
. C
A .
. C
G .
. U
G .
. C
G .

U U U U U U U 3

Operoni

ncazulorganismelorprocarioteoseriedegenenuaupromotorpropriu,cisuntcotranscrisepornind
delaunacelaipromotor(transcrierepolicistronic).Exprimareagenelortranscrisepolicistroniceste
astfelreglatunitar.Asemeneaunitideexprimaregenicpoartnumeledeoperoni.

ngeneral,chiarilaorganismeledetipprocariot,proceseledereglajgenetic nusuntdetipcalitativ(on/off),
ci de tip cantitativ, reglnduse rata de transcriere a unei gene sau mai multor gene per unitate de timp. n
ansamblu,mecanismeledereglajgeneticaulabazinteraciuni ntreanumiteregiunidinmoleculadeADN i
altemolecule,nmajoritateacazurilorproteine,dariARN.

estereglatRATA deexprimareagenelor

reglajulgeneticestedetipcantitativ(inudetipcalitativ)

expresiagenelorpresupunemaimulteetape,primaesteetapadetranscrieregenetic
laPKexist1singurspeciemoleculardeARNpol/celul
ARNpol=4tipuridesubuniti

Interaciuneadintre ADN

reglajgenetic

transcrietoatetipuriledegene

2 ,seataeazlaP

proteine/ARN

cei2hexameri,35i10

UP
CTD

reglajgenetic

pozitiv

ataareastrns aARNpollaP

activareatranscrierii,
creterearateidetranscriere

negativ

mpiedicareaatariiARNpollaP

inhibareatranscrierii,
scderearateidetranscriere

Maj.genelorsuntreglateattprinmecanismepozitive,ctinegative
LaPKadaptarearapidlaschimbridemediu

schimbrimetabolicerapide

OPERON

reglajrapidal
exprimriimultorgene

OPERON

genestructurale
genereglatoare
secvenereglatoare

secv.regl.duale

genreglatoare

genaR

genestructurale

genaA

transcriere
monocistronic secv.regl.derepresie
(operatori)

gena B

genaC

transcrierepolicistronic
secv.regl.deactivare

Funciedetipuldereglajgenetic,operoniiseclasificn:
operoniinductibili exprimainprezenaunormecanisme/moleculeinductoare;reglajpozitiv
(nusuntexprimaiconstitutiv)
operonirepresibili exprimaiconstitutivfr mecanisme/moleculeactivatoare; reglajnegativ,derepresie
Maj. operonilorbacterienisuntreglaiattprinmecanismedeactivare,ctiderepresie
represiageneticnuesteniciodattotal

niveledereglajgenetic
reglajpeogen
reglajpeoperon
reglajpereguloni
reglajpestimulon
reglajglobal

operoniisuntexprimaichiarinstarerepresat,
darcuoratminim(diferfunciedeoperon)

MECANISMEDEREGLAJGENETICGLOBALLAPK
(a)cuajutorulsubunitii aARNpolimerazei
recunoateregiuneaUPdinstructurapromotoriloriseataeazsitusspecificlaea
funciedesecvenadenucleotidedinUP,CTDseataeazsuficientdestrns,
frinterveniavreuneialteproteine;estecazuloperonilorputernici(deex.operoniirrn ARNriARNt),
careauoratridicatdetranscrierenmodconstitutiv
acolounderegiuneaUPnuaresecvenaperfect,ataareasubunitiiCTDesteajutatdealteproteine

(b)reglajgeneticglobalcuajutorulsubunitatii aARNpolimerazei

dintrecele4subunitialeARNpol,subunitateaesteceacareasigurspecificitateadeataarelaP
afirmaiacf.creianfiecarecelulbacterianexistosingurspeciemoleculardeARNpol
este,defapt,adevratptrsubunitile, i
nfiecarecelulPKexistmaimultespeciimolecularedesubunitate

fiecarespeciemolecularde recunoateiseataeazlaaltesecvenedenucleotidedinhexamerii35i10
(nutoipromotoriiauaceleainucleotidencei2hexameri)

fiecarespeciemoleculardeestefolositndiversecondiiidemediu,funciedeceseturidegenetrebuietranscris
Celemaiimportantespeciimolecularedesubunitate laE.coli
Secvenerecunoscuten:

Notaie

g.m.
[KDa]

Gen
codificatoare

Condiiidemediu

70

70

rpoD

Condiiigenerale;asigur
funcionareanormalacelulei

TTGACA

TATAAT

32

32

rpoH

octermic

TCTCNCCCTTGAA

CCCCATNTA

60/54

60

rpoN

CantitiinsuficientedeN

CTGGNA

TTGCA

24

24

octermicextrem

hex35

hex10

(c)reglajgeneticbazatpeproteinaactivatorCAP
ProteinaCAP(CAP=CataboliteActivatorProteinsauCRP=CataboliteReceptorProtein)
g.m.=~22500Da;structurdetiphelixturnhelix (HTH);funcioneazcadimer 45000Da
seataeazlaADN,situsspecific,laosecvende22bp(5AAATGTGATCTAGATCACATTT3)
permitecelulelorPKsfoloseascsursealternativedecarbon,atuncicndnmediunuexist/ numaiexistglucoz
CAParedoudomenii

captulNH2terminal:arecapacitateaslegecAMP
captulCOOH:recunoatesecvenaspecificdinmoleculaADNiseataeazlaaceasta

COOH

NH2
cAMP

domeniudelegarelaADN

CnddomeniulaminoaldimeruluiCAPleag activareadomeniuluicarboxi
prinmodificareaconformaieistericeaacestuia,
permindataarealaADNntromaniersitusspecific

ataareaCAPlaADN curbareaADNcu90

PopovychNetal.PNAS2009;106:69276932

MecanismulprincareproteinaCAPactiveaztranscrierea
situsuriledeataareaCAPseaflnregiuniledetipP,lngsecventeleUP
CAPsepoateataailaCTD,favorizndlegareaacestuialaregiuniUPcusecvenimperfect
(situaientlnitlaoperoniiimplicainmetabolizareaunoraltesursedecarbonnafarde
glucoz lactoz,arabinoz,maltoz,xilozetc)
OperoniiactivaideCAPsempartn3 grupe :
operonidinclasaI : situsulptr CAPestenamontefadesitusulUP
activareaarelocatuncicndproteinaCAPataeazceledousubunitiCTD
operonidinclasaII : situsulptrCAPesten avalfadeUP(ntreUPihexamerul35)
activareaareloccndCAPleagiCTDi
operonidinclasaIII : situsulptrCAPesten avalfadeUP(ntreUPihexamerul35)
situsulUParesecvenperfect iaCTDseleagsingurlaUP
activareaareloccndCAPleagsubunitatea
CAP

A.

(-62)

-CTD
(-45)

miezul ARN pol

(-40......+20)

-CTD
(-63)

B.
CAP
(-42)

miezul ARN pol

(-40......+20)

nfigursuntreprezentatedoarprimele2clasedeoperoni