1.

INTRODUCERE
1.1. Proteinele i viul
ntrebarea Ce este viaa? este veche de cnd lumea. Rspunsurile la ea ns au fost
diferite funcie de evoluia societii i, mai cu seam, a cunotinelor deinute de aceasta.
n secolul XVIII am fi obinut probabil un rspuns legat de forele vitale nite energii
misterioase, metafizice ce locuiesc n materia organic i care in n via organismele.
Cu circa 150 de ani n urm lucrurile ncep s se schimbe i n acest domeniu al definii
viului. La nceputul secolului al XIX-lea apare timid i curentul ce propunea ca filozofie
privind viul aceleai teorii i mecanisme ca i cele ce guverneaz neviul.
Louis Pasteur face prima demonstraie spectaculoas n acest sens cnd arat ca
transformarea zahrului n alcool este rezultatul activitii drojdiilor i este baza creterii lor.
S-a realizat astfel o prim legtur ntre organismele vii i reaciile chimice (s
recunoatem, nici ele mai bine cunoscute la timpul acela).
Pasul urmtor, realizat graie cercetrilor lui Marcellin Berthelot i Eduard Buchner, a fost
acela de a realiza acelai proces, fermentaia, fr a folosi drojdiile ci doar extracte din
acestea. Chiar dac la nceput natura substanelor implicate n conversia zahrului n etanol a
fost necunoscut, cu timpul s-a demonstrat fr tgad c aparin aceste substane unei clase
mari de compui chimici, proteinele.
Chiar daca nu imediat i extrem de clar, acesta a fost unul din momentele ce au mpins
cunoaterea tiinific nainte i au artat c viaa nu trebuie considerat ca rezultatul unor
fenomene misterioase i vagi asupra organismelor ci c este consecina unor procese chimice
numeroase i complexe ce au loc datorit proteinelor. Aceasta a devenit piatra de temelie a
biochimie moderne i, mai trziu, a biologiei moleculare. Se tie deja c n afara enzimelor,
astzi doar o clas mare de proteine, multe alte proteine fr rol catalitic au fost descoperite de
atunci. Poate cel mai important exemplu de protein non-enzimatic este cel al hemoglobinei,
protein animal responsabil de transportul oxigenului i al dioxidului de carbon.
Revoluia tiinific ce a culminat cu descoperirea structurii ADN la mijlocul secolului al
XX-lea i care n final a devenit revoluia geneticii i transformarea tiinelor biologice n
biologie molecular a artat fr tgad c proteinele sunt mai mult dect simple maini
moleculare active n celule i esuturi, ele sunt produsul primar al genelor fiind astfel
responsabile de exprimarea informaiei genetice.
1.2. Organizarea molecular a organismelor vii
La nivelul Terrei avem milioane de specii diferite de organisme vii. n ciuda diversitii
lor extreme manifestate la nivelul morfologiei, comportamentului, hranei, reproducerii, un
lucru este comun tuturor: sunt alctuite din celule. Mai mult dect att, toate celulele au un
acelai mod de organizare structural. Diferenele dintre diferitele celule in de vechimea
organismelor ce le reprezint i de particularitile funcionale dobndite n decursul evoluiei.
Astfel, organismele cele mai vechi, procariotele(3,2 2,8 mld ani), sunt unicelulare avnd
i cea mai simpl organizare structural, n care toate elementele se gsesc n citoplasma
celulei, fr a exista o compartimentare clar.
Pe scara evoluiei apariia eucariotelor(1,5 mld ani), cu celule mari, cu compartimentare
clar i cu posibilitatea de a se agrega spre a forma organisme multicelulare, a fost un pas
imens nainte. Teoria endosimbiont este cea acceptat astzi cel mai mult, aceast teorie
spunnd c, oarecum contra mersului firesc al lucrurilor, unele bacterii ingerate de alte
bacterii sau chiar de ctre eucariotele primitive au scpat procesului de digestie i, n timp, au
devenit organite celulare. Cel puin dou organite celulare presupuse a fi endosimbionte sunt
extrem de importante n lumea vie: cloroplastele i mitocondriile.
Mergnd pe calea evolutiv observm c doar cu 0,6 mld ani n urm a aprut ceea ce se
cunoate astzi drept explozia evolutiv a Cambrianului. Singura certitudine privitoare la
aceast explozie evolutiv este aceea legat de concentraia oxigenului n atmosfera terestr.
1
Este clar c organismele multicelulare nu ar fi putut evolua fr fora motoare dat de
utilizarea oxigenului ca acceptor final al electronilor extrai din substratele supuse degradrii.
De ce sunt importante celulele ca baz a organismelor vii? Un rspuns ar fi acela c
existena celulelor ofer un mediu izolat de mediul exterior, mediu intern ce are proprieti
diferite de cele ale mediului nconjurtor. Manifestarea proceselor unice asociate vieii
nseamn abilitatea celulelor, ca ntreg, de a avea metabolism, de a crea structuri moleculare
complexe, de a crete, a se divide, a se mica etc.
Chimic, celulele sunt de asemenea unice chiar dac atomii din care sunt construite
moleculele celulelor sunt aceiai ca i cei din materia anorganic, fr via.
Carbonul, hidrogenul, oxigenul, azotul, sulful i fosforul, atomii cei mai des ntlnii n
organismele vii sunt aceiai din materia nevie dar exist diferene semnificative ntre
compoziia chimic i compoziia molecular a viului i a neviului.
n primul rnd este vorba despre complexitatea moleculelor din materia vie i cea nevie.
n lumea nevie moleculele uzuale sunt simple n timp ce viul a creat molecule complexe,
altfel imposibil de gsit n lumea nevie.
Viul are patru mari categorii de molecule ce se pot asocia spre a forma macromolecule:
1. glucide
2. lipide
3.nucleotide acizi nucleici
4. aminoacizi proteine
Glucidele simple i complexe sunt vectorii de energie i de recunoatere celular, dar i
elementele de structur cele mai rspndite pe faa Terrei. Lipidele simple i cele complexe
stocheaz energie de o manier eficient dar sunt i cele ce creeaz membranele celulare de
toate tipurile. Nucleotidele i acizii nucleici sunt baza informaional a tot ceea ce nseamn
viu pe Terra.
n cea ce privete proteine, scopul acestui curs, acestea joac roluri diverse i nenumrate,
toate importante, n celule i esuturi. Proprietile lor unice le fac distincte fa de celelalte
molecule din organismele vii. Sunt cele mai studiate i, probabil, cele mai interesante
molecule din lumea vie. De ce? Sunt cele mai abundente macromolecule dintr-o celul. Mai
mult, numrul de proteine funcionale diferite la nivelul celulelor i esuturilor este mult mai
mare dect al oricrei alte macromolecule. S-ar putea msura cu ele doar ARN-ul dar nu chiar
n acelai grad. Diversitatea proteinelor se manifest mai cu seam la eucariote, mai ales din
cauza fenomenului de gene splicing (modificri posttranslaionale n care o gen codific
pentru mai multe proteine, prin includerea sau excluderea diferenial a unor regiuni din pre-
ARNm).
Exemplul cel mai bun este omul la care cele circa 25000 30000 de gene au ca rezultat un
impresionant numr de circa 100000 proteine, mai mult metodele actuale de detecie
sugereaz c fiecare celul ar exprima pn la 15000 proteine distincte.
numrul total de proteine din natur este greu de determinat dar estimri exist: de
exemplu numrul total de proteine diferite la organismele al cror genom a fost secveniat
poate fi determinat pn la un grad oarecare de precizie prin studierea numrului de cadre ce
citire din ADN-ul acestora. Am ajunge astfel la un numr de ordinul milioanelor. Dac inem
cont de numrul de organisme de pe Terra i de ceea ce tim astzi despre unele dintre ele
(aceleai al cror genom a fost deja secveniat) atunci estimrile cresc spre 1010 1012 poate i
mai mult ca numr de proteine. Concluzia este cu att mai interesant cu ct se tie
diversitatea funcional a proteinelor.

