Documente Academic
Documente Profesional
Documente Cultură
Referat
Tema: Structura spațială a moleculei proteice
Chișinău-2021
Cuprins:
1. Proteine: structură, proprietăți și funcții........................................................3
1.1. Proteinele – prezentarea generală.........................................................3
1.2. Structura proteinelor.............................................................................4
1.3. Clasificarea proteinelor și proprietățile proteice..................................5
2. Structura primară a proteinelor.......................................................................8
3. Structura secundară a proteinelor.................................................................10
4. Structura terțiară a proteinelor......................................................................12
5. Structura cuaternară a proteinelor................................................................13
Bibliografie.........................................................................................15
2
1. Proteine: structură, proprietăți și funcții
1.1. Proteinele – prezentarea generală
Proteinele sunt substanțe organice macromoleculare formate din lanțuri simple sau
complexe de aminoacizi; ele sunt prezente în celulele tuturor organismelor vii în proporție de
peste 50% din greutatea uscată. Toate proteinele sunt polimeri ai aminoacizilor, în care
secvența acestora este codificată de către o genă. Fiecare proteină are secvența ei unică de
aminoacizi, determinată de secvența nucleotidică a genei. Celula nu are functia de a face
proteina.
3
Aceasta proprietate a proteinelor de a se separa in camp electric se numeste electroforeza.
Prin electroforeza proteinele din ser se separa in 5 fractiuni: albumine, globuline α 1 ,globuline
α 2, globuline γ , globuline β.
Sub acţiunea unor agenţi fizici şi chimici proteinele sunt modificate structural, cu păstrarea
masei moleculare, fenomen cunoscut sub numele de denaturare, care este însoţit de pierderea
activităţii fiziologice a proteinelor. Agenţii denaturanţi pot fi clasificaţi astfel:
• agenţi chimici: soluţii concentrate de acizi şi baze tari, sărurile unor metale grele (Hg, Pb, Cd
etc.), compuşi ai arsenului, solvenţi organici etc.
4
legăturilor de hidrogen. În moleculele proteice, α-aminoacizii sunt legați prin legături peptidice
(-CO-NH-):
Lanțurile polipeptidice astfel construite sau regiunile individuale din cadrul lanțului
polipeptidic pot fi, în unele cazuri, legate suplimentar între ele prin legături disulfidice (-S-S-)
sau, așa cum sunt adesea numite, punți disulfurice. Un rol important în crearea structurii
proteinelor îl au legăturile ionice (sare) și hidrogen, precum și interacțiunea hidrofobă - un tip
special de contacte între componentele hidrofobe ale moleculelor de proteine într-un mediu
apos. Toate aceste legături au puncte tari diferite și asigură formarea unei molecule proteice
complexe și mari.
Proteinele sunt electroliți amfoteri. La o anumită valoare a pH-ului mediului (se numește
punctul izoelectric), numărul sarcinilor pozitive și negative dintr-o moleculă proteică este
același. Aceasta este una dintre principalele proprietăți ale proteinelor. Proteinele în acest
5
moment sunt neutre din punct de vedere electric, iar solubilitatea lor în apă este cea mai mică.
Capacitatea proteinelor de a reduce solubilitatea atunci când moleculele lor sunt neutre din
punct de vedere electric este utilizată pentru izolarea de soluții, de exemplu, în tehnologia de
obținere a produselor proteice.
Hidratare - procesul de hidratare înseamnă legarea apei de către proteine, în timp ce acestea
prezintă proprietăți hidrofile: se umflă, masa și volumul lor cresc. Umflarea proteinelor
individuale depinde numai de structura acestora. Grupurile amidă hidrofilă (-CO-NH-, legătura
peptidică), amina (-NH2) și carboxil (-COOH) prezente în compoziție și situate pe suprafața
macromoleculei proteice atrag moleculele de apă către ele, orientându-le strict pe suprafața
moleculei. Coaja de hidratare (apă) care înconjoară globulele proteice previne agregarea și
precipitarea și, prin urmare, contribuie la stabilitatea soluțiilor de proteine. În punctul
izoelectric, proteinele au cea mai mică capacitate de a lega apa, învelișul de hidratare din jurul
moleculelor proteice este distrus, astfel încât acestea se combină pentru a forma agregate mari.
