1.

Numere cuantice
Orbitalul atomic este o funcie de und ce determin regiunea n care un electron se poate gsi n jurul unui atom izolat, ntr-o stare energetic particular. Rezultatul se mai numete i lista de stri cuantice posibile ale electronului. Starea unui electron ntr-un atom este dat de patru numere cuantice. Aceste numere sunt proprietile orbitalului n care se gsete electronul: Numrul cuantic principal, notat n 1. Acesta cuantific energia per total a orbitalului i distana electronului fa de nucleul atomului. n funcie de acesta, nivelurile electronice se mpart n pturi K, L, M, etc. Numrul cuantic azimutal, notat l, cu valori ntre 0 i n-1. Acesta mparte o ptur n subpturi, determinnd tipul orbitalului, cunoscut i ca numrul de noduri n graficul densitii. Numrul cuantic magnetic, notat m, cu valori ntre - i +, inclusiv 0. Determin transferul de energie al unui orbital atomic datorat cmpului magnetic extern (efectul Zeeman). Acest numr indic orientarea n spaiu a momentului magnetic. Numrul cuantic de spin, notat ms, cu valorile - sau + (numite uneori jos sau sus). Spinul este o proprietate intrinsec a electronului, independent de celelalte numere cuantice. Conform principiului de excludere al lui Pauli, nu exist doi electroni ntr-un atom cu acelai set de valori ale celor patru numere cuantice. Comportarea chimic a atomilor este datorat interaciunilor dintre electroni. Electronii unui atom rmn n interiorul unor configuraii electronice fixate, predictibile. Aceste configuraii sunt determinate de mecanica (cinematica) cuantic a electronilor n potenialul electric al atomului; numrul cuantic principal determin nveliuri electronice particulare cu nivele distincte de energie. n general, cu ct este mai nalt nivelul de energie, cu att este electronul mai ndeprtat de nucleu. Electronii de pe cel mai ndeprtat nveli, numii i electroni de valen, au cea mai puternic influen n comportarea chimic a atomului. Electronii de pe nveliurile interioare, (deci nu cei de valen) joac i ei un rol cu efecte secundare datorate ecranrii sarcinii pozitive din nucleul atomic. Un nveli electronic poate avea pn la 2n2 electroni, unde n este numrul cuantic principal al nveliului. nveliul ocupat cu cel mai mare n este nveliul de valen, chiar dac acesta ar avea un singur electron. n cea mai stabil stare, de baz, electronii unui atom vor umple nveliurile acestuia n ordinea cresctoare a energiei. n unele circumstane, un electron poate fi excitat pe un nivel de energie mai mare (electronul absoarbe energie de la o surs extern i sare pe un nveli mai nalt) lsnd un loc gol n nveliul energetic inferior. Electronii unui atom excitat vor cdea n mod spontan pe nivelul inferior, emind energia excedent sub form de fotoni, pn la revenirea la starea de baz Pe lng numrul cuantic principal n, unui electron i se mai asociaz nc trei numere cuantice: numrul cuantic secundar l (numr cuantic azimutal, ce descrie momentul unghiular orbital), numrul cuantic magnetic m (ce descrie direcia vectorului moment unghiular) i numrul cuantic de spin s (ce descrie direcia momentului unghiular intrinsec al electronului). Electronii cu valori diferite pentru numerele cuantice l i m au nveliuri distincte, evideniate prin notaia spectroscopic (configuraii s, p, d i f). n cei mai muli atomi, orbitalii cu numere l diferite nu sunt degenerate exact ci separate printr-o structur fin. Orbitalii cu numere m diferite sunt degenerate dar pot fi separate doar aplicnd un cmp magnetic, ceea ce se numete efect Zeeman. Electronii cu numere s diferite prezint diferene energetice foarte slabe, caracteriznd aa-numita structur (despicare) hiperfin. Numere cuantice Energia electonilor si distributia lor in spatiu este descrisa de numerele cuantice. Fiecare electron este reprezentat de patru numere cuantice Numarul cuantic principal (n) conform modelului Bohr este numarul de ordine (indexul) stratului electronic (numarul 1 cel mai apropiat de nucleu. Valori posibile:1,2,3,4,..) Numarul cuantic secundar sau azimutal (l) determina distributia sarcinii in spatiu. Valorile sale posibile depind de n si pot fi l=0,1,2,3, (n-1). (Exemplu n=2, l=0,1; Electroni s, p, d, f, g ) Numarul cuantic magnetic (m) In modelul Bohr: miscarea electronului pe orbite eliptice creeaza o bucla (circulara sau elicoidala) si in consecinta produce un camp magnetic extern. m poate lua urmatoarele valori: m=-l, 0, +l .De exemplu pentru n=2, l poate lua valorile 0,1 iar m poate fi -2,-1,0,+1,+2

