Potrivit tradiției locale, în anul 1415, domnitorul Alexandru cel Bun și

mitropolitul Iosif Mușat au întâmpinat la marginea Iașului, în locul unde se află

astăzi Mănăstirea Vlădiceni, alaiul care ducea moaștele Sf. Mare Mucenic Ioan din
Trapezunt de la Cetatea Albă către Suceava, capitala de atunci a Țării Moldovei. Cu
această ocazie, poiana unde a fost întâmpinat alaiul a fost denumită "Poiana
Vlădicăi", denumire existentă și în cronici [1]. Din acest motiv, după câțiva ani
s-a ridicat aici un schit, dar acesta a dispărut cu timpul.

Între anii 1908-1910, câțiva călugări au construit în valea Cozmanei din apropierea
Poienii Vlădiceni o primă biserică a Schitului Vlădiceni, spre cinstirea Sf.
Apostol și Evanghelist Ioan. Între ctitorii de atunci, se numără și Arhimandritul
Teodosie Șoriceanu și câțiva călugări atoniți.

Opt ani mai târziu, în anul 1918, biserica a fost distrusă în întregime în urma
exploziei unui depozit de muniții din apropiere. Din cauza exploziei depozitului de
muniție, schitul a fost distrus, murind mai mulți călugări, printre care și
Arhimandritul Teodosie.

După primul război mondial, între anii 1923-1928, în timpul păstoririi

mitropolitului Pimen Georgescu, arhimandritul Epifanie Demetrescu și alți câțiva
călugări veniți în România de la Muntele Athos, au reclădit așezarea monahală
distrusă construind o a doua biserică. Aceasta a fost grav avariată de cutremurul
din anul 1940, iar în timpul celui de-al doilea război mondial s-a încercat
refacerea ei. Avaariată și în timpul războiului (1941-1945), biserica a necesitat
ample lucrări de renovare care s-au desfășurat între anii 1957 și 1959. Ulterior,
ea a fost folosită ca biserică de mir, filială a Parohiei Tomești.

Astfel, dacă în anul 1944, Schitul Vlădiceni avea două clădiri gospodărești, cu rol
de chilii, în anul 1959, ele au fost preluate de către gospodăria agricolă de stat,
iar biserica schitului a funcționat din acel an doar ca biserică care aparținea de
Parohia Tomești. În acea biserică se slujea numai de câteva ori pe an, dar apoi, în
anii '60 ai secolului al XX-lea, lăcașul de cult a fost folosit ca depozit pentru
diverse materiale de construcții și, fiind complet neglijat, s-a ruinat în
întregime [2].

În anul 1992, a fost inițiată refacerea Mănăstirii, din inițiativa mitropolitului

Daniel Ciobotea al Moldovei și Bucovinei și cu purtarea de grijă a episcopului-
vicar al Arhiepiscopiei Iașilor, Calinic Dumitriu Botoșăneanul. PS Calinic s-a
ocupat personal de întocmirea formalităților în vederea obținerii aprobărilor
necesare. Sfântul Sinod al BOR a aprobat înființarea mănăstirii și, în anul 1995,
locul unde se va construi biserica a fost sfințit de IPS Daniel. Primul stareț a
fost numit în anul 1995 protosinghelul Meletie Cucoară.

S-a construit inițial un paraclis cu hramul "Sf. Prooroc Ilie Tesviteanul", apoi
într-o perioadă de cinci ani, a fost ridicată o biserică monumentală din cărămidă
pe locul celei construite de călugării atoniți, care a fost inspirată de stilul
bisericilor moldovenești din veacul al XV-lea. Hramul noii biserici este
sărbătoarea "Sf. Apostol și Evanghelist Ioan", prăznuită la data de 8 mai în
fiecare an.

La 10 iunie 2007, la vârsta de numai 46 ani, a murit protosinghelul Meletie

Cucoară, primul stareț al mănăstirii.[3] A fost înmormântat în curtea bisericii.
Noul stareț a fost numit arhimandritul Arsenie Butnaru.

Ieromonahul Calistrat Chifan, acuzat de neascultare și care fusese pus sub canon în
anul 2003, a fost dezlegat de pedeapsă de către Consistoriul Eparhial Iași la 1
martie 2009 și a fost mutat canonic la Mănăstirea Vlădiceni.[4]