Lungimea totală a căilor ferate este de 1.232 kilometri, inclusiv 1.
218 km cu ecartament larg
(1524 mm) și 10 km - ecartament normal (1435 mm), densitatea rețelei de căi ferate 8,4 km la 100 km. Principalele noduri feroviare sunt Chișinău, Ungheni, Ocnița, Bălți și Basarabeasca. Cele mai importante linii de cale ferată sunt: Razdel'naia (Ucraina) – Tighina-Chișinău – Ungheni-Iași (România), parte din Coridorul IX al Rețelei Paneuropene de Transport care leagă Europa de Est de Balcani; Ungheni – Bălți – Ocnița – Lipcani – Cernăuți (Ucraina); Tighina – Basarabeasca – Reni (Ucraina). Cantitatea de mărfuri transportate pe căile feroviare a scăzut de la 14 738,9 mii tone în 2004 până la 3 852,1 mii tone în 2010, înregistrându-se o ușoară creștere în 2011 cu 18,2%. Cea mai mare pondere în structura mărfurilor transportate au cereale și produse de panificație, metale feroase și fier vechi, materiale de construcție și ciment etc. În transportul de pasageri, de asemenea, s-a înregistrat o scădere de la 485,6 mii pasageri în 2008 (max) până la 363,1 mii pasageri în 2011. Unicul operator în domeniul transportul feroviar este întreprinderea de Stat „Calea Ferată din Moldova" (CFM), cuprinzând 40 de subdiviziuni și 105 gări și stații, 154 locomotive diesel, 7940 vagoane de marfă și 416 vagoane de pasageri. În 2012, CFM și-a propus modernizeze trenurile și infrastructurii, [154] electrificarea căilor ferate cu scopul majorării vitezei de tranzit pe calea ferată, planifică să construiască linia de cale ferată Mărculești - Soroca, cu o lungime de 54 de kilometri, cu suport financiar de la Banca Europeană pentru Reconstrucție și Dezvoltare.[155] Primul tren diesel, modernizat la Remar Pașcani în 2012, circulă pe linia Chișinău-Ungheni-Bălți-Ocnița.[156]