Agregarea moleculelor de proteine apare și atunci când acestea sunt deshidratate cu ajutorul
unor solvenți organici, de exemplu, alcool etilic. Acest lucru duce la precipitarea proteinelor.
Când pH-ul mediului se schimbă, macromolecula proteică devine încărcată și capacitatea sa de
hidratare se schimbă.
6
a structurilor secundare, terțiare și cuaternare ale macromoleculei proteice, adică a structurii
sale spațiale native . Structura primară și, prin urmare, compoziția chimică a proteinei, nu se
modifică. Proprietățile fizice se schimbă: solubilitatea, capacitatea de hidratare scade,
activitatea biologică se pierde. Forma macromoleculei proteice se schimbă, are loc agregarea.
În același timp, activitatea unor grupuri chimice crește, efectul enzimelor proteolitice asupra
proteinelor este facilitat și, în consecință, este mai ușor hidrolizat.
Moleculele proteice sub influența unui număr de factori pot fi distruse sau pot interacționa cu
alte substanțe pentru a forma noi produse. Pentru industria alimentară, se pot distinge două
procese importante:
Sub influența enzimelor de protează care catalizează scindarea hidrolitică a proteinelor, acestea
din urmă se descompun în produse mai simple (poli- și dipeptide) și în cele din urmă în
aminoacizi. Rata hidrolizei proteinelor depinde de compoziția sa, structura moleculară,
activitatea enzimei și condițiile.
7
2. Structura primară a proteinelor
Structura primară este dată de aminoacizii care intră în lantul proteic prin formarea
legăturilor peptidice. În structura primară se observă lanțul de aminoacizi În proteinele naturale
legătura peptidică se stabilește între gruparea carboxilică de la C1 și gruparea aminică de la
C2, încît lanțul peptidic va fi format dintr-o succesiune de unități CO-NH-CH, legate cap-cap.
La unul din capetele lanțului peptidic se găsește o grupare -NH2 liberă, iar la celălat capăt
seaflă o grupare -COOH liberă
Legătura peptidică -CO-NH- se găsește în același plan, iar carbonul -CH- se poate roti, putînd
să apară în planuri diferite. Datorită lungimii relativ mici a catenelor laterale, ele se pot aranja
de o parte și de alta a lanțului proteic, astfel că lanțul proteic nu este ramificat.
Datorită deplasării altrenative a unui electron de la gruparea -NH la C=O se produce oscilarea
dublei legături de la atomul de carbon și oxigen la atomul de azot, fomrîndu-se astfel cele 2
forme mezomere. Datorită numărului relativ mic de aminoacizi care intră în structura
proteinelor, teoretic ar trebui să se formeze proteine cu masa moleculară în jur de 4200. Însă în
realitate masele moleculare ale proteinelor au valori de peste 10,000 ceea ce a dus la concluzia
că cel puțin o parte de aminoacizi se repetă de mai multe ori în cadrul unei molecule. Ipoteza
că proteinele sunt formate din lanțuri lineare de aminoacizi a fost fomulată pentru prima dată
în anul 1902, la a 74-a reuniune a Societății Oamenilor de Stiință din Germania, ținută în orașul
Karlsbad, de către Franz Hofmeister (ținînd cont de reacția biuretului) și Emil Fischer (care
aduce clarificări asupra scheletului proteic).
Ipoteza că în molecula proteinelor există legături amidice fusese elaborată de chimistul francez
E Grimaux încă din anul 1882. În ciuda evidențelor care demonstrau faptul că proteinele supuse
acțiunii proteolitice se scindează în oligopeptide, ideea că lanțul proteic este liniar, au fost idei
greu de "digerat". În perioada respectivă, numeroși savanți (William Astbury, Hermann
Staudinger), punînd la îndoială acest lucru, prin argumentarea că legăturile amidice nu sunt
îndeajuns de puternice pentru a susține o moleculă proteică lungă.
8
Ipoteza a 2-a, numită ipoteza ciclol, avansată de Dorothy Wrinch, are la bază 3
elemente:Ciclol reaction în care gruparea carbonil și gruparea amino a 2 peptide se incrucișează
C=O + HN → C(OH)-N (așa numita legătură în cruce); aceste legături sunt de tip covalent,
similare cu legăturile covalente de hidrogen propuse de William Astbury, pentru a explica
stabilitatea structurii proteice. Lanțurile beta vecine au la bază o serie de reacții de tip ciclol
Structura proteinelor mici corespund așa numitelor "solid de tip Platon", fără ca să existe colțuri
libere.