1.3. Conceptul de PROTEOM

Orice biolog care i-a nceput cariera de cercettor n anii 70 sau 80 ai secolului trecut
poate cu uurin s spun c la momentul respectiv proteinele ca obiect de studiu erau cu

2
totul n afara modei. Toat biologia era focusat pe Genomic i Inginerie Genetic i prin
urmare dac nu puteai clona ceva nimeni nu era interesat. ncepnd cu anii 90 ai secolului
trecut s-a constatat o renatere a interesului ctre biochimia proteinelor. Acest lucru a fost
generat de o fenomenal acumulare de secvene genetice gzduite n baze de date uor
accesibile. Pe msur ce din ce n ce mai multe secvene de gene au devenit disponibile a
devenit evident c este strict necesar s se determine ce fac aceste gene n celul. Mai mult, a
devenit evident c secvenierea sistematic a ntregului genom va fi un proces lung i sinuos i
nu o simpl determinare a unor markeri pentru boli. O abordare alternativ, poate chiar o
scurttur, a fost ca cercettorii s priveasc direct la produii genelor i apoi s caute gena de
la care provin. Abordarea acesta poate fi privit ca reverse genetics.
n 1993 termenul PROTEOM a fost introdus de ctre Marc Wilkins i Keith
Willliams de la Universitatea Maquarie din Sydney Australia pentru a descrie identificarea
sistematic a ntregului complement proteic al genomului.
Creterea ulterioar a interesului pentru analiza i descrierea proteom-urilor este
ilustrat de creterea foarte rapid a numrului de articole tiinifice i de publicaii care
poart cuvntul proteom n titlu. (fig. 1)

Fig. 1 Creterea numrului de publicaii i articole referitoare la cercetarea proteomului i proteomic

n ultimii 10 ani ( date pn n 2005). Msurtorile sunt fcute prin cutri n baza de date NCBI
PubMed pentru fiecare an pe baza cuvintelor proteome i proteomics.

Prin proteom nelegem totalitatea proteinelor unui organism, unui

esut, unei celule (funcie de nivelul de organizare luat n studiu). Pn la
un punct proteomul este direct i strict complementar genomului.

1.4. Conceptul de PROTEOMIC

Termenul PROTEOMIC a fost introdus n 1995 i este definit ca o caracterizare la
scar mare a ntregului complement proteic al unei linii celulare, esut sau organism.
Astzi, dou definiii sunt ntlnite pentru Proteomic. Prima definiie, n stil clasic,
restrnge analiza pe scar larg a produilor genelor la studii care implic doar proteinele. A
doua definiie (mult mai cuprinztoare) combin studiile asupra proteinelor cu analize cu tent
genetic cum sunt analiza ARNm, genomic i analiza drojdiilor dublu hibride. Totui scopul
principal al proteomicii rmne acelai i anume de a se obine o privire ct mai global i ct
mai integrat asupra biologiei prin studierea tuturor proteinelor unei celule dect studierea
fiecrei proteine n mod individual.
n mod evident studiul proteomului este legat strns de proteomic.
Pe baza acestei definiii mai largi a Proteomicii mai multe arii de studiu sunt n acest
moment grupate sub numele generos de Proteomic. (fig. 2) Printre aceste domenii regsim
studierea interaciunilor protein-protein, studierea funciilor proteinelor i studierea
localizrii proteinelor pentru a numi doar cteva.
3
 De aceea putem spune c scopul Proteomicii nu este doar de a identifica toate proteinele
dintr-o celul ci i de a crea o hart complet tridimensional a celulei care s arate
localizarea fiecrei proteine. Aceste scopuri ambiioase vor necesita cu siguran implicarea
unui mare numr de discipline diferite cum sunt biochimia, biologia molecular i
bioinformatica. Prin aceast prism este evident c doar n bioinformatic calculatoare din ce
n ce mai puternice vor fi necesare pentru a gestiona i organiza imensul volum de informaii
generate de aceste cutri.

Fig. 2 Diversele arii de studiu ale Proteomicii i aplicaiile lor n biologie

1.5. Dezvoltarea Proteomicii

Primele studii asupra proteinelor care pot fi numite Proteomic ncep n 1975 odat cu
introducerea electroforezei bidimensionale de ctre OFarrell, Klose i Scheele
(Humangenetik 1975, 26, 211-234) care au nceput cartografierea proteinelor din E. coli,
oarece i porcuorul de Guineea. Dei multe din proteine pot fi separate i vizualizate ele nu
pot fi identificate. n ciuda acestor limitri la scurt vreme dup aceea o analiz pe scar larg
a proteomului uman a fost nceput. Scopul acestui proiect, numit indexul proteinelor umane,
a fost de a se utiliza electroforeza bidimensional a proteinelor (2-DE) metode de studiu
pentru a cataloga proteomul uman. Totui, lipsa de finanare i limitri tehnice au oprit acest
proiect.
Dei progresul tehnicilor 2-DE a fost un mare pas nainte tiina proteomicii a trebuit
s atepte pn cnd proteinele separate prin 2-DE au putut fi identificate. O problem care a
trebuit depit a fost lipsa unor tehnologii sensibile de secveniere a proteinelor.
mbuntirea sensibilitii a fost critic pentru succesul separrilor deoarece probele
biologice sunt deseori un factor limitativ i n ambele situaii att unidimensional ct i
bidimensional (1-DE i 2-DE) capacitatea de ncrcare pe gel este limitat.
Prima tehnologie pentru identificarea proteinelor a fost secvenierea proteinelor prin
degradare Edman. O cucerire major a fost dezvoltarea tehnicilor de microsecveniere pentru
proteinele separate prin blotting. Aceast tehnic a fost utilizat pentru identificarea
proteinelor din gelurile 2-D pentru a crea primele baze de date 2-D. mbuntirile tehnologiei
de microsecveniere a proteinelor au crescut sensibilitatea metodei Edman de secveniere a
proteinelor pn la nivelul de picomoli de protein posibil a fi analizat (anii 90 ai secolului
trecut).
Una dintre cele mai importante descoperiri referitoare la identificarea proteinelor este
tehnologia de analiz prin spectrometrie de mas (MS = Mass spectrometry). n ultimii 10 ani

