Pentru ca agricultorii să simtă beneficiile alegerii agriculturii ecologice ca metodă de
producție, consumatorii trebuie să aibă certitudinea că sunt respectate normele privind producția ecologică. Prin urmare, UE menține următorul sistem strict de control și de asigurare a respectării normelor privind produsele alimentare ecologice. Întrucât agricultura ecologică face parte dintr-un lanț de aprovizionare mai amplu, care cuprinde sectoarele de prelucrare, de distribuție și de vânzare cu amănuntul a produselor alimentare, și aceste sectoare fac obiectul controalelor.
Fiecare stat membru al UE numește organisme sau autorități de control care
să inspecteze operatorii din lanțul alimentar ecologic. Producătorii, distribuitorii și comercianții de produse ecologice trebuie să se înregistreze la organismul lor local de control înainte de a li se permite să își comercializeze produsele alimentare ca produse ecologice. După ce au fost inspectate și verificate, producătorii primesc un certificat care confirmă că produsele lor respectă standardele ecologice. Toți operatorii sunt verificați cel puțin o dată pe an pentru a se vedea dacă respectă în continuare regulile. Și alimentele ecologice importate fac obiectul unor proceduri de control pentru a se garanta că au fost produse și expediate respectând principiile ecologice.