La pacienții tratați în comunitate, determinarea agentului patogen nu necesită costuri suplimentare și de
obicei acesta nu influențează modul de acțiune.[14] Pentru persoanele care nu răspund la tratament, ar trebui luată în calcul analiza sputei iar analiza pentru Mycobacterium tuberculosis ar trebui efectuată în cazul persoanelor cu tuse cronică productivă.[41] Pot fi recomandate și teste pentru alte organisme specifice în timpul erupțiilor, din motive de sănătate publică.[41] În cazul persoanelor spitalizate pentru boli grave, se recomandă atât analiza sputei, cât și culturi sanguine,[41] precum și analiza urinei pentru antigeni ai bacteriilor Legionella și Streptococcus.[45] Infecțiile virale pot fi confirmate prin detectarea virusului sau antigenilor săi prin intermediul culturii sau reacției în lanț a polimerazei (PCR), printre alte tehnici.[10] Agentul patogen este determinat numai în 15% din cazuri prin teste microbiologice de rutină.[13]