Caracteristicile structurale ale ARN

• Transcrierea (Biosinteza ARN)

• Modificari posttranscriere
 Caracteristicile structurale ale ARN

• Sunt produşi de policondensare a

ribonucleozidtrisfosfaţilor

• Structura primară:
– H3PO4

-riboză
– Baze azotate: A,G,U,C
 O

N
NH
O
5` N
G 5` GCA 3`
O
-
P O N NH2
O
-
O
3`
NH2
X
N
O C
N O
O P O CH2
O
-
O
3`
NH2
X
N
NH
O A

O P O CH2 N N
O
-
O
3`

3` OH X
• Structura secundară
ARN este monocatenar cu porţiuni bicatenare

Buclã cu baze
neâmperechiate

Segment cu baze
complementare

• Conţinutul în A al ARN este diferit de cel în U şi cel

de G diferit de cel în C
• Rolurile diferitelor tipuri de ARN
• ARNr -caracteristici structurale

– conţine zone dublu catenare şi monocatenare

-este heterogen ca formă şi mărime.

-la procariote, ARNr : 23S, 16S şi 5S
la eucariote, ARNr : 28S, 18S, 5,8S şi 5S
ARNr

-este tipul de ARN cel mai stabil metabolic

-reprezintă ~80% din ARN celular total.

 Ribozomii

• ARNr = componenta catalitică a ribozomilor

• Ribozomii = complexe ribonucleoproteice

ARNr + proteine

-proteinele:

 au roluri catalitice sau

sunt implicate în recunoaşterea şi legarea ARNm şi

aminoacil~ARNt la ribozomi
 Rolul ribozomilor

• Ribozomii constituie sediul biosintezei proteinelor

• Ribozomii permit conlucrarea ARNm, ARNt şi ARNr, în vederea sintezei proteinelor.

• Conţin trei situsuri:
-situsul aminoacid, care leagă ARNt purtător al unui
aminoacid;
-situsul peptid, care leagă ARNt purtător al unui lanţ
polipeptidic;
-situsul de eliminare de pe care este eliberat ARNt
liber.

Ribozom 70 S
 ARNt

• E. Coli conţine ~75 tipuri de ARNt

Reprezintă ~ 15% din masa ARN celular total

• Structura ARNt (solubil sau adaptor)

– conţine între 75 şi 90 ribonucleotide;

– raportul A+G/U+C este apropiat de 1;

– prezintă o conformaţie în “foaie de trifoi

a) 3` b) 5`
Situs de CCA Brat T C 3`
legare aminoacid

5`

Perechi de baze
complementare Brat T C
Bratul DHU
Bratul
DHU

Bratul variabil
Bucla Bratul anticodon
anticodon

Anticodon
– ARNt are cel mai mare conţinut de baze minore
baze azotate modificate structural prin:

-metilări

- tiolări

-hidrogenări

după sinteza ARNt (POST-TRANSCRIERE)

 O O O
H3C
NH NH HN NH

N O N O O
HO H2 C HO H2 C HO H2 C
O O O

OH OH OH OH OH OH
Dihidrouridinã Ribotimidinã Pseudouridinã
(DHU) (T) 
S O
NH N
NH

N O N N
HO H2 C HO H2 C
O O

HO OH OH OH
4-Tiouridinã Inozinã
 Funcţiile ARNt

• Leagă aminoacizii specifici, activaţi, prezenţi

în citosol, la restul adenilic din secvenţa CCA şi

• îi transportă, la ribozomi, sub forma

complexelor aminoacil~ARNt
• Adaptarea aa transportat în dreptul codonului de

pe ARNm prin

– recunoaşterea codon-anticodon,

– pe baza complementarităţii bazelor

 3` A ~ aa1 3` A ~ aa2
C C
C C
5` 5`

Anticodon 3` C C G 5` Anticodon 3` A G U 5`
GGC UCA
ARNm
5` Codon 1 Codon 2 3`
 ARNm

• Structură

-este monocatenar, liniar, de lungime variabilă;

-este sintetizat prin transcrierea catenei matriţă

sau template (necodificatoare).

