MINISTERUL EDUCAIEI AL REPUBLICII MOLDOVA

UNIVERSITATEA TEHNIC A MOLDOVEI

Facultatea Calculatoare, Informatic i Microelectronic
Catedra Microelectronic i Ingineria Biomedical

Raport
Lucrare de laborator nr.3
La disciplina
Modelarea Sistemelor Biomedicale
Tema: Modelarea n mediul BioUML.

A efectuat:

A verificat:

st.gr. ISBM-131 Tomac Alexandru

confereniar universitar,dr.-Ion Pocaznoi

Chiinu 2015

Scopul lucrarii:
A face cunotin cu esena modelrii imitaionale,cu procesul de modelare,optimizare i simulare a
sistemelor.
1. Destinaia pachetului mediului.
2. Modul de acces la Internet.
3. Structura i modul de lucru cu modele concrete.
4. A face cunotin cu procesul de formare a modelelor.
1. Concepiile de baz a mediului.
Modelare vizual
Reconstrucie a sistemelor biologice complexe, de la o cantitate foarte mare de date experimentale
necesit un limbaj formal care poate fi uor neleas att de ctre om i calculator .
Este cunoscut faptul ca reprezentare grafic a sistemului complex este cel mai potrivit mod de n elegere
a structurii de catre om .
Aceast abordare este utilizat pe scar larg n inginerie i informatic . Cteva exemple sunt :
-MATLAB / Simulink ( http://www.mathworks.com )
-AnyLogic ( http://www.xjtek.com ) - muli - metoda de software-ul de simulare
-UML ( http://www.omg.org/uml/ ) - cel mai cunoscut limba grafic pentru informatic .
O alt trstur distinctiv a BioUML este integrarea strns cu baze de date de pe cai biologice ,
motoare de interogare, ce permite utilizatorului de a gsi interaciunea componentelor sistemului i de a
arata rezultatele ca un grafic editabil.

Figura 1. Fluxul de date n BioUML

Modelare Meta
Nucleul de BioUML este un meta - model. Acesta ofer un strat abstract ( grafic compartimental de
atribuite ) pentru descrierea formal complet de gama larga de sisteme complexe biologice i alte .
Coninutul de baze de date pe cai biologice , SBML ( Hucka M. i colab . , 2003 ) i CellML ( Lloyd CM
et al., 2004) modele , precum si cai biologice n format BioPAX pot fi exprimat n termeni de modelul
meta i utilizate de BioUML .
Aceast descriere formal poate fi folosit atat pentru reprezentare vizual i de editare a structurii
sistemului biologic cit i pentru generarea de cod automatizat pentru a simula un comportament model.
Meta - model de domeniu neutru ce mparte descrierea sistemului n trei niveluri interconectate:
1 . Structura grafic - structura de sistem este descris ca grafic compartimentat ;
2 . nivelul bazei de date - fiecare element grafic poate conine trimitere la un obiect baz de date ;
3 . Modelul matematic - orice element grafic poate fi element de model matematic .
n Figura 2 este reprezentat sistemuul de dou reacii chimice consecutive ( a) , descrierea oficial a
acestuia , folosind trei niveluri de modelul meta ( b ) , i care corespunde modelului matematic ( c ) , care
pot fi generate automat pentru simulari de sistem .

Figura 2. Sistem de descriere a 2 reacii chimice consecutiv

Diagrama de tip
Tipul de diagram definete :
-tipuri de componente biologice i interaciunile lor, care pot fi afiate pe diagrama ;
-vedere diagrama constructor - se genereaz o vizualizare ( imagine ) pentru fiecare element grafic,
lund n considerare particularitile domeniului problemei .
-controler semantic - asigur integritatea semantic a diagramei n timpul editrii sale .
Diagrama de tip poate fi definit ( creat) pe dou ci :
1. programatic - ca de clasa Java punerea n aplicare interfa special . Exista 5 tipuri predefinite de
diagrame care permite pentru a descrie sistemele biologice complexe la nivel celular cu un nivel diferit
de detalii i formalitate ;
2. declarativ - ca document XML . BioUML ofer Graphic Notation Editor care permite utilizatorului
avansat de a crea i edita tipuri de diagrame

Figura 3. Exemplu de diagram generate de BioUML banc de lucru , utiliznd notaia grafic KEGG .

Motor de simulare
BioUML ofer dou motoare de simulare alternative :
1. Motor de simulare Java - pe care le genereaz n mod automat i compileaz codul Java pe baza
modelului vizual ( diagrama ) de un sistem biologic . Pentru simulare am adoptat bibliotec odeToJava,
care ofer metode de soluii numerice ambele sisteme rigide i non- rigide de ode . Pentru rezolvarea
ecuaiilor algebrice este folosit Newton Solver .
2. Motor de simulare MATLAB - genereaza automat cod pentru MATLAB i invoc MATLABengine
pentru a simula un comportament model de folosind JMatlink bibliotec
Principalele componente ale motorului de simulare sunt : generator de cod , procesor formule , ecuatii
algebrice Solver i rezultatele scriitor . BioUML ofer procesor puternic formul care analizeaz textul i
expresii MathML , rezultatul este prezentat ca arbore de sintax i utilizate de formatare pentru a genera
corespunztoar codul Java pentru Matlab ( Figura 1.5 ) .