4
sensibilitatea analizelor i acurateea rezultatelor obinute la identificarea proteinelor prin MS
au crescut cu cteva ordine de magnitudine. Se estimeaz c astzi aparatele cele mai
performante pot identifica proteine prezente n gelurile de separare n cantiti de ordinul
femtomolilor (10-15 M). deoarece tehnica MS este mult mai sensibil i poate tolera
amestecuri proteice ea a nlocuit tehnica de secveniere Edman.
Creterea proteomicii este un rezultat direct al progresului fcut n secvenierea
nucleotidelor provenind din secvenele genomice exprimate i a ADN-ului genomic. Fr
aceast informaie proteinele nu pot fi identificate cu toate progresele fcute n tehnicile MS.
Identificarea proteinelor se bazeaz pe prezena unor forme de baze de date pentru un
organism dat. Majoritatea secvenelor cunoscute de ADN i de proteine sunt rezultatul
cercetrilor din ultimii 10 -15 ani.
n 1995 primul genom complet al unui organism a putut fi prezentat n form
secveniat i aparine organismului Haemophilus infuenzae. Pn la ora actual genomul mai
multor organisme a fost secveniat.
Studiind doar genele nu putem obine foarte multe tipuri de informaii. De exemplu,
proteinele i nu genele sunt responsabile de fenotipul celulelor. Este astfel imposibil s se
elucideze mecanismele ce guverneaz bolile mbtrnirea i efectele mediului doar prin
simpla studiere a genomului. Numai prin studierea proteomului se pot depista modificrile pe
care le sufer diferitele proteine, cum se reflect aceste modificri asupra fenotipului i se pot
gsi locuri int pentru medicamente.

1.6. Nouti tiinifice datorate studierii proteomului (prin intermediul

proteomicii)
O ntrebare care apare mereu cnd privim la proteomic este aceea privitoare la avantajele
aduse pn la acel moment sau cele ce se ntrevd.
n afara euforiei create n jurul noilor noiuni (proteom proteomic) sunt i descoperiri cu
importan deosebit? Este o ntrebare dificil i un prim rspuns la ea este pozitiv fie i
numai pentru c a schimbat modul de a privi studiul proteinelor de la abordarea de tip o
protein o dat la o abordare de ansamblu.
Dintre avantajele aduse de proteomic putem enumera:
1. Proteomul nu mai este o mare necunoscut. Cercetrile substaniale n domeniul
expresiei proteinelor (de la electroforeza n gel cuplat cu spectrometria de mas la
shotgun proteomics i spectrometrie de mas n tandem) ne-au dat i continu s ne
dea imagini ale proteinelor att structural ct i funcional la nivelul unei celule sau
unui esut. Nu vom afirma c tim funcia fiecrei proteine dintr-un
organism/esut/celul (proteom) dat dar avem un minimum de cunotine n ceea ce
privete numrul structura i funciile proteinelor. Definiie: shotgun proteomics =
analizarea proteomului prin tehnici HPLC cuplate cu MS dup ce n prealabil
proteinele au fost supuse digestiei triptice.
2. Nivelul nalt al proteomului, pe care l-am obinut din studiile de amploare a
interaciunilor protein protein n interiorul celulelor prin folosirea tehnicilor
proteomice abia ncepe s se dezvluie. Adoptarea pe scar larg a acestui mod de a
privi proteomul va necesita o schimbare de paradigme deoarece el necesit o privire
global, bazat pe proteine, a celulei i o acceptare a faptului c proteinele nu
acioneaz individual ci particip n interaciuni de tip protein protein pentru a
forma uniti funcionale n celul.
3. Proteomica ofer o cale nou pentru descoperirea proteinelor cu rol de biomarker
medical pentru diagnoza unor boli sau/i pentru prognoza evoluiei unor maladii. Pe
msur ce tehnologiile implicate n proteomic vor fi perfect adaptate analizei

5
 proteinelor solubile, analiza proteinelor din fluidele corpului va deveni o surs
inestimabil de informaii preioase despre corpul uman.
4. Proteomica ofer date de nalt rezoluie care suplimenteaz tehnicile existente
biomedicale. Toxicologia, care n mod tradiional se bazeaz pe histopatologie i pe
evaluarea unui numr mic de proteine i metabolii sangvini, folosete tehnicile
proteomice pentru o mai bun nelegere a efectelor principale dar i a celor secundare
ale medicamentelor. Imunoproteomica, aplicaie a proteomicii pentru descoperirea de
proteine i peptide imunoreactive, ncepe s ofere indicaii deosebite despre cum
deosebete organismul self-ul de non-self i ce se ntmpl cnd lucrurile o iau razna.
5. Metaproteomica, un termen nou utilizat pentru a descrie proteomica de tip Shotgun
aplicat amestecurilor de specii microbiene, ofer aspecte privind diversitatea
microbilor i interaciunile dintre i cu acetia care altfel ar fi fost imposibil de obinut.
Speciile microbiene care sunt dificil de cultivat n laborator pot fi studiate direct prin
analiz proteomic a probelor din mediu. Dei n mod curent este necesar i o analiz
metagenomic pentru a permite identificarea proteinelor se sper c aceast abordare
s devin mai larg rspndit.

1.7. Ateptri viitoare de la studiul proteomului

n cele din urm vrem s tim i care aspecte ale proteomului rmn neexplorate i unde
proteomica trebuie s fie efectiv aplicat. Dei nu este o list exhaustiv cteva exemple sunt
prezentate mai jos:
1. Separarea i detectarea tuturor proteinelor dintr-un genom rmne un deziderat i o
provocare. Proteinele a cror concentraie este foarte mic sunt n mod particular greu
de caracterizat, datorit mai ales diferenelor foarte mari de concentraie a diferitelor
proteine dintr-o prob. Fracionarea probelor poate ajuta cum pot ajuta i noile tehnici
de egalizare dar noi abordri sunt necesare pentru a rezolva aceast problem.
Proteinele care sunt foarte mari, foarte bazice sau foarte acide rmn de asemenea
problematice pentru analiza 2-D.
2. Nu este posibil s comparm un interactom cu altul. Incredibila complexitate a unui
interactom i faptul c reelele de interaciune sunt construite ca rezultat al miilor de
experimente individuale fac imposibil la momentul actual compararea unei reele de
interaciuni cu alta. Electroforeza albastr nativ care separ un mare numr de
complexe proteice n condiii blnde poate oferi un mijloc pentru rezolvarea acestei
probleme.
3. Secvenierea de novo a proteinelor rmne dificil. Cercettorii care studiaz
organismele pentru care bazele de date cu secvene de nucleotide ale ADN-ului sunt
incipiente nu pot identifica proteinele separate. mbuntirile n ceea ce privete
spectrometria de mas i bioinformatica cum ar fi strategiile cutare de modificri
deschise sunt necesare nainte ca aceast tehnic s devin rspndit.
4. Nu putem monitoriza n timp real schimbrile proteomului. Necesitatea de a distruge
celulele pentru analiza proteomic i lipsa unei tehnologii alternative fa de
spectrometria de mas face imposibil nelegerea multiplelor schimbri care au loc
permanent n celul. Dei nu este clar cum am putea obine astfel de informaii n timp
real dezvoltarea microscopiei cu nalt mrire aplicat celulelor vii poate fi un cmp
fertil pentru noi dezvoltri.
5. Proteomica zilelor noastre este semicantitativ i nu cantitativ. Capacitatea de a
distinge absolut n loc de relativ n ceea ce privete cantitile este dorit. Folosind
tehnici imunologice s-a putut determina cantitativ (numr de copii al unei proteine per
celul) o mare parte din proteomul speciei S. cerevisiae. Aceast analiz ne-a oferit o