9
3. Structura secundară a proteinelor
Prolina și glicina sunt cunoscuți ca așa numiții "helix breakers" (spărgători de helix),
deoarece afectează configurația scheletului proteic; ambii aminoacizi au abilități
conformaționale neobișnuite și de regulă se găsesc în colțurile scheletului proteic. Aminoacizii
care preferă să adopte conformația helixului proteic fac parte din așa numita serie MALEK
(codurile formate din 1 literă a aminoacizilor: metionină, alanină, leucină, acid glutamic și
lizina); prin contrast aminoacizii aromatici (triptofanul, tirosina și fenilalanina, dar și
aminoacizii cu legare prin carbonul beta (izoleucina, valina și treonina, adoptă configurația β.
Teoria plierii și răsucirii lanțului polipeptidice a fost elaborată de către Corey și Pauling în
1943 și a fost confirmată prin spectrele de difracție cu raze X, microscopului electronic , prin
măsurarea unghiurilor de valență, a distanțelor interatomice, au confirmat faptul că lanțul
polipeptidic se găsește sub formă pliată. Structura în foaie pliantă. Plierea catenei are loc prin
formarea legăturilor de hidrogen între gruparea carboxilică a unui aminoacid și gruparea
aminică a aminoacidului vecin. Lanțul polipetidic pliat se prezintză ca o panglică îndoită
alternativ la dreapta și la stînga, plierea avînd loc în dreptul carbonilor metinici. Mai multe
lanțuri pliate polipeptidice pliate dau naștere unei rețele, între aceste lanțuri pliate putîndu-se
10
de asemenea forma legături de hidrogen, acestea fiind în număr mai mare cînd grupările
terminale a 2 lanțuri sunt aranjate diferit (-NH2 și COOH, sau HOOC-și -NH2). Catenele
polipeptidice pliate predomină în proteinele fibrilare și mai puțin în cele globulare. După
valoarea perioadei de identitate se cunosc mai multe tipuri de proteine cu structură pliată. Prin
perioada de identitate se înțelege distanța cea mai mică la care se repetă aminoacizii identici
din moleculă.
Structura α elicoidală, ipoteză lansată de Corey și Pauling, ipoteză conform căreia lanțul
polipeptidic se poate prezenta și înfășurat sub formă de spirală. În acest model, fiecare spiră
conține de obicei 27 aminoacizi, iar distanța între spire este de 5,44 A0. Fiecare aminoacid
mărește spira cu 1,47 A0. În fața fiecărei grupări -CO- va apare la o distanță de 2,8A0. o grupare
NH de la al treilea aminoacid. Între aceste grupări se stabilesc punțile de hidrogen care asigură
stabilitatea α helix-ului. În acest model lanțul polipeptidic se prezintă sub forma unui surub cu
pasul fie spre dreapta, fie spre stînga. În cazul proteinelor naturale, acestea datorită conținutului
în L-aminoacizi, pasul helixului va fi spre dreapta, catenele laterale ies în afara corpului
propriu-zis putînd reacționa fie cu moleculele solventului fie cu alte catene polipeptidice.
Canalul format în interiorul helixului este foarte îngust, în el nu poate pătrunde molecula
solventului. Legăturile peptidice sunt plane, iar 2 planuri consecutive -CO-NH- formează un
unghi de 1800, rotirea lanțului se face la carbonul α(metinic).
11
4. Structura terțiară a proteinelor
Legaturi disulfurice. Legătura este rezistentă la hidroliză, însă se poate desface iar prin
reducere formează tioli(SH), iar prin oxidare formează acizi. În general legătura sulfidică se
întîlnește la proteinele transformate, care au o rezistență mecanică mare.
În afară de aceste legături se mai pot stabili alte tipuri de legături: legături ionice (stabilite
de obicei între grupările aminice și cele carboxilice ionizate), legături de tip van der Waals
(legături electrostatice slabe care se stabilesc între radicalii hidrofobi), legături fosfodiesterice
(între 2 resturi de serină și acid fosforic), legături eterice (stabilite la nivelul aminoacizilor cu
grupări hidroxilice).
