Spre deosebire de MET, unde raza de electroni la tensiune nalt formeaz imaginea specimenului,

microscopul electronic cu scanare[9] produce imagini prin detecia electronilor secundari, cu energie
sczut, emisi de pe suprafaa specimenului datorit excitrii acestuia de ctre raza principal de
electroni. n MES, raza de electroni parcurge ntreg specimenul, detectorii construind o imagine prin
maparea semnalelor detectate la poziia razei.
n general, rezoluia MET este de regul cu un ordin de mrime mai mare dect cea a MES, dar,
datorit faptului ca imaginea produs de microscoapele cu scanare se bazeaz pe procese de
suprafa i nu pe transmisie, este capabil s vizualizeze probe mai mari, i are o adncime de
penetrare mult mai mare, producnd astfel imagini care sunt o bun reprezentare tridimensional a
probei.