2 STRUCTURA ACIZILOR NUCLEICI 2.

1 INTRODUCERE Trsturile (caracterele)

ereditare se caracterizeaz prin capacitatea de a se transmite de la o generaie
la cealalt. Caracterele ereditare sunt determinate de factorii genetici, iar
totalitatea acestora alctuiesc genotipul unui organism. n timpul vieii oricrui
organism genotipul acestuia funcioneaz (adic se exprim), iar din
interaciunea genotipului cu mediul rezult manifestarea vizibil, denumit
fenotip. Toate funciile unui organism, fie el unicelular, fie pluricelular, sunt
ndeplinite cu ajutorul materialului genetic. Genetica este tiina care studiaz
caracterele ereditare ale organismelor, structura i funcionarea acestora, modul
n care se transmit la descendeni. Datorit dezvoltrii tehnicilor de studiu n
ultimii douzeci de ani, n prezent genetica este reprezentat de un complex
ntreg de tiine, de la citogenetic clasic, pn la inginerie genetic. Setul
complet de informaie genetic dintr-un organism poart numele de genom.
Cercetrile desfurate pe ntindere de aproape un secol au demonstrat c toate
organismele descrise pe Terra pn n prezent au genom format din acizi nucleici.
Mai mult dect att, la toate organismele, att cele procariote, ct i cele
eucariote, au genomul format din ADN. Se poate deci spune c molecula ADN
reprezint materialul genetic aproape universal pe Pmnt. O excepie notabil o
reprezint anumite virusuri, la care materialul genetic este reprezentat de
molecule ARN. Viaa - flux continuu de informaie Dintr-un anumit punct de
vedere, viaa ar putea fi definit i ca un flux continuu de informaie. Astfel,
materialul genetic conine informaie pentru: formarea tuturor structurilor unei
celule pentru diferenierea unor diverse tipuri de celule i esuturi pentru
desfurarea tuturor reaciilor biochimice i, n final, fiziologice multiplicarea
celulelor i pentru nmulirea organismelor pentru moartea celular i chiar i
pentru moartea unui organism ntreg 2.2 STRUCTURA PRIMAR A ACIZILOR
NUCLEICI Acizii nucleici reprezint molecule foarte complexe, produse att de
organisme vii (celule), ct i de virusuri. Denumirea de acizi nucleici se
datoreaz faptului c prima oar au fost izolate din nuclei de celule. Cercetri
ulterioare au dovedit ns faptul c anumite tipuri de acizi nucleici nu se gsesc
n nucleu, ci n citoplasm. n ansamblu, acizii nucleici ndeplinesc dou funcii
biologice majore: - transmit informaia ereditar de la o generaie la alta - conin
informaie pentru producerea de proteine specifice Exist dou categorii majore
de acizi nucleici : acid deoxiribonucleic (pe scurt, ADN) i acid ribonucleic (pe
scurt, ARN). O molecula de acid nucleic este format din uniti de baz, numite
nucleotide, legate ntre ele prin legturi chimice de tip covalent (legturi
fosfodiesterice). Fiecare nucleotid este alctuit din 3 categorii de molecule, i
ele legate ntre ele (Figurile 2.2 i 2.3): 34 Tratat de Biotehnologie Cap.2 Structura
acizilor nucleici baz azotat pentoz (un zahar format din 5 atomi de carbon)
un rest de radical fosforic Att n structura ADN, ct i n ARN, exist 4 tipuri
majore de baze azotate: adenin, timin, citozin, guanin - n ADN adenin,
uracil, citozin, guanin - n ARN Adenina i guanina sunt baze azotate derivate
din structura purinei i, ca atare, mai sunt numite i baze purinice (sau, simplu
purine). Timina, citozina i uracilul sunt derivate din structura pirimidinei baze
pirimidinice/pirimidine (Figura 2.2). n mod curent, cele 5 baze azotate se
prescurteaz A, T, C, G i, respectiv, U. Pentoza este, fie riboz n ARN, fie
deoxiriboz n ADN (Figura 2.4) Formarea nucleotidelor Baz azotat + pentoz
= nucleosid de ex. A + pentoz = adenosina nucleosid + radical fosforic =
nucleotid de ex. adenosin + radical fosforic = acid adenilic Figura 2.1
Clasificarea nucleosidelor i a nucleotidelor. Denumirea nucleosidelor i a
nucleotidelor Baze azotate Purine Pirimidine Adenin (A) Guanin (G) Citozin (C)
Uracil (U) Timin (T) n ARN adenosina guanosin citidin uridin Nucleoside n
ADN Deoxiadenosi-n deoxiguanosin deoxicitidina Deoxitimidin Nucleosid
mono-, di-, trifosfai (n ARN) AMP, ADP, ATP GMP, GDP, GTP CMP, CDP, CTP UMP,
UDP, UTP Deoxinucleosid mono-, di-, trifosfai (n ADN) dAMP dADP dATP dGMP
dGDP dGTP dCMP dCDP dCTP dTMP dTDP dTTP Nucleotide n ARN acid adenilic