Figura 4. Conversia i analiza expresiilor matematice de motorul de simulare

Baze de date
Modelarea sistemelor biologice necesit o integrare strns cu datele experimentale . Caracteristica
distinctiv a BioUML este integrarea strns cu bazele de date biologice . n acest scop, vom introduce
conceptul de tip de baz de date .
Tipul de date definete:
Tipuri de date ( gena , proteine , ARN , substan , reacie , etc ), care sunt stocate n baza de date ;
Cartografiere a coninutului bazei de date n elemente diagrama i tipuri de diagrame care pot fi
folosite cu baza de date ;
Tipuri de diagrame care pot fi utilizate pentru a prezenta coninutul bazei de date ca un set de
diagrame.
Motor interogare pentru a gsi interaciunea componentelor sistemului . Rezultatele cutrii pot fi
afiate ca grafic i editat de ctre utilizator .
1.6 motorului de cutare
BioUML ofer 3 tipuri de motoare de cutare pentru lucrul cu baze de date :
Cutare de date ( filtru ) - acest motor de cutare hri coninutul bazei de date n obiecte Java i
filtreaz aceste obiecte Java conform condiie de filtrare pentru fiecare proprietate , de exemplu name = "
TP53 ".
Cutare text integral - motorul de cutare folosete Lucene total a motorului de cutare de text . n
acest scop, coninutul bazei de date este , de asemenea, mapate n obiecte Java i apoi aceste obiecte Java
sunt indexate de Lucene . Datorit utilizrii index acest motor de cutare este mult mai rapid dect de
cutare de date , folosind filtre .
Cutare grafic - acest motor de cutare gsete interaciunea componentelor i afieaz rezultatul ca
un grafic editabil .
MODULE A BAZELOR DE DATE
Exist module pentru urmtoarele baze de date:
- GeneNet (http://wwwmgs.bionet.nsc.ru, pentru baze de date despre reele de gene.
- KEGG/Ligand (http://www.kegg.com) Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, pentru baze de
date a cilor metabolice.
- TRANSPATH (http://transpath.gbf.de), pentru baza de date de transmitere a semnalelor prin trasee
n celul.

Accesul la mediul BioUML

1. Scrie in google -> bioUML wiki si acceseaza;

2. Accesam download

3. Accesam linkul bio-store.org/biostore/

4. Aici accesam register si ne inregistram;

5. Dupa ce ne inregistram accesamLog in to the server

7

6. Dupa aceasta introducem E-mail si parola (parola este trimisa pe e-mail).

7. Dupa ce ne logam apare acest geam si accesam Manage subscriptions

8. Alegem 1

9. Sa deschis pagina de lucru:

10. Urmam pasii 1, 2 si 3 pentru a obtine schema data:

1. Accesam dupa cum este reprezentat mai jos pe tape ca sa obtin Arborele cu 3 arterii

10

2. Pentru a obtine Rezultatul Simularii accesam Simulation -> semnul play Simulate

Sistem de Control Neuro-Umoral

11

ELEMENTELE MODELULUI PRIN MODULE:

12

Prezentarea
grafic

Denumirea

Desscrierea

Submodel

Modul, care conine modelul

matematic:
-Modelul prin module,
-Modelul SBML
-Modelul matematic n BioUML.
Datele de intrare i ieire se
prezint de ctre porturi
Modul, care determin valoarea
medie a semnalului de intrare i pe
care n transmite la intrare

Modulmediator
Modul comutator

Modul, care n dependen de

condiii transmite la intrare unul
din dou semnale

Modul constant

Modul, care transmite la intrare

parametri (valori) constante

Modulgrafic

Modul, care preia semnalul i l

prezint pe grafic

Modul in

Variabila melului. Cteva ine pot

servi unei variabile

Portul Port, care determin variabila de

intrare
intrare a submodelului
Port - ieire Port, care determin variabila de
ieire a submodelului
Port Port, care determin variabila
contact
divizibil a submodelului
Legtur
direcionat

Legtur
fr
direcie

Legtur, care specific

transmiterea semnalului dintr-un
modul n alt n alt modul
Legtur, care specific schimb de
semnale ntre module

Concluzie:
n aceasta lucrare de laborator am facut cunotin cu pachetul de simulare BioUML, care reprezint un
sistem complex ce permite simularea , unde putem s controlm toatea procesele i parametrii . Acest
mediul este bazt pe 2 motoare de baz Java i Matlab i are o baz de date unde putem sa inscrim daele i
sa le citim. BioUML include Modelarea Vizual, Modelarea Meta i Diagrama de Tip.

13