Numarul cuantic de spin (s) Descrie directiile de rotatie ale electronului in jurul axei sale. Exista doua directii posibile: in sensul acelor de ceasornic si in sens contrar acelor. Aceste situatii sunt notate cu s=+1/2 si s=-1/2 Energia electronului nu depinde de numarul cuantic de spin Energia este DEGENERATA dupa numarul cuantic magnetic cu exceptia cazului in care exista un camp magnetic Postulatul (principiul) lui Pauli (1926) Este imposibil sa exista doi electroni cu numere cuantice identice in acelasi atom Postulatul nu a fost invalidat pana in present

3. Energia de ionizare
Energia de ionizare, notat i msurat n electronvoli , reprezint cantitatea de energie absorbit n procesul de ndeprtare a unuia sau a mai multor electroni dintr-un atom n faza gazoas (energia consumat n procesul de formare a ionilor pozitivi): Energia de ionizare poate fi primar (pentru ndeprtarea unui singur electron), secundar (pentru ndeprtarea celui de-al doilea electron de pe stratul de valen) etc. Cu ct ionizarea este mai avansat, este necesar o energie mai mare pentru a ndeprta nc un electron. n perioad, energia de ionizare este cu att mai mare cu ct numrul electronilor de valen este mai mare, adic ea crete de la stnga la dreapta, o dat cu creterea numrului atomic .n grupele principale, energia de ionizare scade de sus n jos, o dat cu creterea numrului de straturi. Cu ct energia de ionizare este mai mic cu att elementul este mai electropozitiv. Potenialul de ionizare, notat , reprezint raportul dintre energia de ionizare i numrul atomic. Energia de valenta a electronului Definitie: Lucrul mecanic NECESAR pentru a indeparta electronul de pe orbita, impotriva fortei de atractie a nucleului, si a-l duce la distanta infinita. Energie de ionizare: Indepartarea electronului duce la formarea unui ion

10. Forte hidrofobe

Uleiul formeaza faze separate de mediul apos Macromoleculele se aranjeaza in structuri care minimizeaza contactul dintre gruparile polare si domeniile hidrofobe O explicatie a efectului hidrofob Forte de dispersie Efect dirijat entropic