acid guanosilic acid citidilic acid uridilic n ADN acid deoxiadenilic acid
deoxiguanosilic acid deoxicitidilic acid deoxitimidilic Figura 2.2 Toate nucleotidele
au acelai plan general de structur. (a) Structura chimic a riboadenozin 5-
monofosfatului (AMP), nucleotid prezent n moleculele ARN. (b) Structura chimic
a celor 2 zaharuri prezente n moleculele de acizi nucleici: riboza n ARN i 2-
deoxiriboza n ADN. 35 Tratat de Biotehnologie Cap.2 Structura acizilor nucleici
Figura 2.3 Structura chimic a principalelor baze azotate din acizii nucleici. Azotul
din poziia 9 (N9) al purinelor i azotul 1 (N1) al pirimidinelor se leag la carbonul
din poziia 1 (C1) al unei molecule de riboz sau deoxiriboz. 2.3 STRUCTURA
SECUNDAR A ACIZILOR NUCLEICI Nucleotidele se leag ntre ele prin legturi
fosfodiesterice ce se formeaz ntre o pentoz a unui nucleotid i radicalul
fosforic al nucleotidului urmtor. Asemenea lanuri de nucleotide poart numele
de catene polinucleotidice i reprezint structura primar a unui acid nucleic.
Astfel de molecule sunt, deci, monocatenare (prescurtat m.c.) Mai toate tipurile
de acizi ribonucleici (ARN) sunt formate dintr-o singur caten polinucleotidic, n
timp ce majoritateta moleculelor de ADN sunt alctuite din dou catene
polinucleotidice, avnd astfel i o structur secundar. Asemenea molecule sunt
dublucatenare (prescurtat d.c.). Formarea unor molecule de acizi nucleici
dublucatenare respect o serie de legi chimice, ce poart numele cercettorului
care le-a descris prima oar Chargaff (vezi caseta cu Legile lui Chargaff). Figura
2.4 Reprezentare schematic a unei poriuni dintr-o molecul de ADN d.c. 36
Tratat de Biotehnologie Cap.2 Structura acizilor nucleici Legile lui Chargaff 1. cele
2 catene polinucleotidice sunt complementare una fa de cealalt Aceasta
nseamn c unei adenine de pe una din catene i corespunde o timin pe
cealalt caten, de care se leag prin 2 legturi de hidrogen (A = T); se spune,
deci, c adenina este complementar cu timina. n mod similar, guanina este
complementar cu citozina, de care se leag prin 3 legturi de hidrogen (G C).
Se deduce c legturile de hidrogen permise sunt: A = T i G C n moleculele
de acizi nucleici dublucatenare dar formate dintr-o caten ADN i o caten ARN
(asemenea molecule hibrid se formeaz de obicei n procesul de transcriere
genetic), adeninelor din catena ADN le corespund n catena ARN molecule de
uracil. i n acest caz se fromeaz tot 2 legturi de hidrogen: A = U. 2. ntr-o
molecul de acid nucleic d.c. purinele sunt n raport echimolar cu pirimidinele
Aceast regul este, de fapt, o consecin a primei legi. Astfel, dac oricrei A de
pe una din catene i corespunde o T pe cealalt caten i oricrei G i corespunde
o C, atunci numrul moleculelor de adenin este egal cu numrul celor de timin,
adic A = T i, respectiv, G = C De aici, prin adunarea celor dou ecuaii, se
deduce: A + G = T + C Deci, numrul purinelor dintr-o molecul de acid nucleic
d.c. este egal cu numrul pirimidinelor. Altfel spus, cele dou tipuri de molecule
se afl n raport echimolar. 3. cele dou catene polinucleotidice dintr-o molecul
de acid nucleic d.c. sunt antiparalele O caten polinucleotidic are dou capete:
la un capt se afl carbonul din poziia 5 (C5) al unei pentoze, iar la cellalt
capt se afl carbonul din poziia 3 (C3) al unei alte pentoze. n interiorul unei
celule o asemenea caten polinucleotidic este sintetizat chiar n aceast
direcie: 5 3. Cele 2 catene polinucleotidice ale unei molecule d.c. sunt n
orientri inverse una fa de cealalt: capul 5 al fiecreia corespunde cu capul 3
al celeilalte. Cele 2 catene sunt antiparalele. Figura 2.5 Dou reprezentri ale
dublului helix ADN. (a) Dublu-helix ADN de form B. Scheletul glucido-fosforic (n
gri i marcat cu linii roii) se afl la exteriorul helixului. Bazele azotate se afl la
interior. Sunt marcate curbura major i cea minor a helixului. (b) Structura
schematizat a unui ADN dublu-helix. Cele dou schelete glucido-fosforice (n
verde nchis i deschis) sunt n orientare invers: 5 3, fa de 3 - 5. Bazele
azotate de pe cele dou catene sunt prezentate n albastru i rou. 37 Tratat de
Biotehnologie Cap.2 Structura acizilor nucleici 2.4 ADN - ELICEA VIETII Datorit
formei spaiale a nucleotidelor cele 2 catene polinucleotidice dintr-o molecul d.c.