6
 prim definiie molecular (nc incomplet) a proteomului. De asemenea, s-a
demonstrat c prin utilizarea unor probe n care folosim peptide marcate (radioactiv) s-
a putut face analiz cantitativ prin spectrometrie de mas. Din nefericire niciuna din
aceste abordri nu ofer o soluie de rutin pentru proteomic cantitativ; totui
viitoare dezvoltri ale acestei tehnologii ne-ar putea oferi soluiile cutate.
6. Capacitatea noastr de a genera date privind proteomica i care s respecte un standard
anume i s ofere posibilitatea de a dezvolta proiecte colaborative este limitat. Exist
ncercri de a standardiza bazele de date ce privesc analiza 2-D a proteinelor care
rezolv n parte aceast problem. Totui deoarece diferitele laboratoare folosesc
diferite maniere pentru interpretarea analizelor proteice 2-D i de asemenea, a celor
provenind din tehnicile de spectrometrie de mas folosirea n comun a datelor este
dificil. Standardele n ceea ce privete datele obinute sunt greu de implementat i
este salutar iniiativa HUPO Proteomics Standards Initiative care a definit o serie de
standarde pentru datele privind interaciunile moleculare, spectrometria de mas,
electroforeza n gel, informatica pentru proteom sau modificrile proteinelor.
7. Acest cmp de analiz mbrieaz cu greu noile analize statistice pentru design-ul
experimental i analiza datelor. Pentru studierea biomarkerilor acest lucru poate avea
consecine serioase i este foarte probabil ca muli biomarkeri studiai s fi fost
analizai pe un numr prea mic de subieci sau datele s fi fost analizate insuficient de
atent.
8. Interpretarea datelor, care nseamn extragerea cunotinelor din volume foarte mari
de date obinute prin experimente de proteomic, este un punct nevralgic. n mod
particular experimentele de proteomic produc mii de spectre pe zi care sunt
comparate cu ajutorul calculatoarelor cu bazele de date. Problema aici este legat de
insuficienta dezvoltare a software-ului folosit la comparare. Exist foarte muli
parametri care trebuie introdui manual ceea ce face analiza greoaie. Se ateapt
dezvoltri suplimentare care s permit validarea i compararea rezultatelor care se
obin cu diferite unelte analitice.

7
 2. Structura i funciile proteinelor
2.1. Generaliti
Proteinele sunt cele mai versatile macromolecule ale sistemelor vii. Ele servesc la
realizarea unor funcii cruciale n absolut toate procesele biologice. Funcioneaz ca i
biocatalizatori, transport i stocheaz alte molecule cum ar fi oxigenul, ofer suport mecanic,
acioneaz ca protectori, genereaz micare, transport impulsuri nervoase controleaz
creterea i diferenierea.
Cteva proprieti importante permit proteinelor s participe ntr-o aa mare varietate de
funcii.
1. Proteinele sunt polimeri lineari formai din monomeri numii aminoacizi.
Construcia unui foarte mare numr de macromolecule pornind de la un numr
limitat de monomeri este o tem ce apare mereu n biochimie. Funcia ndeplinit
de o anumit protein depinde n mod direct de structura sa primar. Este
remarcabil de notat c proteinele se pliaz spontan pentru a forma structura
tridimensional. Aceasta depinde de structura primar. Proteinele reprezint
tranziia de la lumea unidimensional a secvenei de nucleotide ctre lumea
tridimensional a moleculelor capabile de diferite activiti.
2. Proteinele conin un mare numr de grupri funcionale. Aceste grupri funcionale
includ alcooli, tioli, tioeteri, grupri carboxil, carboxiamide i o varietate de grupri
cu caracter bazic. Cnd se combin n secvene variate aceast matrice de grupri
funcionale va genera o mare varietate de funcii ale proteinelor. De exemplu,
reactivitatea chimic asociat acestor grupri este esenial pentru funcionarea
enzimelor.
3. Proteinele pot interaciona ntre ele i de asemenea cu alte biomolecule i pot forma
ansambluri complexe. Proteinele din aceste ansambluri pot aciona sinergic pentru a
genera capabiliti pe care proteinele singure nu le pot avea. Aceste ansambluri
includ mainrii macromoleculare care gestioneaz cu acuratee replicarea ADN-
ului, transmiterea de semnale ntre celule i multe alte procese eseniale.
4. Unele proteine sunt suficient de rigide n timp ce altele prezint o flexibilitate
limitat. Unitile rigide pot funciona ca elemente de structur ale citoscheletului
sau n esuturile de interconectare. Prile din protein cu flexibilitate limitat pot
aciona ca elemente mobile care sunt vitale pentru funcionalitatea proteinelor,
pentru asamblarea proteinelor ntre ele sau cu alte biomolecule i pentru
transmiterea informaiei n interiorul i ntre celule.

2.2. Aminoacizii, baza proteinelor.

Aminoacizii sunt compui organici care au n structura lor o grupare carboxil la un
capt i o grupare amino la atomul de carbon alturat celui terminal ce are ataat gruparea
carboxil.(fig. 3) Atomul de carbon ce are gruparea amino se mai numete atom de carbon alfa.
n ceea ce privete radicalul R acesta poate fi alifatic, aromatic sau cu grupri SH-, carboxil
sau amino.
Gruparea carboxil doneaz protonul sau ctre gruparea amino i n acest fel un aminoacid n
lipsa unui acid sau a unei baze are o structur ce include att o sarcin pozitiv ct i una
negativ. Molecula per ansamblu este neutr electric starea aceasta fiind denumit
ZWITTERION (cu doi ioni).(fig. 4)

8
 Figura 3. Structura unui aminoacid(cu albastru atomul de carbon alfa)

Figura 4. Evidenierea formrii sarcinilor electrice la gruprile Amino i Carboxil (Zwitterion)

Cel mai simplu aminoacid este Glicina (G;Gly) n care radicalul este reprezentat de
atomul de hidrogen. n cazul particular al glicinei atomul de carbon alfa nu este unul asimetric
i prin urmare glicina nu este un compus chiral.
Deoarece la toi ceilali aminoacizi la nivelul atomul de carbon alfa exista 4
substitueni diferii vom avea pentru fiecare din aceti aminoacizi doi enantiomeri D respectiv
L. D-aminoacizii apar doar n unele proteine din structura peretelui celular bacterian.

