ChIP

(Chromatin ImmunoPrecipitation)
ASSAY
• Structura cromatinei joacă un rol
fundamental în reglarea proceselor în
care este implicat ADN, cum ar fi:
transcriere, replicare şi recombinare
toate aceste procese având loc la
nivelul matriţei nucleozomale. Astfel,
identificarea poziţiei histonelor
modificate chimic sau a variantelor
histonice, ori a componentelor non-
histonice ale cromatinei de la nivelul
unei secvenţe specifice ADN poate
aduce informaţii importante despre
funcţia acestor proteine (sau a
modificărilor suferite de aceste
proteine) în contextul cromatinei.

 Imunoprecipitarea cromatinei (ChIP – Chromatin ImmunoPrecipitation) este o

metodă biochimică utilizată pentru a identifica proteine specifice asociate cu o
anumită regiune din genom, sau pentru a identifica regiuni din genom ce sunt asociate
specific cu anumite proteine. Aceste proteine pot fi izofome modificate ale histonelor
convenţionale sau proteine cromozomale non-histonice.
 ChIP assay constă în câteva etape de bază:
I – legarea (cross-link) ADN-proteine „DNA binding” cu formaldehidă
II – izolarea cromatinei şi obţinerea unor fragmente cuprinse între 500-1000 pb
prin sonicare sau tratament cu MNază
III- imunoprecipitarea complexului proteina –ADN cu anticorpi specifici
IV- se formează un complex ADN-proteină(antigen)-anticorp ce coprecipită cu
ajutorul Proteinei G Agaroză
V- complexul ADN-proteina-anticorp este izolat cu ajutorul Proteinei G Agaroză.
VI – după desfacerea complexului („reverse cross-linking”), ADN este eliberat din
complex şi poate fi utilizat pentru analiză
VII - Secvenţele specifice de ADN imunoprecipitate sunt amplificate prin PCR
pentru a constata dacă sunt asociate cu proteina respectivă (sau cu histona
modificată ) (Kuo and Allis, 1999).
Etapele de fixare (cross-link) a proteinelor la ADN cu formaldehidă nu mai sunt
necesare pentru proteinele histonice, care sunt strâns legate de ADN. De asemenea,
această metodă poate fi utilizată şi pe ţesut conservat la -800C dacă se utilizează
anticorpi pentru histonele modificate.