Interactiunea sarcina-dipol

U~1/r2
La distante mari, r>>a d=aq, momentul dipolar

U~1/r Interactiune dipol-dipol Pentru dipoli in solutie supusi agitatei termice

Forte de dispersie Sarcinile fluctueaza rapid in timp: dipoli instantanei Forte de atractie sau de respingere La distante mari La distante mici Solubilitatea reprezint cantitatea maxim de substan (solvat) care se dizolv n condiii date de temperatur, ntr-un anumit volum de solvent. Ea este influenat de natura solvatului, natura solventului, temperatur, iar pentru substanele gazoase i de presiune. Cnd solventul este apa, solvatarea poate fi explicat prin mai multe tipuri de interaciuni: a) interaciuni ion-dipol, care se ntlnesc la substanele organice ionice i se explic prin realizarea unor legturi ntre ionii de solvat i moleculele polare de solvent, care duc la desprinderea ionilor din reeaua cristalin i trecerea lor n soluie. O meniune special trebuie fcut pentru moleculele spunurilor i detergenilor ionici, la care molecula este format dintr-un rest hidrocarbonat nesolvabil i un ion solubil n ap; b) interaciuni hidrofobe solvat organic-ap, care presupune o repulsie reciproc a moleculelor. Ele pot fi explicate prin faptul c ntre moleculele organice exist slabe atracii van der Waals, iar ntre cele de ap, legturi de hidrogen puternice. c) interaciuni dipol-dipol, ce se ntlnesc la substanele organice polare i care se explic prin formarea unor legturi fizice ntre dipolii de solvent i solvat, care uureaz solvatarea; d)interaciuni prin legturi de hidrogen cu moleculele de solvent. i pentru a vedea mai bine legtura dintre structur i proprietile fizice i chimice ale substanei, trebuie precizat c att interaciunile dipol-dipol ct i cele prin legturi de hidrogen, scad pe msur ce crete restul hidrocarbonat al moleculei i de aceea solubilitatea substanelor organice scade cu creterea catenei hidrocarbonate

11. Potentiale termodinamic

Energia Coulomb Lucru mecanic pentru a duce la temperatura constanta sarcinile la o anumita distanta In termeni termodinamici: energia Coulomb este energia libera si nu este identica/egala cu entalpia In apa, energia Coulomb este activata entropic!! Descompunerea energiei libere, in componenta entropica si componenta entalpica Potentiale termodinamice: Energia libera Helmholtz T,V, {Ni } F (T,V) = U TS Entalpia H (S,p) = U + pV q1q1 q q1 1 =G = 1 2 T 4r 4 r T T

S =

Energia libera Gibbs T,p, {Ni } G(T,p) = U + pV TS= H-TS S=0, daca nu depinde de temperatura dar constanta dielectrica este puternic dependenta de temperatura: descreste cu 0,46% per grad Kelvin unde T este temperatura, S este entropia, p este presiunea, V este volumul, U energia intern. Simbolul entalpiei n cvasitotalitatea lucrrilor n limba romn este I, n timp ce n lucrrile strine este H. Simbolul energiei libere Helmholtz este actual F, dar se propune s fie A. Ni este numrul de particule de tip i n sistem. De obicei parametrii Ni sunt ignorai.

Descriere i interpretare Potenialele termodinamice sunt folosite la calculul echilibrului reaciilor chimice, sau la msurarea proprietilor substanelor folosind reaciile chimice. Reaciile chimice au de obicei loc n condiii simple, ca presiune i temperatur constant, sau volum i entropie constant, iar cnd aceste condiii sunt ndeplinite se aplic potenialul termodinamic corespunztor. Ca i n mecanic, potenialul sistemul va tinde s scad, iar la echilibru, n acele condiii, potenialul va atinge valori minime. Ca urmare potenialele termodinamice pot caracteriza starea energetic a unui sistem n condiiile date. n particular: Dac entropia (S ) i parametrii (aici volumul) unui sistem nchis sunt meninui constani, energia intern (U ) scade i atinge valoarea minim la echilibru. Asta provine din primul i al doilea principiu al termodinamicii i se numete principiul energiei minime. Din acest principiu rezult urmtoarele propoziii: Dac temperatura (T ) i parametrii unui sistem nchis sunt meninui constani, energia liber Helmholtz (F) scade i atinge valoarea minim la echilibru. Dac presiunea (p ) i parametrii unui sistem nchis sunt meninui constani, entalpia (I ) scade i atinge valoarea minim la echilibru. Dac temperatura (T ), presiunea (p ) i parametrii unui sistem nchis sunt meninui constani, energia liber Gibbs (G ) scade i atinge valoarea minim la echilibru. Din calculele precedente Enatalpia atrage sarcinile de semn contrar Entropia le disperseaza

