Ministerul Educaţiei și Cercetării al Republicii Moldova

Universitatea Tehnică a Moldovei

Facultatea Calculatoare, Informatică şi Microelectronică

Departamentul Microelectronică și Inginerie Biomedicală

RAPORT
La disciplina Modelarea Sistemelor Biomedicale

Lucrare de laborator nr. 3

Tema: Modelarea în mediul BioUML

A efectuat: Racu Vlad

A verificat: Pocaznoi Ion

Chișinau, 2020
Scopul lucrării: A cunoaşte esenţa modelării sistemelor bologice utilizînd
platforma BioUML.

Obiectivele:

1. Destinaţia platformei.
2. Modul de accesare din Internet.
3. Structura şi modul de lucru.
4. Descrierea proiectelor concrete.
5. A face cunoştinţă cu procesul de formare a modelelor.

Destinatia BioUML
,,BioUML,, – Biological Universal Modelling Language – este o platformă
integrată în Java pentru cercetări biomedicale. Aceasta oferă o gamă largă de
posibilități printre care:

- Accesul la baze de date cu date experimentale

- Instrumente pentru formarea descrierii unui sistem structural functional
biologic
- Instrumente pentru vizualizarea, simularea, adăugarea de elemente și analiză
a diferitor sisteme

Datorită softului pe baza Java, lucrul acestuia oferă posibilități enorme pentru
analiza a maselor mari de date. Arhitectura softului pe baza plug-in permite
adăugarea noilor funcții pe aceeași bază. Întregul sistem își propune să acopere, în
timp, toate domeniile aplicațiilor de calcul în bioinformatică și biologia sistemelor.
Arhitectura este deschisă, astfel încât scripturile proprii ale utilizatorilor să poată fi
încărcate cu ușurință în sistem, iar noi module pot fi programate și adăugate de
către orice persoană calificată. Comunitatea este invitată să contribuie la
dezvoltare, fie ca domeniu public, fie ca parte comercială a platformei.

 structura graficului -structura sistemului este descrisă ca grafic

compartimentat;
 nivel de bază de date -fiecare element grafic poate conține referință la
un obiect al bazei de date;
 model matematic - orice element grafic poate fi element al modelului
matematic.

BioUML acceptă următoarele elemente matematice: variabilă, formulă, ecuație,

eveniment, stare și tranziție.
Figura demonstrează modul în care această abordare este aplicată modelării unui
sistem format din două reacții chimice consecutive. Aici nodurile grafice
reprezentând substanțe chimice sunt considerate variabile, iar marginile grafice
corespunzătoare conțin părți drepte ale ecuațiilor diferențiale corespunzătoare.
Folosind aceste informații, banca de lucru BioUML poate genera cod MATLAB
sau Java pentru simularea modelului.

MODELAREA MODULELOR

Metoda modelare pe module a sistemelor biologice, dezvoltarea rapida in ultimii

10-13 ani, foloseste principiul ca sistemele biologice pot fi repartizate pe subsiteme
in ordinea de rolul functional. Fiecarea din aceste subsisteme poate fi modelata
aparte sau despartita pe nivele mici ale subsitemei. Modelul intregui sistem poate fi
constuit ca o combinatie din modele(module) matimatice simple. Fiecare modul
poate fi creat, aparte, folosind propria formula, scala de timp și detalii. Asa o
metoda face mai clara strcutura interna, descriindo prin module care coopereaza, si
este o perspectiva pentru crearea mudulelor multidirectional, descriind sistemul pe
diferite niveluri. Formal, sub modul noi intelegem o cutie neagra, care contin mai
multe niveluri, si valori de iesire X = {x1, ..., xn}. Asa un modul il vom nota MX.

Legatura intre doua module MX si MY se va numi:

Legatura directa DC – pereche

Legatura nedirecta UC- trei

Model modular MM – poate fi descrisa astfel

MM=(M,C),

Unde :

M- multimea de module(submodule)

C- multimea legaturilor intre module din M.

 INSTRUMENTE ,,BioUML,, PENTRU MODELAREA MODULELOR

Prezentarea grafică Denumirea Descrierea

Submodel Modul, care conţine modelul matematic:

-Modelul prin module,

-Modelul SBML
-Modelul matematic în BioUML.
Datele de intrare şi ieşire se prezintă de către porturi

Modul- mediator Modul, care determină valoarea medie a semnalului de

intrare şi pe care în transmite la intrare

Modul - comutator Modul, care în dependenţă de condiţii transmite la intrare

unul din două semnale

Modul - constantă Modul, care transmite la intrare parametri (valori)

constante

Modul- grafic Modul, care preia semnalul şi îl prezintă pe grafic

Modul - şină Cîteva şine pot servi unei variabile

Portul - intrare Port, care determină variabila de intrare a submodelului

Port - ieşire Port, care determină variabila de ieşire a submodelului

Port - contact Port, care determină variabila divizibilă a submodelului

Legătură Legătură, care specifică transmiterea semnalului dintr-un

direcţionată modul în alt în alt modul

Legătură fără Legătură, care specifică schimb de semnale între module

direcţie
Modelul contracțiilor inimii în BioUML

Modelul dat reprezintă un model mai complex și anume modelul cardiovascular al

omului. Pentru crearea modelului dat s-au folosit instrumentele reprezentate în
tabelul de mai sus cum ar fi:submodel, modul-șină, porturi de ieșire și intrare.
Fiecare din submodelele ( casetele albastre) reprezintă un set de variabile și
formule care caracterizează procesele, în cazul de mai sus a contracțiilor inimii.
Formulele utilizate aici sunt:

i, j, k∈ {A, V, H} - indici care indică rezervorul (A - sistem

arterial, V -

venoasă, H - inimă),

Vi - volumul de sânge în rezervorul I,

Pi - tensiunea arterială în i rezervor,

Gi - elasticitatea volumului rezervorului i,

al Wi - volumul neîncetat al i-th rezervor,

Qij - debit
După cum observăm în modulul dat, sunt utilizați mai mulți parametri ca:

-Presiunea sistolei -durata sistolei

-Fluxul sangvin -elasticitatea miocardului

-Presiunea diastolei -durata diastolei

-Volumul ventricular -timpul

Concluzie:
În acestă lucrare de laborator, am descoperit un program de modelare -
,,BioUML,,. E necesară o încercare a programului proprie, datele teroretice fiind o
sursă foarte necesară de informație.