MINISTERUL EDUCAŢIEI, CULTURII ȘI CERCETĂRII AL REPUBLICII MOLDOVA

UNIVERSITATEA TEHNICĂ A MOLDOVEI

Facultatea Calculatoare, Informatică şi Microelectronică

Departamentul
Microelectronică și Inginerie Biomedicală

REFERAT
la lucrarea de laborator nr.3
Tema: „Modelarea în mediul BioUml”
Disciplina: „Modelarea sistemelor biomedicale”

A elaborat st. gr.IBM-181, Burdeniuc Alexandru

A verificat conf.univ., dr. Pocaznoi Ion

Chișinău 2020
Scopul lucrării: a cunoaşte esenţa modelării sistemelor bologice utilizînd
platforma BioUML
Obiectivele - a face cunoştinţă cu:
6. Destinaţia platformei.
7. Modul de accesare din Internet.
8. Structura şi modul de lucru.
9. Descrierea proiectelor concrete.
10. A face cunoştinţă cu procesul de formare a modelelor.
Introducere
BioUML este o platforma software open-source pentru analiza datelor științifice
despre om, cercetare și ale biologiei computationale avansate dezvoltate de
oamenii de stiinta de la Institutul de Sisteme de Biologie din Novosibirsk, Rusia.
Platforma este disponibila gratuit on-line și utilizate în laboratoare de cercetare -
mai ales în instituțiile academice - pentru descoperirea originilor si Prevenirea
Bolilor. Există o versiune comerciala disponibila de la firma germană
bioinformatica geneXplain, care are unele caracteristici adăugate.
Din punct de vedere al utilizatorului BioUML este un banc de lucru al
utilizatorului mediu , care se întinde intr-o gama completă de capabilități , inclusiv
acces la baze de date cu date experimentale , instrumente pentru descrierea formală
a structurii și funcționării sistemelor biologice , precum și instrumente pentru
vizualizarea lor, este integrat simulare , parametrii de montaj și analize ( Figura
1.1 ) .
 Fig. 4 BioUML banc de lucru - modelul ciclului celular vizualizare și simulare
Conceptele principale și posibilitățile BioUML
2.2.1 Modelare visuala
Reconstrucție a sistemelor biologice complexe, de la o cantitate foarte mare de date
experimentale necesită un limbaj formal care poate fi ușor înțeleasă atât de către
om și calculator .
Este cunoscut faptul ca reprezentare grafică a sistemului complex este cel mai
potrivit mod de înțelegere a structurii de catre om .
Această abordare este utilizat pe scară largă în inginerie și informatică . Câteva
exemple sunt :
• MATLAB / Simulink ( http://www.mathworks.com )
• AnyLogic ( http://www.xjtek.com ) - muli - metoda de software-ul de simulare
• UML ( http://www.omg.org/uml/ ) - cel mai cunoscut limba grafică pentru
informatică .
O altă trăsătură distinctivă a BioUML este integrarea strânsă cu baze de date de pe
cai biologice , motoare de interogare, ce permite utilizatorului de a găsi
interacțiunea componentelor sistemului și de a arata rezultatele ca un grafic editabil
.
 Fig. 5 Flux de date în BioUML
2.2.2. Modelare Meta
Nucleul de BioUML este un meta - model. Acesta oferă un strat abstract ( grafic
compartimental de atribuite ) pentru descrierea formală completă de gama larga de
sisteme complexe biologice și alte . Conținutul de baze de date pe cai biologice ,
SBML ( Hucka M. și colab . , 2003 ) și CellML ( Lloyd CM et al., 2004) modele ,
precum si cai biologice în format BioPAX pot fi exprimată în termeni de modelul
meta și utilizate de BioUML .
Această descriere formală poate fi folosit atat pentru reprezentare vizuală și de
editare a structurii sistemului biologic cit și pentru generarea de cod automatizat
pentru a simula un comportament model.
Meta - model de domeniu neutru ce împarte descrierea sistemului în trei niveluri
interconectate:
1 . Structura grafic - structura de sistem este descris ca grafic compartimentat ;
2 . nivelul bazei de date - fiecare element grafic poate conține trimitere la un obiect
bază de date ;
3 . Modelul matematic - orice element grafic poate fi element de model
matematic .
 Fig. 6 Sistem de două reacții chimice consecutive ( a) , descrierea oficială a
acestuia , folosind trei niveluri de modelul meta ( b ) , și care corespunde
modelului matematic ( c ) , care pot fi generate automat pentru simulari de sistem .
2.2.3 Diagrama de tip
Tipul de diagramă definește :
 tipuri de componente biologice și interacțiunile lor, care pot fi afișate pe
diagrama ;
 vedere diagrama constructor - se generează o vizualizare ( imagine ) pentru
fiecare element grafic, luând în considerare particularitățile domeniului problemei .
 controler semantic - asigură integritatea semantică a diagramei în timpul
editării sale .
Diagrama de tip poate fi definit ( creat) pe două căi :
1 . programatic - ca de clasa Java punerea în aplicare interfață specială . Exista 5
tipuri predefinite de diagrame care permite pentru a descrie sistemele biologice
complexe la nivel celular cu un nivel diferit de detalii și formalitate ;
2 . declarativ - ca document XML . BioUML oferă Graphic Notation Editor care
permite utilizatorului avansat de a crea și edita tipuri de diagrame
Fig. 7 Exemplu de diagramă generate de BioUML banc de lucru , utilizând notația
grafică KEGG .
2.2.4 Motor de simulare
BioUML oferă două motoare de simulare alternative :
1 ) motor de simulare Java - pe care le generează în mod automat și compilează
codul Java pe baza modelului vizual ( diagrama ) de un sistem biologic . Pentru
simulare am adoptat bibliotecă odeToJava, care oferă metode de soluții numerice
ambele sisteme rigide și non- rigide de ode . Pentru rezolvarea ecuațiilor algebrice
este folosit Newton Solver .
2 ) motor de simulare MATLAB - genereaza automat cod pentru MATLAB și
invocă MATLABengine pentru a simula un comportament model de folosind
JMatlink bibliotecă
Principalele componente ale motorului de simulare sunt : generator de cod ,
procesor formule , ecuatii algebrice Solver și rezultatele scriitor . BioUML oferă
procesor puternic formulă care analizează textul și expresii MathML , rezultatul
este prezentat ca arbore de sintaxă și utilizate de formatare pentru a genera
corespunzătoar codul Java pentru Matlab ( Figura 1.5 ) .