-ARNm conţine informaţia în limbaj nucleotidic.
ADN 5` - G C A T T A T G C - 3`
3` - C G T A A T A C G - 5`

ARN 5` G C A U U A U G C 3`

-informaţia depozitată în ARNm

sub forma tripletelor de nucleotide numite codoni

este decodificată la nivelul ribozomilor.
 ARNm procariot

• este poligenic sau policistronic;

• între gena transcrisă,

ARNm şi

proteină există

o relaţie de colinearitate
 ARNm eucariot
• este monogenic;
• nu este relaţie de colinearitate:
genă-ARNm-polipeptid

• gena pentru sinteza ARNm cuprinde: ☻

exoni (expressed regions) şi

☻introni (intervening sequences);

• ARNm matur care trec în citoplasmă este
prelucrat prin excizia intronilor;

• ARNm eucariot are o viaţă de ordinul orelor

• ARNm bacterian are o viaţă foarte scurtă (2-3

minute)
ARN nuclear de mici dimensiuni
(small nuclear RNA)

• Este bogat în uridină

(U1, U2, U4, U5, U6).

• se află în nucleu, citosol şi mitocondrie

• prin asociere cu proteine,

generează ribonucleoproteine

(small nuclear ribonucleoproteins)

sau snRNP ( denumite “snurps”)

cu rol în:

-excizia intronilor din ARNm transcript primar;

-controlul traducerii.
 TRANSCRIERE

Biosinteza ARN pe matriţă ADN

Transcrierea

 are loc de câte ori este nevoie

în viaţa unei celule

 nu angajază tot cromozomul

• Transcrierea este asimetrică

– catena ARN se construieşte numai pe una dintre catenele

ADN dublu catenar nuclear

• desemnată drept catenă template

matriţă sau

necodificatoare
• Catena netranscrisă (codificatoare) a ADN
este identică cu ARN nou sintetizat, cu
excepţia înlocuirii timinei cu uracilul
• Catenele ADN vor fi catene template
(necodificatoare) pentru unele gene şi catene
codificatoare pentru alte gene.
• Catenele template se citesc, invariabil, în
direcţia 3`  5`.
Elemente necesare transcrierii:

• ADN dublu helicoidal.

• Substrate: ATP, GTP, CTP, UTP
 Enzime
ARN polimeraze ADN dependente
-au activitate polimerazică
-necesită catenă matriţă
-pot iniţia sinteza catenelor poliribonucleotidice
-conţin Zn şi necesită Mg2+
-nu au activitate de corector
-sintetizează ARN în direcţia 5` 3`, antiparalelă
catenei ADN folosită ca matriţă
 Direcţia de sinteză

• Direcţia de creştere a lanţurilor ribonucleotidice

rămâne obligatoriu 5`  3`.

Reacţia globală catalizată de ARN polimerază
este:
 O

N
NH
O
5` N
G 5` GCA 3`
O
-
P O N NH2
O
-
O
3`
NH2
X
N
O C
N O
O P O CH2
O
-
O
3`
NH2
X
N
NH
O A

O P O CH2 N N
O
-
O
3`

3` OH X
 Procariotele
• Au o singură ARN polimerază.

Holoenzima, este un pentamer   constituit

din:

–“enzima miez”    importantă în elongare;

–subunitatea adiţională , proprie iniţierii transcrierii.

• In absenţa subunităţii , ARN polimeraza, se leagă
nespecific la ADN.
 Eucariotele
• ARN polimeraza mitocondrială

• ARN polimerazele nucleare,

(cu sensibilitate diferită la -amanitină -octapeptid biciclic,
toxic, existent în ciupercile otrăvitoare):

– ARN p I, aflată în nucleoli, sintetizează ARNr 45S,

• insensibilă la -amanitină;

– ARN p II, aflată în nucleoplasmă, sintetizează ARNm, şi

ARN nuclear de dimensiuni mici
• foarte sensibilă la -amanitină;

– ARN p III, aflată în nucleoplasmă, sintetizează, ARNt, ARNr

5S şi ARN nuclear de dimensiuni mici
• sensibilă la concentraţii mari de -amanitină
• Unde începe transcrierea genei ?
 Secvenţele promotor (P)

• secvenţe specifice de nucleotide, din molecula

ADN, responsabile de iniţierea transcrierii

• punctul de start al transcrierii, este notat cu +1.

