Bibliografie

1. Ligand-based Pharmacophore Modeling, Virtual Screening and Molecular Docking Studies

for Discovery of Potential Topoisomerase I Inhibitors; Sourav P, Vinay K, Biswajit K,
Debomita B, Nagothy P, Mamindla PR, Arindam T; Computational and Structural
Biotechnology Journal 2019, 17, 291-310.

2. Pharmacophore modeling: advances, limitations, and current utility in drug discovery; Xiaoyu
Q, Xiao Yin Lee, Joren De R, Jeremy RH T, Kam YJ Z, Marc De M, Arnout RD V; Journal
of Receptor, Ligand and Channel Research 2014, 7, 81-92.

3. Newly Developed Prodrugs and Prodrugs in Development; an Insight of the Recent Years;
Anas N, Abderrahman N, Rafik K; Molecules 2020, 25, 884.

Modelarea farmacoforilor este un subdomeniu de succes, dar foarte divers, al proiectării

medicamentelor asistate de computer. Conceptul de farmacofor a fost aplicat pe scară largă la
proiectarea rațională a medicamentelor noi. În această lucrare, analizăm implementarea
computațională a acestui concept și utilizarea sa obișnuită în procesul de descoperire a
medicamentelor.

Proiectarea medicamentelor este un proces scump și laborios de dezvoltare a unui nou

medicament. Acest proces își are originea în remedii pe bază de plante care datează din milenii.
Ca și în cazul oricăror proceduri de manipulare a datelor, computerele au devenit un instrument
mai proeminent și omniprezent în descoperirea medicamentelor încă din anii 1980. Încrucișarea
dintre cercetarea computațională și cea farmaceutică este de obicei desemnată de proiectarea
medicamentelor asistate de computer (CADD).

Scopul principal al CADD este de a accelera și raționaliza procesul de proiectare a

medicamentelor, reducând în același timp costurile. Scopul primei faze a descoperirii
medicamentului este de a identifica primii compuși afectați, care este uneori încercat prin
screening-ul de mare viteză (HTS), testarea a multor mii de compuși cu o analiză de activitate
adecvată. Omologul in vitro al HTS este denumit screening virtual și are ca scop filtrarea
bibliotecilor de molecule folosind metode de calcul pentru a acorda prioritate celor care sunt cel
mai probabil să fie activi pentru o anumită țintă. Mai târziu, în conducta de descoperire a
medicamentelor, trebuie îmbunătățită potența compușilor de lovitură. Derivații noi sunt proiectați
cu sau fără un eșafod diferit la miezul moleculei. Scopul final este de a proiecta molecule
puternice și specifice, care au, de asemenea, o poziție adecvată de proprietate intelectuală. Acest
lucru poate fi realizat prin abordări chimice medicinale clasice, în care proiectarea se poate baza
pe relațiile observate structură-activitate (SAR) sau pe informații structurale. Totuși, metodele
de calcul pot fi folosite și pentru a crea diverse derivate bazate pe diferite schele, și apoi să le
înscrie pentru o potență îmbunătățită. Aceasta acordă prioritate celor mai promițători derivați
dintr-un spațiu chimic foarte larg într-un timp relativ scurt. Cu toate acestea, potența compușilor
nu este singura considerație. Proprietățile farmacocinetice (absorbție, distribuție, metabolism,
excreție) și toxicitate, denumite ADME-tox, sunt, de asemenea, de o importanță vitală dacă un
compus trebuie să fie util din punct de vedere clinic. Pe lângă o gama larga de experimente in
vitro și in vivo, au fost dezvoltate și metode virtuale pentru a prezice profilul ADME-tox al
compușilor asemănători medicamentelor la începutul procesului de dezvoltare.

Baza tuturor metodelor CADD este chemo-informatica, aplicarea metodelor de stocare,

manipulare și recuperare a datelor la structurile chimice, proprietățile acestora și activitatea
biologică. Chemo-informatica acoperă, de asemenea, calculul descriptorilor moleculari care
descriu o proprietate chimică sau fizică bazată pe structura moleculelor și care poate fi utilizată
pentru filtrarea compușilor. Pentru a putea compara și cuantifica asemănarea dintre molecule,
amprentele moleculare sunt adesea metodele de alegere.