12. Apa in sistemele biologice

Viata s-a dezvoltat in mediu apos Apa este o molecula cu proprietati speciale care are influenta deosebita asupra biorganismelor ~ 70-80% din greutatea celulelor specia moleculara cea mai abundenta ~ 7% ioni anorganici si molecule mici (amino acizi = baza constitutiva a proteinelor), nucleotide (-acizi nucleici), lipide (--membrane), glucide (--celuloza) Restul: macromolecule si agregate macromoleculare Apa are dipol electric Hidrofil: Molecule care se dizolva in apa (glucide) Hidrofob: Molecule care se nu dizolva in apa (lipide, grasimi) Molecule amfifile (amfipatice): Contin regiuni hidrofobe si regiuni hidrofile (Exemplu: fosfolipidele (componente de baza ale membranelor)

13. Repulsia sterica

Potential Lennard-Jones: 2 molecule neuter care nu au dipole tot vor interactiona Daca energia de interactiune este negativa rezulta forte de atractie Daca energia de interactiune este pozitiva rezulta forte de respingere

Parte atractiva

Parte repulsiva Partea repulsiva se exprima astfel: Doua obiecte nu pot ocupa in acelasi timp aceeasi regiune din spatiu Principiul lui Pauli: doi electroni nu pot avea aceeasi stare cauntica (numar cuantic) La distante mari energia este zero iar la distante mici energia scade pentru ca cei doi atomi se atrag.

 Exista si un punct de echilibru (minimul energiei) unde fortele de atractie sunt egale cu cele de echilibru reprezentete de Valoarea la care se realizeaza minimul energetic este ro Ro/r = distanta intre cei doi atomi la echilibru Cum se estimeaza razele Van der Waals? Se considera atomii ca doua sfere rigide de anumite dimensiuni, sfere care nu se pot intrepatrunde Ro/2 distanta intre cei 2 atomi La distanta mica miscarea sincronizata a electronilor se extinde la un numar foarte mare de molecule Intre o molecula cu dipol si una neutra pot sa apara forte de atractie Intre 2 molecule neutre poate sa apara un dipol instantaneu si astfel moleculele se atrag si formeaza retele Cu cat fortele de atractie sunt mai mari cu atat temperatura de topire este mai mare Moleculele liniare au o geometrie favorabila iar tenperatura de topire este mai mare La lipide saturate (molecule liniare) cu cat numarul; de grupari CH2 creste cu atat temperatura de topire creste La lipidele nesaturate (molecule neliniare) cu cat numarul de legaturi duble creste cu atat temperatura de topire scade La lipide nesaturate cu o singura legatura dubla, daca numarul de grupari CH2 creste cu atat temperatura de topire creste

14. Macromolecule biologice ca sisteme

Exista patru nivele de organizare: primara, secundara, tertiara, cuaternara Structura primara: Secventa liniara a monomerilor elementelor) dintr-un lant monomer liniar (sistem) Structura secundara; pozitionarea in spatiu a monomerilor (elementelor) intr-o parte a moleculei (sistemului) unul relativ la celalalt , alfa helix, beta structura, beta coil Structura tertiara: pozitionarea in spatiu a regiunilor omogene de structuri secundare (elemente) dintr-o molecula (sistem) Structura cuaternara: pozitionarea in spatiu a macromoleculelor (elemente) intr-un complex supramolecular (sistem). Structuri periodice (cristale): aranjare ordonata Structuri neperiodice (structuri biologice): cristale aperiodice: structura inalt organizata de elemente care nu se repeata periodic In procesele de formare a structurilor biologice (dezvolare a vietii, reproducere, ): entropia scade PARE sa fie in contradictie cu principiul al doilea al termodinamicii: Procese spontane din sisteme IZOLATE se produc cu o crestere a entropiei . In sisteme IZOLATE entropia atinge maximul Nici un sistem biologic (chiar ecosistem!) incluzind si mediul NU poate fi considerat izolat Pamantul NU este un sistem izolat Flux permanent de energie : Sistemele biologice sunt sisteme dinamice la neechilibru Structuri la echilibru: Cristale de sare obtinute prin evaporarea apei Structuri la neechilibru (disipative)