se dispun spaial una fa de cealalt ntr-o form de elice (dublu helix),
nvrtindu-se una n jurul celeilalte i amndou n jurul unui ax central. Aceast
dispunere formeaz structura teriar a unei molecule de acid nucleic d.c. n
arhitectura unei asemenea molecule, la exterior se gsec cele 2 schelete glucido-
fosforice ale catenelor, iar spre interior sunt bazele azotate. Perioada modern a
biologiei moleculare a nceput n 1953, cnd James Watson, Francis Crick i
Maurice Wilkins au propus modelul de structur dublu-helical a ADN. Toate
cercetrile ulterioare au demonstrat corectitudinea acestui model (Figurile 2.4 i
2.5). Un dublu-helix de acid nucleic prezint o serie de parametri fizici, denumii
parametri helicali (vezi caseta cu parametri helicali). Parametri helicali n =
numrul de nucleotide per tur de spir (de elice) h = distana dintre perechile de
nucleotide adiacente P = pasul elicei i este distana traversat de-a lungul axei
helixului de un tur complet de spir (adic de o rotaie de 360o ). P poate fi
exprimat n raport cu numrul de nucleotide dintr-un tur (n) i cu distana dintre 2
nucleotide n procesul de rotaie (h) t = unghiul de rsucire sau de rotaie a
perechile de baze azotate; acestea nu sunt perfect perpendiculare pe axa
helixului (sau, altfel spus, dou perechi de baze adiacente nu sunt coplanare), ci
sunt nclinate cu un unghi de rsucire t care, de obicei, este 34,6o . Aceaste este
de fapt cauza pentru care cele dou catene se rsucesc una n jurul celeilalte,
formnd o structur de dublu-helix. Valorile acestori parametri pot varia ntre
anumite limite i determin mai multe forme topologice ale moleculei de ADN
d.c. Forma B reprezint conformaia cel mai des ntlnit n celule. Are un
diametru de aproximativ 20 Angstrom (), iar distanele dintre perechile de baze
este de aproximativ 3,4 . n aceast conformaie exist o medie de 10,4 baze
azotate per tur de spir, iar unghiul de rotaie dintre 2 baze adiacente este de
+34,6. Forma A se ntlnete n celule n regiunile dublucatenare ale moleculelor
de ARN i n dubluhelixurile hibride ADN ARN ce se formeaz n procesele de
transcriere genetic. Are un diametru de aproximativ 23 A, 11 baze per tur de
spir i un unghi de +34,7. Forma Z este mai subire (un diametru de 18A), 12
baze per tur i un unghi de -30 ntre ele. Datorit acestui lucru, formele A i B
sunt denumite de dreapta, iar forma Z este de stnga. Figura 2.6
Reprezentarea schematic a celor 2 forme principale de ADN d.c. 38 Tratat de
Biotehnologie Cap.2 Structura acizilor nucleici Figura 2.7 Denaturarea i
renaturarea moleculelor de ADN dublu-catenare. Figura 2.8 Variaia absorbanei
n denaturarea termic a ADN. (a) Denaturarea (topirea) moleculelor de ADN
d.c. poate fi monitorizat prin variaia absorbanei n lumin ultraviolet 260 nm:
pe msur ce ADN denatureaz, absorbana crete pn aproape de dublu.