• Secvenţele nucleotidice situate în “amonte”

(upstream), faţă de punctul de start al transcrierii,

se notează cu (-)

• Secvenţele situate în „aval” (downstream) faţă de +1

sunt notate cu (+)

Promotorii procariotelor sunt situaţi în amonte faţă de
+1 şi sunt notaţi cu minus

• Promotorii, pentru cele mai multe gene bacteriene,

au două secvenţe consens situate pe catena
codificatoare: caseta –10 (Pribnow) şi caseta –35
• La eucariote, fiecare ARN polimerază,
utilizează promotori diferiţi

ARNp I utilizează promotori identici,

ARNp II utilizează o diversitate de
promotori, cu secvenţe consens:
• –caseta TATA, asemănătoare casetei
Pribnow, este responsabilă de acurateţea
iniţierii transcrierii;
• –casetele CAAT şi GC sunt responsabile de
frecvenţa transcrierii.
 Iniţierea transcrierii
Factorii de iniţiere

A.La procariote
subunitatea  a holoenzimei orientează legarea
specifică a ARNp la ADN

• Bacteriile prezintă mai multe tipuri de factori 

 Etapele iniţierii transcrierii :

• formarea „complexului închis” de iniţiere

prin legarea ARNp la promotorul specific,
în regiunea –35 recunoscută de factorul ;

ARN polimeraza holoenzima

Catena matritã

Promotor
 formarea „complexului deschis” de
iniţiere
• prin denaturarea ADN dublu catenar pe o porţiune de
~10 perechi de baze până la punctul de start al
transcrierii
ARN polimeraza holoenzima
Formarea primei legături fosfat diesterice

• ARNp, aflată cu situsul catalitic în dreptul

semnalului de iniţiere a transcrierii,
– leagă nucleotidul +1, aproape invariabil unul
purinic cu nucleotidul +2;
–disocierea subunităţii  din complexul ARN

polimerază–ADN-ARN după legarea primelor

10 nucleotide şi

• asocierea ei cu altă moleculă de ARN polimerază-miez.

 La eucariote

B.Acurateţea iniţierii transcrierii este realizată de:

-elementele de activare în “cis” a genelor

(secvenţe de ADN situate pe acelaşi cromozom cu gena de reglat)

promotori

enhanceri

silenceri

responsive elements care mediază răspunsul la diferite semnale printre care hormonii
hidrofobi
-elementele de activare în “trans” :
 factorii de iniţiere a transcrierii = proteine specifice

 La procariote factorul 

 La eucariote fiecare polimerază are setul său unic de factori de iniţiere a

transcrierii (cel puţin 6 factori de transcriere acţionează echivelent
cu factorul  de la procariote)

 Celulele eucariote au o capacitate de exprimare selectivă a genelor

 Viteza de sinteză a unei proteine în două celule din acelaşi

organism poate diferi de 109 ori
 Elongarea lanţului polinucleotidic
• bucla de transcriere care cuprinde 12-17 perechi de
baze ADN-ARN
Catena ADN codificatoare
Punctul de renaturare Punctul de denaturare

Directia de avansare a enzimei

Catena matritã

Hibrid ARN-ADN
• La procariote,
– rifampin se leagă de ARN polimerază şi îi schimbă
conformaţia împiedicând iniţierea sintezei ARN