15. Evaporarea i presiunea

Evaporarea apei. Evaporarea unui gram de apa: Corpul pierde ~ 2,4 kJ Evaporarea apei depinde de: Structura suprafetei Viteza vantului Diferenta de presiunea vaporilor la suprafata si in mediu Presiunea Importanta la animale acvatice O crestere a adincimii cu 10 m: Presiunea creste cu 0,1 MPa

 Efecte ale presiunii Modificari de: volum al gazelor din cavitati; solubilitati ale gazelor in sange si ale apei in tesuturi; variatii mari de presiune determin modificarea structurii apei Reducerea solubilitatii oxigenului la altitudini ridicate: Cresterea presiunii partiale a oxigenului Problema: intoarcere rapida la presiunea normala: Bule de gaz N2 in sange Presiunea poate modifica si echilibrul reactiilor chimice Important pentru reactii care se produc in gaze Reactii asociate cu modificari ale structurii apei Variatii de presiune > 10 MPa

16. Energia potentiala

Dinamica moleculara In conditii fiziologice, biomoleculele sufera mai multe miscari si modificari Scara de timp a acestor miscari este intre femtosecunde si secunde Aceste miscari sunt esentiale pentru functia biomoleculelor Dinamica moleculara se bazeaza pe legea a doua a dinamici (legea lui Newton): Energia potentiala V(x) a unei molecule include termeni de legatura Deformarea legaturii Indoirea unghiurilor Rotatia de torsiune Diedre improprii

Termeni de nelegatura Interactiuni electrostatice Interactiuni van der Waals Ecuatia pentru termenii de legatura din energia potentiala

Vbonded ( R) = +

bonds

k (l l ) + k ( )
l 0 2 0

impropers
Ecuatia pentru termenii de nelegatura

angles

k ( 0 ) 2 +

torsions

A [1 + cos(n )]
n 0

Vnonbonded ( R) = ( [( ) 2( ) ]+ ij rij rij 4 r 0 rij i< j

12 6
Fiecare dintre aceste interactiuni exercita o forta asupra unui atom dat din molecula Forta rezultanta se calculaza din functia energiei potentiale Daca se cunoaste forta asupra unui atom se calculeaza miscarea:

rijmin

rijmin

qi q j

20. Temperatura
Continutul de energie termica al unei substante: Totalitatea energiei cinetice (de agitatie termica) a moleculelor Caldura trece de la un corp la altul: Daca enegia cinetica medie a mocleulelor dincele doua corpuri este diferita Temperatura: O masura a energiei cinetice medii a corpurilor Daca doua corpuri in contact sunt la temperaturi diferite Transfer de energie termica de la corpul cu temperatura mai mare Conductie termica Convectia Transport de caldura datorate miscarii unui fluid Miscarea de ansamblu a fluidului Exemple: sisteme de incalzit in locuite prin convectie Radiatia Nu necesita intermedieri moleculare ale trasferului de energie O suprafata iradiaza energie ~ T4 Conservarea masei si energiei: Masa si energia nu por fi create sau distruse (in mod obisnuit!) Exemplu, pentru o suprafata vegetala: Rn+M-H-E=G Rn : fluxul net absorbit de suprafata M, aportul de energie la suprafata datorita metabolismului absorbtia de energie prin fotosinteza H, rata schimbului de caldura prin convectie sau conductie Diferenta de temperatura E, rata pierderi latente de caldura prin evoporarea , rata stocarii de energie in vegetatie sau sol Rn, H, E, G depind de temperatura Pentru anumite conditii de solara, presiunea vaporilor) Se poate folosi ecuatia pentru mediu (temperatura aerului, radiatia a calcula temperature