Fig. 8 Analiză și conversii de expresii matematice de motor de simulare .

2.2.5 Baza de date
Modelarea sistemelor biologice necesită o integrare strânsă cu datele experimentale
. Caracteristica distinctivă a BioUML este integrarea strânsă cu bazele de date
biologice . În acest scop, vom introduce conceptul de tip de bază de date .
Tipul de date definește:
• tipuri de date ( gena , proteine , ARN , substanță , reacție , etc ), care sunt stocate
în baza de date ;
• cartografiere a conținutului bazei de date în elemente diagrama și tipuri de
diagrame care pot fi folosite cu baza de date ;
• Tipuri de diagrame care pot fi utilizate pentru a prezenta conținutul bazei de date
ca un set de diagrame .
• motor interogare pentru a găsi interacțiunea componentelor sistemului .
Rezultatele căutării pot fi afișate ca grafic și editat de către utilizator .
1.6 motorului de căutare
BioUML oferă 3 tipuri de motoare de căutare pentru lucrul cu baze de date :
• căutare de date ( filtru ) - acest motor de căutare hărți conținutul bazei de date în
obiecte Java și filtrează aceste obiecte Java conform condiție de filtrare pentru
fiecare proprietate , de exemplu name = " TP53 ".
• Căutare text integral - motorul de căutare folosește Lucene totală a motorului de
căutare de text . În acest scop, conținutul bazei de date este , de asemenea, mapate
în obiecte Java și apoi aceste obiecte Java sunt indexate de Lucene . Datorită
utilizării index acest motor de căutare este mult mai rapid decât de căutare de date ,
folosind filtre .
• căutare grafic - acest motor de căutare găsește interacțiunea componentelor și
afișează rezultatul ca un grafic editabil .

Fig. 9 Dialog de căutare de date pentru KEGG / compus , panoul din stânga -
rezultate cautare , panoul de top dreapta - condiții de filtrare , panoul din dreapta
jos - descriere detaliată a substanței selectate în tabel.
 Latența HIV:

Infecția cu HIV duce la două destine celulare, starea virală productivă sau latența
virală (o stare neproductivă reversibilă). Latența HIV este relevantă, deoarece
limfocitele T CD4 + active infectate pot ajunge la o stare de memorie de repaus în
care provirusul rămâne tăcut perioade lungi de timp. În ciuda eforturilor
experimentale și teoretice, mecanismele moleculare cauzale responsabile de
latența HIV sunt doar parțial înțelese. Studiile au stabilit că latența HIV este
influențată de răspunsul imun înnăscut efectuat de factorii de restricție celulară
care inhibă etapele postintegrării în ciclul de replicare a virusului. În acest studiu,
prezentăm un studiu matematic care combină abordări deterministe și
stochastice pentru a analiza interacțiunile dintre proteinele HIV și răspunsul imun
înnăscut. Folosind game largi de valori ale parametrilor, am observat
următoarele: (1) o descriere fenomenologică a fenotipurilor celulare
producătoare și latente virale este obținută prin dinamica bistabilă și bimodală,
(2) zgomotul biochimic reduce probabilitatea ca o celulă infectată să adopte
starea latentă , (3) efectele răspunsului imun înnăscut sporesc starea de latență a
HIV, (4) condițiile celulei înainte de infecție afectează fenotipul latent, adică
expresia existentă a factorilor de restricție celulară propiciază latența HIV și
expresia existentă a HIV proteinele reduc latența HIV.

Concluzia:
În urma efectuării lucrării de laborator am făcut cunoștință cu modelarea în
BioUml. Această program permite modelarea biosistemelor în scopul aprecierii
unor parametri.