Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Departamentul
Microelectronică și Inginerie Biomedicală
REFERAT
la lucrarea de laborator nr.3
Tema: „Modelarea în mediul BioUml”
Disciplina: „Modelarea sistemelor biomedicale”
Chișinău 2020
Scopul lucrării: a cunoaşte esenţa modelării sistemelor bologice utilizînd
platforma BioUML
Obiectivele - a face cunoştinţă cu:
6. Destinaţia platformei.
7. Modul de accesare din Internet.
8. Structura şi modul de lucru.
9. Descrierea proiectelor concrete.
10. A face cunoştinţă cu procesul de formare a modelelor.
Introducere
BioUML este o platforma software open-source pentru analiza datelor științifice
despre om, cercetare și ale biologiei computationale avansate dezvoltate de
oamenii de stiinta de la Institutul de Sisteme de Biologie din Novosibirsk, Rusia.
Platforma este disponibila gratuit on-line și utilizate în laboratoare de cercetare -
mai ales în instituțiile academice - pentru descoperirea originilor si Prevenirea
Bolilor. Există o versiune comerciala disponibila de la firma germană
bioinformatica geneXplain, care are unele caracteristici adăugate.
Din punct de vedere al utilizatorului BioUML este un banc de lucru al
utilizatorului mediu , care se întinde intr-o gama completă de capabilități , inclusiv
acces la baze de date cu date experimentale , instrumente pentru descrierea formală
a structurii și funcționării sistemelor biologice , precum și instrumente pentru
vizualizarea lor, este integrat simulare , parametrii de montaj și analize ( Figura
1.1 ) .
Fig. 4 BioUML banc de lucru - modelul ciclului celular vizualizare și simulare
Conceptele principale și posibilitățile BioUML
2.2.1 Modelare visuala
Reconstrucție a sistemelor biologice complexe, de la o cantitate foarte mare de date
experimentale necesită un limbaj formal care poate fi ușor înțeleasă atât de către
om și calculator .
Este cunoscut faptul ca reprezentare grafică a sistemului complex este cel mai
potrivit mod de înțelegere a structurii de catre om .
Această abordare este utilizat pe scară largă în inginerie și informatică . Câteva
exemple sunt :
• MATLAB / Simulink ( http://www.mathworks.com )
• AnyLogic ( http://www.xjtek.com ) - muli - metoda de software-ul de simulare
• UML ( http://www.omg.org/uml/ ) - cel mai cunoscut limba grafică pentru
informatică .
O altă trăsătură distinctivă a BioUML este integrarea strânsă cu baze de date de pe
cai biologice , motoare de interogare, ce permite utilizatorului de a găsi
interacțiunea componentelor sistemului și de a arata rezultatele ca un grafic editabil
.
Fig. 5 Flux de date în BioUML
2.2.2. Modelare Meta
Nucleul de BioUML este un meta - model. Acesta oferă un strat abstract ( grafic
compartimental de atribuite ) pentru descrierea formală completă de gama larga de
sisteme complexe biologice și alte . Conținutul de baze de date pe cai biologice ,
SBML ( Hucka M. și colab . , 2003 ) și CellML ( Lloyd CM et al., 2004) modele ,
precum si cai biologice în format BioPAX pot fi exprimată în termeni de modelul
meta și utilizate de BioUML .
Această descriere formală poate fi folosit atat pentru reprezentare vizuală și de
editare a structurii sistemului biologic cit și pentru generarea de cod automatizat
pentru a simula un comportament model.
Meta - model de domeniu neutru ce împarte descrierea sistemului în trei niveluri
interconectate:
1 . Structura grafic - structura de sistem este descris ca grafic compartimentat ;
2 . nivelul bazei de date - fiecare element grafic poate conține trimitere la un obiect
bază de date ;
3 . Modelul matematic - orice element grafic poate fi element de model
matematic .
Fig. 6 Sistem de două reacții chimice consecutive ( a) , descrierea oficială a
acestuia , folosind trei niveluri de modelul meta ( b ) , și care corespunde
modelului matematic ( c ) , care pot fi generate automat pentru simulari de sistem .
2.2.3 Diagrama de tip
Tipul de diagramă definește :
tipuri de componente biologice și interacțiunile lor, care pot fi afișate pe
diagrama ;
vedere diagrama constructor - se generează o vizualizare ( imagine ) pentru
fiecare element grafic, luând în considerare particularitățile domeniului problemei .
controler semantic - asigură integritatea semantică a diagramei în timpul
editării sale .
Diagrama de tip poate fi definit ( creat) pe două căi :
1 . programatic - ca de clasa Java punerea în aplicare interfață specială . Exista 5
tipuri predefinite de diagrame care permite pentru a descrie sistemele biologice
complexe la nivel celular cu un nivel diferit de detalii și formalitate ;
2 . declarativ - ca document XML . BioUML oferă Graphic Notation Editor care
permite utilizatorului avansat de a crea și edita tipuri de diagrame
Fig. 7 Exemplu de diagramă generate de BioUML banc de lucru , utilizând notația
grafică KEGG .
2.2.4 Motor de simulare
BioUML oferă două motoare de simulare alternative :
1 ) motor de simulare Java - pe care le generează în mod automat și compilează
codul Java pe baza modelului vizual ( diagrama ) de un sistem biologic . Pentru
simulare am adoptat bibliotecă odeToJava, care oferă metode de soluții numerice
ambele sisteme rigide și non- rigide de ode . Pentru rezolvarea ecuațiilor algebrice
este folosit Newton Solver .
2 ) motor de simulare MATLAB - genereaza automat cod pentru MATLAB și
invocă MATLABengine pentru a simula un comportament model de folosind
JMatlink bibliotecă
Principalele componente ale motorului de simulare sunt : generator de cod ,
procesor formule , ecuatii algebrice Solver și rezultatele scriitor . BioUML oferă
procesor puternic formulă care analizează textul și expresii MathML , rezultatul
este prezentat ca arbore de sintaxă și utilizate de formatare pentru a genera
corespunzătoar codul Java pentru Matlab ( Figura 1.5 ) .
Fig. 9 Dialog de căutare de date pentru KEGG / compus , panoul din stânga -
rezultate cautare , panoul de top dreapta - condiții de filtrare , panoul din dreapta
jos - descriere detaliată a substanței selectate în tabel.
Model Complex de Sisteme Biologice