Temperatura la care jumtate din molecule sunt denaturate poart numele de
temperatur de topire (Tm). (b) Valoarea Tm depinde de coninutul n guanin i
citozin a moleculelor de ADN d.c.: cu ct procentul molar de guanin citozin
(%molGC) este mai mare, cu att este mai mare i valoarea Tm. Moleculele de
ADN d.c. pot fi lineare sau circulare (Figurile 2.9 i 2.10). Astfel, cromozomii la
organismele eucariote, dar i o serie de plasmide, sunt alctuite din molecule de
ADN d.c. linear. Cromozomul bacterian, precum i o serie de plasmide bacteriene,
sunt alctuite din molecule de ADN d.c. circular. Figura 2.9 Molecul de ADN d.c.
linear. Figura 2.10 Molecul de ADN d.c. circular. 39 Tratat de Biotehnologie
Cap.2 Structura acizilor nucleici 2.5 SUPRARASUCIREA MOLECULELOR DE ADN
Moleculele de ADN se gsesc n celule ntr-o stare de suprarsucire. Astfel, prin
convenie internaional, se numesc suprarsuciri negative cele ce sunt in
direcie invers fa de orientarea bazelor din B-ADN. Cu alte cuvinte, o molecul
ADN ce prezint suprarsuciri negative, are un grad mai mare de relaxare.
Suprarsucirile in aceeai direcie cu cele naturale dintr-o molecul B-ADN se
numesc suprarsuciri pozitive i produc o nfurare mai mare a moleculei de
ADN. Este important de reinut faptul c gradul de rsucire a moleculelor de ADN
influeneaz esenial o serie de procese celulare: - in comparaie cu cromozomii
eucariotelor, cromozomul bacterian este mult mai mic; cu toate acestea, aceast
molecul de ADN ce reprezint cromozomul bacterian nu ar ncpea n celula
bacterian dac nu ar fi suprarsucit i mpachetat - diverse procese, ca
replicare, transcriere, recombinare precum i repararea moleculelor de ADN,
presupun dersucirea local a moleculelor de ADN 2.6 ACIZII RIBONUCLEICI Pe de
o parte, acizii ribonucleici reprezint materialul genetic al anumitor tipuri de
virusuri (numite virusuri ARN). Pe de alt parte, n celule, moleculele de ARN
ndeplinesc diverse funcii metabolice, dintre care cele mai importante sunt
legate de traducerea informaiei genetice din secven de nucleotide n secven
de aminoacizi, adic n sinteza de proteine. Din punct de vedere chimic, exist
trei diferene majore ntre acizii ribonucleici i ADN: - zaharul din ARN (riboza)
conine o grupare hidroxil n plus fa de deoxiriboz (prezent n ADN); - n
majoritatea moleculelor de ARN timina din ADN este nlocuit cu uracil; - n cele
mai multe cazuri, moleculele de ARN sunt formate dintr-o singur caten
polinucleotidic, spre deosebire de majoritatea moleculelor de ADN, care sunt
dublu-catenare; chiar i moleculele de ARN monocatenare pot forma structuri
secundare i teriare (Figura 2.11); - unele molecule de ARN (n mod special,
ARNt) mai conin i o serie de baze azotate modificate, de exemplu
pseudouridina, dihidrouridina, riboziltimina, inozina. Cele mai importante tipuri de
acizi ribonucleici dintr-o celul sunt ARN mesager, ARN de transfer i ARN
ribozomal. este o molecul intermediar ce reprezint o copie a uneia din cele 2
catene ale unei gene ce codifica pentru o protein ARN mesager (ARNm) este un
intermediar n sinteza proteic; fiecare molecul de ARNt are o zon de 3
nucleotide numit anticodon, iar pe de alt parte, la unul din capete se leag de
un anumit aminoacid ARN de transfer (ARNt) ARN ribozomal (ARNr) este un
component major al ribozomilor, intervenind tot n sinteza de proteine 40 Tratat
de Biotehnologie Cap.2 Structura acizilor nucleici 41 Toate moleculele de ARN
dintr-o celul iau natere printr-un proces numit transcriere genetic. Molecula
rezultat poart numele de transcript primar i este ulterior procesat, n funcie
de gena care a fost transcris, pentru a deveni ARNm, ARNt sau ARNr. Moleculele
de ARN au un rol central n exprimarea genelor. Iniial, aceste molecule au fost
descrise ca intermediar n sinteza proteic; ulterior ns, s-a constatat c exist
multe clase de ARN ce ndeplinesc roluri complexe n diverse etape ale exprimrii
genelor. Implicarea moleculelor de ARN n foarte multe funcii celulare i, n mod
special n expresia genic, reprezint unul din argumentele majore n sprijinul
teoriei conform creia, n fazele iniiale ale apariiei i evoluiei sistemelor
biologice, ARN ar fi reprezentat componenta activ n meninerea i expresia
informaiei genetice, i nu moleculele de ADN, care probabil au aprut mult mai
trziu; se vorbete deci, de o aa-zis lume ARN. Figura 2.11 Structuri
secundare (a) i teriare (b) n moleculele de ARN; aceste structuri se formeaz
pe baza existenei unor zone cu complementaritate intracatenar. (dupa Lodish,
2000)