UNIVERSITATEA DIN BUCURESTI

CICLUL 1. LICENTA IN BIOCHIMIE

Biochimie metabolica
Digestia proteinelor exogene
Absorbtia intracelulara a aminoacizilor
Degradarea proteinelor endogene
DEGRADAREA PROTEINELOR EXOGENE
La nivelul stomacului

Cardia – in principal celule

secretoare de mucus
Fundus (corpul) – celule
parietale producatoare de acid,
celule principale –
proiducatoare de pepsinogen
Pilor – productie de gastrina
(hormon)

Functii
Amestecarea hranei cu acid/
pepsina
Mediu acid (pH 1,5-2,0) necesita
o bariera constituita dintr-o
mucoasa gastrica superficiala,
integritatea epiteliala si
tamponarea cu bicarbonat
1
 Activarea pepsinogenului

pepsinogen MM 40,4 kDa

pH < 5
autocatalitic

pepsina + INP + 5 peptide inactive

32,7 kDa 3 kDa

Se scindeaza 9 legaturi peptidice, modificari

conformationale cu forma centrului catalitic
activ

Pepsina – endopeptidaza, pH optim 2-3,

catalizeaza intr-o prima etapa hidroliza
legaturilor peptidice la care participa prin gr
carbonil resturile de Phe, Tyr, Trp
2
La o hidroliza mai indelungata exista si situsuri de atac minore
Produsii digestiei peptice: polipeptide peptice

La nivelul intestinului subtire

Isi varsa secretia pancreasul: 1,2 –

1,5 litri/zi, apa, electroliti (ioni
bicarbonat), zimogene ale unor
enzime proteolitice, amilaza, lipaze,
etc (pH usor alcalin 7-8 neutralizeaza
aciditatea gastrica

Zimogenele trec din RE in Ap. Golgi unde se acopera cu o membr lipoproteica

formand asa numitele granule de zimogen - secretate un duoden ca urmare a
unui semnal hormonal sau impul nervos

Intr-o prima etapa are loc activarea tripsinogenului

la tripsina activa, care are loc sub actiunea
enterokinazei, Ca2+ si autocatalitic

3
 Lys-Ile-Val-
NH2 6 7 8 COOH
tripsinogen
enterokinaza + autocatalitic

NH2 Lys COOH + NH2 Ile Val COOH

tripsina

Activarea tripsinogenului consta intr-un proces de proteoliza limitata, scindarea

unei singure legaturi peptidice, indepartarea unei hexapeptide N-terminale si
plierea polipeptidei C-terminale cu formarea conformatiei catalitic active

Tripsina - erndopeptidaza, 24 kDa,

actioneaza optim la pH 8,0 hidrolizand
legaturile peotidice la care participa
prin gr carbonil resturi de Lys si Arg
Substratele tripsinei – produsii peptici
Produsii hidrolizei tripsinei – produsii
triptici
4
 Tripsina incepe sa activeze celelalte
zimogene:
chimotripsinogen chimotripsine
proelastaza elastaza
procarboxipeptidaze
carboxipeptidaze

1 245 chimotripsinogen

tripsina

chimotripsine
1 15 16 245 π
S S Ser14-Arg15

S-S Thr147-Asn148 S-S S-S

1 A 13 16 B 146 149 C 245 α
S S S S
5
Chimotripsinele – endopeptidaze – care scindeaza preferential legaturi
peptidice la care participa prin grupari carbonil resturi: Tyr, Trp, Phe si Met
- familie de enzime (Nu! Izoenzime) formate prin proteoliza
limitata, treptata, a zimogenului
- de la π α creste stabilitatea si scade activitatea

Elastaza – endopeptidaza care scindeaza legaturi peptidice la care

participa prin grupari carboni resturi de aminoacizi mici: Gly, Ala, Val –
denumirea de la substratul natural elastina din miofibrilele aortei

Carboxipeptidazele – exopeptidaze ce catalizeaza hidroliza resturilor de

aminoacizi din pozitie carboxil-terminale
…….NH-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO-…..NH-CH-CO-NH-CH-COOH
Ra Rb Rc Rn-1 R
Carboxipeptidaza A actioneaza nespecific; carboxipeptidaza B hidrolizeaza
preferential resturi de Arg si Lys
6
Pancreasul este protejat contra activarii timpurii a zimogenelor prin 3 mecanisme:
1)  Sinteza enzimelor proteolitice sub forma de zimogene;
2)  Co-sinteza unor inhibitori naturali ai tripsinei, chimotripsinei,
carboxipeptidazelor
3)  Inglobarea precursorilor enzimatice in granulele de zimogen 7
 Phe,Tyr,Trp,Met

Comparatie intre chimotripsina, tripsina si elastaza

chimotripsina
40 % din structura lor primara identica
Arg+,Lys+
Structuri 3-D asemanatoare
COO─
Diferente mari la nivelul centrului catalitic activ tripsina -
Asp
Evolutie moleculara divergenta Gly

elastaza Val Thr

Comparatie chimotripsina, subtilizina

Enzime diferite care au suferit o evolutie

moleculara convergenta privind solutia de a
creste caracterul nucleofil din centrul catalitic
activ al enzimei
102 57 195 chimotripsina
32 64 221 subtilizina
Asp His Ser