Un alt subcâmp CADD foarte important se concentrează pe relația activității / proprietății

structurii cantitative (QSAR / QSPR), în care proprietățile fizico-chimice (calculate de
descriptorii moleculari) ale unui set de inhibitori sunt legate de activitatea inhibitoare sau de
toxicitate pentru a construi un model predictiv pentru inhibitori noi. QSAR a devenit un
instrument foarte popular pentru profilarea unor inhibitori noi în silico fără a trece prin teste in
vitro și in vivo costisitoare și care necesită mult timp.

Probabil cea mai cunoscută și cea mai utilizată metodă CADD este simularea de andocare
moleculară, prin care modul de legare 3D al unui ligand pentru un receptor biomolecular (de
obicei o structură proteică) este prezis și notat pentru afinitate. Acest lucru este extrem de util
pentru analiza structurală a interacțiunilor proteină-ligand în care informațiile structurale
experimentale sunt absente. Cu toate acestea, andocarea a devenit un instrument foarte popular
pentru screening-ul compușilor afectați virtual sau prin inginerie inversă pentru identificarea
țintei.

Metodele CADD de mai sus sunt unele dintre cele mai cunoscute, dar există multe altele,
inclusiv metode bazate pe inteligență artificială. O altă metodă CADD de foarte mare succes ,
este cunoscută sub numele de modelare farmacofor.

Un farmacofor este ansamblul caracteristicilor sterice și electronice care este necesar

pentru a asigura interacțiunile supramoleculare optime cu o țintă biologică specifică și pentru a
declanșa (sau bloca) răspunsul său biologic. Deși conceptul de farmacofor este anterior oricărei
forme de computer electronic, el a devenit totuși un instrument important în CADD. Fiecare tip
de atom sau grup dintr-o moleculă care prezintă anumite proprietăți legate de recunoașterea
moleculară poate fi redus la o caracteristică farmacoforică. Aceste modele moleculare pot fi
etichetate ca donatori sau acceptori de legături de hidrogen, cationici, anionici, aromatici sau
hidrofobi și orice combinații posibile. Molecule diferite pot fi comparate la nivel de farmacofor;
această utilizare este adesea descrisă ca „amprente digitale ale farmacoforului”. Când doar câteva
caracteristici ale farmacoforului sunt luate în considerare într-un model 3D, farmacoforul este
uneori descris ca o „interogare”.

Modelarea farmacoforilor a existat de la începutul CADD și a evoluat de la un concept de

bază la o metodă CADD bine stabilită, cu aplicații care includ metrici de similitudine, screening
virtual, optimizarea ligandului, saltarea schelelor, identificarea țintei și așa mai departe. Având în
vedere simplitatea și versatilitatea conceptului de farmacofor, se poate anticipa că se vor face în
viitor dezvoltări suplimentare pentru diferite aplicații.

Proiectarea și dezvoltarea promedicamentelor este cea mai comună și eficientă strategie

pentru a depăși dezavantajele farmacocinetice și farmacodinamice ale medicamentelor active. Un
număr respectat de promedicamente au ajuns pe piața medicamentelor de-a lungul istoriei și, în
ultimii ani, s-a observat o creștere semnificativă a utilizării promedicamentelor ca înlocuitor al
medicamentelor originale pentru un tratament eficient al diferitelor afecțiuni

Promedicamentele sunt compuși biologic inactivi care sunt activați după administrare în
formele lor farmacologic active. Adesea promedicamentele sunt formulate pentru a depăși
barierele farmacocinetice, cum ar fi solubilitatea și absorbția slabă, metabolismul extins la prima
trecere sau excreția rapidă și barierele farmacodinamice, cum ar fi toxicitatea, efectele secundare
și eficacitatea slabă. Activarea promedicamentelor se face, de obicei, fie prin procese enzimatice,
cum ar fi enzimele citocrome, esteraze și amidaze, fie prin procese chimice (inter sau intra-
moleculare), cum ar fi hidroliza și oxidarea.

Multe promedicamente s-au bucurat de succes clinic în tratarea diferitelor afecțiuni

cronice și acute Printre exemplele de succes se numără promedicamentele indicate pentru
gestionarea hipertensiunii arteriale, cum ar fi inhibitorii enzimei de conversie a angiotensinei
(ACEI) și blocanții receptorilor de angiotensină (ARB). Altele sunt cele utilizate pentru a inhiba
agregarea plachetară în cazurile de tulburări de coagulare și incidente cardiace, cum ar fi
clopidogrel și prasugrel. Sulfasalazina este un promedicament de alegere comună pentru
tratamentul colitei ulcerative și a bolii Crohn.

