Complex Proteina- Ligand descriere

1.Introducere

Am ales proteina cu Cod PDB-5H3Q [2] Structura cristalina a TrkA kinazei cu

ligand

Rol de inhibitor al transferazelor, are afinitate mare pentru receptorii de cretere

ai nervilor i mediaz diferenierea neuronal i prevenirea morii celulare
programate. Are un singur lan polipeptidic A [1]

Trk A este important i n aciunile nucleare dar i n cele locale, reglnd

conurile de cretere, motilitatea i exprimarea genelor care codific pentru
biosinteza enzimelor pentru neurotransmitori. Neuronii senzoriali nociceptivi
peptidergici exprim n general trkA i nu trkB sau trkC. Liganzii neutrofini ai
receptorilor Trk sunt liganzi procesai ceea ce nseamn c sunt sintetizai n
form imatur i sunt transformai prin clivaj proteazic , acesta genernd
neutrofine cu afinitate mai mare pentru receptorii lor Trk [3]

2.Metoda:

Am ales proteina cu Cod PDB-5H3Q [2]

Contine un singur lant proteic: A

Greutatea totala a structurii: 37325.97,

Lungimea lantului A este de 324 la Homo sapiens,

Metoda de obinerii a structurii : Difracie cu raze X.Structura reprezentat

conine 2550 atomi .EC: 2.7.10.1. Conine atomi de proteine : 2387 ,atomi de
acizi nucleici : 0 ,atomi heterogeni: 53 , Atomi de solvent : 94. Atomii de
hidrogen au fost adaugai n poziiile corespunztoare de valori U : rafinate
individual.[4]

TrkA kinaza are 3 liganzi:

1-[(3S,4R)-4-[3,4-bis(fluoranil)fenil]-1- (2-metoxietil)pirrolidin-3-il]-3-(5-
etoxi- 4-metil-2-fenil-pirazol-3-il)uree sau C26 H31 F2 N5 O3 cu structura:
 2,3-dihidroxi-1,4-ditiobutan / 1,4-ditiotreitol sau C4 H10 O2 S2 :

Ionul de Na Na [2]

3. Rezultate:

Structura cristalina a TrkA kinazei cu ligand:

n figur este reprezentat molecula de TrkA cu liganzii prezentai mai sus, cu gri
sunt reprezeni cei 3 liganzi (Ionul de Na, 2,3-dihidroxi-1,4-ditiobutan / 1,4-
ditiotreitol x 2 molecule i 1-[(3S,4R)-4-[3,4-bis(fluoranil)fenil]-1- (2-
metoxietil)pirrolidin-3-il]-3-(5-etoxi- 4-metil-2-fenil-pirazol-3-il)uree ) n albastru i
Violet sunt reprezentate - helixurile ,iar cu galben sunt reprezentate structurile
-sheet. Figura a fost realizata utilizand VMD 1.9.3 [5]

Bibliografie

1.Furuya, N., Momose, T., Katsuno, K., Fushimi, N., Muranaka, H., Handa, C., Kinoshita,
T. (2017). The juxtamembrane region of TrkA kinase is critical for inhibitor selectivity.
Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 27(5), 12331236.
https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2017.01.056

2. http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=5h3q

3. https://en.wikipedia.org/wiki/Trk_receptor#TrkA

4. https://files.rcsb.org/view/5H3Q.pdb

5. Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., "VMD - Visual Molecular Dynamics", J.
Molec. Graphics, 1996, vol. 14, pp. 33-38.