8
ABSORBTIA INTRACELULARA A AMINOACIZILOR
 NH2-CH-COOH Ciclul γ-glutamil la mamifere
R

Transpeptidaza MP

Glutation Cys-Gly γ-glutamil

aminoacid
ATP Gly

aminoacid
γ-Glu-Cys Cys

5-oxoprolina

ATP ATP
Glu
5-oxoprolinaza

Deficienta in 5-oxoprolinaza, acumulare de 5-oxoprolina, indivizi inapoiati

mental
9
DIGESTIA INTRACELULARA A PROTEINELOR
Degradarea proteinelor endogene in cadrul turnoverului proteinelor
– permite eliminarea proteinelor mutant sau pliate gresit (Hb normala –
120 zile; Hb mutante – minute)
- Modalitate de reglare a metabolismului (enzime comune – viata lunga;
enzime reglatoare – viata scurta)
- Viteza degradarii proteinelor endogene depinde de starea nutritionala,
de hormoni

2 cai de degradare a proteinelor

- Mecanismul neselectiv lizozomal (cu catepsine)
- Mecanismul selectiv citosolic, ATP-dependent, in complexe
multienzimatice numite proteasomi

10
 Degradarea lizozomala

-realizat cu catepsine – endoproteinaze de pH 5 si aminopeptidaze–

care protejeaza celula contra scurgerii accidentale a enzimelor
lizozomiale, care devin inactive la pH citosolic

-experienţe cu derivaţi ai chininei – baze slabe care patrund in lizozomi

in stare neincarcata, se protoneaza in lizozomi datorita pH lizozomial (5)
unde inhiba functia lizozomilor

-aceste studii au demonstrat care din proteinele endogene sunt degradate

lizozomial
Epuizarea musculara in cazul lipsei de miscare;
Regresia uterului la nastere [ de la 2 Kg la 50 g in 9 zile]
Diabet
Traumatisme
Artrita reumatoida
Nu este afectata degradarea proteinelor anormale si cu viata scurta

11
 12
Mecanism selectiv citosolic

Implicata 2 etape:
Atasarea covalenta a unor multiple molecule de ubichitina la proteina
condamnata (Pc)
Degradarea Pc marcate cu ubichitina si degradarea ei in proteasomul 26 S
(ubichitina este reciclata)

Ubichitina
Proteina de 76 aminoacizi, 8,5 kDa
Termo-stabila
Pliata intr-o structura globulara
Gasita in toate celulele eucariote,
proteina de la om si drojdie difera
prin 3 aminoacizi
Implicata in multe proteine celulara
 Proteasomul
organit “profesional” de degradare a proteinelor
are o activitate proteazica ATP-dependenta
reprezinta circa 1 % din proteinele celulare
prezent sub forma mai multor copii in citosol si nucleu
forma de cilindru gol de 20 S format din mai multe subunitati – unele sunt
proteaze active cu centre catalitic active in interiorul cilindrului
Capetele cilindrului sunt asociate cu un complex proteic mare, 19 S cap, de circa
20 polipeptide distincte.

13
In celulele eucariote exista 2 tipuri de proteazomi: 20 S si 26 S
Proteazomul 26 S este compus din proteazomul 20 S si doi reglatori de
19 S (cap) cu activitate ATPazica

14
15
Mai mult de 80 % din proteine se pliaza incorect, scapa actiunii chaperonilor
1/3 din catenele polipeptidice nou sintetizate sunt selectate pentru degradare
In cazul unor glicoproteine pliate necorespunzator, ele sufera translocare in citosol
– unde sunt indepartate oligozaharidele sub actiunea unei N-glicanaze

16
Exista multiple variante de mono- si poli-ubichitinare

17
 E1 – enzima de activare a
ubichitinei (Ub)
Se formeaza o legatura tiol esterica
macroergica intre Gly-COOH
terminala din Ub si Cys din situsul
activ al E1 (ATP/AMP)

E2 – enzima de conjugare a Ub
Ub este transferata la Cys din E2 cu
formarea unei noi legaturi tiol
esterice

E3 – Ub ligaza
Se formeaza o legatura izopeptidica
intre gr COOH terminala a Gly-Ub si
o grupare ε-amino dintr-un rest de
Lys din proteina condamnata
Ub + ATP D Ub–AMP + PPi
Ub–AMP + E1-SH D E1-S–Ub + AMP
______________________________
Ub + ATP → E1-S–Ub + AMP +PPi 18
 Poli-ubichitinarea are loc sub actiunea altei enzime E4

Care catalizeaza adaugarea de resturi Ub la resturi Lys dintr-o alta molecula

de Ub

19
Dezubichitinarea are loc sub actiunea unei enzime DUB (deubiquinating
enzyme). Monomerii Ub pot relua ciclul
20
Ce determina ca o anumita proteina sa fie condamnata acestei degradari, sa
fie ubichitinata selectiv ? Ce mecanism recunoaşte si degradeaza proteine
anormale, incomplet sintetizate, pliate gresit, etc ?.

N-end rule
Odata Met indepartata, anumite
resturi de aminoacizi N-terminale
reprezinta semnale de recunoastere
pentru calea ubichitinarii: Arg, Lys,
His
Se pare ca E3 recunoaste
aminoacizi specifici de la capatul N
a unei proteine
Regula nu este universala

21