Deși producția de tratamente biologice, cum ar fi anticorpii monoclonali, este considerată

o strategie promițătoare pentru a inventa noi medicamente, abordarea promedicamentului este
încă explorată și prodrogurile noi sunt încă în curs de dezvoltare.

1.Sistemul cardiovascular

a) Simvastatina
 Simvastatină este printre cele mai vechi și mai cunoscute promedicamente disponibile pe
piață. Mecanismul său de acțiune implică hidroliza in vivo a inelului său lactonic cu 6 membri
pentru a produce beta, acid delta-dihidroxi și un metabolit activ care are o structură similară cu
HMG-CoA (hidroximetilglutaril CoA). Metabolitul de hidroliză al simvastatinei concurează cu
HMG-CoA pentru HMG-CoA reductază, care catalizează transformarea HMG-CoA în
mevalonat, un pas care limitează rata în biosinteza colesterolului. Cu toate acestea, multe studii
clinice investigau efectele statinelor în combinație sau ca tratamente unice în perioada 2013-
2018. Majoritatea acestor studii s-au concentrat pe interacțiunile dintre simvastatină și afecțiuni
sau boli, evaluând siguranța și preferința acesteia față de alte statine în anumite condiții. Pe de
altă parte, unele studii au folosit doar simvastatină în studiile lor și încă nu au publicat rezultate.
Acestea includ NCT03011931 care a folosit metabolismul simvastatinei ca test pentru activitatea
bolii celiace, NCT03131726 care a studiat eficacitatea simvastatinei în tratamentul oftalmopatiei
Graves și NCT03387670, care este un studiu de fază 3 al simvastatinei în scleroza multiplă
intitulat MS-STAT2. Acesta din urmă a fost efectuat în urma rezultatelor MS-STAT1, care au
arătat că pierderea neuronilor este redusă la pacienții cărora li se administrează simvastatină în
comparație cu placebo.

Stadiul secundar progresiv al SM (SPMS) este cauza marii dizabilități la pacienții cu SM.
Până astăzi, există foarte puține medicamente care pot trata eficient sau încetini progresia
dizabilității la pacienții cu SPMS. Studiul MS-STAT2 stabilește că promedicamentul
simvastatină utilizat în prezent pentru tratarea bolilor vasculare și a nivelurilor ridicate de
colesterol ar putea fi utilizat ca un tratament terapeutic eficient pentru tratamentul SPMS. Acest
lucru se datorează potențialelor proprietăți imunomodulatoare și neuroprotectoare ale
promedicamentului.

b) Clopidogrel și Prasugrel

Blocanții receptorilor de adenozin difosfat, în special tienopiridinele, s-au dovedit a fi

excelenți inhibitori ai agregării plachetare și rămân printre primele alegeri în prevenirea
tulburărilor de coagulare și a tratamentului de urmărire a incidentelor cardiovasculare. Inhibarea
trombocitelor a acestei clase de medicamente se realizează în principal prin blocarea receptorilor
P2Y12 ai trombocitelor.

Mai mult, studiile au raportat că clopidogrelul inhibă agregarea plachetară indusă de

colagen și trombină (pentru calea de activare și mecanismul de acțiune al clopidogrelului.
Majoritatea studiilor clinice recente pe clopidogrel și prasugrel urmau să stabilească în
continuare cele mai bune doze de medicamente, regimurile lor și interacțiunile lor cu alte
afecțiuni cronice frecvente, cum ar fi diabetul. Cu toate acestea, nu au fost explorate noi indicații.
Astfel, este de așteptat ca aceste studii clinice recente să ajute la dezvoltarea viitoarelor orientări
pentru afecțiuni precum sindromul coronarian acut, angina pectorală, insuficiența cardiacă,
fibrilația atrială și altele.
 Este demn de remarcat faptul că în studiile cu promedicamentele cu clopidogrel și
prasugrel trebuie luată în considerare cu atenție atunci când sunt administrate împreună cu alte
medicamente destinate tratamentului altor afecțiuni. Aceste medicamente au potențialul de a
interfera cu activarea precursorului promedicamentelor, rezultând inversarea recuperării
pacientului.