Figura 5. Izomeria optica la carbonul alfa n cazul alaninei (reprezentri diverse)

n organismele vii majoritatea covritoare a aminoacizilor este aparintoare seriei L.

2.2.1. Punctul izoelectric

Titrrile acid-baz implic adugarea treptat i n cantiti mici fie a unui acid peste o
baz, fie invers. n figura 6 avem reprezentarea grafic a titrrii formei diprotonate a glicinei.
Graficul prezint 2 stadii distincte corespunztoare deprotonrii celor 2 grupri diferite ale
glicinei care au protoni. Fiecare din cele dou stadii amintete de curba de titrare a unui acid
monoprotonic cum ar fi acidul acetic i poate fi analizat n acelai fel.

9
 Fig. 5 Curba de titrare a glicinei.

La valori foarte reduse ale pH-ului forma predominant este cea complet protonat. La
mijlocul primei etape din titrare, n care gruparea carboxil pierde protonul, sunt prezente
cantiti echimolare att din donorul de protoni ct i din acceptorul acestora.
Aa cum se cunoate la mijlocul oricrei titrri este prezent un punct de inflexiune pe grafic i
acesta reprezint momentul n care valoarea pH-ului este egal cu valoarea pKa a speciei
protonate care este titrat. n cazul particular al glicinei pKa sau mai exact pKa1 este 2,34 ceea
ce face ca gruparea carboxil s aib pKa de 2,34.
Reamintim c pKa reprezint la fel ca i pH simple convenii de notare pentru concentraia
protonilor (pH) i pentru constanta de echilibru n cazul ionizrii (pKa) i de asemenea trebuie
reinut ca pKa este o msur a tendinei unei grupri funcionale de a ceda un proton i c
aceast tendin scade de 10 ori la o cretere a pKa de doar o unitate.
pKa explicaii
Unele substane chimice sunt capabile s se comporte ca acizi sau ca baze. Conform teoriei
acido-bazice a lui Brnsted i Lowry acizii sunt molecule ce vor ceda protoni n soluie iar
bazele sunt capabile s accepte protoni din soluia n care se gsesc.
Deprotonarea unui acid va decurge pn la un punct de echilibru descris de relaia:

Aceast relaie fiind caracterizat ca orice alt relaie de echilibru de o constant de echilibru
Ka care depinde n mod direct de concentraiile speciilor implicate n relaia de echilibru
calculat folosind concentraiile molare ale speciilor implicate:

10
Constanta aceasta de echilibru, Ka, este o msur foarte important a triei acizilor (tendina
lor de a ceda protoni) cu ct Ka este mai mare cu att acidul va ceda protonii cu uurin.
Deoarece valorile Ka pot varia foarte mult n ceea ce privete gradul lor de mrime, pentru
uurina operrii cu aceste valori s-a ales utilizarea minusului logaritmului zecimal pentru a
reprezenta aceste mrimi rezultnd astfel pKa.

n afara reducerii intervalului pe care se vor situa valorile aciditii pKa poate fi definit i ca
msura logaritmic a afinitii pentru protoni a unui acid. Cu ct mai tare un acid, cu att mai
joas valoarea pKa. Gradul de deprotonare al unui acid depinde n mod direct de pH-ul
soluiei, cu ct mai mare valoarea pH-ului comparat cu valoarea pKa, cu att mai mare gradul
de deprotonare. Asta deoarece cu ct mai mare valoarea pH-ului cu att mai mare concentraia
ionilor OH- din soluie, acetia fiind capabili s culeag protonii din soluie i s ridice
echilibrul deprotonrii acidului spre produii de reacie. Gradul de deprotonare se poate
calcula utiliznd ecuaia HendersonHasselbalch asta dac sunt cunoscute valoarea pH-ului la
care are loc msurtoarea i valoarea pKa :

aa cum arat ecuaia, cnd pH este egal cu pKa

avem exact 50% din acid deprotonat. Valoarea pKa este msurabil i se poate determina
practic prin titrare cu o baz puternic cum ar fi NaOH. n procesul de titrare protonii eliberai
prin disocierea acidului vor fi preluai de ctre ionii hidroxil provenii din disocierea bazei.

Asta duce la creterea continu i treptat a valorii pH a soluiei lucru observabil pe msur ce
se adaug baz n soluie. n cazul cel mai simplu. Al acizilor i bazelor cu cte un singur
proton i o singur grupare hidroxil, adugarea a un echivalent de baz duce la deprotonarea a
un echivalent de acid conform curbei de titrare.
pKa este valoarea pH-ului la care exact jumtate din cantitatea de acid a fost titrat
(neutralizat). Curba de titrare are o regiune plat la mijloc ce corespunde unui interval de pH
n care valoare pH se va schimba foarte puin, cu toate c baza este adugat n continuare cu
aceeai vitez. Acest fenomen, cunoscut ca tamponare (buffering) se petrece cnd suficient
acid a fost deprotonat. n mod normal aceste fenomen are loc atunci cnd se apropie de
punctul de mijloc al titrrii/deprotonrii. n termeni de pH acest lucru ncepe cam la o unitate
de pH fa de jumtatea titrrii i ine cam o unitate de pH mai sus de jumtatea titrrii. Cu
toate acestea punctul de la jumtatea deprotonrii trebuie s fie n mijlocul acestui interval,
care este de altfel i valoarea pKa . aceste fenomen este cu att mai important cu ct avem de a
face cu acizi multiprotonai cum ar fi aminoacizii i mai cu seam cnd numrul gruprilor
protonate este necunoscut. n aceste cazuri fiecare grup are propria sa valoare pKa i va fi

11
complet deprotonat la o alt valoare a pH. Presupunnd c valorile pKa ale grupelor nu sunt
similare, ele vor fi titrate secvenial, fiecare necesitnd un echivalent de baz spre a fi complet
deprotonate. Asta duce la obinerea unei curbe de titrare cu mai muli pai. Identificarea
valorilor pKa se face identificnd mijlocul intervalului zonei plane a curbei.
Pe de alt parte deprotonarea schimb ncrcarea electric net a moleculei. Acidul care este
neutru electric atunci cnd este complet protonat devine ncrcat negativ dup deprotonare. Ar
fi i cazul multo acizi organici cum este acidul acetic.
Ali acizi ns ar putea s se comporte exact invers, cazul amoniacului. Spre a stabili starea de
ionizare este necesar cunoaterea structurii acidului.