• La eucariote
– rifampinul nu se leagă de ARN polimerază şi nu este
afectată sinteza ARN
 Terminarea transcrierii
• La procariote
a.Terminarea transcrierii independentă de factorul
proteic rho
Catena matriţă ADN conţine semnale stop.
Structurile în “ac de păr” a ARN format, favorizează
terminarea transcrierii.
 Terminarea transcrierii rho dependentă
• Factorul rho cu activitate ATP-azică se leagă la o
secvenţă specifică de ARN monocatenar. ARN este
desprins de catena matriţă şi de enzimă

ppp 5` ARN polimeraza

Proteina rho

ATP + HOH ADP + Pi

Transcriptul primar ARNm procariot este mai
lung decât gena de transcris.
 Inhibitorii transcrierii

• a.Antibioticul actinomicină D, ca şi colorantul acridină, prin

intercalarea între perechile de baze distorsionează molecula ADN
împiedicînd atât transcrierea cât şi replicarea.

• b.-amanitina (octapeptid biciclic, toxic, existent în ciupercile

otrăvitoare) este un inhibitor al ARN polimerazelor din celulele animale.

• c.Antibioticele din familia rifamicin, inhibă specific iniţierea

transcrierii la bacterii. Odată iniţiată transcrierea, rifamicina nu are rol
inhibitor asupra procesului de elongare.

• Rifampin, inhibă iniţierea transcrierii, la procariote, prin legarea la

subunitatea  a ARN polimerazei-holoenzimă. Deoarece nu inhibă ARN
polimerazele eucariotelor, antibioticul rifampin este folosit în tratarea
tuberculozei şi a altor infecţii bacteriene.
• La procariote

• ARN se naşte matur

 La eucariote

☻ARN-polimerazele transcriu întreaga

genă

☻Transcriptele primare ARN conţin exoni

şi introni
• Intronii au dimensiuni cu mult mai mari
decât exonii
(de peste 100 de ori)

NUMAI 5-10% din genomul eucariot

reprezintă secvenţe codificatoare
pentru proteine şi ARN.

Prezenţa intronilor şi exonilor la eucariote este

tipică:
ARNm
ARNt
ARNr
 Prelucrări post-transcriere la eucariote

–eliminare fragmente polinucleotidice;

–adăugare fragmente polinucleotidice la

capetele 3` şi 5`;

–modificări covalente ale unor resturi

nucleotidice.
 Dualitatea funcţională a moleculei de ARN

• ARN are rol catalitic şi informaţional

• Moleculele ARN cu rol catalitic =

RIBOZIMI

Substratele ribozimilor sunt molecule de

ARN
Sunt 2 tipuri de Ribozimi:
– cu activitate autocatalitiă
• Ex. introni care îşi catalizează propria excludere (self-
splicing)

– catalizează transformarea unor molecule din

care aceştia nu fac parte
• Ex. ribonucleaza P care elimină extensia de la capătul 5`
din ARNt
 Excizia intronilor
• Excizia intronilor se realizează în nucleu, pentru toate
tipurile de ARN
• Enzime specifice:
– să recunoască joncţiunile intron-exon

– să elimine intronii

– să lege exonii

exon intron exon

5` __________AGGU------------CAGG __________ 3`
• Mutaţii la nivelul joncţiunilor intron-exon pot
genera un ARN inactiv
– care conţine un intron rezidual
• Un defect de excludere a intronilor, ar putea duce la o
sinteză scăzută a lanţurilor de -globină, fapt constatat în
unele -thalasemii.
 Excizia intronilor din ARNr

• se realizează autocatalitic

• necesită GTP sau guanozina

• odată cu excluderea intronului, se leagă cei doi

exoni (splicing)

• Enzima numită ribozim cu activitate autocatalitică

îşi modifică structura în timpul actului catalitic.
 Excizia intronilor din ARNm

este realizată de „splicozom” format din:

–particule ribonucleoproteice (snurps)

(ARN de dimensiuni mici bogaţi în uracil
(U1, U2, U4, U5, U6) asociate cu proteine)

–ARNm transcript primar, subiect al

prelucrării.
• în splicozom acţiunea catalitică este realizată

de ARN de dimensiuni mici.