2. Sistemul nervos

Aripiprazol Lauroxil

Aripirazolul lauroxil este un promedicament injectabil cu acțiune îndelungată a

aripiprazol, indicat pentru tratamentul schizofreniei și tulburării bipolare . După injecția
intramusculară, promedicamentul este hidrolizat pentru a forma N-hidroximetil-aripiprazol care,
la rândul său, suferă clivaj spontan la aripiprazol. Mecanismul de acțiune al metabolitului activ
este agonismul receptorilor dopaminici și 5-HT1A, precum și al receptorilor alfa-adrenergici 5-
HT2A Cu toate acestea, și în timp ce profilul de legare al aripiprazolului este cunoscut, modul în
care își exercită activitatea antipsihotică nu este încă bine stabilit. Cu toate acestea, efectele
secundare, cum ar fi hipertensiunea ortostatică, sunt legate de agonismul receptorului alfa-
adrenergic.

Principalul avantaj al promedicamentului este că reprezintă o formă de dozare cu

eliberare susținută a medicamentului activ. Acest lucru are ca rezultat o mai bună aderență la
pacienții care au dificultăți în aderarea la medicamentele lor

3. Oncologie

Romidepsin

Romidepsina este un promedicament indicat pentru tratamentul și gestionarea limfomului

cu celule T periferice (PTCL). Este activat de glutation intracelular care produce un metabolit cu
o grupare tiol liberă. Metabolitul este un inhibitor puternic și selectiv al histonei deacetilazei.
Această inhibiție are ca rezultat creșterea acetilării histonei care influențează ciclul celular,
ducând la apoptoză.

Deși pacienții cu PTCL primesc de obicei chimioterapie agresivă de primă linie, aceștia
suferă răspunsuri inadecvate și prognostic slab. Promedicamentul, romidepsina este considerat ca
o terapie cu un singur agent care oferă răspunsuri durabile la pacienții cu refractare sau
recidivante / PTCL.

Studiile au arătat un efect sinergic atunci când romidepsina și pralatrexatul au fost

utilizate în combinație cu toxicitate hematologică tolerabilă. Aceste studii și alte sugerează
indicații suplimentare PTCL pentru romidepsină. Alte studii au indicat faptul că utilizarea
romidepsinei cu alți agenți antineoplazici a îmbunătățit și mai mult răspunsul la medicament.
 4. Antivirale

Baloxavir Marboxil

Baloxavir marboxil este un promedicament care este hidrolizat la metabolitul său activ,
baloxavir. Fiind primul agent antiviral nou pentru gripă în aproape 20 de ani, baloxavir marboxil
a apărut în titluri după aprobarea sa în 2018. Mecanismul de acțiune al medicamentului,
baloxavirul, este prin inhibarea endonucleazei CAP.

Promedicamentul este administrat în primele 48 de ore după simptomele de gripă și scade

vărsarea virală prin inhibarea endonucleazei CAP virale. În perioada 2013-2018, doar 5 studii
clinice au raportat promedicamentul în intervenția lor, dintre care trei au fost finalizate și au avut
ca scop compararea acestuia cu placebo și oseltamivir și evaluarea siguranței și eficacității
acestuia. În prezent, baloxavir marboxil este indicat pacienților cu vârsta peste 12 ani, dar un
studiu clinic NCT03653364 a avut ca scop evaluarea siguranței și eficacității tratamentului la
sugarii cu vârsta sub 1 an. Dacă rezultatele acestui studiu sunt pozitive, medicamentul ar putea fi
indicat pacienților mai tineri care semnalează un viitor epidemiologic mai bun și mai restrâns al
gripei la nivel mondial.

Abordarea promedicamentului a demonstrat multe succese și rămâne în continuare o

abordare viabilă și eficientă pentru a furniza noi agenți activi.

Modelare de farmacofori pe bază de ligand, screening virtual și studii de andocare

moleculară pentru descoperirea potențialilor inhibitori de topoisomerază I

Topoizomerazele sunt enzime omniprezente esențiale pentru rezolvarea problemelor

topologice asociate cu supraîncărcarea ADN-ului în timpul replicării și transcrierii, care poate fi
una dintre țintele importante pentru dezvoltarea medicamentelor anticanceroase și antibacteriene.