Pe msur ce titrarea continu un alt punct de inflexiune este la valoarea pH-ului de 5,97 i el
semnific completa nlturare a protonului 1 (de la gruparea carboxil) i startul procesului de
nlturare a celui de-al doilea proton (de la gruparea amino). Acest pH este cel la care glicina
este completamente dipolar zwitterion. De asemenea acest punct este punctul izoelectric pI
la care molecula este complet neutr electric. A doua etap a titrrii corespunde nlturrii
protonului de la grupa amino a glicinei. Valoarea pH-ului la punctul de inflexiune este egal
cu 9,60 aceasta fiind valoarea pKa sau mai exact pKa2 corespunztoare gruprii amino.
Titrarea este n esen complet la valoarea pH-ului 12.
Din curba de titrare a glicinei deriv cteva informaii importante. n primul rnd vom
obine valorile cantitative pentru pKa a fiecreia din cele dou grupri funcionale i anume
2,34 pentru gruparea carboxil i 9,60 pentru gruparea amino (este de notat c gruparea
carboxil a glicinei este de mai bine de 100 de ori mai acid dect gruparea carboxil a acidului
acetic acest lucru fiind explicabil prin efectele electronice de la nivelul aminoacidului). O a
doua informaie desprins din curba de titrare a glicinei este cea referitoare la existena a dou
regiuni n care aminoacidul manifest capacitate de tamponare. Una din acestea este regiunea
aproximativ plan a curbei care se extinde cu aproape o unitate de pH la stnga i la dreapta
valorii pKa corespunztoare gruprii carboxil, adic 2,34. O a doua zon n care aminoacidul
are capacitate de tamponare este n jurul valorii de pH de 9,60 care corespunde valorii pKa a
gruprii amino.

2.2.2. Catenele laterale ale aminoacizilor

Dac toi aminoacizii au n comun cele dou grupri funcionale (amino i carboxil)
legate la atomul de carbon alfa ei difer n ceea ce privete catena lateral. Avem prin urmare
o clasificare a aminoacizilor funcie de radicalul lor R (catena lateral). Aminoacizii pot fi
grupai dup proprietile radicalului R n cinci mari grupe, n mod particular dup polaritatea
sau tendina de a interaciona cu apa la valorile biologice ale pH-ului (n jurul valorii 7).
Polaritatea radicalului R variaz foarte mult de la nepolar (hidrofob; insolubil n ap) pn la
polar (hidrofil; uor solubil n ap).
A. Aminoacizi cu radicalul R nepolar, alifatic. Catenele laterale ale alaninei,
valinei, leucinei i izoleucinei au tendina de a se aduna mpreun n interiorul
proteinelor acest fapt ducnd la stabilizarea structurii proteinei ca rezultat al
interaciunilor hidrofobe. Glicina care este cel mai simplu aminoacid este
considerat formal ca fiind tot nepolar ns catena lateral foarte scurt
(hidrogen) nu are nicio contribuie n ceea ce privete interaciunile hidrofobe.
Metionina are o grupare tioeteric nepolar n catena sa lateral. Prolina are o
caten lateral alifatic cu o structur particular ciclic. Gruparea imino a
prolinei este inut ntr-o conformaie rigid care reduce foarte mult
flexibilitatea lanului polipeptidic n regiunea n care regsim acest rest.

12
 Figura 6. Aminoacizi cu caten lateral nepolar
B. Aminoacizi cu caten lateral aromatic. Fenilalanina, tirozina i triptofanul cu
catenele lor laterale aromatice au un caracter polar foarte redus fiind
considerate de asemenea nepolare. Toate pot participa n interaciuni
hidrofobe. Gruparea hidroxil a tirozinei prin capacitatea ei de a forma legturi
de hidrogen particip n centrii activi ai unor enzime. Tirozina i triptofanul au
oricum un caracter polar mai pronunat dect al fenilalaninei.
Tirozina i triptofanul, mai puin fenilalanina, prezint un maximum de
absorbie n domeniul ultraviolet al spectrului aceast caracteristic fiind
exploatat la determinri cantitative ale proteinelor bazate pe absorbia luminii
ultraviolete cu lungimea de und de 280 nm.

Figura 7. Aminoacizi cu caten lateral aromatic

C. Aminoacizi cu caten lateral polar nencrcat electric. Catenele laterale ale
acestor aminoacizi prezint un caracter polar mult mai pronunat dect cel

13
 ntlnit la aminoacizii nepolari deoarece conin grupri funcionale capabile de
a forma legturi de hidrogen cu apa. Serina, treonina, cisteina asparagina i
glutamina sunt aminoacizii acestei categorii. Gruprile hidroxil i sulfhidril
precum i gruparea amido sunt cele care dau acest caracter.
Asparagina i glutamina sunt amidele a doi aminoacizi descoperii n proteine
i anume acidul aspartic i acidul glutamic. Cisteina se poate oxida cu formarea
cistinei acest proces fiind unul foarte important pentru procesele redox din
celul sau stnd la baza regsirii cisteinei n centrul activ al unor enzime sau
putnd juca un rol foarte important n realizarea structurilor teriare i
cuaternare ale unor proteine.

Figura 8. Aminoacizi cu caten lateral polar nencrcat electric

14
 Figura 9. Formarea punii disulfidice
D. Aminoacizi cu caten lateral ncrcat pozitiv. Aceti aminoacizi au o
ncrcare net pozitiv la pH = 7 i ei sunt lizina (cu a doua grupare amino),
arginina (cu o grupare guanidino) i histidina (cu o grupare imidazolic).
Histidina este singurul aminoacid larg rspndit a crui caten lateral are
punctul pKa n apropierea valorii de pH = 7. de asemenea acest rest servete ca
donor / acceptor de protoni n centrul activ al unor enzime.

Figura 10. Aminoacizi cu caten lateral ncrcat pozitiv

E. Aminoacizi cu caten lateral ncrcat negativ. Doar doi aminoacizi fac parte
din acest grup: acidul aspartic i acidul glutamic ambii avnd cte dou grupri
carboxil.

15
 Figura 11. Aminoacizi cu caten lateral ncrcat negativ

2.2.3. Aminoacizi rar ntlnii n proteine.

Proteinele sunt alctuite n principal din 20 de aminoacizi dar alturi de acetia
regsim i unii aminoacizi exotici. Cei mai muli dintre acetia provin din modificarea
catenelor laterale ale aminoacizilor de cele mai multe ori aceste modificri survenind n
interiorul catenei polipeptidice.
4-hidroxiprolina i 5-hidroxilizina sunt printre cei mai rspndii. 6-N-metillizina este
ntlnit n miozin iar gama carboxiglutamatul este ntlnit n protrombin i n proteine care
leag calciul. Desmozina este un aminoacid care deriv de la 4 resturi de lizin i este regsit
n elastin. Selenocisteina este un caz special. Acest aminoacid rar este sintetizat n timpul
sintezei proteinelor i conine seleniul fiind regsit n foarte puine proteine cunoscute.
Au fost descoperii pn acum mai mult de 300 de aminoacizi n celule dar acetia nu
sunt constitueni ai proteinelor. Ornitina i citrulina sunt intermediari cheie ai ciclului
ureogenetic.

16
 Figura 12. Aminoacizi rar ntlnii n proteine

2.3. Structura proteinelor

Peptidele i proteinele sunt polimeri alctuii din resturi de aminoacizi legai ntre ei prin
legturi peptidice.

Figura 13. Formarea legturii peptidice

Din aceast perspectiv vom observa c peptidele i proteinele au la unul din capete o
grupare carboxil liber iar la cellalt capt au o grupare amino.