22. Sunetul
Legea Weber-Fechner Intensitatea nivelului sonor decibeli (dB) Intensitatea sunetului sunet de referinta

Atenuarea: Legea Beer-Lambert

Coeficient de atenuare

 Atenuarea ultrasunetelor creste cu cresterea frecventei Aparatura de diagnostic: Aplicatii abdomen, obstretica si ginecologie, ecocardiografie: 2.5 si 7.5 MHz Parti superficiale ale corpului (tiroida, ochi, aplicatii vasculare periferice): 7.515MHz Proprietatile fizice ale tesuturilor sunt influentate de compozitia apei, ionilor, macromoleculelor Fiecare tesut are proprietati fizice diferite dar apa este un numitor comun (tesuturi cu umori vitroase 99%, ficat 70%, piele 60%, cartilagiu 30% si tesut adipos 10%. Atenuarea este datorata proceselor de: Absorbtie: energia este convertita in caldura Imprastiere: schimbarea directiei de propagare

Formula empirica intre timpul (t) necesar pentru a produce un izoefect la temperatura T si timpul pentru a produce acelasi efect la temperatura de 43 0C

30. Legatura dintre informatie si entropie

Legatura dintre informatie si entropie: Informatia valoroasa dac are probabilitate de realizare scazuta Definirea probabilitatii in matematica: P= (numarul de cazuri favorabile)/(numarul de cazuri posibile) Deosebiri intre probabilitatea termodinamica si probabilitatea matematica (informationala): W >1; 0 < P <1 Dar I=f(P) I=K ln P : Ecuatia lui Shannon; Unitatea de masura a lui I este determinata de unitatea de masura a lui K Cea mai frecventa unitate de masura este Bit; Decizie binara = da/nu; Exemplu: ghicirea unei fete a monedei=1 bit I=K ln P K = - 1 / ln 2 = -1,443 I= -1,443 ln P= - log2 P (I in biti) Termodinamica : Entropie, S=k ln P, Ecuatia Boltzmann: Un sistem izolat tinde spre maximul de entropie Teoria informatiei : Informatie, I=K ln P, Ecuatia Shannon: In trasmiterea informatiei se pierde din valoarea informatiei Sistemele vii se hranesc cu entropie negativa: Exemplu: AND de 15000 perechi de baze 30.000 biti Care este continutul de informatie dintr-o carte? Frecventa de utilizare a unei litere: Continutul de informatie din: cuvant, propozitie Parametrul calculat NU are legatura cu valoarea informatiei: Aceeasi informatie (I) poate fi continuta si in alt carte care contine acelasi numar de siruri de caractere

28. Energia in atomul de H.Modelul Bohr

Numarul cuantic principal(n) conform modelului Bohr este numarul de ordine("indexul") stratului electronic nuamrul 1 cel mai apropiat de nucleu.Valori posibile:1,2,3,4,..In modelul Bohr:miscarea electronului pe orbite eliptice creaza o bucla("circulara"sau"elicoidala") si in consecinta produce un camp magnetic extern Atomul de H E=-e la a4a*m/8 epsilon la a2a n la a2a h la a2a m este masa electronului (m=9.109*10 la -31 kg) e este sarcina electronului (e=1.60218*10 la -19 C) h este constanta lui Planckc(h=6.626*10 la -34 Js=4.136*10 la -15 eV.s) epsilon este constanta electreica(permitivitatea dielectrica)=8.854*10 la-12 F/m(CV la -1)factor de conversie de la variabile mecanice (lungime si forta) la variabile electrice (sarcina electrice) Energia de legatura intramoleculara de legatura are cateva componente:

-energia cinatica a electronilor -energia electrostatica dintre electroni si nuclee -energia electrostatica dintre electroni -energia electrostatica dintre nuclee Energiile au semne diferite.Energia negativa semnifica forta de atractie,("stabilizatoare"). In principal,depinde de distantele de separare.La o anumita distanta energia are minim=distanta de legatura dintre doi atomi de molecula Energia de valenta electronului=lucrul mecanic necesar pentru a indeparta electronul de pe orbita impotriva fortei de atractie a nucleului la distanta infinita Energia de ionizare:indepartarea electronului duce la formarea unui ion.