Top1 este una dintre țintele importante pentru chimioterapia cancerului, deoarece
retrăiește tulpina de torsiune a ADN-ului și oprește procesul de divizare celulară. Ca și în
celulele post-mitotice, transcrierea genelor și procesul de replicare și reparare a ADN-ului sunt
reglementate în principal de enzima Top1. Inhibarea Top1 poate fi o alegere pentru controlul
procesului nuclear în reglarea creșterii celulelor canceroase. Procesul de reglare a ADN-ului de
către Top1 are loc mult mai rapid decât viteza de scindare a ADN-ului.

Există două tipuri de inhibitori Top1; supresor și otravă. Supresorul inhibă topoizomeraza
prin interacțiunea cu proteina și nu îi permite să funcționeze corect. În timp ce otrăvurile Top1
stabilizează „complexul clivabil” ADN-Top1 și previn distrugerea firului de ADN făcând un
complex ternar de ADN-Top1-otravă, rezultând apoptoza celulei canceroase.
 Obiectivul principal al studiului a fost de a descoperi o nouă entitate moleculară care
acționează ca o otravă Top1 cu eficacitate îmbunătățită. Am inițiat studiul nostru prin modelarea
farmacoforilor și tehnica de screening virtual. Un studiu realizat de Malgorzata și colab. a
dezvăluit două structuri farmacofore atât prin abordarea bazată pe structură, cât și pe cea bazată
pe ligand, unde 27 de derivați CPT au fost luați în considerare în setul de antrenament. Modelul
farmacoforului nu a fost validat de nicio moleculă de testare. Baza de date a Institutului Național
al Cancerului (NCI) conținând doar 265.242 de numere de molecule a fost utilizată pentru
screening-ul virtual pe Discovery Studio, cu doar regulile de 5 ale lui Lipinski, ca criterii de
filtrare. Ar fi fost judicios să se folosească mai multe filtre, precum și să se determine „molecule
de lovitură” din baza de date care conține o bibliotecă moleculară cu activitate biologică diversă
pentru a identifica noi chimiotipuri care pot inhiba Top1. În prezentul manuscris, am inițiat
studiul cu molecule structurale diverse din baza de date ZINC cu diverse activități biologice. De
asemenea, am supus biblioteca moleculară printr-un set riguros de filtre.

Într-un studiu separat realizat de Sanal și colaboratori farmacoforul a fost construit prin
tehnici „ Common Features Pharmacophore ”, în care caracteristicile comune sunt prezente doar
în compușii activi. Se ia în considerare numărul limitat de molecule stabilite de antrenament, în
principal compuși activi și moderat activi. Tehnica are propriile limitări cu absorbția unui număr
limitat de molecule, în afară de valorile IC 50 biologice , care ar trebui validate în aceeași
condiție de testare. În prezentul manuscris, ne-am dezvoltat farmacoforul utilizând 3D-QSAR
Pharmacophore ( HypoGenalgoritm) tehnică prin rezumarea caracteristicilor structurale ale celor
62 derivați CPT cu diferite modele structurale moleculare cu o schelă CPT de bază. 62 de
derivați CPT sunt proiectați în șapte clase diferite de molecule, cum ar fi derivați 7-
ariliminometil CPT, 7-cicloalchil derivați CPT, 7-alchinil CPT derivați, 7-etil-9-alchil CPT
derivați; Derivați CPT pe bază de azot, derivați 7-alchenil CPT și derivați fosfodiester și
fosfotriester. Activitățile biologice ale 62 liganzilor de intrare au fost selectate într-o singură linie
de celule canceroase (A549). Corelația dintre activitatea estimată și activitatea experimentală a
fost de 0,917678 pentru setul de antrenament, iar pentru setul de testare a fost de 0,874718.
Farmacoforul selectat (Hypo1) a fost luat ca o interogare 3D pentru screeningul virtual
ulterior împotriva moleculelor asemănătoare medicamentelor din baza de date ZINC conținând
1.087.724 molecule..

Studiul prezintă șase molecule prospective prin intermediul de andocare moleculară și

inspecție vizuală meticuloasă a proteinei receptorului (PDB ID: 1T8I ) co-cristalizată cu CPT.
Evaluarea toxicității prin programul TOPKAT a furnizat trei potențiale „molecule lovite”. Prin
simularea dinamicii moleculare (MD), am validat stabilitatea modului de legare a ligandului și
conformarea proteinei-liganzi . Aceste trei molecule lovite ZINC68997780, ZINC15018994 și
ZINC38550809 pot fi utilizate pentru proiectarea viitoarei clase de potențial inhibitor al
topoizomerazei I.