Enzime

Enzimele - biocatalizatori
Caracteristici comune cu
chemocatalizatorii
Mresc viteza de reacie pe
seama reducerii energiei de
activare
Nu modific constanta de
echilibru a unei reacii
reversibile
Acioneaz n cantiti mici
La sfritul reaciei se
regsesc neschimbate*

Caracteristici particulare ale

enzimelor
Activitate
Selectivitate
Condiii blnde de reacie
Deplin compatibilitate cu
mediul
Pot fi obiectul reglrii
Pot fi utilizate ex vivo

Clasificarea enzimelor
1. Oxidoreductaze

Reactii de transfer de electroni

2. Transferaze

Reacii de transfer de diferite grupri

3. Hidrolaze

Reacii de rupere hidrolitica a unor legturi

4. Liaze

Reacii de adiie / eliminare

5. Izomeraze

Reacii de izomerizare

6. Ligaze (Sintetaze) Reacii de condensare

Codificarea enzimelor

Ex. E.C. 1.1.1.1 Alcool dehidrogenzaza

1. Clasa : oxidoreductaze
1. Subclasa: donor de electroni CH-OH
1. Subsubclasa acceptorul de electroni
1. Enzima 1

1. Modelul lact cheie

(lock-key)
Emil Fischer 1894
Emil Fischer
(1852 1919)

Presupune o conformaie rigid a enzimei.

Nu explic:
Selectivitatea larg de substrat
Faptul c enzimele care catalizeaz transformarea substratuilor
voluminoase au eficien mai redus fat de substraturile mici

2. Modelul atarii prin trei puncte

Ogston (1948)
Explic stereoselectivitatea prin ataarea cea mai
stabil (trei puncte) a eutomerului
Al. George Ogston
1911-1996

3. Modelul ajustrii induse

(induced fit) Koshland 1960
Daniel KOSHLAND
1920-2007

La apropierea glucozei (rou) de hexokinaz (albastru) aceasta i schimb

conformaia pentru a putea include molecula de glucoz n situsul catalitic

Explic necesitatea unor caracteristrici structurale

suplimentare fat de grupele reactive din substrat
Explic selectivitatea larg de substrat a unor enzime

4. Modelul desolvatrii
solvatrii-substituiei (Dewar
(1986)

M.J.DEWAR
1918-1997

Cinetica enzimatic similar cineticii in faz

gazoas
Substratul substituie apa din situsul catalitic
Gruprile reactive din substrat i din enzim
interacioneaz fr perturbaia provocat
de ap
Explic de ce substratuile mici sunt
convertite cu vitez mai mic dect
substraturile voluminoase, din cauza
faptului c acestea nu pot substitui ntreaga
cantitate de ap din situsul catalitic

Reactie
necatalitic

Reactie
enzimatic

Destabilizarea complexului ES
Ecuaia lui Kurz
=
Kn
E+S
ES

=
E+T

KS

KT
=

Ke
ES

=
G
e

=
ET

E+S

Ecuaia lui KURTZ

Gdest
EP

coordonata de reactie
E+S

ES

E+P

Transformare
enzimatica

ES

kn

=
ES

E+P
E+P

k n K n K T

k e K e KS

ke
E+P

K n

=
Kn

[E][T ]
[ET ]
, respectiv K e
[E][S]
[ES]

E+S
KS

vn [T ] i ve [ET ]
k BT
kn
Kn
h

k e K e

kn Kn

respectiv

ES

kn

=
ET

ke

k BT
ke
Ke
h
[E][S]
[E][T ]
KS
iar K T
[ES]
[ET ]

ke Ke
ET E S
KS
= =
=

kn Kn
ES E T
KT

E+P

KT
=
Ke

=
E+T

E+P

Analogii plani ai prolinei, sunt inhibitori ai prolin racemazei. Legarea acestora la

Situsul catalitic al enzimei se face de 160 de ori mai puternic dect n cazul prolinei

Selectivitatea
(bio)catalizatorilor
Selectivitate de substrat
(specificitate)
S1

k2

P2
k1

k1

P1

Biocatalizator

S2

Selectivitate de produs

P2
chemoregioStereo-enatiomer(top)-diastereomer(top)- geometric

Biocatalizator
k2

P2
selectivitate

Chemoselectivitate
Substrat

Produs

X1

A1
k1

A1

A2

X2
k2

A2

A1

X2

X1

A2

k1
k2

Regioselectivitate
Substrat
A

Produs

k1
k1

A
A

k2

k2

A
A
X

Enantioselectivitate
Produs = selectivitate enantioptopa
(asimetrizarean substratului)
X

Substrat : selectivitate enantiomera

A

k1
C

B
C

k2
D

k1

A
C

k2

fete enantiotope

D
B

X
D

Conversia maxima raportata la eutomer:

50 %

k1

A
D

grupe enantitope

D
B

k2
C

X
D

Diastereoselectivitate
Produs = selectivitate diastereoptopa
X

Substrat = selectivitate diastereomera

A

X B

B
k1

C*

C*

k1

C*

k2

fete diastereotope

B
C*

k2
D

C*

C*

B
D

B
C*

X
D

X
D
X

Conversia maxima raportata la eutomer:

50 %

C*

k1

A
D

C*

grupe diastereotope

D
B

k2
C*

X
D

Bazele cinetice ale selectivitii

k1
k1

P1

S1

P1

S
k2
P2

k1>k2

S2

k2

ET2

P2

[P1] > [P2]

ET1
G2
G1

[P1] > [P2]

E+P1

E+P2

1. Efectul de proximitate

Efectul de
Proximitate
(cont)

2. Cataliza acidobazic

3. Formare de
Intermediari
covaleni

S2

Enz
S1 X

S1 S2

S1 Enz

Enz

intermediar covalent
-

O
R

OR1

Enz-Y

Fosforil-enzim

Enz-Y

O
X

Enz-Y

Enz-Y

Acil-enzim

Enz-Y

OH
HO

O
R

OR1

Enz-Y

OH
O

HO
OH
Enz-Y

HO
X

O
HO
OH

Glucozil-enzim
Y-Enz

4. Cataliza prin ioni metalici

1. Stabilizare de sarcini negative prin vacanele orbitale ale ionilor
metalelor tranziionale
2. Generare de nucleofili n condiii fiziologice date

Anhidraza carbonic

Interaciunea enzim - substrat

Aminoacizi
contact
auxiliari
conformaionali
neutri

Situsul catalitic i mecanismul alcool

dehidrogenazei din Saccharomyces cerevisiae

His
CysS
Zn+2

SCys

O
OH

HR

Regula lui Prelog

N
S

HS

CONH2

fata "Re"

fata "Si"

Mecanismul de aciune al serin hidrolazelor

1

O
H

C
O

R1

N
H

C1

R1

R2

R2

N
H

O
O

acil enzim

O
C1
R2

NH2

acil enzim
6

O
C

O
C1
R2

grup fugace

N
R1

intermediar tetraedric

C1

complex enzim-substrat

O
H

O
-

O
O

C1

intermediar tetraedric

Lipaze, chimotripsina, tripsina, subtilizina,

R2

C1

O
H

Complex enzim produs

R2

Mecanismul de aciune al proteazelor aspartice

Pepsina, chimozina, renina, proteaza HIV-1,

Cofactori enzimatici
Minerali:

Ioni metalici Na+, K+, Ca2+, Zn+2, Mnn+, Fe2+,Fe3+

Organici:
Coenzime

Ataate prin legturi noncovalente, structuri dializabile)

Necesit regenerare. Aceasta se face de regul cu alte enzime
Grupe prostetice

Ataate prin legturi covalente, structuri nundializabile

Necesit regenerare. Aceasta se face de regul cu aceeai
enzim

Tiamina (Vitamina B1) i tiaminpirofosfatul

CH3

CH3
R2

OH
CH

Acetoina

R1

CH3
(H+)

R1

CHO

C
HO

R1
S

H3C
C

CH3

S
H

R2 =
H3C

(CH2)2
R1 =

O
-

H2 O
O

O-

O
CH2

R2

P
P
O

OH

R1

H3C

Acetaldehid
NH2

[O]

R1

H3C

R1

HO
(H+)

CO2-

CH3
R2

H3C

H3C

HO

- CO2

Piruvat

O-

C CH3

CH3
R2

H3C

S
HOPO3-2

H3C
C

O
Acetat

O-

CH3

O
C

HO

H3C

R1
S

CH3
R2

H3C

H3C

CH3
R2

C
O

CH3

OH

H3C

HO

CH3
R2

CH

H3C

H3C

CO2-

R1

H3C

CH3

R2

OPO3-2

O
Acetilfosfat

CO2-

Acetolactat

Mecanismul transcetolazelor
CHO
CH
CH3
N

R1

CH2OPO3-2

CH3

R2

R1
S

R2

CH2OH

HO

(H+)

CH

CH3

CH3
CH2OH

OH Aldehid 3-fosfogliceric (APG)

R1

OH

CH OH
CH2OPO3-2

CH3

D-Xilulozo-5-fosfat

R1

R2

CH2OH
C
HO

HO

CH
CH

OH

CH

OH

CH OH
CH2OPO3-2
D-Sedoheptulozo-7-fosfat

R1
S

R2
H

CH

OH

CH

OH

HB

CH2OPO3-2
H

D-Ribozo-5-fosfat

CH
CH

OH

CH

OH

CH OH
CH3

CH OH
CH2OH

CH

O
-

R1 =

(CH2)2

CH2OPO3-2

OH

O
P

NH2

CH2

R2 =
H3C

R2
CH2OH

OH

CH OH
CH2OPO3-2

R1

CH2OH
S

CH

R2

OH

Cofactori flavinici

Comportamentul redox al structurilor flavinice

Reacia cu oxigenul

Reacia Bayer-Villiger

e-caprolactona

Cofactori PLP

Inversie configuraional

Decarboxilare

Reacia de transaminare

Biotina
(biotin carboxilaze)

proteina purtatoare de
carboxibiotina

NH
NH

S
H2C
O

O
PO3-2

domeniu
biotincarboxilazic

SCoA

domeniu
transcarboxilazic