12
5. Structura cuaternară a proteinelor
Structura cuaternară se referă la modul în care se unesc subunitățile proteice. Enzimele care
catalizează asamblarea acestor subunități poartă denumirea de holoenzime, în care o parte
poartă denumirea de subunități reglatoare și subunități catalitice.
Proteine care au structura cuaternară :hemoglobina, ADN polimeraza și canalele ionice, dar
și nucleozomi și nanotubuli, care sunt complexe multiproteice.Fragmentele proteice pot suferi
transformări în structura cuaternară, transformări care se reflectă fie în structurile individuale
fie în reorientările fiecărei subunități proteice. Numărulsubunităților din oligomerice sunt
denumite prin adăugarea sufix-ului -mer (grecescul pentru subunitate), precedat de numele
subunității.
Caracteristci generale
Unele proteine sunt formate dintr-un singur lant polipeptdic; altele contin doua sau mai
multe astel de lanturi asociate non-covalent, care pot fi identce sau diferite.
Proteinele formate din 2 sau mai multe astel de lanturi polipetdice se numesc oligomeri
(di-, tri-, tetramer. etc.)
2 lanturi identce, legate non-covalent formeaza un protomer.
Amiele lanturi (suiunitat) α sunt asociate in acelasi mod cu suiunitatle β, astel incat
hemogloiiia poate f considerata fe un tetramer format din 4 suiunitat polipeptdice, fe un
dimer format din 2 protomeri αβ.
Anumite proteine contn 2 sau mai multe lanturi polipeptdice legate covalent, cum sunt
cele doua lanturi polipeptdice A si B ale insulinei, care sunt legate prin punt disulfurice
S-S.
Aceste lanturi nu sunt considerate subunitat ale proteinei.
Compozita in aminoacizi a proteinelor este foarte variaiila: unii aminoacizi pot aprea
doar o data sau de loc intr-un lant polipeptdic, altii pot aparea de mai multe ori in acelasi
lant, in diverse poziti.
In general, numarul de aminoacizi din care este alcatuita o proteina se poate calcula
impartnd greutatea moleculara a acesteia la 110.
13
Structura cuaternara. Studierea unui număr mare de proteine unitare având cea mai diferită
provenienţă a dovedit că ele nu constau dintr-un singur lanţ polipeptidic ci din mai multe.
Asemenea proteine sunt astfel complexe formate din mai multe lanţuri polipeptidice. În soluţie,
în anumite condiţii (pH) aceste complexe de proteine pot fi desfăcute în lanţuri separate care
sunt denumite şi subunităţi sau protomeri şi care au tot caracter de proteină.
Subunităţile se pot reuni. Structura care defineste conformatia unei proteine formata dintr-
un număr definit de subunităţi se numeşte structură cuaternară. Deci mai multe structuri terţiare
sunt unite între ele formând construcţii mai complicate, structuri cuaternare. Forţele de atracţie
sunt aceleaşi ca în structurile terţiare dar ele acţionează în acest caz intermolecular unind catene
polipeptidice sau elice alfa diferite.
Principiul structurii cuaternare este foarte răspândit şi poate fi aproape întotdeauna aplicat
mai ales dacă greutatea moleculară a proteinei depăşeşte 100.000. Subunităţile pot fi sub forma
unor copii multiple ale unui singur lanţ polipeptidic (homomultimer) sau ele pot reprezenta
lanţuri polipeptidice distincte (α2β2 în hemoglobina umană). În ambele cazuri subunităţile se
împachetează sub forma unor unităţi individuale, distincte, posedând structuri secundare şi
tertiare proprii. Asocierea dintre molecule necesită complementaritate fizică şi spaţială.
Majoritatea proteinelor au evoluat în aşa manieră încât nu interacţionează cu marea parte a
proteinelor cu care vin în contact. Aranjamentele subunităţilor dintr-o proteină comparativ cu
altele defineşte structura cuaternară a enzimei. Schimbările din structura cuaternară a unei
proteine/enzime pot avea consecinţe dramatice în decursul actului catalitic.
14
Bibliografie:
15