Figura 14. Capetele azot terminal i carbon terminal ale unei peptide (proteine)
Scheletul unei peptide / proteine este alctuit din succesiunea de atomi (plecnd de la captul
carbon terminal) C C N C C N .. C C N .
Hidroliza total a unei proteine conduce la obinerea unui amestec de aminoacizi. Este de
remarcat c proporia n care se regsesc diferiii aminoacizi proteinogeni poate servi ca si
caracteristic a unor grupuri de proteine.
Sunt aminoacizi care se regsesc rar n proteine sau care au o abunden foarte mare.
Din nefericire hidroliza total, de obicei acid, provoac reacii secundare n catenele laterale
ale unor aminoacizi cum este i situaia asparaginei i glutamine care vor fi regsite n

17
amestecul final ca acid aspartic i acid glutamic sau situaia triptofanului care este distrus
aproape complet la hidroliza acid.
De asemenea trebuie reinut c proteinele pot fi alctuite n forma lor funcional doar din
aminoacizi i acest grup va fi considerat al proteinelor simple n timp ce proteinele care au
alturi de aminoacizi i alte componente permanent asociate i care concur la buna
funcionalitate a acelei proteine vor fi numite proteine conjugate. Partea neaminoacidic a
unei proteine este numit grup prostetic. Dup natura gruprii prostetice putem mpri
proteinele n lipoproteine, glicoproteine, metaloproteine,. Exist proteine coninnd mai mult
de o singur grupare prostetic. Gruprile prostetice au de cele mai multe ori un rol extrem de
important n realizarea funciei biologice a respectivei proteine.

Figura 15. Nivelele de organizare a structurii proteinelor

Structura proteinelor este mprit pe mai multe nivele de organizare: structura primar,
structura teriar, structura cuaternar.

2.3.1. Structura primar

Structura primar a unei proteine este reprezentat de succesiunea resturilor de aminoacizi din
scheletul su. Din punct de vedere al cercetrilor biochimice secvena aminoacidic va ncepe
mereu cu captul N terminal i se va ncheia la captul C terminal asta deoarece este exact
ordinea n care sunt adugai aminoacizii la lanul polipeptidic.
Legtura peptidic n care sunt implicai atomii de carbon C, C i atomul de azot formeaz
un singur plan. Legtura dintre C i N este oarecum mai scurt dect o legtur tipic C-N
din cauza mesomeriei cu legtura dubl C=O.
Dubla legtur nu permite nici un fel de rotaie n jurul ei i acest lucru este n parte adevrat
i n cazul legturii parial duble dintre atomul C i cel de azot. De aceea catenele laterale pot
fi dispuse fa de planul legturii peptidice doar n configuraie Cis sau Trans. De cele mai
multe ori configuraia trans fiind cea favorizat energetic si steric.

Fig. 16 Lungimile legturilor dintre atomii implicai n legtura peptidic

18
 Fig. 17 Structuri de rezonanta in legtura peptidic

Fig. 18 Reprezentare cis i trans pentru dispunerea catenelor laterale

Unghiul diedral sau unghiul de torsiune este o msur a capaciti de rotaie i a rotaiei
efective dintre doi atomi participani la o legtura i poate lua valori de la -180 pn la
+180.

Fig. 19 Capacitatea de rotaie a legturilor din legtura peptidic

19
 Fig. 20 Reprezentarea posibilitilor de rotire a legturilor la nivelul unei peptide
Posibilitile cele mai favorabile de rotire sunt analizate prin intermediul diagramelor
Ramachandran (grafice ce arat dependena dintre valorile fi i psi).

20
 Fig. 21 O diagram Ramachandran care arat distribuia valorilor i . Se observ c nu toate
combinaiile sunt posibile. Regiunile favorabile sunt n verde nchis, cele puin favorabile n verde
deschis.
Din diagramele Ramachandran se desprinde uor observaia conform creia nu toate
posibilitile de aranjare a unei legturi peptidice sunt posibile. Extrapolat la nivelul unei
ntregi proteine se poate lesne observa c din aceste constrngeri i din rigiditatea legturii
peptidice posibilitile de pliere sunt limitate ceea ce va uura plierea n conformaia biologic
normal.

2.3.2. Structura secundar

ntrebarea ce i-au pus-o cercettorii dac o protein poate s se plieze ntr-o structur
repetitiv a cptat rspuns pozitiv ba mai mult exist cteva tipuri de structur repetitiv care
sunt posibile la proteine.
Structura secundar descrie conformaia local a aminoacizilor n lanul polipeptidic. Ea este
stabilizat prin legturile de hidrogen ce se stabilesc ntre gruprile amino i ceto ale legturii
peptidice acesta avnd sarcini pozitive i negative pariale. Dei energia fiecrei legturi de
hidrogen este relativ mic per ansamblu dat fiind numrul lor total energia lor per ansamblu
este considerabil i permite stabilizarea acestor structuri.
Sunt descoperite pn acum 4 tipuri de motive structurale ale structurii secundare:
A. -helixul: lanul polipeptidic este nfurat n jurul unei axe imaginare avnd un numr
de 3,6 aminoacizi pe rotaie. Fiecare rotaie este de circa 5,4 n lungime. Lungimea
alocat unui aminoacid este de 1,5. Unghiul total dintre 2 resturi de aminoacizi este
de circa 100 contribuia fiind de -57 pentru unghiul diedral i de -47 pentru
unghiul diedral . Radicalii R sunt orientai n afara helixului. Helixul este stabilizat
prin legturile de hidrogen care se formeaz ntre carboxi oxigen (parial negativ) i
amino hidrogen (parial pozitiv) legtura fiind stabilit la o distan de 4 resturi de
aminoacizi. Rotaia pentru legtura de hidrogen are o lungime de 13 atomi. Dei
rotaia helixului poate fi i n sensul acelor de ceasornic si invers acelor de ceasornic
din punct de vedere practic nu a fost observat dect rotaia invers acelor de ceasornic.
Aceste helixuri sunt numite de mn dreapt. n mod similar helixurile cu rotaia n
sensul acelor de ceasornic sunt helixuri de mn stng. Este ns evident c pentru
aminoacizii seriei L probabilitatea maxim este de a realiza helixuri de mn dreapt.
B. Foile -pliate: lanul polipeptidic este ntins i legturile de hidrogen dintre carboxi
oxigen i amino hidrogen survin departe n interiorul lanului polipeptidic. De aceea
dac mai multe iruri stau unele lng altele legturile de hidrogen se vor stabili i
ntre aceste lanuri. Aceast dispoziie a lanului polipeptidic n form de iruri poate fi
cu irurile paralele sau cu ele antiparalele. Catenele laterale pot fi orientate deasupra
sau dedesubtul foii. Legturi suplimentare de hidrogen ntre aceste catene laterale apar
destul de frecvent. Foile pliate sunt arareori plane ci de cele mai multe ori
supraaranjate formnd helixuri de mn dreapt. Dac foile pliate sunt mari poate
aprea o structur de tip butoi.
C. ntoarceri: acestea au n general 180 i sunt importante mai ales n cadrul structurilor
pliate. Ele conin de obicei 4 resturi de aminoacizi sau 3 resturi. De cele mai multe ori
conin glicin sau prolin regsim ntoarcerile de multe ori i n structura centrului
activ al enzimelor.
D. Structuri spiralate: sunt toate structurile secundare proteice cu excepia celor deja
enumerate. Deoarece aminoacizii din aceste structuri au un rol bine definit n structura
general a proteinei din care fac parte termenii de structur neregulat sau de spiral
randomic nu sunt tocmai coreci. Aceste tipuri de structur secundar au rolul lor

21
 foarte important de a conferi flexibilitate proteinei permind modificrile
conformaionale ale acesteia.
Mai sunt cteva structuri secundare dar care sunt regsite doar n unele proteine ns cu roluri
funcionale foarte importante. Este cazul colagenului i al keratinei dar i al altor proteine.
De reinut c elementele structurii secundare sunt interconectate pentru a forma motive de
structur.

