Prin anul al 14-lea al domniei lui Akhenaten (1336 î.

H) Nefertiti dispare din

documentele istorice. După această dată nu se mai vorbește de ea nimic. S-au emis diferite
ipoteze în legatură cu soarta ei. Ar fi murit subit în urma unei epidemii ce lovise orașul ori de
o altă cauză de moarte naturală. O altă teorie, care presupunea o cădere a ei în dizgrație, este
astăzi afirmată, deoarece ștergerile deliberate de pe monumente ale unei regine-soții ale lui
Akhenaten sunt astăzi demonstrate referindu-se la regina Kiya.[4] Împrejurările dispariției lui
Nefertiti sunt așadar pierdute în negura istoriei.

„Stela co-regenței ” (aflată la Muzeul Petrie din Londra) o arată, după cum se vede, având
statut de coregenta alături de sotul ei, și s-ar putea ca ea a domnit și după moartea sa. Unii
cercetatori cred că Nefertiti și-ar fi schimbat numele, mai întâi în Ankhkheperure
Neferneferuaten, iar mai apoi în Ankhkheperure Smenkhkare și că ar fi domnit pentru scurtă
vreme ca unică suverană, sub acest ultim nume. Ei presupun și că, în calitatea ei de co-
regentă și de succesoare a soțului ei, a încercat să ajungă la o reconciliere cu tabăra preoților
zeului Amen și a celorlalți tradiționaliști. Nefertiti ar fi luat măsuri pentru a își pregăti urmașii
- fiica, numită de acum înainte Ankhsenamun și fiul ei vitreg Tutankhamon - pentru perioada
de după moartea ei. Aceștia ar fi fost educați în spiritul religiei tradiționale a vechilor zei.
După această teorie, după doi ani de domnie, lui Neferneferuaten i-a urmat pe tron
Tutankhamon.

În februarie 2010 au fost publicate rezultatele unor teste DNA care au confirmat ca
Tutankhamon era fiul lui Akhenaten. Tutankhamon era căsătorit cu fiica lui Nefertiti,
Ankhesenpaaten. Noua pereche regală era tânără și neexperimentată, după toate estimările de
vârstă făcute. Ankhesenpaaten era însărcinată cu doi feți feminini prematuri care s-au născut
morți și ale căror mumii au fost găsite de Howard Carter în mormântul lui Tutankhamon.
După unele teorii, Nefertiti ar fi fost, totuși, încă în viață și ar fi avut o influență asupra
tânărului cuplu regal. Daca era așa, această influență și probabil și viața lui Nefertiti s-au
încheiat în al treilea an de domnie a lui Tutankhamon (1331 î.H.). În acel an Tutankhaten și-a
schimbat numele în Tutankhamon. Ceea a dovedit întoarcerea sa la cultul oficial tradițional al
lui Amon. El a părăsit și Akhetaten (Amarna) pentru a se întoarce în vechea capitală Waset
(Teba).

Așa cum indică și identificările diverse dintre Tadukhipa, Nefertiti, Smenkhkare și Kiya,
documentarea vremii și vieților lor e în mare măsură incompletă. Și în ceea ce privește locul,
rămas necunoscut, în care a fost înmormântată Nefertiti, s-au elaborat numeroase ipoteze.
Viitoare descoperiri arheologice și cercetări istorice vor conduce, poate, la noi teorii în
legătură cu Nefertiti și dispariția ei precipitată din scena publică.