• Splicozomul – dimensiune mare – împiedică

ARNm precursor să părăsescă nucleul înainte de

prelucrarea sa completă la ARNm-matur

• desfacerea legăturii fosfat diesterice de la

unul dintre capetele intronului este realizată

de un nucleotid din cadrul intronului

 Excizia intronului din ARNt

• ARNt eucariot conţine introni, în regiunea

anticodon (succesiuni de nucleotide (20-40))

• Excluderea acestor introni se face de un sistem

multienzimatic cu rol de endonuclează şi ligază
 3` OH
OH 3`

Extensie 5`

5`

Prelucrãri posttranscriere

Intron
ARNt matur
ARNt transcript primar
Modificări suplimentare exciziei intronilor
în transcriptele primare ARN

• ARNm procariot se naşte matur

• Modificări ale ARNm eucariot
– la eucariote
• ARNm devine funcţional numai după

– excizia intronilor şi

– modificarea capetelor 5` şi 3`:

» adăugarea unui rest de 7-metil guanozină la capătul 5`

» formarea cozii poliadenilice 3`

• Formarea capătului 5`prin adăugarea unui
rest de 7-metil guanozină la transcriptul
primar.

O CH3
+
N
HN
O O O
H2N N N 2` 3` CH2 O P O P O P Transcript primar
OH HO OH OH OH
O legãturã 5` - 5` trifosfat
7-metil guanozinã între 7-metil-guanozinã si transcriptul primar
• Funcţiile capătului 5`:

–protejază moleculele de acţiunea 5`  3`

exonucleazelor;

–favorizează traducerea, fiind recunoscut de

către ribozomi ca semnal de iniţiere a sintezei
proteinelor.
• Modificarea capătului 3` al ARNm prin

• formarea unor “cozi” poliadenilice

• de 200-300 nucleotide

• Poliadenilarea se produce

• după formarea capătului 5` dar

• înainte de excizia intronului.
• Poliadenilarea ajută la stabilizarea moleculei
ARNm de acţiunea exonucleazelor.

• ARNm pentru histone şi interferon nu sunt

poliadenilaţi.
 Modificări ale capetelor ARNt
• transformarea transcriptul primar multimeric în
ARNt precursori monomerici
care prezintă extensii scurte 3` şi 5`

• Ribonucleaza P
o endonuclează formată din:

☻ARN cu rol catalitic (ribozim) şi

☻o proteină cu caracter bazic)

elimină extensiile din capătul 5`
• Formarea capătului 3` matur al ARNt
La procariote
secvenţa CCA este relevată de o exonuclează
La eucariote
secvenţa CCA este adăugată ulterior de către o
nucleotidil-transferază având ca
substrate ATP şi CTP

• Modificarea covalentă a unor baze prin reacţii catalizate

enzimatic: alchilare, tiolare, hidrogenare
 O O O
H3C
NH NH HN NH

N O N O O
HO H2 C HO H2 C HO H2 C
O O O

OH OH OH OH OH OH
Dihidrouridinã Ribotimidinã Pseudouridinã
(DHU) (T) 
S O
NH N
NH

N O N N
HO H2 C HO H2 C
O O

HO OH OH OH
4-Tiouridinã Inozinã
a) 3` b) 5`
Situs de CCA Brat T C 3`
legare aminoacid

5`

Perechi de baze
complementare Brat T C
Bratul DHU
Bratul
DHU

Bratul variabil
Bucla Bratul anticodon
anticodon

Anticodon
 Modificări ARNr

• La eucariote
Din transcriptele primare 45 se formează
ARNr matur:
28 S
18 S şi
5,8 S.

ARNr 5 S rezultă dintr-o moleculă precursoare

diferită
 Spatiatori

Transcrip
primar

Clivare

ARNr maturi

Procesarea ARNr eucariot

• La procariote, după îndepărtarea ARNt obţinut
prin transcrierea unor gene ARNt intruse, se
formează ARNr maturi: 23 S, 16 S, şi 5 S prin
clivarea ARNr precursor 30 S.
•
Spatiatori

Transcript
primar

Clivare
Clivare

ARNr
maturi

Procesarea ARNr procariot