Fig. 22 Patru modaliti de ilustrare a -helixului

Fig. 23 Structurile de tip foaie -pliat.

22
 Fig. 24 Structuri de tip ntoarcere.

2.3.3. Structura teriar

Structura teriar descrie conformaia global a proteinei sau altfel exprimat descrie modul n
care elementele de structur secundar sunt aranjate spaial.
Structura teriar este determinat de interaciunile care apar ntre aminoacizi situai la mare
distan pe catena polipeptidic care ns sunt adui n vecintate de modul de pliere al
proteinei. Este de asemenea determinat de interaciunile ionice ce au loc ntre aminoacizii cu
sarcin electric la nivelul catenei laterale, de interaciunile hidrofobe dintre aminoacizii cu
catena hidrofob i de legturile de hidrogen sau cele Van der Waals care apar. De notat c
tendina este ca la suprafaa proteinei s avem resturile hidrofile i cele hidrofobe s fie bine
ascunse la interior lucru normal dac privim mediul celular n care proteina i va desfura
rolul su.
De asemenea la proteinele transmembranare se va constata c domeniile proteinei sunt diferite
funcie de zonele strbtute i anume n zonele exterioare membranei vom avea aminoacizi
polari iar zona care strbate membrana va fi una cu resturi de aminoacizi nepolari. Interfaa
dintre ap i zona lipidic este format din trei aminoacizi cu proprieti speciale triptofanul
tirozina i lizina (aceast combinaie fiind cunoscut i ca centura aromatic).
Structurile teriare (dar i cele cuaternare) pot fi stabilizate i prin intermediul legturilor
disulfidice. S-a constatat ns c de cele mai multe ori proteinele n care aceste puni apar sunt
destinate exctreiei din celul mai mult dect utilizrii intracelulare.
Unele proteine au cteva domenii de structur interconectate prin segmente scurte i s-a
constatat c prin hidroliz aceste domenii i menin nu doar structura lor dar de cele mai
multe ori i proprietile catalitice. Un exemplu este chaperonul Hsc70 care are 3 domenii cu
funcii distincte i hidroliza uoar pstreaz funciile domeniilor chiar individualizate.
Dac vom privi n ansamblu proteinele cunoscute se va observa cu uurin c exist abloane
n ceea ce privete aranjarea elementelor de structur secundar. Aceste abloane de aranjare
sunt numite motive. S-a constatat c de fapt evoluia a conservat motivul n loc s conserve
secvena aminoacidic. Altfel spus unele proteine arat omolog ntre ele prin abloanele de
pliere chiar dac similaritatea aminoacidic este redus.
Funcie de ablonul de pliere domeniile proteice pot fi clasificate ierarhic n grupuri. Deoarece
o astfel de clasificare este ntructva subiectiv diferite scheme de clasificare au fost sugerate.
Una din cele mai comune este Clasificarea Structural a Proteinelor (SCOP) cu baza sa de

23
date la http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/. Clasificarea nu poate fi fcut automat ci
necesit cunotinele unui expert.
Urmtoarele grupe sunt utilizate la SCOP:
Clasa clasificare grosier funcie de coninutul relativ de -helix i de foi -pliate.
Tipul de pliere elemente de structur major cu grad ridicat de similaritate sau proteinele
au n parte cam aceleai elemente secundare de structur i cam aceleai elemente de
interconectare. Evident c n regiunile periferice diferenele pot fi semnificative. Similaritile
apar din originea comun sau din evoluia convergent.
Superfamilia domeniile au abloane de pliere comune i funciile sunt similare dar
similaritatea secvenei aminoacidice poate fi sczut. Un exemplu ar putea fi domeniul cu
funcie ATP-azic al actinei, hexokinazei i Hsc70. De cele mai multe ori este bnuit o
origine evoluionar comun.
Familia proteinele cu o nalt omologie a secvenei aminoacidice (identitate mai mare de
30%) sau / i funcie similar. Proteine cu o relaie evoluionar clar.
Pentru a nelege bazele plierii proteinelor doar nivelul clasei este relevant.
a) Doar- sunt proteine care conin doar -helixuri sau coninutul de foi -pliate este
nesemnificativ.
b) Doar- sunt proteine la care fie gsim doar foi -pliate sau coninutul de -helixuri
este nesemnificativ.
c) / sunt proteine care conin zone alternante sau intercalate de -helixuri i foi -
pliate. Vom gsi multe zone cu foi -pliate paralele.
d) + proteinele care conin zone separate de -helixuri i de foi -pliate. De cele mai
multe ori zonele cu foi -pliate antiparalele.
e) Proteine multidomeniu plierile constau n dou sau mai multe domenii aparinnd la
clase diferite.
f) Proteine membranare sau de suprafa celular (sunt excluse proteinele sistemului
imun) de obicei domeniile transmembranare sunt de tip helix dar sunt prezente i
proteine cu domeniu transmembranar de tip butoi.
g) Proteine mici sunt de obicei cele cu liganzi metalici, cu hem sau / i puni disulfidice.
h) Proteine cu superspiralizare sunt -helixuri de obicei spiralizate n jurul lor.
Proteinele pot fi descrise cu ajutorul unui set de iruri concise de clasificare (sccs) funcie de
structura lor cum ar fi b.2.1.1 (clasa b = doar , pliere 2 = legare de NAD(P)+ cu domenii
pliate ROSSMANN, superfamilia 1 = proteine asemntoare alcooldehidrogenazei, familia 1
= alcool dehidrogenaza)

2.3.4. Structura cuaternar

Acest nivel al structurii proteinelor descrie modul n care cteva lanuri polipeptidice sunt
puse laolalt pentru a forma o singur protein funcional. La fel ca i structura teriar
aceasta este determinat de interaciuni hidrofobe i ionice ntre catenele laterale ale
aminoacizilor.
Sunt multe proteine care au n compoziie mai multe subuniti. Funcie de numrul de
subuniti vom vorbi de monomeri, dimeri, trimeri etc. iar funcie de natura acestora vom avea
homo sau hetero de aceea o protein heterodimer este acea protein la formarea creia iau
parte dou catene polipeptidice diferite. De asemenea de cele mai multe ori doar ansamblul
are funcia cerut iar desfacerea sa n unitile componente va duce la pierderea
funcionalitii.
Subunitile sunt denumite protomeri.

24